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Cytogenetic Resource of FISH-mapped, Sequence-tagged Clones


FISH chr: FISH data source:
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Chr clone name Distributor1 FISH Placement on genome2 Placement summary3 Insert sequence4 STS4 BAC-ends4 Flag
19 CTB-129F16 19pter(UChicago)
           
19 CTD-3193O13 R 19p13.3(FHCRC)
chr19 7Mb A   E  
19 RP11-211I3 C 19p13.3(FHCRC)
chr19 4Mb   M    
19 RP11-268O21 CR 19p13.3(FHCRC)
19p13.3e(NCI)
chr19 2Mb A   E  
19 RP11-383B15 C 19p13.3(FHCRC)
chr19 3Mb A   E  
19 RP11-49M3 C 19p13.3(FHCRC)
chr19 2Mb   M E  
19 RP11-54G9 C 19p13.3(FHCRC)
chr19 3Mb   M E  
19 RP11-75H6 C 19p13.3(FHCRC)
chr19 0Mb   M E  
19 RP11-81M8 C 19p13.3(FHCRC)
chr19 1Mb A      
19 RP11-84C17 C 19p13.3(FHCRC)
chr19 7Mb   M    
19 CTB-40H12 R 19p13.3~13.2(CSMC)
chr19 7Mb   M    
19 RP11-30F17 C 19p13.2~13.3(FHCRC)
chr19 6Mb A M E  
19 RP11-330I7 C 19p13.2~13.3(FHCRC)
chr19 6Mb A      
19 RP11-79A10 C 19p13.2~13.3(FHCRC)
chr19 3Mb     E  
19 RP11-565J3 R 19p13.3a(NCI)
chr19 5Mb A   E  
19 CTD-2231E14 R 19p13.2(UCSF)
chr19 16Mb A   E  
19 RP11-1137G4 CR 19p13.2(FHCRC)
19p13.2d(NCI)
chr19 6Mb A   E  
19 RP11-197O4 CR 19p13.2(FHCRC)
19p13.2a(NCI)
chr19 10Mb A   E  
19 RP11-19I2 C 19p13.2(FHCRC)
chr19 11Mb A M E  
19 RP11-201F4 C 19p13.2(FHCRC)
chr19 13Mb   M    
19 RP11-31N2 C 19p13.2(FHCRC)
chr19 12Mb   M E  
19 RP11-79F15 C 19p13.2(FHCRC)
chr19 8Mb     E  
19 RP11-841N21 C 19p13.2(FHCRC)
chr19 9Mb     E  
19 RP11-91O21 C 19p13.2(FHCRC)
chr19 10Mb     E  
19 RP11-151O22 C 19p13.1~13.2(FHCRC)
chr19 12Mb A M E  
19 CTA-206G2 R 19p13.1(CSMC)
chr19 23Mb   M    
19 CTA-402A10 R 19p13.1(CSMC)
chr19 17Mb   M    
19 CTA-663C11 R 19p13.1(CSMC)
chr19 23Mb   M    
19 RP11-107O2 C 19p13.1(FHCRC)
chr19 14Mb   M    
19 RP11-121I1 C 19p13.1(FHCRC)
chr19 16Mb   M E  
19 RP11-451E20 C 19p13.1(FHCRC)
chr19 16Mb     E  
19 RP11-622A12 C 19p13.1(FHCRC)
chr19 15Mb     E  
19 RP11-88I12 C 19p12~13.1(FHCRC)
chr19 19Mb   M    
19 CTD-3252C9 R 19p13.12c(NCI)
chr19 13Mb A      
19 RP11-56K21 C 19p13.12(FHCRC)
chr19 14Mb   M E  
19 RP11-737I1 R 19p13.12a(NCI)
chr19 15Mb A      
19 RP11-413M18 R 19p13.11e(NCI)
chr19 16Mb A   E  
19 CTD-3149D2 R 19p13.11d(NCI)
chr19 17Mb A   E  
19 RP1-292D6 S 19p12(SC)
      M    
19 RP11-79E22 C 19p12(FHCRC)
chr19 17Mb     E  
19 RP11-80B2 C 19p12(FHCRC)
      M    
19 RP11-844N14 19p12(FHCRC)
           
