NC_004609 AY271894 1 ATCGGTGTACACCGATTACTTCTCTATCCCCCTATCGGTGTATTGGTGTA 50 |************************************************* 1 A------------------------------------------------- 1 51 CTATATATAGTAAAGTTACTAGGGGCTCTCAGATATAATATTACCTGAGA 100 *******************************************||||||| 2 -------------------------------------------CCTGAGA 8 101 GCCCCGCGATCGGTGTATCGGTTT-AGAGCACGTGGGTGGTCC-TCTAAT 148 |||||||||*||||||||||||||*||||||||||||||||||*||||*| 9 GCCCCGCGACCGGTGTATCGGTTTTAGAGCACGTGGGTGGTCCCTCTAGT 58 149 ACGTGG-GCACTATGGAGTCTCGCTCGAAGCTTGTTTATTGAACGACTAC 197 ||||||*||*||*||||||||||||||||||||||||||*|||||||||| 59 ACGTGGCGCGCTCTGGAGTCTCGCTCGAAGCTTGTTTATCGAACGACTAC 108 198 TTAGAGTTACAGGTAACCG-ATGAGTGACCGTTCGTACATGGACAAATTT 246 |||||||||||||||||||*||**|||||||*|||||||||||||||||| 109 TTAGAGTTACAGGTAACCGGATAGGTGACCGATCGTACATGGACAAATTT 158 247 GTCTTTTCCTCAAAAAGACCGTTTTTGC-ATTCGGTGTTCAACTTTTAAT 295 ||||||||||||||||||||||||||||*|||||||||*|||||||*||| 159 GTCTTTTCCTCAAAAAGACCGTTTTTGCCATTCGGTGTACAACTTTAAAT 208 296 GCCTAAGACCGGGAAACCCTTGGGGTATTTATGTCATTTCATTTGAAATG 345 |||||*|*|||*|||||||*|*||||||||||||||||||**|*|||||| 209 GCCTATGGCCGCGAAACCCATTGGGTATTTATGTCATTTCTATCGAAATG 258 346 ACTTTAATTTGAAATCGTTTTTCTTTAAAAAACGATATTCGTCCAATTTG 395 |||||||||||||||||||||||||||||||*||||*||||||||||||| 259 ACTTTAATTTGAAATCGTTTTTCTTTAAAAA-CGATCTTCGTCCAATTTG 307 396 TCCATACTAAGCTATACGCACAATGTCGTTCGTTTAATTTTATTTAAACA 445 |||||||||*||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||| 308 TCCATACTATGCTATACGCACAATGTCGTTCGTTTATTTTTATTTAAACA 357 446 TTTCAATATCTTCATCTACATATAAATCAAAACATGAACGTGAGTTTTCA 495 |||||||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||| 358 TTTCAATATCTTCATCTACATATAAATTAAAACATGAACGTGAGTTTTCA 407 496 ACCATGAAATGTTTACTCGTAATTATCGCACCCCTTTTAAATTACGCCAT 545 |||||||||||||||**||*||||||||||||||||||||||||||*||| 408 ACCATGAAATGTTTAACCGAAATTATCGCACCCCTTTTAAATTACGACAT 457 546 GATAATTTTGGTTATAGATGGCAGCCTATGACACCGTCAAGAGGACGTTT 595 **||||||||||*|*|||||||||||||||||*||||||||||||||||| 458 AGTAATTTTGGTCACAGATGGCAGCCTATGACCCCGTCAAGAGGACGTTT 507 596 ACGTCTTCATAAGCCTAGTGCTTCACGTAAATTATCATATGACCGAGTTG 645 |||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||| 508 ACGTCTTCATAAGCCTAGTGCTTCACGTAAATTGTCATATGACCGAGTTG 557 646 AACGGGAAATGCGCACCAATTCTATCGTTGAGGTTCAACATGGAAGCCAT 695 ||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||| 558 AACGGGAAATGCGCACCAATTCCATCGTTGAGGTTCAACATGGAAGCCAT 607 696 ATGTCCCTTGAGAAGAATACGGATGTATTTTCATTTGTGCAATACCCTGT 745 |||||*||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||| 608 ATGTCTCTTGAGAAGAATACGGATGTATCTTCATTTGTGCAATACCCTGT 657 746 TCGTGGAATAAACGGTGACGGACGTTGTAGGGATTACATCAAGTTACTTA 795 |||||||||*|||||*||*||||||||||||||||||||||||||||||| 658 TCGTGGAATCAACGGCGATGGACGTTGTAGGGATTACATCAAGTTACTTA 707 796 AACTTGATGTCTCTGGTGTGATAAACATCAAGTCTTCGAATGGAGACCAA 845 ||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||| 708 AACTTGATGTCTCTGGTGTGATAAACATTAAGTCTTCGAATGGAGACCAA 757 846 AGCATGGAACCAGGTGACAAGTTAAGTGGGCTATTTATTCTGACTGTCTT 895 |*|||||||||||||||||||||||||||*||||||||*||||||||||| 758 ATCATGGAACCAGGTGACAAGTTAAGTGGCCTATTTATCCTGACTGTCTT 807 896 GCTTGATAAGAAACCCTATCTTCCAGAAGGTGTGAACAAGTTACCCTCCT 945 |*|*||*||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||||*| 808 GTTAGACAAGAAACCATATCTTCCAGAAGGTGTGAACAAGTTACCCTCAT 857 946 TTGCGGAGTTATTTGGACCTTATTCTGCTGCATATGCGAATATACACCTC 995 ||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||| 858 TTGCCGAGTTATTTGGACCTTATTCTGCTGCATATGCGAATATGCACCTC 907 996 TTAGATTCCCAGAAGCCCCGCTTCAAGGTCCTTGGGACAATAAAGAAGTT 1045 ||*|||||*||||||||*||||||||*|||||*||||||||||||||||| 908 TTGGATTCTCAGAAGCCACGCTTCAAAGTCCTGGGGACAATAAAGAAGTT 957 1046 CGTGAACTGCACATCAGGGACAATATATGGTCCTTTGAAATTAAATATGC 1095 |||||||||||||*||||||||*||||||||||||||||||||||||||| 958 CGTGAACTGCACACCAGGGACATTATATGGTCCTTTGAAATTAAATATGC 1007 1096 CGTTGTCCCGGCGAAAGTGTCCTTTGTGGACTACGTTCAAGGACCCTGAT 1145 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1008 CGTTGTCCCGGCGAAAGTGTCCTTTGTGGACTACGTTCAAGGACCCTGAT 1057 1146 CAGGGTAACTGTGGTGGAAATTATAAGAAT-TTTCC-----TGCTATTGT 1189 ||||||||||||||||||||||||||||||*|||||*****||||||||| 1058 CAGGGTAACTGTGGTGGAAATTATAAGAATATTTCCGAAAATGCTATTGT 1107 1190 ATTGAGCTATGCATTTATATCCATGCATAGCCTAGTTGTGGAACCATATT 1239 |||||||||||||||||||||*||||||||||||*||||||||||||||| 1108 ATTGAGCTATGCATTTATATCAATGCATAGCCTAATTGTGGAACCATATT 1157 1240 TTCAATTTGAATTGAAATACGTTGGATAAAATAAATAAAGATTTATTTAT 1289 ||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||*||||||||| 1158 TTCAATTTGAATTGAAATACGTGGGATAAAATAAATAAAGTTTTATTTAT 1207 1290 TTTCACTATGTTACAACACTTTGTTCACATTAGAACGTTGACTTATGAGA 1339 |||||*|*||*||||||*||||||||||||||||*||||||||||||||| 1208 TTTCATTGTGCTACAACGCTTTGTTCACATTAGACCGTTGACTTATGAGA 1257 1340 CATTTGCTAATAGTCGTCTCTATAATGTCCTCTATTTCTCTCTTGCTCAT 1389 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1258 CATTTGCTAATAGTCGTCTCTATAATGTCCTCTATTTCTCTCTTGCTCAT 1307 1390 TGCGTTAGACTGGGTCTGAGATATTGAATCTCCAGGATCCAATGATGCCT 1439 ||||||||||||*||||||||||*|||||||||||||||||||||*|||* 1308 TGCGTTAGACTGTGTCTGAGATACTGAATCTCCAGGATCCAATGACGCCC 1357 1440 CTGGCAATTTGTGCAAATGTCTAAGTGGGTAATCTGCGTCTGAAGCGCTC 1489 ||||||||||||||||||||||||||||*|||||||||||*||||||||* 1358 CTGGCAATTTGTGCAAATGTCTAAGTGGATAATCTGCGTCCGAAGCGCTA 1407 1490 GTGTTGTCTAGAATACTGGGCCTCTCGTTATTTGTGTAACGCATGGAGCT 1539 |||||||||||||||||||||||*||||||||*|||||*||||||||||| 1408 GTGTTGTCTAGAATACTGGGCCTGTCGTTATTGGTGTACCGCATGGAGCT 1457 1540 ACTCCGTCCAATAGATGACCTTGTAGCCCAAGTCTCACCTGGCTGTAGCA 1589 *||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1458 GCTCCGTCCAATAGATGACCTTGTAGCCCAAGTCTCACCTGGCTGTAGCA 1507 1590 TAATGGGCCTATGGCCAGTATTTGGATATGGACCCTGATTGGGTCCTGGA 1639 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1508 TAATGGGCCTATGGCCAGTATTTGGATATGGACCCTGATTGGGTCCTGGA 1557 1640 TTAAGCAAACGCCTAATGGGCTTGGGCTTCTCAACAGACCAAAAGTCCAC 1689 ||*|||||*||*|||||||||||||||||||||||||||||||||||*|| 1558 TTGAGCAATCGTCTAATGGGCTTGGGCTTCTCAACAGACCAAAAGTCTAC 1607 1690 ACAGTCTGCAGTGTAGTCTTTAGACAATATGTTTATTGTCGGGGGTTTAA 1739 ||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||| 