Genetic and temporal dynamics of human immunodeficiency virus type 1 CRF07_BC in Xinjiang, China

J Gen Virol. 2009 Jul;90(Pt 7):1757-1761. doi: 10.1099/vir.0.009290-0. Epub 2009 Mar 25.

Abstract

To explore the temporal genetic variation of human immunodeficiency virus type 1 CRF07_BC and reconstruct its epidemic in Xinjiang, China, we studied 216 C2-V4 fragments of env genes sampled from 1996 to 2008. Phylogenetic analysis indicates that the viruses prevailing in Xinjiang form a large monophyletic cluster and may have originated from a common ancestor. The epidemic in Xinjiang was probably established around 1995 (95% confidence interval, 1994-1996). We noted an increased diversity of CRF07_BC over time, with a rapid evolutionary rate we estimated to be 8.3x10(-3) substitutions per site per year in the env gene. After 5-6 years of the epidemic (1997-2002), the transmission rate of CRF07_BC in Xinjiang slowed down, although CRF07_BC infection remained at a high prevalence.

Publication types

  • Research Support, Non-U.S. Gov't

MeSH terms

  • China / epidemiology
  • Cluster Analysis
  • Female
  • Genotype
  • HIV Infections / epidemiology*
  • HIV Infections / virology*
  • HIV-1 / classification*
  • HIV-1 / genetics*
  • HIV-1 / isolation & purification
  • Humans
  • Male
  • Molecular Epidemiology
  • Molecular Sequence Data
  • Phylogeny
  • Polymorphism, Genetic*
  • Sequence Analysis, DNA
  • env Gene Products, Human Immunodeficiency Virus / genetics

Substances

  • env Gene Products, Human Immunodeficiency Virus

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