NC_004609 AY937196 1 ATCGGTGTACACCGATTACTTCTCTATCCCCCTATCGGTGTATTGGTGTA 50 |************************************************* 1 A------------------------------------------------- 1 51 CTATATATAGTAAAGTTACTAGGGGCTCTCAGATATAATATTACCTGAGA 100 *******************************************||||||| 2 -------------------------------------------CCTGAGA 8 101 GCCCCGCGATCGGTGTATCGGT-TTAGAGCACGTGGGTGGTCC-TCTAAT 148 |||||||||*||||||||||||*||||||||||||||||||||*|*||*| 9 GCCCCGCGACCGGTGTATCGGTATTAGAGCACGTGGGTGGTCCCTATATT 58 149 ACGTGG-GCACTATGGAGTCTCGCTCGAAGCTTGTTTATTGAACGACTAC 197 ||||||*||*||*||||||||||||||*|||||||||||*|||||||||| 59 ACGTGGCGCGCTGTGGAGTCTCGCTCGGAGCTTGTTTATCGAACGACTAC 108 198 TTAGAGTTACAGGTAACCG-ATGAGTGACCGTTCGTACATGGACAAATTT 246 ||*||||*|||||||||||*||**||*|||||||||||*||||||||||* 109 TTGGAGTAACAGGTAACCGGATAGGTTACCGTTCGTACGTGGACAAATTC 158 247 GTCTTTTCCTCAAAAAGACCGTTTTTGC-ATTCGGTGTTCAACTTTTAAT 295 |||||||||**||||||||||||*||||*|||*|||||*|||||**|*|| 159 GTCTTTTCCATAAAAAGACCGTTATTGCCATTTGGTGTACAACTCATTAT 208 296 GCCTAAGACCGGGAAACCC-TTGGGGTATTTATGTCATTTCATTTGAAAT 344 |||||*|*|****||||||*|||||||||||*|||||||||**|*||||| 209 GCCTATGGCGCCTAAACCCCTTGGGGTATTTGTGTCATTTCCCT-GAAAT 257 345 GACTTTAATTTGAAATCGTTTTTC-TTTA-AAAAACGATATTCGTCCAAT 392 ||||||**|||*||||||||||||*||||*|||||||||*|||||*|||| 258 GACTTTCTTTTTAAATCGTTTTTCGTTTATAAAAACGATCTTCGTTCAAT 307 393 TTGTCCATACTAAGCTATACGCACAATGTCGTTCGTTTAATTTTATTTAA 442 |||||||*|||***||||*|||||*||||||||||||||*|||*|*|||| 308 TTGTCCACACTGTCCTATGCGCACTATGTCGTTCGTTTATTTTAAGTTAA 357 443 ACATTTCAATATCTTCATCTACATATAAATCAAAAC-ATGAACGTGAGTT 491 ||*||||||||||||||||||**||||*||*||**|*||||||||||||| 358 ACTTTTCAATATCTTCATCTA--TATAGATGAAGGCCATGAACGTGAGTT 405 492 TTCAACCATGAAATGTTTACTCGTAATTATCGCACCCCTTTTAAATTACG 541 |||||||||||||||||||**||*|||||||||||*||*||||||||||| 406 TTCAACCATGAAATGTTTAACCGCAATTATCGCACACCATTTAAATTACG 455 542 CCATGATAATTTTGGTTATAGATGGCAGCCTATGACACCGTCAAGAGGAC 591 *|*|**|||||||||*|*||||||||||||||||||*||||||||||||| 456 TCTTAGTAATTTTGGGTCTAGATGGCAGCCTATGACCCCGTCAAGAGGAC 505 592 GTTTACGTCTTCATAAGCCTAGTGCTTCACGTAAATTATCATATGACCGA 641 |||||||||||*||||||||||||||||*||||||||*|||||||||||* 506 GTTTACGTCTTAATAAGCCTAGTGCTTCCCGTAAATTGTCATATGACCGC 555 642 GTTGAACGGGAAATGCGCACCAATTCTATCGTTGAGGTTCAACATGGAAG 691 ||*||||||||*|||||*||||||||*||*|||||||||||||||||||| 556 GTGGAACGGGAGATGCGTACCAATTCCATTGTTGAGGTTCAACATGGAAG 605 692 CCATATGTCCCTTGAGAAGAATACGGATGTATTTTCATTTGTGCAATACC 