NCBI Logo
GEO Logo
   NCBI > GEO > Accession DisplayHelp Not logged in | LoginHelp
GEO help: Mouse over screen elements for information.
          Go
Platform GPL18760 Query DataSets for GPL18760
Status Public on Jun 04, 2014
Title [Axiom_Exome319] Affymetrix Human Axiom Exome 319 Genotyping Array
Technology type in situ oligonucleotide
Distribution custom-commercial
Organism Homo sapiens
Manufacturer Affymetrix
Manufacture protocol See manufacturer's website (www.affymetrix.com).
 
Description #%create_date=2013-09-13 GMT-08:00 09:18:59
#%chip_type=Axiom_Exome319
#%genome-species=Homo sapiens
#%genome-version=hg19
#%genome-version-ucsc=hg19
#%genome-version-ncbi=37
#%genome-version-create_date=2009-02-00
#%mitochondrion-version=NC_001807
#%dbSNP-date=2012-06-26
#%dbSNP-version=137
#%hapmap-date=2008-01-08
#%hapmap-version=23
#%omim-date=2013-07-09
#%allele_frequency_data_reference=Affymetrix_internal_screen
#%netaffx-annotation-date=2013-07-01
#%netaffx-annotation-netaffx-build=34
#%netaffx-annotation-tabular-format-version=1.5
 
Web link http://www.affymetrix.com/catalog/prod570018/AFFY/Axiom%26%23174%3B-Exome-Genotyping-Arrays#1_1
Submission date Jun 04, 2014
Last update date Jun 04, 2014
Contact name Boyoung Park
Organization name National Cancer Centerm Korea
Street address 323 Ilsan-ro, Ilsandong-gu, Goyang-si
City Gyeonggi-do
ZIP/Postal code 410-769
Country South Korea
 
Samples (1012) GSM1408142, GSM1408143, GSM1408144, GSM1408145, GSM1408146, GSM1408147 
Series (1)
GSE58356 Axiom® Exome 319 Array data to identify susceptible genetic variations of gastric cancer

Data table header descriptions
ID Probe Set ID
Affy SNP ID
SNP_ID dbSNP RS ID
dbSNP Loctype
Chromosome
RANGE_GB RefSeq accession.version of chromosome (NCBI Build 37)
Physical Position
Position End
Strand
ChrX pseudo-autosomal region 1
Cytoband
Flank
Allele A
Allele B
Ref Allele
Alt Allele
Associated Gene
Genetic Map
Microsatellite
Allele Frequencies
Heterozygous Allele Frequencies
Number of individuals
In Hapmap
Strand Versus dbSNP
Probe Count
ChrX pseudo-autosomal region 2
Minor Allele
Minor Allele Frequency
OMIM
Annotation Notes
SPOT_ID

Data table
ID Affy SNP ID SNP_ID dbSNP Loctype Chromosome RANGE_GB Physical Position Position End Strand ChrX pseudo-autosomal region 1 Cytoband Flank Allele A Allele B Ref Allele Alt Allele Associated Gene Genetic Map Microsatellite Allele Frequencies Heterozygous Allele Frequencies Number of individuals In Hapmap Strand Versus dbSNP Probe Count ChrX pseudo-autosomal region 2 Minor Allele Minor Allele Frequency OMIM Annotation Notes SPOT_ID
AFFX-KIT-000001 Affx-32899432 rs1000440 2 9 NC_000009.11 101258881 101258881 + 0 q22.33 GGGCCAGTTCCGAGGGGTCACCCTGGGGAAGTCAA[C/T]TGGGCAAAGCGATTTTCTCTACCGACAATGCAAAG T C T C ENST00000259455 // intron // 0 // Hs.198612 // GABBR2 // 9568 // gamma-aminobutyric acid (GABA) B receptor, 2 /// ENST00000477471 // intron // 0 // Hs.198612 // GABBR2 // 9568 // gamma-aminobutyric acid (GABA) B receptor, 2 /// NM_005458 // intron // 0 // Hs.198612 // GABBR2 // 9568 // gamma-aminobutyric acid (GABA) B receptor, 2 101.1756 // D9S180 // D9S910 // --- // --- // deCODE /// 104.2453 // D9S753 // D9S910 // UT8063 // ATA18A07 // Marshfield /// 103.1261 // --- // --- // 59993 // 595969 // SLM1 D9S2007 // downstream // 284353 /// D9S763 // upstream // 151152 0.4734 // 0.5266 // CEU /// 0.8438 // 0.1563 // CHB /// 0.7169 // 0.2831 // JPT /// 0.3316 // 0.6684 // YRI 0.5851 // CEU /// 0.2708 // CHB /// 0.3855 // JPT /// 0.4316 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 166 // JPT /// 95 // YRI YES reverse 1 0 T // CEU /// C // CHB /// C // JPT /// T // YRI 0.4734 // CEU /// 0.1563 // CHB /// 0.2831 // JPT /// 0.3316 // YRI 607340 // {Nicotine dependence, susceptibility to} // 188890 // intron /// 607340 // {Nicotine dependence, protection against} // 188890 // intron ---
