NC_004609 AY939925 1 ATCGGTGTACACCGATTACTTCTCTATCCCCCTATCGGTGTATTGGTGTA 50 |************************************************* 1 A------------------------------------------------- 1 51 CTATATATAGTAAAGTTACTAGGGGCTCTCAGATATAATATTACCTGAGA 100 *******************************************||||||| 2 -------------------------------------------CCTGAGA 8 101 GCCCCGCGATCGGTGTATCGGTTT-AGAGCACGTGGGTGGTCC-TCTAAT 148 |||||||||*||||||||||||||*||||||||||||||||||*||||*| 9 GCCCCGCGACCGGTGTATCGGTTTTAGAGCACGTGGGTGGTCCCTCTATT 58 149 ACGTGG-GCACTATGGAGTCTCGCTCGAAGCTTGTTTATTGAACGACTAC 197 ||||||*|||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 59 ACGTGGCGCACTCTGGAGTCTCGCTCGAAGCTTGTTTATTGAACGACTAC 108 198 TTAGAGTTACAGGTAACCG-ATGAGTGACCGTTCGTACATGGACAAATTT 246 |||||*|||||||||||||*||**|||||||||||||||||||||||||* 109 TTAGAATTACAGGTAACCGGATAGGTGACCGTTCGTACATGGACAAATTG 158 247 GTCTTTTCCTCAAAAAGACCGTTTTTGC-ATTCGGTGTTCAACTTTTAAT 295 ||||||||||||||||||||||||||||*|||||||||*|||**|||||| 159 GTCTTTTCCTCAAAAAGACCGTTTTTGCCATTCGGTGTACAAGCTTTAAT 208 296 GCCTAAGACCGGGAAACCCTTGGGGTATTTATGTCATTTCATTTGAAATG 345 |||||||*|||*|||||||||||||||||||||||||||||||*|||||| 209 GCCTAAGGCCGCGAAACCCTTGGGGTATTTATGTCATTTCATTGGAAATG 258 346 ACTTTAATTTGAAATCGTTTTTCTTTAAAAAACGATATTCGTCCAATTTG 395 ||||||||||||||||||||||||*|||||**||||*||||||||||||| 259 ACTTTAATTTGAAATCGTTTTTCTATAAAA--CGATCTTCGTCCAATTTG 306 396 TCCATACTAAGCTATACGCACAATGTCGTTCGTTTAATTTTATTTAAACA 445 |||||||||*|||||||||||||||||||||*||||*||||||||||||* 307 TCCATACTATGCTATACGCACAATGTCGTTCATTTATTTTTATTTAAACT 356 446 TTTCAATATCTTCATCTACATATAAATCAAAACATGAACGTGAGTTTTCA 495 ||||||||||||||||||*||||||||*||*||||||||||||||||||| 357 TTTCAATATCTTCATCTATATATAAATGAAGACATGAACGTGAGTTTTCA 406 496 ACCATGAAATGTTTACTCGTAATTATCGCACCCCTTTTAAATTACGCCAT 545 |||||||||||||||**||*|||||||||||||||||||||||||||||| 407 ACCATGAAATGTTTAACCGGAATTATCGCACCCCTTTTAAATTACGCCAT 456 546 GATAATTTTGGTTATAGATGGCAGCCTATGACACCGTCAAGAGGACGTTT 595 **||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||| 457 AGTAATTTTGGTTATAGATGGCAGCCTATGACCCCGTCAAGAGGACGTTT 506 596 ACGTCTTCATAAGCCTAGTGCTTCACGTAAATTATCATATGACCGAGTTG 645 |||||||*|||||||||||||*|||||||||||||||||||||||*||*| 507 ACGTCTTAATAAGCCTAGTGCCTCACGTAAATTATCATATGACCGCGTGG 556 646 AACGGGAAATGCGCACCAATTCTATCGTTGAGGTTCAACATGGAAGCCAT 695 |||||||||||||*||*|||||*||*|||||||||||||||||||||||| 557 AACGGGAAATGCGTACAAATTCCATTGTTGAGGTTCAACATGGAAGCCAT 606 696 