19 RP11-89H20 C 19p12(FHCRC)
        E  
19 RP11-89N18 C 19p12(FHCRC)
chr19 24Mb     E  
19 RP11-91L5 C 19p12(FHCRC)
chr19 19Mb     E  
19 RP11-678G14 R 19p12b~12c(NCI)
chr19 21Mb A      
19 RP11-157B13 R 19p12b(NCI)
chr19 22Mb A M E  
19 CTB-28I9 R 19p12a(NCI)
chr19 23Mb A      
19 RP11-110J19 C 19p11~19q11(FHCRC)
chr19 34Mb   M E  
19 RP11-206O6 C 19p11~19q11(FHCRC)
chr19 33Mb   M    
19 RP11-152P7 C 19q11~12(FHCRC)
chr19 33Mb   M E  
19 RP11-147D7 CS 19q11~13.11(SC)
19q12~13.1(FHCRC)
chr19 37Mb   M E  
19 RP11-18J6 C 19q12(FHCRC)
chr19 36Mb   M E  
19 RP11-451E12 C 19q12(FHCRC)
chr19 34Mb     E  
19 RP11-79M11 C 19q12(FHCRC)
chr19 36Mb     E  
19 RP11-46I12 C 19q12~13.1(FHCRC)
chr19 34Mb   M E  
19 RP11-17N20 R 19q12b(NCI)
chr19 35Mb A   E  
19 RP11-14D17 R 19q12c(NCI)
chr19 36Mb A   E  
19 CTB-56C23 R 19q13.1(CSMC)
chr19 33Mb   M    
19 RP11-32H17 C 19q13.1(FHCRC)
chr19 40Mb   M    
19 RP11-79K6 C 19q13.1(FHCRC)
chr19 46Mb     E  
19 RP11-91H20 C 19q13.1(FHCRC)
chr19 43Mb   M E  
19 RP11-92J4 C 19q13.1(FHCRC)
chr19 41Mb   M E  
19 RP11-283B8 C 19q13.1~13.2(FHCRC)
chr19 43Mb   M    
19 RP11-67A5 C 19q13.1~13.2(FHCRC)
chr19 44Mb A M    
19 CTD-2271H24 C 19q13(FHCRC)
19q13(UCSF)
chr19 50Mb   M    
19 RP11-31D10 R 19q13.11b(NCI)
chr19 39Mb A   E  
19 RP11-118P21 C 19q13.12(FHCRC)
chr19 43Mb   M E  
19 RP11-44B13 R 19q13.12b(NCI)
chr19 42Mb A   E  
19 RP11-9B17 R 19q13.12c(NCI)
chr19 42Mb A   E  
19 CTB-55N17 R 19q13.2(CSMC)
chr19 48Mb   M    
19 CTD-2111I12 C 19q13.2(FHCRC)
           
