Conserved Protein Domain Family
hist_H1_lk_Burk

?
NF038053: hist_H1_lk_Burk 
histone H1-like DNA-binding protein
This model describes histone H1-like repetitive basic proteins as found in Burkholderia and related species. It excludes the Hc2 family found in Chlamydia and involved in DNA condensation for the formation of elementary bodies.
Statistics
?
PSSM-Id: 468328
Aligned: 36 rows
Threshold Bit Score: -1
Created: 24-Apr-2023
Updated: 3-May-2023
Structure
?
Aligned Rows:
Sequence Alignment
?
Format: Row Display: Color Bits: Type Selection:
WP_013744576   1 MATAKKA--------AKKAVAKKtapakkatpakkAAVKkpvaAKKAVAKKapakkvvakkapakkAVAKKAVAKKAPAK 72  Pusillimonas sp...
WP_019559782   1 MATAKKPa-------AKKAAAKKp------------------------------------------aAKK-AAAKKAP-- 28  Caldimonas mang...
WP_009552828   1 MATAKKAa-------AKKAPAKKa------------------------------------------aAKK-APAKKAA-- 28  Burkholderiales...
WP_006298515   1 MATAKK------------APAKKt------------------------------------------aAKK-APAKKAV-- 23  Hylemonella gra...
WP_015040544   1 MAT-AKKa-------AKK-AVKKpaa-------kkAAAKkatpAKKAAVKK---------------VAVKKVAAKK-PAV 48  Bordetella para...
WP_012247603   1 MAT-AKKa-------AKK-AVKKpaa-------kkAAAKka-------pAK---------------KAVKKVAVKK-VAA 41  Bordetella petrii
WP_006226667   1 MAT-AKKa-------VKKAAVKKpaa------akkAVAKkaapAKKAAVKK---------------VAVKKVAAAKKPAV 51  Achromobacter m...
WP_012080826   1 MATAAKKpaak-kpaAKKAAAKKpaa------akkPVAKka-aAKKPVAKK---------------AAAKKPVAKKAVAK 57  Janthinobacteri...
WP_017231514   1 MATTAKKkpaakkavAKKPVAKKaaa------akkPVAKkavaAKKPVAKK---------------AVA----AKKPAAK 55  Pandoraea sp. B-6
WP_013030752   1 MVAAKKAkp-----aAKKAAAKKpa--------akKVAAkkpaAKKAVAKK---------------PAAKKVAAKKPAA- 51  Sideroxydans li...
WP_013744576  73 KVVAKKAPAKKAVAkk-tvAKKAVAKKVVAKK---APAKKAVAK--------KAVAKKAVAKKAPAkk-----------a 129 Pusillimonas sp...
WP_019559782  29 ----AKKVAVKKVAak-----------------kaAPAKKAAVK--------KAPAKKAAVKKVAA-------------- 65  Caldimonas mang...
WP_009552828  29 ----AKK----------------------------APAKKAAAK--------KAPAKKAAPAKKAA-------------- 54  Burkholderiales...
WP_006298515  24 ----AKK----------------------------APAKKAAAK--------KAPAKKAAVKKVAA-------------- 49  Hylemonella gra...
WP_015040544  49 KKVAAKKPAAK----------KAVAKKAVAKK----AVAKKAVa-------kKAVAKKAVAKKAVAkkava------kka 101 Bordetella para...
WP_012247603  42 KKVAAKKPAVKKTAa-----KKPAVKKTAAKKtvkKAAAKKAVKkavakkavKKVAAKKTVKKAVKkapakkavkkavak 116 Bordetella petrii
WP_006226667  52 KKVAAKKPAAKKVVa-----KKAVAKKAVAKK----AVAKKVVa-------kKAVAKKAVAKKAVAkkava------kka 109 Achromobacter m...
WP_012080826  58 KVVAKKKPVAKKAAakkpvVKKAVAKKVVAKK---KPVAKKAAa-------kKPVAKKAVAKKVVAkkkpa-----akka 122 Janthinobacteri...