AFFX-KIT-000002 Affx-23811321 rs10007601 2 4 NC_000004.11 164934874 164934874 + 0 q32.3 CAGCAACTGTGCAGGTCACAAGGAAGTGAGATGAC[A/G]AAGTCAAAGTGCTGATGGAAAAAAAAATCTTTCAA A G G A ENST00000503008 // intron // 0 // Hs.592804 // MARCH1 // 55016 // membrane-associated ring finger (C3HC4) 1, E3 ubiquitin protein ligase /// ENST00000503104 // intron // 0 // Hs.592804 // MARCH1 // 55016 // membrane-associated ring finger (C3HC4) 1, E3 ubiquitin protein ligase /// ENST00000505391 // intron // 0 // Hs.592804 // MARCH1 // 55016 // membrane-associated ring finger (C3HC4) 1, E3 ubiquitin protein ligase /// ENST00000507270 // intron // 0 // Hs.592804 // MARCH1 // 55016 // membrane-associated ring finger (C3HC4) 1, E3 ubiquitin protein ligase /// ENST00000508725 // intron // 0 // Hs.592804 // MARCH1 // 55016 // membrane-associated ring finger (C3HC4) 1, E3 ubiquitin protein ligase /// ENST00000514618 // intron // 0 // Hs.592804 // MARCH1 // 55016 // membrane-associated ring finger (C3HC4) 1, E3 ubiquitin protein ligase /// ENST00000515471 // intron // 0 // Hs.592804 // MARCH1 // 55016 // membrane-associated ring finger (C3HC4) 1, E3 ubiquitin protein ligase /// NM_001166373 // intron // 0 // Hs.592804 // MARCH1 // 55016 // membrane-associated ring finger (C3HC4) 1, E3 ubiquitin protein ligase 158.3192 // D4S1528 // D4S3339 // --- // --- // deCODE /// 164.5431 // D4S3033 // D4S2398 // AFMA054TD5 // ATA27E06 // Marshfield /// 157.0891 // --- // D4S2398 // 766823 // --- // SLM1 D4S2332 // downstream // 88185 /// D4S866 // upstream // 5284 0.8245 // 0.1755 // CEU /// 0.7396 // 0.2604 // CHB /// 0.9006 // 0.0994 // JPT /// 0.4421 // 0.5579 // YRI 0.2872 // CEU /// 0.3958 // CHB /// 0.1747 // JPT /// 0.5474 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 166 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 G // CEU /// G // CHB /// G // JPT /// A // YRI 0.1755 // CEU /// 0.2604 // CHB /// 0.0994 // JPT /// 0.4421 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000003 Affx-26018273 rs10056215 2 5 NC_000005.9 163542505 163542505 + 0 q34 GCAATTTAATTGAACATGGGCATAATAACCACCAA[G/T]AGCTGGATTAAATATGCCATATATATGGAAAGAAT T G T G ENST00000516189 // upstream // 319334 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000521805 // downstream // 3599 // Hs.582142 // --- // --- // Transcribed locus /// NM_001122679 // upstream // 3169338 // Hs.631957 // TENM2 // 57451 // teneurin transmembrane protein 2 /// NM_013283 // downstream // 596146 // Hs.54642 // MAT2B // 27430 // methionine adenosyltransferase II, beta 167.8059 // D5S2066 // D5S621 // --- // --- // deCODE /// 165.8794 // D5S2066 // D5S621 // AFMC033XH1 // AFM200ZA11 // Marshfield /// 161.3225 // D5S2066 // --- // --- // 506699 // SLM1 D5S99 // downstream // 189697 /// D5S1908 // upstream // 38956 0.8723 // 0.1277 // CEU /// 0.8646 // 0.1354 // CHB /// 0.7681 // 0.2319 // JPT /// 0.7340 // 0.2660 // YRI 0.2128 // CEU /// 0.2292 // CHB /// 0.3916 // JPT /// 0.4043 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 166 // JPT /// 94 // YRI YES same 1 0 G // CEU /// G // CHB /// G // JPT /// G // YRI 0.1277 // CEU /// 0.1354 // CHB /// 0.2319 // JPT /// 0.2660 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000004 Affx-26419011 rs10075407 2 5 NC_000005.9 2993645 2993645 + 0 p15.33 CAACGACTAGAGGCTGTTTCCGGAAGTCCTTGACC[A/G]TGTGTGCTTTCCTGGGCACGTGGAACGGAGCTCTT A G G A ENST00000505396 // upstream // 184564 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000515086 // downstream // 25903 // Hs.739473 // --- // --- // Transcribed locus /// NM_178569 // downstream // 238134 // Hs.668017 // C5orf38 // 153571 // chromosome 5 open reading frame 38 /// NR_033898 // downstream // 423621 // Hs.582442 // LOC285577 // 285577 // uncharacterized LOC285577 8.1755 // D5S1981 // D5S417 // --- // --- // deCODE /// 6.4362 // D5S1970 // D5S417 // AFMA183WH5 // AFM205WH8 // Marshfield /// 5.7835 // --- // --- // 530101 // 65712 // SLM1 D5S1923 // downstream // 358383 /// D5S417 // upstream // 127557 0.4892 // 0.5108 // CEU /// 0.7813 // 0.2188 // CHB /// 0.6848 // 0.3152 // JPT /// 0.7895 // 0.2105 // YRI 0.5054 // CEU /// 0.3125 // CHB /// 0.4121 // JPT /// 0.3158 // YRI 93 // CEU /// 48 // CHB /// 165 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 A // CEU /// G // CHB /// G // JPT /// G // YRI 0.4892 // CEU /// 0.2188 // CHB /// 0.3152 // JPT /// 0.2105 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000005 Affx-10528637 rs10150378 2 14 NC_000014.8 44000834 44000834 + 0 q21.2 AATTCAGATGAAGTTAGCACTCCTTCACTGTGAAA[C/T]TGTAAAACAAATAGTCTCCAATAATCTAGGTTTAT T C T C ENST00000554987 // downstream // 231036 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000556193 // downstream // 9252 // --- // --- // --- // --- /// NM_032135 // downstream // 972520 // Hs.307086 // FSCB // 84075 // fibrous sheath CABYR binding protein /// NM_152447 // downstream // 1627082 // Hs.136893 // LRFN5 // 145581 // leucine rich repeat and fibronectin type III domain containing 5 43.9353 // D14S301 // D14S1013 // --- // --- // deCODE /// 47.1945 // D14S301 // D14S1013 // GATA10H04 // AFMB286YA9 // Marshfield /// 41.8200 // --- // --- // 291898 // 1040327 // SLM1 D14S768 // downstream // 26111 /// D14S266 // upstream // 94056 0.9348 // 0.0652 // CEU /// 0.8854 // 0.1146 // CHB /// 0.7896 // 0.2104 // JPT /// 0.8474 // 0.1526 // YRI 0.1304 // CEU /// 0.1875 // CHB /// 0.3354 // JPT /// 0.2421 // YRI 92 // CEU /// 48 // CHB /// 164 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 C // CEU /// C // CHB /// C // JPT /// C // YRI 0.0652 // CEU /// 0.1146 // CHB /// 0.2104 // JPT /// 0.1526 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000008 Affx-18203133 rs10196277 2 2 NC_000002.11 149188375 149188375 + 0 q23.1 CTCTAAACAACTTCATCATTTCAACATGAAATTCA[G/T]ATTCTCACTCACAAACAATTAAGTATTACTTTTGT T G T G ENST00000407073 // intron // 0 // Hs.458312 // MBD5 // 55777 // methyl-CpG binding domain protein 5 /// ENST00000478804 // intron // 0 // Hs.458312 // MBD5 // 55777 // methyl-CpG binding domain protein 5 /// ENST00000488372 // intron // 0 // Hs.458312 // MBD5 // 55777 // methyl-CpG binding domain protein 5 /// ENST00000496158 // intron // 0 // Hs.458312 // MBD5 // 55777 // methyl-CpG binding domain protein 5 /// NM_018328 // intron // 0 // Hs.458312 // MBD5 // 55777 // methyl-CpG binding domain protein 5 158.6838 // D2S2335 // D2S2275 // --- // --- // deCODE /// 152.0517 // D2S2184 // D2S356 // AFMA191XG5 // AFM297WC1 // Marshfield /// 147.7051 // --- // --- // 53560 // 47484 // SLM1 D2S2184 // downstream // 18636 /// D2S1718E // upstream // 83641 0.5372 // 0.4628 // CEU /// 0.3854 // 0.6146 // CHB /// 0.5090 // 0.4910 // JPT /// 0.1263 // 0.8737 // YRI 0.5426 // CEU /// 0.4792 // CHB /// 0.4880 // JPT /// 0.2316 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 166 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 G // CEU /// T // CHB /// G // JPT /// T // YRI 0.4628 // CEU /// 0.3854 // CHB /// 0.4910 // JPT /// 0.1263 // YRI 611472 // Mental retardation, autosomal dominant 1 // 156200 // intron ---
AFFX-KIT-000009 Affx-8147963 rs1021996 2 12 NC_000012.11 51789617 51789617 + 0 q13.13 TTGTTTCTTATCTGTGAAGTGCAGTTAATGATACC[C/T]GGGGTTGTTAATGAAGCTCAAGTGAGATAACACAT T C T C ENST00000535225 // intron // 0 // Hs.4749 // SLC4A8 // 9498 // solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 8 /// NM_001258401 // intron // 0 // Hs.4749 // SLC4A8 // 9498 // solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 8 /// NM_001267615 // intron // 0 // Hs.4749 // SLC4A8 // 9498 // solute carrier family 4, sodium bicarbonate cotransporter, member 8 64.4899 // D12S1635 // D12S1629 // --- // --- // deCODE /// 65.3652 // D12S1620 // D12S368 // AFM175XF8 // AFMA128YD5 // Marshfield /// 61.7566 // D12S361 // --- // --- // 945688 // SLM1 D12S1273 // downstream // 49007 /// D12S1633 // upstream // 103710 0.0798 // 0.9202 // CEU /// 0.2188 // 0.7813 // CHB /// 0.1054 // 0.8946 // JPT /// 0.0789 // 0.9211 // YRI 0.1383 // CEU /// 0.3125 // CHB /// 0.1867 // JPT /// 0.1579 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 166 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 T // CEU /// T // CHB /// T // JPT /// T // YRI 0.0798 // CEU /// 0.2188 // CHB /// 0.1054 // JPT /// 0.0789 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000012 Affx-30004198 rs10266230 2 7 NC_000007.13 152738841 152738841 + 0 q36.2 TGCGTCCCCAGCTTTCATTCCACCTCCCCCCATTG[C/T]TTCTCTGCCATGCCGTTTGGAAATCATTGACTTCA T C C T ENST00000256001 // downstream // 186378 // Hs.647117 // ACTR3B // 57180 // ARP3 actin-related protein 3 homolog B (yeast) /// ENST00000584395 // upstream // 14981 // --- // --- // --- // --- /// NM_001039350 // upstream // 845578 // Hs.490684 // DPP6 // 1804 // dipeptidyl-peptidase 6 /// NR_073001 // downstream // 186377 // Hs.647117 // ACTR3B // 57180 // ARP3 actin-related protein 3 homolog B (yeast) 169.3918 // D7S1815 // D7S798 // --- // --- // deCODE /// 168.5484 // UNKNOWN // D7S798 // GATA10H01 // AFM205VA3 // Marshfield /// 164.2094 // D7S2439 // --- // --- // 64815 // SLM1 D7S1491 // downstream // 29283 /// D6S293 // upstream // 72938 0.5699 // 0.4301 // CEU /// 0.9043 // 0.0957 // CHB /// 0.8886 // 0.1114 // JPT /// 0.4947 // 0.5053 // YRI 0.5376 // CEU /// 0.1915 // CHB /// 0.2108 // JPT /// 0.4211 // YRI 93 // CEU /// 47 // CHB /// 166 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 C // CEU /// C // CHB /// C // JPT /// T // YRI 0.4301 // CEU /// 0.0957 // CHB /// 0.1114 // JPT /// 0.4947 // YRI 126141 // Ventricular fibrillation, paroxysmal familial, 2 // 612956 // upstream ---
AFFX-KIT-000013 Affx-31273876 rs10505079 2 8 NC_000008.10 106688753 106688753 + 0 q23.1 TTCTGACCTGGAACAAACAATATATAGTATTTGAC[C/T]GTTTCAGCGTCAGCATTCTTTTCATCTGTTTTGTT T C T C ENST00000407775 // intron // 0 // Hs.431009 // ZFPM2 // 23414 // zinc finger protein, FOG family member 2 /// ENST00000511341 // intron // 0 // Hs.431009 // ZFPM2 // 23414 // zinc finger protein, FOG family member 2 /// ENST00000517361 // intron // 0 // Hs.431009 // ZFPM2 // 23414 // zinc finger protein, FOG family member 2 /// ENST00000519805 // intron // 0 // Hs.738325 // --- // --- // Transcribed locus /// ENST00000520492 // intron // 0 // Hs.431009 // ZFPM2 // 23414 // zinc finger protein, FOG family member 2 /// ENST00000520588 // intron // 0 // --- // --- // --- // --- /// NM_012082 // intron // 0 // Hs.431009 // ZFPM2 // 23414 // zinc finger protein, FOG family member 2 112.8141 // D8S1768 // D8S200 // --- // --- // deCODE /// 118.4803 // D8S1768 // D8S1830 // AFMB311YH9 // AFMA065YG1 // Marshfield /// 103.7969 // D8S556 // D8S1132 // --- // --- // SLM1 D8S2005 // downstream // 25080 /// D8S100 // upstream // 490070 0.8245 // 0.1755 // CEU /// 0.9149 // 0.0851 // CHB /// 0.9146 // 0.0854 // JPT /// 0.7842 // 0.2158 // YRI 0.2872 // CEU /// 0.1702 // CHB /// 0.1707 // JPT /// 0.3053 // YRI 94 // CEU /// 47 // CHB /// 164 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 C // CEU /// C // CHB /// C // JPT /// C // YRI 0.1755 // CEU /// 0.0851 // CHB /// 0.0854 // JPT /// 0.2158 // YRI 603693 // Tetralogy of Fallot // 187500 // intron /// 603693 // Diaphragmatic hernia 3 // 610187 // intron ---