741 |||||||||||||||||||||*||||||||*|*||||||||||||||||| 606 CCATATGTCCCTTGAGAAGAACACGGATGTTTCTTCATTTGTGCAATACC 655 742 CTGTTCGTGGAATAAACGGTGACGGACGTTGTAGGGATTACATCAAGTTA 791 ||||||||||*||*|||||*|||||||||||||||||||||||||||||* 656 CTGTTCGTGGCATCAACGGAGACGGACGTTGTAGGGATTACATCAAGTTG 705 792 CTTAAACTTGATGTCTCTGGTGTGATAAACATCAAGTCTTCGAATGGAGA 841 ||*|||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||| 706 CTCAAACTTGATGTCTCTGGTGTGATAAACATTAAGTCTTCGAATGGAGA 755 842 CCAAAGCATGGAACCAGGTGACAAGTTAAGTGGGCTATTTATTCTGACTG 891 ||||**|||||||||||||||||||||*|||||*||||||||*||*|||| 756 CCAAGACATGGAACCAGGTGACAAGTTCAGTGGCCTATTTATCCTCACTG 805 892 TCTTGCTTGATAAGAAACCCTATCTTCCAGAAGGTGTGAACAAGTTACCC 941 |||||*|*||*||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||* 806 TCTTGTTAGACAAGAAACCCTATCTTCCAGAAGGTGTGAACCAGTTACCT 855 942 TCCTTTGCGGAGTTATTTGGACCTTATTCTGCTGCATATGCGAATATACA 991 ||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||*|| 856 TCCTTTGCTGAGTTATTTGGACCTTATTCTGCTGCATATGCTAATATGCA 905 992 CCTCTTAGATTCCCAGAAGCCCCGCTTCAAGGTCCTTGGGACAATAAAGA 1041 ||||||*|||||*||*|||||*||||||||*||||||||||||||*|||| 906 CCTCTTGGATTCTCAAAAGCCACGCTTCAAAGTCCTTGGGACAATTAAGA 955 1042 AGTTCGTGAACTGCACATCAGGGACAATATATGGTCCTTTGAAATTAAAT 1091 |||||||*|||||||||*|*||||||*|||||||*|||*||||||||||| 956 AGTTCGTCAACTGCACACCTGGGACACTATATGGCCCTCTGAAATTAAAT 1005 1092 ATGCCGTTGTCCCGGCG---AAAGTGTCCTTTGTGGACTACGTTCAAGGA 1138 |||||||||||*|||||***|||||||||||||||||||||||||||||| 1006 ATGCCGTTGTCACGGCGGCGAAAGTGTCCTTTGTGGACTACGTTCAAGGA 1055 1139 CCCTGATCAGGGTAACTGTGGTGGAAATTATAAGAAT-TTTCC-----TG 1182 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||*****|| 1056 CCCTGATCAGGGTAACTGTGGTGGAAATTATAAGAATATTTCCAAAAATG 1105 1183 CTATTGTATTGAGCTATGCATTTATATCCATGCATAGCCTAGTTGTGGAA 1232 ||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||*|||||||| 1106 CTATTGTATTGAGCTATGCATTTATATCAATGCATAGCCTAATTGTGGAA 1155 1233 CCATATTTTCAATTTGAATTGAAATACGTTGGATAAAATAAATAAAGATT 1282 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||***|| 1156 CCATATTTTCAATTTGAATTGAAATACGTTGGATAAAATAAATAATATTT 1205 1283 TATTTATTTT-CACTATGTTACAACACTTTGTTCACATTAGAACGTTGAC 1331 ||||||||||*||*|*|*||||||**|||||||||||||*||*||||||| 1206 TATTTATTTTGCATTGTTTTACAAGGCTTTGTTCACATTGGACCGTTGAC 1255 1332 TTATGAGACATTTGCTAATAGTCGTCTCTATAATGTCCTCTATTTCTCTC 1381 ||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1256 TTATAAGACATTTGCTAATAGTCGTCTCTATAATGTCCTCTATTTCTCTC 