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Items: 22

1.

The evolutionary history of 2,658 cancers.

Gerstung M, Jolly C, Leshchiner I, Dentro SC, Gonzalez S, Rosebrock D, Mitchell TJ, Rubanova Y, Anur P, Yu K, Tarabichi M, Deshwar A, Wintersinger J, Kleinheinz K, Vázquez-García I, Haase K, Jerman L, Sengupta S, Macintyre G, Malikic S, Donmez N, Livitz DG, Cmero M, Demeulemeester J, Schumacher S, Fan Y, Yao X, Lee J, Schlesner M, Boutros PC, Bowtell DD, Zhu H, Getz G, Imielinski M, Beroukhim R, Sahinalp SC, Ji Y, Peifer M, Markowetz F, Mustonen V, Yuan K, Wang W, Morris QD; PCAWG Evolution & Heterogeneity Working Group, Spellman PT, Wedge DC, Van Loo P; PCAWG Consortium.

Nature. 2020 Feb;578(7793):122-128. doi: 10.1038/s41586-019-1907-7. Epub 2020 Feb 6.

PMID:
32025013
2.

Genomic footprints of activated telomere maintenance mechanisms in cancer.

Sieverling L, Hong C, Koser SD, Ginsbach P, Kleinheinz K, Hutter B, Braun DM, Cortés-Ciriano I, Xi R, Kabbe R, Park PJ, Eils R, Schlesner M; PCAWG-Structural Variation Working Group, Brors B, Rippe K, Jones DTW, Feuerbach L; PCAWG Consortium.

Nat Commun. 2020 Feb 5;11(1):733. doi: 10.1038/s41467-019-13824-9.

3.

Defective homologous recombination DNA repair as therapeutic target in advanced chordoma.

Gröschel S, Hübschmann D, Raimondi F, Horak P, Warsow G, Fröhlich M, Klink B, Gieldon L, Hutter B, Kleinheinz K, Bonekamp D, Marschal O, Chudasama P, Mika J, Groth M, Uhrig S, Krämer S, Heining C, Heilig CE, Richter D, Reisinger E, Pfütze K, Eils R, Wolf S, von Kalle C, Brandts C, Scholl C, Weichert W, Richter S, Bauer S, Penzel R, Schröck E, Stenzinger A, Schlenk RF, Brors B, Russell RB, Glimm H, Schlesner M, Fröhling S.

Nat Commun. 2019 Apr 9;10(1):1635. doi: 10.1038/s41467-019-09633-9.

4.

Genomic and transcriptomic changes complement each other in the pathogenesis of sporadic Burkitt lymphoma.

López C, Kleinheinz K, Aukema SM, Rohde M, Bernhart SH, Hübschmann D, Wagener R, Toprak UH, Raimondi F, Kreuz M, Waszak SM, Huang Z, Sieverling L, Paramasivam N, Seufert J, Sungalee S, Russell RB, Bausinger J, Kretzmer H, Ammerpohl O, Bergmann AK, Binder H, Borkhardt A, Brors B, Claviez A, Doose G, Feuerbach L, Haake A, Hansmann ML, Hoell J, Hummel M, Korbel JO, Lawerenz C, Lenze D, Radlwimmer B, Richter J, Rosenstiel P, Rosenwald A, Schilhabel MB, Stein H, Stilgenbauer S, Stadler PF, Szczepanowski M, Weniger MA, Zapatka M, Eils R, Lichter P, Loeffler M, Möller P, Trümper L, Klapper W; ICGC MMML-Seq Consortium, Hoffmann S, Küppers R, Burkhardt B, Schlesner M, Siebert R.

Nat Commun. 2019 Mar 29;10(1):1459. doi: 10.1038/s41467-019-08578-3.

5.

Enhancer hijacking activates oncogenic transcription factor NR4A3 in acinic cell carcinomas of the salivary glands.

Haller F, Bieg M, Will R, Körner C, Weichenhan D, Bott A, Ishaque N, Lutsik P, Moskalev EA, Mueller SK, Bähr M, Woerner A, Kaiser B, Scherl C, Haderlein M, Kleinheinz K, Fietkau R, Iro H, Eils R, Hartmann A, Plass C, Wiemann S, Agaimy A.

Nat Commun. 2019 Jan 21;10(1):368. doi: 10.1038/s41467-018-08069-x.

6.

The mutational landscape of Burkitt-like lymphoma with 11q aberration is distinct from that of Burkitt lymphoma.

Wagener R, Seufert J, Raimondi F, Bens S, Kleinheinz K, Nagel I, Altmüller J, Thiele H, Hübschmann D, Kohler CW, Nürnberg P, Au-Yeung R, Burkhardt B, Horn H, Leoncini L, Jaffe ES, Ott G, Rymkiewicz G, Schlesner M, Russell RB, Klapper W, Siebert R.

