A 1-step reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) assay using TaqMan minor-groove-binding (MGB) probes was developed to distinguish between vaccine-type and wild-type strains of Classical swine fever virus (CSFV) in Korea. Because attenuated Korean LOM strains have been used in animal vaccination in Korea for some time but CSF remains a serious problem, there was a need for a practical approach to differentiating vaccine and field strains. We examined the fluorescence of 5 vaccine strains, 10 field strains, and 5 mixed samples. Three clusters of the samples could be distinguished: those with only fluorescence of the vaccine-type-specific probe, VIC; those with only fluorescence of the wild-type-specific probe, FAM; and those with both VIC and FAM fluorescence. The RT-PCR assay with fluorogenic probes is sensitive and accurate and is therefore useful for differentiating vaccine and field strains of CSFV in Korea.
Une épreuve d’amplification en chaîne par la polymérase avec la transcriptase inverse (RT-PCR) en une étape et utilisant les sondes TaqMan a été développée pour différencier la souche vaccinale et les souches sauvages du virus de la peste porcine classique (CSFV) isolées en Corée. Étant donné que les souches coréennes LOM atténuées sont utilisées en Corée pour la vaccination depuis plusieurs années mais que la CSF demeure un problème sérieux, il y avait une nécessité à développer une approche pratique pour différencier la souche vaccinale et les souches sauvages. La fluorescence de 5 souches vaccinales, 10 isolats cliniques et 5 échantillons mélangés a été examinée. Trois regroupements des échantillons ont été faits : ceux avec de la fluorescence du type de la sonde spécifique au vaccin (VIC); ceux avec de la fluorescence du type de la sonde des isolats sauvages (FAM); et ceux avec une fluorescence double (VIC et FAM). L’épreuve RT-PCR avec des sondes fluorogéniques est sensible et précise et est ainsi utile pour différencier les souches vaccinales et les isolats cliniques de CSFV en Corée.
(Traduit par Docteur Serge Messier)