AFFX-KIT-000014 Affx-9152579 rs10507375 2 13 NC_000013.10 27573612 27573612 + 0 q12.13 TAACCACGTTATACAGTTTCACAAACTTGGTCACA[G/T]CTCTGAATAATGGAAATAACTCCAATAACCTTTGG T G G T ENST00000402278 // downstream // 18076 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000413365 // downstream // 21686 // --- // --- // --- // --- /// NM_005288 // upstream // 238690 // Hs.123034 // GPR12 // 2835 // G protein-coupled receptor 12 /// NM_182488 // downstream // 66675 // Hs.42400 // USP12 // 219333 // ubiquitin specific peptidase 12 17.8307 // D13S1254 // D13S625 // --- // --- // deCODE /// 13.7660 // D13S1304 // D13S1292 // AFMA043TH5 // AFM316TC9 // Marshfield /// 15.2243 // D13S1254 // --- // --- // 273115 // SLM1 D13S1188 // downstream // 19369 /// D13S625 // upstream // 19584 0.1862 // 0.8138 // CEU /// 0.0521 // 0.9479 // CHB /// 0.0331 // 0.9669 // JPT /// 0.1158 // 0.8842 // YRI 0.3298 // CEU /// 0.1042 // CHB /// 0.0542 // JPT /// 0.1895 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 166 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 T // CEU /// T // CHB /// T // JPT /// T // YRI 0.1862 // CEU /// 0.0521 // CHB /// 0.0331 // JPT /// 0.1158 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000015 Affx-13940673 rs10514911 2 17 NC_000017.10 44878268 44878268 + 0 q21.31 CAGAGGAAGTGATGGCTGAACTATGATTTCAAGAC[C/T]GAACAGGAGTTTGTAGTCATCCCAAGAGAAGGCAG T C T C ENST00000225512 // intron // 0 // Hs.445884 // WNT3 // 7473 // wingless-type MMTV integration site family, member 3 /// ENST00000573788 // intron // 0 // Hs.445884 // WNT3 // 7473 // wingless-type MMTV integration site family, member 3 /// NM_030753 // intron // 0 // --- // WNT3 // 7473 // wingless-type MMTV integration site family, member 3 73.5964 // D17S920 // D17S693 // --- // --- // deCODE /// 63.8230 // D17S810 // D17S1868 // AFM248YG1 // AFM301YE5 // Marshfield /// 58.2926 // D17S1787 // D17S1827 // --- // --- // SLM1 D17S728 // downstream // 6206 /// D17S2056 // upstream // 23953 0.1596 // 0.8404 // CEU /// 0.0417 // 0.9583 // CHB /// 0.0663 // 0.9337 // JPT /// 0.3632 // 0.6368 // YRI 0.2766 // CEU /// 0.0833 // CHB /// 0.1325 // JPT /// 0.4947 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 166 // JPT /// 95 // YRI YES reverse 1 0 T // CEU /// T // CHB /// T // JPT /// T // YRI 0.1596 // CEU /// 0.0417 // CHB /// 0.0663 // JPT /// 0.3632 // YRI 165330 // Tetra-amelia, autosomal recessive // 273395 // intron ---
AFFX-KIT-000016 Affx-26076228 rs10516050 2 5 NC_000005.9 168199301 168199301 + 0 q34 TGAAAGTGTTTTTCGTGAACATGTGGAACCTATAA[C/T]ATACTGTGGTCAAAGGGCTGTACCATGGTCTGTCT T C C T ENST00000332966 // intron // 0 // Hs.552087 // SLIT3 // 6586 // slit homolog 3 (Drosophila) /// ENST00000404867 // intron // 0 // Hs.552087 // SLIT3 // 6586 // slit homolog 3 (Drosophila) /// ENST00000518140 // exon // 0 // Hs.552087 // SLIT3 // 6586 // slit homolog 3 (Drosophila) /// ENST00000519486 // intron // 0 // Hs.552087 // SLIT3 // 6586 // slit homolog 3 (Drosophila) /// ENST00000519560 // intron // 0 // Hs.552087 // SLIT3 // 6586 // slit homolog 3 (Drosophila) /// NM_001271946 // intron // 0 // Hs.552087 // SLIT3 // 6586 // slit homolog 3 (Drosophila) /// NM_003062 // intron // 0 // Hs.552087 // SLIT3 // 6586 // slit homolog 3 (Drosophila) 176.4541 // D5S1458 // D5S2045 // --- // --- // deCODE /// 173.7078 // D5S496 // D5S1456 // AFM234VH4 // GATA11A11 // Marshfield /// 166.1095 // --- // D5S400 // 517352 // --- // SLM1 D29111 // downstream // 254264 /// D5S605 // upstream // 12211 0.2234 // 0.7766 // CEU /// 0.1146 // 0.8854 // CHB /// 0.1159 // 0.8841 // JPT /// 0.1632 // 0.8368 // YRI 0.3830 // CEU /// 0.2292 // CHB /// 0.1463 // JPT /// 0.2842 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 164 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 T // CEU /// T // CHB /// T // JPT /// T // YRI 0.2234 // CEU /// 0.1146 // CHB /// 0.1159 // JPT /// 0.1632 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000017 Affx-8225327 rs1059513 2 12 NC_000012.11 57489709 57489709 + 0 q13.3 CGTTCACACAGCTATACACGAAGAATCTCAGCCCT[C/T]GTACTTTTGCATAGTCTCATACACGTATCAGAAGC T C T C ENST00000300134 // UTR-3 // 0 // Hs.524518 // STAT6 // 6778 // signal transducer and activator of transcription 6, interleukin-4 induced /// ENST00000555222 // exon // 0 // Hs.524518 // STAT6 // 6778 // signal transducer and activator of transcription 6, interleukin-4 induced /// NM_001178078 // UTR-3 // 0 // Hs.524518 // STAT6 // 6778 // signal transducer and activator of transcription 6, interleukin-4 induced /// NM_001178079 // UTR-3 // 0 // Hs.524518 // STAT6 // 6778 // signal transducer and activator of transcription 6, interleukin-4 induced /// NM_001178080 // UTR-3 // 0 // Hs.524518 // STAT6 // 6778 // signal transducer and activator of transcription 6, interleukin-4 induced /// NM_001178081 // UTR-3 // 0 // Hs.524518 // STAT6 // 6778 // signal transducer and activator of transcription 6, interleukin-4 induced /// NM_003153 // UTR-3 // 0 // Hs.524518 // STAT6 // 6778 // signal transducer and activator of transcription 6, interleukin-4 induced /// NR_033659 // exon // 0 // Hs.524518 // STAT6 // 6778 // signal transducer and activator of transcription 6, interleukin-4 induced 72.2669 // D12S1632 // D12S90 // --- // --- // deCODE /// 71.1760 // D12S1707 // D12S1022 // AFMA053YH9 // GAAT1D02 // Marshfield /// 70.6792 // --- // D12S1691 // 592549 // --- // SLM1 D12S1906 // downstream // 85892 /// D12S1644 // upstream // 15266 0.9255 // 0.0745 // CEU /// 0.9468 // 0.0532 // CHB /// 0.8909 // 0.1091 // JPT /// 0.9255 // 0.0745 // YRI 0.1489 // CEU /// 0.1064 // CHB /// 0.2182 // JPT /// 0.1489 // YRI 94 // CEU /// 47 // CHB /// 165 // JPT /// 94 // YRI YES reverse 1 0 C // CEU /// C // CHB /// C // JPT /// C // YRI 0.0745 // CEU /// 0.0532 // CHB /// 0.1091 // JPT /// 0.0745 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000018 Affx-2735897 rs10741141 2 10 NC_000010.10 129853731 129853731 + 0 q26.2 AAGGAGTTGGTTAGCGTGGTGCTTCCCAAAGACGT[A/G]TGCACTGAAGCCCTGGGGATCATGGTAATGTTCGT A G G A ENST00000254667 // intron // 0 // Hs.127022 // PTPRE // 5791 // protein tyrosine phosphatase, receptor type, E /// ENST00000306042 // intron // 0 // Hs.127022 // PTPRE // 5791 // protein tyrosine phosphatase, receptor type, E /// ENST00000419012 // intron // 0 // Hs.127022 // PTPRE // 5791 // protein tyrosine phosphatase, receptor type, E /// ENST00000430713 // intron // 0 // Hs.127022 // PTPRE // 5791 // protein tyrosine phosphatase, receptor type, E /// ENST00000455661 // intron // 0 // Hs.127022 // PTPRE // 5791 // protein tyrosine phosphatase, receptor type, E /// ENST00000467366 // intron // 0 // Hs.127022 // PTPRE // 5791 // protein tyrosine phosphatase, receptor type, E /// ENST00000471218 // intron // 0 // Hs.127022 // PTPRE // 5791 // protein tyrosine phosphatase, receptor type, E /// ENST00000479896 // intron // 0 // Hs.127022 // PTPRE // 5791 // protein tyrosine phosphatase, receptor type, E /// ENST00000495530 // intron // 0 // Hs.127022 // PTPRE // 5791 // protein tyrosine phosphatase, receptor type, E /// NM_006504 // intron // 0 // Hs.127022 // PTPRE // 5791 // protein tyrosine phosphatase, receptor type, E /// NM_130435 // intron // 0 // Hs.127022 // PTPRE // 5791 // protein tyrosine phosphatase, receptor type, E 160.5095 // D10S217 // D10S1676 // --- // --- // deCODE /// 159.3368 // D10S217 // D10S1676 // AFM212XD6 // AFMA232YH9 // Marshfield /// 151.5856 // D10S217 // --- // --- // 54564 // SLM1 D10S2229 // downstream // 78954 /// D10S1404E // upstream // 26236 0.2979 // 0.7021 // CEU /// 0.3229 // 0.6771 // CHB /// 0.4758 // 0.5242 // JPT /// 0.0842 // 0.9158 // YRI 0.4894 // CEU /// 0.3958 // CHB /// 0.4909 // JPT /// 0.1684 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 165 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 A // CEU /// A // CHB /// A // JPT /// A // YRI 0.2979 // CEU /// 0.3229 // CHB /// 0.4758 // JPT /// 0.0842 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000019 Affx-8280373 rs10784186 2 12 NC_000012.11 61604963 61604963 + 0 q14.1 TTTCTACTGTTATTTCTTAATTATCATTTCTTCTT[A/C]ATTTATTCCTAGTCTGTTCTTCATGTCAGTCATCT A C A C ENST00000546569 // downstream // 791889 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000548612 // downstream // 19977 // --- // --- // --- // --- /// NM_178539 // downstream // 497066 // Hs.269745 // FAM19A2 // 338811 // family with sequence similarity 19 (chemokine (C-C motif)-like), member A2 /// NR_073055 // downstream // 1421328 // Hs.88156 // SLC16A7 // 9194 // solute carrier family 16, member 7 (monocarboxylic acid transporter 2) 74.5130 // D12S1655 // D12S1726 // --- // --- // deCODE /// 73.4483 // D12S1707 // D12S1022 // AFMA053YH9 // GAAT1D02 // Marshfield /// 72.9383 // --- // D12S1585 // 558275 // --- // SLM1 D12S1834 // downstream // 58662 /// D12S1017 // upstream // 405947 0.4681 // 0.5319 // CEU /// 0.2188 // 0.7813 // CHB /// 0.2892 // 0.7108 // JPT /// 0.6000 // 0.4000 // YRI 0.5745 // CEU /// 0.3958 // CHB /// 0.4217 // JPT /// 0.4211 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 166 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 A // CEU /// A // CHB /// A // JPT /// C // YRI 0.4681 // CEU /// 0.2188 // CHB /// 0.2892 // JPT /// 0.4000 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000021 Affx-24310129 rs10805281 2 4 NC_000004.11 28895078 28895078 + 0 p15.1 GACAACAATGTGTGCTAGGCTGGTATGACAGTAAA[A/G]AGGAATAGATATAACTTTTTAAAAATCGATAATAT A G A G ENST00000503460 // upstream // 69245 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000514802 // upstream // 103068 // Hs.518695 // --- // --- // Transcribed locus /// NM_032456 // upstream // 1826952 // Hs.479439 // PCDH7 // 5099 // protocadherin 7 /// NR_036237 // downstream // 73788 // --- // MIR4275 // 100422937 // microRNA 4275 48.5761 // D4S230 // D4S418 // --- // --- // deCODE /// 43.6484 // D4S2397 // D4S2430 // ATA27C07 // GCT6F03 // Marshfield /// 41.9746 // --- // --- // 226002 // 46437 // SLM1 D4S256 // downstream // 89379 /// D4S595 // upstream // 33776 0.6968 // 0.3032 // CEU /// 0.9063 // 0.0938 // CHB /// 0.8494 // 0.1506 // JPT /// 0.8789 // 0.1211 // YRI 0.3298 // CEU /// 0.1875 // CHB /// 0.2410 // JPT /// 0.2421 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 166 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 G // CEU /// G // CHB /// G // JPT /// G // YRI 0.3032 // CEU /// 0.0938 // CHB /// 0.1506 // JPT /// 0.1211 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000022 Affx-2739024 rs10829369 2 10 NC_000010.10 130069931 130069931 + 0 q26.2 GAATAGGGGATTAGAGATCTGTGAGTGGTTATGTC[C/T]GGTGGGTCTGCAAGGGTGTCTGGGTGGTCTGGAAG T C C T ENST00000368654 // upstream // 145282 // Hs.80976 // MKI67 // 4288 // antigen identified by monoclonal antibody Ki-67 /// ENST00000454492 // downstream // 44615 // --- // --- // --- // --- /// NM_001145966 // upstream // 145463 // Hs.80976 // MKI67 // 4288 // antigen identified by monoclonal antibody Ki-67 /// NM_002412 // upstream // 1195523 // Hs.501522 // MGMT // 4255 // O-6-methylguanine-DNA methyltransferase 161.1914 // D10S1676 // D10S1655 // --- // --- // deCODE /// 160.1972 // D10S1676 // D10S1655 // AFMA232YH9 // AFMA184WC1 // Marshfield /// 151.9205 // D10S217 // --- // --- // 54564 // SLM1 D10S1676 // downstream // 63801 /// D10S1261 // upstream // 556006 0.5585 // 0.4415 // CEU /// 0.3438 // 0.6563 // CHB /// 0.3868 // 0.6132 // JPT /// 0.7421 // 0.2579 // YRI 0.5213 // CEU /// 0.5208 // CHB /// 0.4214 // JPT /// 0.3684 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 159 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 C // CEU /// T // CHB /// T // JPT /// C // YRI 0.4415 // CEU /// 0.3438 // CHB /// 0.3868 // JPT /// 0.2579 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000023 Affx-8535774 rs10862037 2 12 NC_000012.11 80438851 80438851 + 0 q21.31 GAGTTTGTGGCAGGCAGTACACTGCTCTTTACTAC[A/G]AGCGAACTCCTTGTAAAAATCTCCACACGAGGAGG A G A G ENST00000459514 // downstream // 23620 // --- // --- // --- // --- /// ENST00000488396 // downstream // 