WP_017231514  56 KVAAKK-PAAKKVAvkkvaAKKPVAKKAVPAK---KPVAKKAVPa------kKPGAKKGAVKKVAAkkpva-----kkav 120 Pandoraea sp. B-6
WP_013030752  52 KKAVAKKPAAKKVA-----AKKPAAKKAVAKKp---AAKKVAAK--------KPAAKKAVAKKPAA-------------- 101 Sideroxydans li...
WP_013744576 130 pAKKAVAKKAVAKKAPAK-------------KAPAKKAVAKKAAP---AAKKApAKKaVAKK---------ApAKKAVAP 184 Pusillimonas sp...
WP_019559782  66 -KKAAPAKKAAAKKAPAK-------------KAAVKKAPAKKAAAk-kAPAKKaPAKkAAA------------KKP-AAK 117 Caldimonas mang...
WP_009552828  55 -AKKAPAKKAAAKKAPAK-------------KAAAKKAPAKKAAAk-kAPAKKaAAKrPAT------------RKTGAAK 107 Burkholderiales...
WP_006298515  50 -KK-APAKKAAAKKTVAK-------------KAAAKKPAAKKPAAk-kPAAKKaAAK----------------------- 90  Hylemonella gra...
WP_015040544 102 vAKKAVAKKAVAKKAVAKka-------------pAKKAPAKKAA----AARKPaAKKpA--------------AKKPAAK 150 Bordetella para...
WP_012247603 117 kAVKKAVKKAPAKKAAKKapakkaakkavakKAPAKKAAAKKP-----AAKKAaAKKpA-------------------AK 172 Bordetella petrii
WP_006226667 110 vAKKAVAKKAPAKKAAAKkapaa------kkapAAKKAVAKKAP----AAKKApAAKkAPAAakpaaaakpAaAKKPAAK 179 Achromobacter m...
WP_012080826 123 aAKKPAAKKAVAKKAVAKkpaa--------kkaaAKKPAAKp------AAKKAaAKKpVAKK--------------PAAK 174 Janthinobacteri...
WP_017231514 121 pAKKPVAKKAAGKKVAAKkpva--------kkaaLKKVAAKKPAAkkaAVKKVaAKKpAAKKp------------AAAAK 180 Pandoraea sp. B-6
WP_013030752 102 --KKVAAKKPAAKKAVAK-------------KPAAKKVAAKKPAAkkaVAKKPaAKKvAAKK---------VaAKKPAAK 157 Sideroxydans li...
WP_013744576 185 KKPSAK---AAAkAAKASNp--ASDAKKTINPAASWPFPTG--GRP 223 Pusillimonas sp. T7-7
WP_019559782 118 AAPAAP---AAPaATp-----aAPAAKTALSPQAAWPFPTG--NKP 153 Caldimonas manganoxidans
WP_009552828 108 KAAAKK---AAPap-------aAPAAKTALSPAAAWPFPTG--NKP 141 Burkholderiales bacterium JOSHI_001
WP_006298515  91 -PAAAP---AKPaAAp-----aAPVAQTTLNPQAAWPFPTA--SRP 125 Hylemonella gracilis
WP_015040544 151 KAA------PKKpATPP-StaaAPGAKTALNPAASWPFPTG--GRP 187 Bordetella parapertussis
WP_012247603 173 KAA------PKKpATPP-StaaAPGAKTALNPAASWPFPTG--GRP 209 Bordetella petrii
WP_006226667 180 KAA------PKKpATPPSStaaAPGAKTALNPAASWPFPTG--GRP 217 Achromobacter marplatensis
WP_012080826 175 Ka------aPKKpAAKP-AavaAPAVKTVLNPAAAWPFPTG--TRP 211 Janthinobacterium sp. Marseille
WP_017231514 181 KPAVKk--vAAKpAAAP-AaapAAAPKTALNPAAAWPFPTG--SRP 221 Pandoraea sp. B-6
WP_013030752 158 KAVAKKpasVAKpVAAPAAttlAPSAPAPVRPAATWPFPTPgiSKP 203 Sideroxydans lithotrophicus
| Disclaimer | Privacy statement | Accessibility |
NCBI Home NCBI Search NCBI SiteMap