Blood. 2019 Feb 28;133(9):962-966. doi: 10.1182/blood-2018-07-864025. Epub 2018 Dec 19.

PMID:
30567752
7.

Whole genome sequencing puts forward hypotheses on metastasis evolution and therapy in colorectal cancer.

Ishaque N, Abba ML, Hauser C, Patil N, Paramasivam N, Huebschmann D, Leupold JH, Balasubramanian GP, Kleinheinz K, Toprak UH, Hutter B, Benner A, Shavinskaya A, Zhou C, Gu Z, Kerssemakers J, Marx A, Moniuszko M, Kozlowski M, Reszec J, Niklinski J, Eils J, Schlesner M, Eils R, Brors B, Allgayer H.

Nat Commun. 2018 Nov 14;9(1):4782. doi: 10.1038/s41467-018-07041-z.

8.

IG-MYC + neoplasms with precursor B-cell phenotype are molecularly distinct from Burkitt lymphomas.

Wagener R, López C, Kleinheinz K, Bausinger J, Aukema SM, Nagel I, Toprak UH, Seufert J, Altmüller J, Thiele H, Schneider C, Kolarova J, Park J, Hübschmann D, Murga Penas EM, Drexler HG, Attarbaschi A, Hovland R, Kjeldsen E, Kneba M, Kontny U, de Leval L, Nürnberg P, Oschlies I, Oscier D, Schlegelberger B, Stilgenbauer S, Wössmann W, Schlesner M, Burkhardt B, Klapper W, Jaffe ES, Küppers R, Siebert R.

Blood. 2018 Nov 22;132(21):2280-2285. doi: 10.1182/blood-2018-03-842088. Epub 2018 Oct 3.

9.

Author Correction: The landscape of genomic alterations across childhood cancers.

Gröbner SN, Worst BC, Weischenfeldt J, Buchhalter I, Kleinheinz K, Rudneva VA, Johann PD, Balasubramanian GP, Segura-Wang M, Brabetz S, Bender S, Hutter B, Sturm D, Pfaff E, Hübschmann D, Zipprich G, Heinold M, Eils J, Lawerenz C, Erkek S, Lambo S, Waszak S, Blattmann C, Borkhardt A, Kuhlen M, Eggert A, Fulda S, Gessler M, Wegert J, Kappler R, Baumhoer D, Burdach S, Kirschner-Schwabe R, Kontny U, Kulozik AE, Lohmann D, Hettmer S, Eckert C, Bielack S, Nathrath M, Niemeyer C, Richter GH, Schulte J, Siebert R, Westermann F, Molenaar JJ, Vassal G, Witt H, Burkhardt B, Kratz CP, Witt O, van Tilburg CM, Kramm CM, Fleischhack G, Dirksen U, Rutkowski S, Frühwald M, von Hoff K, Wolf S, Klingebiel T, Koscielniak E, Landgraf P, Koster J, Resnick AC, Zhang J, Liu Y, Zhou X, Waanders AJ, Zwijnenburg DA, Raman P, Brors B, Weber UD, Northcott PA, Pajtler KW, Kool M, Piro RM, Korbel JO, Schlesner M, Eils R, Jones DTW, Lichter P, Chavez L, Zapatka M, Pfister SM; ICGC PedBrain-Seq Project; ICGC MMML-Seq Project.

Nature. 2018 Jul;559(7714):E10. doi: 10.1038/s41586-018-0167-2.

PMID:
29875405
10.

NRG1 Fusions in KRAS Wild-Type Pancreatic Cancer.

Heining C, Horak P, Uhrig S, Codo PL, Klink B, Hutter B, Fröhlich M, Bonekamp D, Richter D, Steiger K, Penzel R, Endris V, Ehrenberg KR, Frank S, Kleinheinz K, Toprak UH, Schlesner M, Mandal R, Schulz L, Lambertz H, Fetscher S, Bitzer M, Malek NP, Horger M, Giese NA, Strobel O, Hackert T, Springfeld C, Feuerbach L, Bergmann F, Schröck E, von Kalle C, Weichert W, Scholl C, Ball CR, Stenzinger A, Brors B, Fröhling S, Glimm H.

Cancer Discov. 2018 Sep;8(9):1087-1095. doi: 10.1158/2159-8290.CD-18-0036. Epub 2018 May 25.

11.

Genomic features of renal cell carcinoma with venous tumor thrombus.

Warsow G, Hübschmann D, Kleinheinz K, Nientiedt C, Heller M, Van Coile L, Tolstov Y, Trennheuser L, Wieczorek K, Pecqueux C, Gasch C, Kuru T, Nyarangi-Dix J, Hatiboglu G, Teber D, Perner S, Stenzinger A, Roth W, Hadaschik B, Pahernik S, Jäger D, Grüllich C, Duensing A, Eils R, Schlesner M, Sültmann H, Hohenfellner M, Duensing S.