1305 1382 TTGCTCATTGCGTTAGACTGGGTCTGAGATATTGAATCTCCAGGATCCAA 1431 ||||||||*||||||||*||||**||||||||||||||*||||||||||| 1306 TTGCTCATCGCGTTAGAGTGGGATTGAGATATTGAATCCCCAGGATCCAA 1355 1432 TGATGCCTCTGGCAATTTGTGCAAATGTCTAAGTGGGTAATCTGCGTCTG 1481 |||||||||||||||*||||||||||||||||||*|*|||||||||||*| 1356 TGATGCCTCTGGCAACTTGTGCAAATGTCTAAGTTGATAATCTGCGTCGG 1405 1482 AAGCGCTCGTGTTGTCTAGAATACTGGGCCTCTCGTTATTTGTGTAACGC 1531 |||||||*|||||||||*|||||*|||||||*||||||*|*|||||*||| 1406 AAGCGCTGGTGTTGTCTTGAATATTGGGCCTGTCGTTAATCGTGTACCGC 1455 1532 ATGGAGCTACTCCGTCCAATAGATGACCTTGTAGCCCAAGTCTCACCTGG 1581 ||||||*|*||*||*||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1456 ATGGAGTTGCTGCGCCCAATAGATGACCTTGTAGCCCAAGTCTCACCTGG 1505 1582 CTGTAGCATAATGGGCCTATGGCCAGTATTTGGATATGGACCCTGATTGG 1631 |||||||||||||||||||||||||*||*|*||||||||||||||||||| 1506 CTGTAGCATAATGGGCCTATGGCCACTAATCGGATATGGACCCTGATTGG 1555 1632 GTCCTGGATTAAGCAAACGCCTAATGGGCTTGGGCTTCTCAACAGACCAA 1681 |||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||||||| 1556 GTCCTGGATTAAGCATACGCCTAATGGGCTTGGGCTTCTCAACAGACCAA 1605 1682 AAGTCCACACAGTCTGCAGTGTAGTCTTTAGACAATATGTTTATTGTCGG 1731 ||||||||*||*|||*|*||||||||*||||||||||||||||||||||| 1606 AAGTCCACGCATTCTTCGGTGTAGTCCTTAGACAATATGTTTATTGTCGG 1655 1732 GGGTTTAAACCTTATGTCTGTTGAGTGCTTTGCGGAAGACAATTTCAGTT 1781 ||||||*||*||*||||||||||||||*||*|||||*|||||*||||**| 1656 GGGTTTGAATCTAATGTCTGTTGAGTGTTTCGCGGATGACAACTTCAACT 1705 1782 TGGCCCTTATCTGGGCAAATGTTGTTCCGTCGATCACGTTTGAGTCTTCG 1831 |||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||*||| 1706 TGGCCTTTATCTGGGCAAATGTTGTTCCGTCGATCACGTTGGAGTCCTCG 1755 1832 ACCTTGTACACTATCTCCCATGGTGTTTCATCCTTTAGAGAGAAGAAGGA 1881 ||**||||*|||||||||||||||||*||||||||*|||||||||||||| 1756 ACTCTGTAGACTATCTCCCATGGTGTGTCATCCTTCAGAGAGAAGAAGGA 1805 1882 TGATGAGAAATAATGGAGATCGACGTTACATGCAATTGGGAAGGTGAAAG 1931 |||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*| 1806 TGATGAGAAGTAATGGAGATCGACGTTACATGCAATTGGGAAGGTGAATG 1855 1932 CAGCTTGTGCTGCTTGTTCATAGCTTAGCCTTGTGTCACGAATTGTGACG 1981 |||||||*|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||* 1856 CAGCTTGAGCTGCTTGTTCATAGCTTAGCCTTGTGTCACGAATTGTGACT 1905 1982 ATGACCGTTCCCTTGGCGTTGAACGGAACTTGGTTTCTGTACTCGATCAC 2031 |||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||*||||| 1906 ATGACCGTTCCCTTGGCATTGAACGGAACTTGGTTTCTGTACTCAATCAC 1955 2032 AGCATGGTCGACCTTCATGCATCTACCCATTATCTGGACAGTCTTCTGTT 2081 ||||||||**||||||||||||*|*|||||*|||||*||*|||||||||| 1956 AGCATGGTNTACCTTCATGCATTTTCCCATAATCTGAACGGTCTTCTGTT 2005 2082 CCAGATAAGAAGGAAATTGTAATTTGATGGGCATCTCGTTGTTGGATAGT 2131 ||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||*|**||| 2006 CCAGATAAGAAGGAAATTGTAACTTGATGGGCATCTCGTTGTTTGTCAGT 2055 2132 CTGTATTCGCAACTCTTTGTCTCCACATATTTGTTATTAATCAACTGCCC 2181 |||||||||||||||||||||||*|||||*||||||||||*|||||||*| 2056 CTGTATTCGCAACTCTTTGTCTCTACATACTTGTTATTAA-CAACTGCGC 2104 2182 C--------------------------------------------CTGAA 2187 |********************************************||||| 2105 CTGAATAATTCTCCATTATTCAGAAATTGTGTTGCGAATTAATCCCTGAA 2154 2188 AATGACCACACACCCGGAAATTATTCTAATAATTTCAATTAG--CGCGCA 2235 ||*||*||||||||*|||||||||||||*|||||||||*|||**|||||| 2155 AAGGAACACACACCAGGAAATTATTCTATTAATTTCAAATAGGCCGCGCA 2204 2236 GCGGCAATGAGAAGAGTTTACAATTATAATCATAATTTAAACCAAACAAA 2285 ||||||||||||**|*||||*|*||*||||||||||*|||||||||*|** 2205 GCGGCAATGAGAGTATTTTAGATTTGTAATCATAATCTAAACCAAAAAGG 2254 2286 TATAAAAAACAGCTATTACCTGATTT-TTGTAATACTCCCAGAAAATAAG 2334 **|||||||*|*|||*|||||||*||*|||||||**|*|*|||*|||*|| 2255 GGTAAAAAA-ACCTAATACCTGAGTTATTGTAATTGTTCTAGACAATTAG 2303 2335 AGCACTGGATGTGCACAGAGGAAGTAACAAATATTTTATTAAATATTTGT 2384 ||||||*|||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||* 2304 AGCACTAGATGTGCACAGAGGAAGTAACAAATATTTTAGTAAATATTTGA 2353 2385 TGTTGTGATAATTGTGATTGATTCTATCAATCGATTTAAATAATTGAGTA 2434 ||||||*|||*||||||||||||||||||||||||||||||||**||**| 2354 TGTTGTCATATTTGTGATTGATTCTATCAATCGATTTAAATAAAAGACAA 2403 2435 ACATGCGCAGGATTGGGTCCTGGATATTAAATAGGGGATTATTTAATATC 2484 |||||||||||||||*||||||||||||||||||||*|*||||||||||| 2404 ACATGCGCAGGATTGCGTCCTGGATATTAAATAGGGCAGTATTTAATATC 2453 2485 CCTAAATGTACATATCTGGTGCCTCCATCGTTTCGGTGTCTAAGCGCATG 2534 ||*|||||*|*||||||||||||||||*||*||||||||||||||||||| 2454 CCCAAATGGATATATCTGGTGCCTCCAACGCTTCGGTGTCTAAGCGCATG 2503 2535 TTTCTAGAGCGAGAAACTTGTTTCTAGACGAGAGATGCTTAGCAAAA--- 2581 |||||||||*|||||*|*|****|*|*|||**|||||||**||||||*** 2504 TTTCTAGAGAGAGAAGCATAG--CAAAACGCAAGATGCTAGGCAAAAGAG 2551 2582 ----------CGCAA----------------------------------- 2586 **********||*|************************************ 2552 CGTGTCGTTTCGAATCGGTGTACACCGATTACTTCTCTCTCTATCTATCG 2601 2587 ----AATGCTAGGCAAAAGAGCGTGTCGTTTCGA---------------- 2616 ****|*||*|***|*|*|*|**||***|*|*|*|**************** 2602 GTGTATTGGTGTACTATATATAGTAAAGCTACTAGGGGCTCTCAGCTATA 2651 ----- ***** 2652 ATATT 2656