ATGTCCCTTGAGAAGAATACGGATGTATTTTCATTTGTGCAATACCCTGT 745 ||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||| 607 ATGTCCCTTGAGAAGAATACGGATGTATCTTCATTTGTGCAATACCCTGT 656 746 TCGTGGAATAAACGGTGACGGACGTTGTAGGGATTACATCAAGTTACTTA 795 |||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 657 TCGTGGAATCAACGGTGACGGACGTTGTAGGGATTACATCAAGTTACTTA 706 796 AACTTGATGTCTCTGGTGTGATAAACATCAAGTCTTCGAATGGAGACCAA 845 ||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||| 707 AACTTGATGTCTCTGGTGTGATAAACATTAAGTCTTCGAATGGAGACCAA 756 846 AGCATGGAACCAGGTGACAAGTTAAGTGGGCTATTTATTCTGACTGTCTT 895 |||||||||||||||||||*|||||||||*|||||||||||||||||||| 757 AGCATGGAACCAGGTGACAGGTTAAGTGGCCTATTTATTCTGACTGTCTT 806 896 GCTTGATAAGAAACCCTATCTTCCAGAAGGTGTGAACAAGTTACCCTCCT 945 |||*||*|||||||||||*|||||||||||||||||*||||||||*||*| 807 GCTAGACAAGAAACCCTACCTTCCAGAAGGTGTGAATAAGTTACCGTCAT 856 946 TTGCGGAGTTATTTGGACCTTATTCTGCTGCATATGCGAATATACACCTC 995 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 857 TTGCGGAGTTATTTGGACCTTATTCTGCTGCATATGCGAATATACACCTC 906 996 TTAGATTCCCAGAAGCCCCGCTTCAAGGTCCTTGGGACAATAAAGAAGTT 1045 ||*|||||*|||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||| 907 TTGGATTCTCAGAAGCCCCGCTTCAAAGTCCTTGGGACAATAAAGAAGTT 956 1046 CGTGAACTGCACATCAGGGACAATATATGGTCCTTTGAAATTAAATATGC 1095 *|||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||| 957 TGTGAACTGCACATCAGGGACAATATATGGCCCTTTGAAATTAAATATGC 1006 1096 CGTTGTCCCGGCGAAAGTGTCCTTTGTGGACTACGTTCAAGGACCCTGAT 1145 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1007 CGTTGTCCCGGCGAAAGTGTCCTTTGTGGACTACGTTCAAGGACCCTGAT 1056 1146 CAGGGTAACTGTGGTGGAAATTATAAGAAT-TTTCC-----TGCTATTGT 1189 ||||||||*|||||||||||||||||||||*|||||*****||||||||| 1057 CAGGGTAATTGTGGTGGAAATTATAAGAATATTTCCAAAAATGCTATTGT 1106 1190 ATTGAGCTATGCATTTATATCCATGCATAGCCTAGTTGTGGAACCATATT 1239 |||||||||||||||||||||*||||||||||||*||||||||||||||| 1107 ATTGAGCTATGCATTTATATCAATGCATAGCCTAATTGTGGAACCATATT 1156 1240 TTCAATTTGAATTGAAATACGTTGGATAAAATAAATAAAGATTTATTTAT 1289 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1157 TTCAATTTGAATTGAAATACGTTGGATAAAATAAATAAAGATTTATTTAT 1206 1290 TTTCACTATGTTACAACACTTTGTTCACATTAGAACGTTGACTTATGAGA 1339 |||||||||||||||||**|||||||||||*||||||||||||||||||| 1207 TTTCACTATGTTACAACTGTTTGTTCACATCAGAACGTTGACTTATGAGA 1256 1340 CATTTGCTAATAGTCGTCTCTATAATGTCCTCTATTTCTCTCTTGCTCAT 1389 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||| 1257 CATTTGCTAATAGTCGTCTCTATAATGTCCTCTATTTCTCTTTTGCTCAT 