Sci Rep. 2018 May 10;8(1):7477. doi: 10.1038/s41598-018-25544-z.

12.

The landscape of genomic alterations across childhood cancers.

Gröbner SN, Worst BC, Weischenfeldt J, Buchhalter I, Kleinheinz K, Rudneva VA, Johann PD, Balasubramanian GP, Segura-Wang M, Brabetz S, Bender S, Hutter B, Sturm D, Pfaff E, Hübschmann D, Zipprich G, Heinold M, Eils J, Lawerenz C, Erkek S, Lambo S, Waszak S, Blattmann C, Borkhardt A, Kuhlen M, Eggert A, Fulda S, Gessler M, Wegert J, Kappler R, Baumhoer D, Burdach S, Kirschner-Schwabe R, Kontny U, Kulozik AE, Lohmann D, Hettmer S, Eckert C, Bielack S, Nathrath M, Niemeyer C, Richter GH, Schulte J, Siebert R, Westermann F, Molenaar JJ, Vassal G, Witt H; ICGC PedBrain-Seq Project; ICGC MMML-Seq Project, Burkhardt B, Kratz CP, Witt O, van Tilburg CM, Kramm CM, Fleischhack G, Dirksen U, Rutkowski S, Frühwald M, von Hoff K, Wolf S, Klingebiel T, Koscielniak E, Landgraf P, Koster J, Resnick AC, Zhang J, Liu Y, Zhou X, Waanders AJ, Zwijnenburg DA, Raman P, Brors B, Weber UD, Northcott PA, Pajtler KW, Kool M, Piro RM, Korbel JO, Schlesner M, Eils R, Jones DTW, Lichter P, Chavez L, Zapatka M, Pfister SM.

Nature. 2018 Mar 15;555(7696):321-327. doi: 10.1038/nature25480. Epub 2018 Feb 28. Erratum in: Nature. 2018 Jul;559(7714):E10.

PMID:
29489754
13.

Integrative genomic and transcriptomic analysis of leiomyosarcoma.

Chudasama P, Mughal SS, Sanders MA, Hübschmann D, Chung I, Deeg KI, Wong SH, Rabe S, Hlevnjak M, Zapatka M, Ernst A, Kleinheinz K, Schlesner M, Sieverling L, Klink B, Schröck E, Hoogenboezem RM, Kasper B, Heilig CE, Egerer G, Wolf S, von Kalle C, Eils R, Stenzinger A, Weichert W, Glimm H, Gröschel S, Kopp HG, Omlor G, Lehner B, Bauer S, Schimmack S, Ulrich A, Mechtersheimer G, Rippe K, Brors B, Hutter B, Renner M, Hohenberger P, Scholl C, Fröhling S.

Nat Commun. 2018 Jan 10;9(1):144. doi: 10.1038/s41467-017-02602-0.

14.

Screening drug effects in patient-derived cancer cells links organoid responses to genome alterations.

Jabs J, Zickgraf FM, Park J, Wagner S, Jiang X, Jechow K, Kleinheinz K, Toprak UH, Schneider MA, Meister M, Spaich S, Sütterlin M, Schlesner M, Trumpp A, Sprick M, Eils R, Conrad C.

Mol Syst Biol. 2017 Nov 27;13(11):955. doi: 10.15252/msb.20177697.

15.

The whole-genome landscape of medulloblastoma subtypes.

Northcott PA, Buchhalter I, Morrissy AS, Hovestadt V, Weischenfeldt J, Ehrenberger T, Gröbner S, Segura-Wang M, Zichner T, Rudneva VA, Warnatz HJ, Sidiropoulos N, Phillips AH, Schumacher S, Kleinheinz K, Waszak SM, Erkek S, Jones DTW, Worst BC, Kool M, Zapatka M, Jäger N, Chavez L, Hutter B, Bieg M, Paramasivam N, Heinold M, Gu Z, Ishaque N, Jäger-Schmidt C, Imbusch CD, Jugold A, Hübschmann D, Risch T, Amstislavskiy V, Gonzalez FGR, Weber UD, Wolf S, Robinson GW, Zhou X, Wu G, Finkelstein D, Liu Y, Cavalli FMG, Luu B, Ramaswamy V, Wu X, Koster J, Ryzhova M, Cho YJ, Pomeroy SL, Herold-Mende C, Schuhmann M, Ebinger M, Liau LM, Mora J, McLendon RE, Jabado N, Kumabe T, Chuah E, Ma Y, Moore RA, Mungall AJ, Mungall KL, Thiessen N, Tse K, Wong T, Jones SJM, Witt O, Milde T, Von Deimling A, Capper D, Korshunov A, Yaspo ML, Kriwacki R, Gajjar A, Zhang J, Beroukhim R, Fraenkel E, Korbel JO, Brors B, Schlesner M, Eils R, Marra MA, Pfister SM, Taylor MD, Lichter P.