19 CTD-2119A22 R 19q13.2(UCSF)
        E  
19 CTD-2159N22 R 19q13.2(UCSF)
chr19 50Mb     E  
19 RP11-126L20 C 19q13.2(FHCRC)
chr19 50Mb   M E  
19 RP11-133A7 C 19q13.2(FHCRC)
chr19 45Mb   M E  
19 RP11-140E1 C 19q13.2(FHCRC)
chr19 43Mb   M E  
19 RP11-168F7 C 19q13.2(FHCRC)
chr19 48Mb   M E  
19 RP11-18J23 C 19q13.2(FHCRC)
chr19 48Mb   M    
19 RP11-19H11 C 19q13.2(FHCRC)
chr19 48Mb   M    
19 RP11-208I3 C 19q13.2(FHCRC)
chr19 47Mb   M E  
19 RP11-210C7 C 19q13.2(FHCRC)
chr19 48Mb   M E  
19 RP11-22H18 C 19q13.2(FHCRC)
chr19 49Mb A   E  
19 RP11-317E13 C 19q13.2(FHCRC)
chr19 47Mb A      
19 RP11-38K11 C 19q13.2(FHCRC)
      M    
19 RP11-568L16 C 19q13.2(FHCRC)
chr19 50Mb A      
19 RP11-46C6 CR 19q13.2(FHCRC)
19q13.31a(NCI)
chr19 48Mb A M E  
19 RP11-21J15 CR 19q13.2(FHCRC)
19q13.31b(NCI)
chr19 49Mb A M E  
19 CTA-107D9 R 19q13.2~13.3(CSMC)
      M    
19 RP11-2J15 C 19q13.2~13.3(FHCRC)
chr19 51Mb A M E  
19 RP11-687M15 C 19q13.2~13.3(FHCRC)
chr19 51Mb A      
19 RP11-84C16 C 19q13.2~13.3(FHCRC)
chr19 49Mb A M    
19 RP11-17I20 C 19q13.3(FHCRC)
chr19 52Mb A M E multiple_placements_on_genome
19 RP11-17I20 C 19q13.3(FHCRC)
chr19 53Mb A M E multiple_placements_on_genome
19 RP11-236B14 C 19q13.3(FHCRC)
chr19 55Mb   M    
19 RP11-39J16 C 19q13.3(FHCRC)
chr19 54Mb   M E  
19 RP11-43B2 C 19q13.3(FHCRC)
chr19 52Mb   M    
19 RP11-79A22 C 19q13.3(FHCRC)
chr19 50Mb     E  
19 RP11-79A3 C 19q13.3(FHCRC)
chr19 57Mb     E  
19 RP11-3N16 C 19q13.3~13.4(FHCRC)
chr19 53Mb A M E  
Chr clone name Distributor1 FISH Placement on genome2 Placement summary3 Insert sequence4 STS4 BAC-ends4 Flag
19 RP11-492P7 C 19q13.3~13.4(FHCRC)
chr19 51Mb A      
19 RP11-50I11 CR 19q13.3~13.4(FHCRC)
19q13.33b(NCI)
chr19 54Mb A M E  
19 RP11-510I16 C 19q13.3~13.4(FHCRC)
chr19 55Mb A      
19 RP11-563O21 C 19q13.3~13.4(FHCRC)
chr19 54Mb A      
19 RP11-43N16 R 19q13.32b(NCI)
chr19 52Mb A M    
19 CTB-12B3 R 19q13.4(CSMC)
chr19 59Mb   M    
19 CTB-13J6 R 19q13.4(CSMC)
chr19 62Mb   M    
19 RP11-12C9 C 19q13.4(FHCRC)
chr19 62Mb   M E  
19 RP11-158G19 C 19q13.4(FHCRC)
chr19 59Mb A   E  
19 RP11-35J17 C 19q13.4(FHCRC)
chr19 58Mb   M E  
19 RP11-61M18 C 19q13.4(FHCRC)
chr19 58Mb A   E  
19 RP11-795B6 CR 19q13.4(FHCRC)
19q13.41a(NCI)
chr19 55Mb A   E  
19 RP11-79I16 C 19q13.4(FHCRC)
chr19 57Mb     E  
19 RP11-81P19 C 19q13.4(FHCRC)
chr5 158Mb     E multiple_placements_on_genome
19 RP11-81P19 C 19q13.4(FHCRC)
chr19 57Mb     E multiple_placements_on_genome
19 RP11-87L13 C 19q13.4(FHCRC)
chr19 60Mb   M    
19 RP11-89P20 C 19q13.4(FHCRC)
chr19 57Mb     E  
19 RP11-91D21 C 19q13.4(FHCRC)
chr5 17Mb     E  
19 RP11-91H11 C 19q13.4(FHCRC)
chr19 63Mb     E  
19 RP11-44L20 R 19q13.41b(NCI)
chr19 58Mb A   E  
19 RP11-45K21 R 19q13.42c~13.43b(NCI)
chr19 61Mb A   E  
19 RP11-420P11 R 19q13.43b~13.43c(NCI)
chr19 63Mb A   E  
19 CTC-325I23 19qter(UChicago)
           
total121C:87 R:37 S:2121111 466276 

1 Distributor: C, Children's hospical Oakland research institute; R, Research Genetics; S, Sanger Center

2 Placement of clones on the genome. Only clones that are localiized to one or two places on the same chromosome on the draft sequence are included

3 Placement summary indicates sequences used for clone placement.
   BAC-end sequence aligned in the plus orientation
   BAC-end sequence aligned in the minus orientation
   insert sequence
   STS aligned
   insert sequence has clone end information.

4 Sequence-tag
 A, insert sequence
 M, STS marker
 E, BAC-end sequence(s)