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Platform GPL17737 Query DataSets for GPL17737
Status Public on Dec 02, 2013
Title [HuGene-1_0-st] Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array [HuGene10stv1_68_020]
Technology type in situ oligonucleotide
Distribution custom-commercial
Organism Homo sapiens
Manufacturer Affymetrix
Manufacture protocol See manufacturer's web site
 
Description custom CDF: hugene10stv1_68_020.cdf
Alternative to GPL6244
 
Submission date Sep 17, 2013
Last update date Dec 04, 2013
Contact name Johannes Rainer
E-mail(s) johannes.rainer@eurac.edu
Organization name Eurac Researc
Department Institute for Biomedicine
Lab Biomedical Informatics
Street address Via A. Volta 21
City Bolzano
ZIP/Postal code 39100
Country Italy
 
Samples (30) GSM1232713, GSM1232714, GSM1232715, GSM1232716, GSM1232717, GSM1232718 
Series (1)
GSE50936 SOCS2 expression correlates with tumor malignancy, exerts growth promoting effects and is enhanced by androgens in prostate cancer
Relations
Alternative to GPL6244 (Alternative CDF [official])

Data table header descriptions
ID
SPOT_ID Ensembl transcript identifier
gene_id Ensembl gene identifier
probe_count
probes
transcript_biotype
symbol
ORF Entrez gene ID
gene_name
gene_biotype
chromosome_name
chromosome_strand

Data table
ID SPOT_ID gene_id probe_count probes transcript_biotype symbol ORF gene_name gene_biotype chromosome_name chromosome_strand
68ENST00000446986 ENST00000446986 ENSG00000224281 5 1000020;222984;409499;675662;29503 processed_transcript SLC25A5-AS1 100303728 SLC25A5-AS1 lincRNA X -1
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68ENST00000362715 ENST00000362715 ENSG00000199585 4 1000078;508161;1009846;737215 rRNA RN5S119 rRNA 2 1
68ENST00000411412 ENST00000411412 ENSG00000136535 8 1000082;772214;980385;1063826;411152;245032;953636;616553 protein_coding TBR1 10716 TBR1 protein_coding 2 1
68ENST00000410035 ENST00000410035 ENSG00000136535 13 1000082;772214;980385;255115;344534;411152;245032;340235;222268;1052311;953636;616553;1030766 protein_coding TBR1 10716 TBR1 protein_coding 2 1
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68ENST00000381890 ENST00000381890 ENSG00000106686 21 100013;365266;614793;862323;1041694;447387;996730;397174;1031344;207079;225735;882051;37766;808314;354146;338139;773423;74224;646170;979962;589555 protein_coding SPATA6L 55064 SPATA6L protein_coding 9 -1
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68ENST00000486047 ENST00000486047 ENSG00000106686 33 100013;641990;94477;290021;365266;321774;614793;862323;1041694;447387;48966;996730;397174;1031344;207079;225735;478466;91508;882051;37766;808314;354146;338139;1059327;10362;480975;768303;777192;441847;681738;646170;979962;589555 nonsense_mediated_decay SPATA6L 55064 SPATA6L protein_coding 9 -1
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68ENST00000461761 ENST00000461761 ENSG00000106686 32 100013;641990;94477;365266;614793;862323;1041694;447387;48966;996730;397174;207079;225735;478466;91508;882051;37766;808314;354146;338139;1059327;773423;74224;480975;19704;777192;441847;770442;681738;646170;979962;589555 nonsense_mediated_decay SPATA6L 55064 SPATA6L protein_coding 9 -1
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68ENST00000496798 ENST00000496798 ENSG00000106686 16 100013;862323;1041694;996730;1031344;225735;478466;91508;882051;37766;808314;354146;10362;768303;979962;589555 processed_transcript SPATA6L 55064 SPATA6L protein_coding 9 -1

Total number of rows: 112702

Table truncated, full table size 25093 Kbytes.




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