1306 1390 TGCGTTAGACTGGGTCTGAGATATTGAATCTCCAGGATCCAATGATGCCT 1439 ||||||*||*|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1307 TGCGTTGGATTGGGTCTGAGATATTGAATCTCCAGGATCCAATGATGCCT 1356 1440 CTGGCAATTTGTGCAAATGTCTAAGTGGGTAATCTGCGTCTGAAGCGCTC 1489 |||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||*|||| 1357 CTGGCGATTTGTGCAAATGTCTAAGTGGGTAATCTGCGTCCGAAGTGCTC 1406 1490 GTGTTGTCTAGAATACTGGGCCTCTCGTTATTTGTGTAACGCATGGAGCT 1539 |||||||||||||||*|*|||||*||||||*|||||||*||||||||*|| 1407 GTGTTGTCTAGAATATTAGGCCTGTCGTTACTTGTGTATCGCATGGAACT 1456 1540 ACTCCGTCCAATAGATGACCTTGTAGCCCAAGTCTCACCTGGCTGTAGCA 1589 *||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1457 GCTCCGTCCAATAGATGACCTTGTAGCCCAAGTCTCACCTGGCTGTAGCA 1506 1590 TAATGGGCCTATGGCCAGTATTTGGATATGGACCCTGATTGGGTCCTGGA 1639 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1507 TAATGGGCCTATGGCCAGTATTTGGATATGGACCCTGATTGGGTCCTGGA 1556 1640 TTAAGCAAACGCCTAATGGGCTTGGGCTTCTCAACAGACCAAAAGTCCAC 1689 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1557 TTAAGCAAACGCCTAATGGGCTTGGGCTTCTCAACAGACCAAAAGTCCAC 1606 1690 ACAGTCTGCAGTGTAGTCTTTAGACAATATGTTTATTGTCGGGGGTTTAA 1739 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1607 ACAGTCTGCAGTGTAGTCTTTAGACAATATGTTTATTGTCGGGGGTTTAA 1656 1740 ACCTTATGTCTGTTGAGTGCTTTGCGGAAGACAATTTCAGTTTGGCCCTT 1789 |||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||*|| 1657 ACCTTATGTCTGTTGAGTGTTTTGCGGAAGACAATTTCAGTTTGGCCTTT 1706 1790 ATCTGGGCAAATGTTGTTCCGTCGATCACGTTTGAGTCTTCGACCTTGTA 1839 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||| 1707 ATCTGGGCAAATGTTGTTCCGTCGATCACGTTTGAGTCTTCAACCTTGTA 1756 1840 CACTATCTCCCATGGTGTTTCATCCTTTAGAGAGAAGAAGGATGATGAGA 1889 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*|||| 1757 CACTATCTCCCATGGTGTTTCATCCTTTAGAGAGAAGAAGGATGACGAGA 1806 1890 AATAATGGAGATCGACGTTACATGCAATTGGGAAGGTGAAAGCAGCTTGT 1939 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1807 AATAATGGAGATCGACGTTACATGCAATTGGGAAGGTGAAAGCAGCTTGT 1856 1940 GCTGCTTGTTCATAGCTTAGCCTTGTGTCACGAATTGTGACGATGACCGT 1989 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||| 1857 GCTGCTTGTTCATAGCTTAGCCTTGTGTCACGAATTGTGACTATGACCGT 1906 1990 TCCCTTGGCGTTGAACGGAACTTGGTTTCTGTACTCGATCACAGCATGGT 2039 |||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*| 1907 TCCCTTGGCATTGAACGGAACTTGGTTTCTGTACTCGATCACAGCATGAT 1956 2040 CGACCTTCATGCATCTACCCATTATCTGGACAGTCTTCTGTTCCAGATAA 2089 ||||||||||||||||*|||||*||||||||*|||||||||||||||||| 