Nature. 2017 Jul 19;547(7663):311-317. doi: 10.1038/nature22973.

16.

Genetic subclone architecture of tumor clone-initiating cells in colorectal cancer.

Giessler KM, Kleinheinz K, Huebschmann D, Balasubramanian GP, Dubash TD, Dieter SM, Siegl C, Herbst F, Weber S, Hoffmann CM, Fronza R, Buchhalter I, Paramasivam N, Eils R, Schmidt M, von Kalle C, Schneider M, Ulrich A, Scholl C, Fröhling S, Weichert W, Brors B, Schlesner M, Ball CR, Glimm H.

J Exp Med. 2017 Jul 3;214(7):2073-2088. doi: 10.1084/jem.20162017. Epub 2017 Jun 1.

17.

Meningiomas induced by low-dose radiation carry structural variants of NF2 and a distinct mutational signature.

Sahm F, Toprak UH, Hübschmann D, Kleinheinz K, Buchhalter I, Sill M, Stichel D, Schick M, Bewerunge-Hudler M, Schrimpf D, Zadeh G, Aldape K, Herold-Mende C, Beck K, Staszewski O, Prinz M, Harosh CB, Eils R, Sturm D, Jones DTW, Pfister SM, Paulus W, Ram Z, Schlesner M, Grossman R, von Deimling A.

Acta Neuropathol. 2017 Jul;134(1):155-158. doi: 10.1007/s00401-017-1715-9. Epub 2017 May 4. No abstract available.

PMID:
28474103
18.

Alterations of microRNA and microRNA-regulated messenger RNA expression in germinal center B-cell lymphomas determined by integrative sequencing analysis.

Hezaveh K, Kloetgen A, Bernhart SH, Mahapatra KD, Lenze D, Richter J, Haake A, Bergmann AK, Brors B, Burkhardt B, Claviez A, Drexler HG, Eils R, Haas S, Hoffmann S, Karsch D, Klapper W, Kleinheinz K, Korbel J, Kretzmer H, Kreuz M, Küppers R, Lawerenz C, Leich E, Loeffler M, Mantovani-Loeffler L, López C, McHardy AC, Möller P, Rohde M, Rosenstiel P, Rosenwald A, Schilhabel M, Schlesner M, Scholz I, Stadler PF, Stilgenbauer S, Sungalee S, Szczepanowski M, Trümper L, Weniger MA, Siebert R, Borkhardt A, Hummel M, Hoell JI; ICGC MMML-Seq Project.

Haematologica. 2016 Nov;101(11):1380-1389. Epub 2016 Jul 6.

19.

HostPhinder: A Phage Host Prediction Tool.

Villarroel J, Kleinheinz KA, Jurtz VI, Zschach H, Lund O, Nielsen M, Larsen MV.

Viruses. 2016 May 4;8(5). pii: E116. doi: 10.3390/v8050116.

20.

Paediatric and adult soft tissue sarcomas with NTRK1 gene fusions: a subset of spindle cell sarcomas unified by a prominent myopericytic/haemangiopericytic pattern.

Haller F, Knopf J, Ackermann A, Bieg M, Kleinheinz K, Schlesner M, Moskalev EA, Will R, Satir AA, Abdelmagid IE, Giedl J, Carbon R, Rompel O, Hartmann A, Wiemann S, Metzler M, Agaimy A.

J Pathol. 2016 Apr;238(5):700-10. doi: 10.1002/path.4701.

PMID:
26863915
21.

Decoding the regulatory landscape of medulloblastoma using DNA methylation sequencing.

Hovestadt V, Jones DT, Picelli S, Wang W, Kool M, Northcott PA, Sultan M, Stachurski K, Ryzhova M, Warnatz HJ, Ralser M, Brun S, Bunt J, Jäger N, Kleinheinz K, Erkek S, Weber UD, Bartholomae CC, von Kalle C, Lawerenz C, Eils J, Koster J, Versteeg R, Milde T, Witt O, Schmidt S, Wolf S, Pietsch T, Rutkowski S, Scheurlen W, Taylor MD, Brors B, Felsberg J, Reifenberger G, Borkhardt A, Lehrach H, Wechsler-Reya RJ, Eils R, Yaspo ML, Landgraf P, Korshunov A, Zapatka M, Radlwimmer B, Pfister SM, Lichter P.

Nature. 2014 Jun 26;510(7506):537-41. doi: 10.1038/nature13268. Epub 2014 May 18.

PMID:
24847876

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