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Bioinformatics. 2015 Jan 1;31(1):112-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btu547. Epub 2014 Sep 4.

mod_bio: Apache modules for Next-Generation sequencing data.

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Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Unité Mixte de Recherche (UMR) 1087, L'Institut du Thorax, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) UMR 6291, Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Nantes, L'Institut du Thorax, Service de Cardiologie, 44000 Nantes and Université de Nantes, 44000 Nantes, France Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Unité Mixte de Recherche (UMR) 1087, L'Institut du Thorax, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) UMR 6291, Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Nantes, L'Institut du Thorax, Service de Cardiologie, 44000 Nantes and Université de Nantes, 44000 Nantes, France Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Unité Mixte de Recherche (UMR) 1087, L'Institut du Thorax, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) UMR 6291, Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Nantes, L'Institut du Thorax, Service de Cardiologie, 44000 Nantes and Université de Nantes, 44000 Nantes, France Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM) Unité Mixte de Recherche (UMR) 1087, L'Institut du Thorax, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) UMR 6291, Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Nantes, L'Institut du Thorax, Service de Cardiologie, 44000 Nantes and Université de Nantes, 44000 Nantes, France.

Abstract

SUMMARY:

We describe mod_bio, a set of modules for the Apache HTTP server that allows the users to access and query fastq, tabix, fasta and bam files through a Web browser. Those data are made available in plain text, HTML, XML, JSON and JSON-P. A javascript-based genome browser using the JSON-P communication technique is provided as an example of cross-domain Web service.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION:

https://github.com/lindenb/mod_bio.

PMID:
25192739
DOI:
10.1093/bioinformatics/btu547
[Indexed for MEDLINE]

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