15440 // --- // --- // --- // --- /// NM_001143885 // upstream // 109616 // Hs.49582 // PPP1R12A // 4659 // protein phosphatase 1, regulatory subunit 12A /// NM_173591 // upstream // 164382 // Hs.723594 // OTOGL // 283310 // otogelin-like 93.7032 // D12S326 // D12S1708 // --- // --- // deCODE /// 89.9269 // D12S64 // D12S106 // MFD155A // AFM262ZD9 // Marshfield /// 88.5123 // --- // D12S1297 // 973756 // --- // SLM1 D12S2074 // downstream // 7551 /// D12S1038 // upstream // 261658 0.9624 // 0.0376 // CEU /// 0.5426 // 0.4574 // CHB /// 0.6545 // 0.3455 // JPT /// 0.5745 // 0.4255 // YRI 0.0753 // CEU /// 0.5319 // CHB /// 0.5212 // JPT /// 0.4681 // YRI 93 // CEU /// 47 // CHB /// 165 // JPT /// 94 // YRI YES same 1 0 G // CEU /// G // CHB /// G // JPT /// G // YRI 0.0376 // CEU /// 0.4574 // CHB /// 0.3455 // JPT /// 0.4255 // YRI 614925 // Deafness, autosomal recessive 84B // 614944 // upstream ---
AFFX-KIT-000025 Affx-8120388 rs10903095 2 1 NC_000001.10 24922129 24922129 + 0 p36.11 GTGGACTGCCTGGGTCTCAGGCCCAGTTCTGCCAC[A/G]TGCCAACTGCAGCATTAATGACAGACAAAGCAATG A G G A ENST00000374392 // intron // 0 // Hs.200253 // NCMAP // 400746 // noncompact myelin associated protein /// ENST00000486262 // intron // 0 // Hs.200253 // NCMAP // 400746 // noncompact myelin associated protein /// NM_001010980 // intron // 0 // Hs.200253 // NCMAP // 400746 // noncompact myelin associated protein 44.2052 // D1S2620 // D1S234 // --- // --- // deCODE /// 54.3271 // D1S2674 // UNKNOWN // AFMA240WD9 // GGAA2D04 // Marshfield /// 46.0953 // --- // --- // 614545 // 49062 // SLM1 D1S1700 // downstream // 47720 /// D1S234 // upstream // 229271 0.4947 // 0.5053 // CEU /// 0.4375 // 0.5625 // CHB /// 0.4290 // 0.5710 // JPT /// 0.7579 // 0.2421 // YRI 0.5213 // CEU /// 0.6667 // CHB /// 0.5494 // JPT /// 0.3789 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 162 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 A // CEU /// A // CHB /// A // JPT /// G // YRI 0.4947 // CEU /// 0.4375 // CHB /// 0.4290 // JPT /// 0.2421 // YRI --- ---
AFFX-KIT-000026 Affx-21573648 rs10936412 2 3 NC_000003.11 163889384 163889384 + 0 q26.1 AGGAATTAGAGAGTCATAGAAGCAGTACGTTCCCG[C/T]GAAGCTTTTGCTGCCCTTCTATCCTCAACTAGGTC T C T C ENST00000408324 // upstream // 40 // --- // MIR1263 // 100302148 // microRNA 1263 /// ENST00000408828 // upstream // 169745 // --- // --- // --- // --- /// NM_001041 // downstream // 807302 // Hs.429596 // SI // 6476 // sucrase-isomaltase (alpha-glucosidase) /// NR_033945 // upstream // 868295 // Hs.408584 // CT64 // 647107 // cancer/testis antigen 64 (non-protein coding) 167.3568 // D3S1517 // D3S3668 // --- // --- // deCODE /// 175.0890 // D3S1439 // D3S1253 // MFD303 // MFD205A // Marshfield /// 163.7032 // --- // --- // 634427 // 519312 // SLM1 D3S3702 // downstream // 488084 /// D3S1268 // upstream // 30627 0.4574 // 0.5426 // CEU /// 0.2604 // 0.7396 // CHB /// 0.3042 // 0.6958 // JPT /// 0.2789 // 0.7211 // YRI 0.5106 // CEU /// 0.3125 // CHB /// 0.4277 // JPT /// 0.3895 // YRI 94 // CEU /// 48 // CHB /// 166 // JPT /// 95 // YRI YES same 1 0 T // CEU /// T // CHB /// T // JPT /// T // YRI 0.4574 // CEU /// 0.2604 // CHB /// 0.3042 // JPT /// 0.2789 // YRI 609845 // Sucrase-isomaltase deficiency, congenital // 222900 // downstream ---

Total number of rows: 319283

Table truncated, full table size 485181 Kbytes.




Download family Format
SOFT formatted family file(s) SOFTHelp
MINiML formatted family file(s) MINiMLHelp

Supplementary file Size Download File type/resource
GPL18760_AFFX_README-NetAffx-CSV-Files_Axiom.txt 25.1 Kb (ftp)(http) TXT
GPL18760_Axiom_Exome319.na34.annot.csv.gz 80.1 Mb (ftp)(http) CSV
GPL18760_Axiom_Exome319.r1.cdf.gz 10.8 Mb (ftp)(http) CDF
GPL18760_Axiom_Exome319.r1.psi.gz 2.3 Mb (ftp)(http) PSI

| NLM | NIH | GEO Help | Disclaimer | Accessibility |
NCBI Home NCBI Search NCBI SiteMap