1957 CGACCTTCATGCATCTGCCCATAATCTGGACGGTCTTCTGTTCCAGATAA 2006 2090 GAAGGAAATTGTAATTTGATGGGCATCTCGTTGTTGGATAGTCTGTATTC 2139 ||*|||||||||||*|||||||||||||||||||||***||||||||||| 2007 GATGGAAATTGTAACTTGATGGGCATCTCGTTGTTGCTCAGTCTGTATTC 2056 2140 GCAACTCTTTGTCTCCACATATTTGTTATTAATCAACTGCCCC------- 2182 ||||||||||||||||||||||||*|||||||*|*|||||*||******* 2057 GCAACTCTTTGTCTCCACATATTTATTATTAA-CGACTGCTCCTGAATAA 2105 2183 -------------------------------------CTGAAAATGACCA 2195 *************************************|||||||*||**| 2106 TTCTCCATTATTCAGAAATTGTGTTGCGAATTAATCCCTGAAAAGGAATA 2155 2196 CACACCCGGAAATTATTCTAATAATTTCAATTAG--CGCGCAGCGGCAAT 2243 ||||||||||||||||||||||||||||||||||**|||||||||||||| 2156 CACACCCGGAAATTATTCTAATAATTTCAATTAGGCCGCGCAGCGGCAAT 2205 2244 GAGAAGAGTTTACAATTATAATCATAATTTAAACCAAACAAATATAAAAA 2293 |||***||||||*|*|||*|||||||||*|||||||||||***|*||||* 2206 GAGGGTAGTTTATATTTAAAATCATAATCTAAACCAAACAGGGA-AAAAG 2254 2294 ACAGCTATTACCTGATTTTTGTAAT-ACTCCCAGAAAATAAGAGCACTGG 2342 |||**||*|||||||||*|*|**||*|*||||||||||*|**||||||*| 2255 ACATTTAATACCTGATTGTGGGTATCAATCCCAGAAAACACAAGCACTTG 2304 2343 ATGTGCACAGAGGAAGTAACAAATATTTTATTAAATATTTGTTGTTGTGA 2392 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2305 ATGTGCACAGAGGAAGTAACAAATATTTTATTAAATATTTGTTGTTGTGA 2354 2393 TAATTGTGATTGATTCTATCAATCGATTTAAATAATTGAGTAACATGCGC 2442 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*|**|||||||| 2355 TAATTGTGATTGATTCTATCAATCGATTTAAATAATTGTGAGACATGCGC 2404 2443 AGGATTGGGTCCTGGATATTAAATAGGGGATTATTTAATATCCCTAAATG 2492 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2405 AGGATTGGGTCCTGGATATTAAATAGGGGATTATTTAATATCCCTAAATG 2454 2493 TACATATCTGGTGCCTCCATCGTTTCGGTGTCTAAGCGCATGTTTCTAGA 2542 *||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||| 2455 GACATATCTGGTGCCTCCAGCGTTTCGGTGTCTAAGCGCATGTTTCTAGA 2504 2543 GCGAGAAACTTGTTTCTAGACGAGAGATGCTTAGCAAAACGCAAAATGCT 2592 ||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||| 2505 GCGAGAAACTTGTTTCTAGA-GAGAGATGCTTAGCAAAACGCAAAATGCT 2553 2593 AGGCAAAAGAGCGTGTCGTTTCGA-------------------------- 2616 ||||||||||||||||||||||||************************** 2554 AGGCAAAAGAGCGTGTCGTTTCGAATCGGTGTACACCGATTCATTCTCTA 2603 -------------------------------------------------- ************************************************** 2604 GCCCCCTATCGGTGTATTGGTGTACTATATATAGTAAAGTTACTAGGGGC 2653 ---------------- **************** 2654 TCTCAGATATAATATT 2669