1608 ACAGTCTGCAGTGTAGTCCTTAGACAATATGTTTATTGTCGGGGGTTTAA 1657 1740 ACCTTATGTCTGTTGAGTGCTTTGCGGAAGACAATTTCAGTTTGGCCCTT 1789 ||||||||||||||||*||*|||||||||||||*|||||*|||||||*|| 1658 ACCTTATGTCTGTTGAATGTTTTGCGGAAGACAGTTTCAATTTGGCCTTT 1707 1790 ATCTGGGCAAATGTTGTTCCGTCGATCACGTTTGAGTCTTCGACCTTGTA 1839 ||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||||||*||||| 1708 ATCTGGGCAAATGTTGTTCCGTCGATCACGTTGGAGTCTTCGACTTTGTA 1757 1840 CACTATCTCCCATGGTGTTTCATCCTTTAGAGAGAAGAAGGATGATGAGA 1889 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1758 CACTATCTCCCATGGTGTTTCATCCTTTAGAGAGAAGAAGGATGATGAGA 1807 1890 AATAATGGAGATCGACGTTACATGCAATTGGGAAGGTGAAAGCAGCTTGT 1939 ||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||| 1808 AATAATGGAGATCGACGTTACATGCAATTGGGAACGTGAAAGCAGCTTGT 1857 1940 GCTGCTTGTTCATAGCTTAGCCTTGTGTCACGAATTGTGACGATGACCGT 1989 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||| 1858 GCTGCTTGTTCATAGCTTAGCCTTGTGTCACGAATTGTGACGATAACCGT 1907 1990 TCCCTTGGCGTTGAACGGAACTTGGTTTCTGTACTCGATCACAGCATGGT 2039 |||*|||||*|||||*||||||||||||||||||||*||||||||||||| 1908 TCCTTTGGCATTGAAGGGAACTTGGTTTCTGTACTCAATCACAGCATGGT 1957 2040 CGACCTTCATGCATCTACCCATTATCTGGACAGTCTTCTGTTCCAGATAA 2089 ||||*|||||||||||*|||||*||||||||||||||||||||||||||| 1958 CGACTTTCATGCATCTGCCCATAATCTGGACAGTCTTCTGTTCCAGATAA 2007 2090 GAAGGAAATTGTAATTTGATGGGCATCTCGTTGTTGGATAGTCTGTATTC 2139 |||||||||||*||*|||||||||||||||||||||||*||||||||||| 2008 GAAGGAAATTGCAACTTGATGGGCATCTCGTTGTTGGACAGTCTGTATTC 2057 2140 GCAACTCTTTGTCTCCACATATTTGTTATTAATCAACTGCCCC------- 2182 ||||||||||||*||*||||||||||||||||*|||||||*||******* 2058 GCAACTCTTTGTTTCGACATATTTGTTATTAA-CAACTGCACCTGAATAA 2106 2183 -------------------------------------CTGAAAATGACCA 2195 *************************************||||*||*||*|| 2107 TTTTCCATTATTCTTAAAATATGTTGCGAATTAATCCCTGACAAGGAACA 2156 2196 CACACCCGGAAATTATTCTAATAATTTCAATTAG--CGCGC-AGCGGCAA 2242 ||||||*|||||||||||||*||||||**|*|||**|||||*|||||||| 2157 CACACCAGGAAATTATTCTATTAATTTTTAATAGGCCGCGCCAGCGGCAA 2206 2243 TGAGAAGAGTTTACAATTATAATCATAATTTAAACCAAACAAATATAAAA 2292 *|||||*||||||*|*||||||||||||||||||||||||||**|*||*| 2207 CGAGAACAGTTTAAATTTATAATCATAATTTAAACCAAACAAGGACAACA 2256 2293 AACAGCTATTACCTGATTTTTGTAATACTCCCAGAAAATAAGAGCACTGG 2342 ||*|*|||||||||||||*||*|||||||||||||||||||*||||***| 2257 AAAATCTATTACCTGATTATTTTAATACTCCCAGAAAATAATAGCAGCTG 2306 2343 ATGTGCACAGAGGAAGTAACAAATATTTTATTAAATATTTGTTGTTGTGA 2392 |||||*||||||||||||*||||||||*|*||*||||||||||||||||| 2307 ATGTGTACAGAGGAAGTAGCAAATATTGTTTTCAATATTTGTTGTTGTGA 2356 2393 TAATTGTGATTGATTCTATCAATCGATTTAAATAATTGAGTAACATGCGC 2442 ||||||||||||||||*|||||||*||||||||||**|**|||||||||* 2357 TAATTGTGATTGATTCGATCAATCCATTTAAATAAAAGTTTAACATGCGT 2406 2443 AGGATTGGGTCCTGGATATTAAATAGGGGATTATTTAATATCCCTAAATG 2492 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2407 AGGATTGGGTCCTGGATATTAAATAGGGGATTATTTAATATCCCTAAATG 2456 2493 TACATATCTGGTGCCTCCATCGTTTCGGTGTCTAAGCGCATGTTTCTAGA 2542 *|||||||||*||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||| 2457 GACATATCTGATGCCTCCAGCGTTTCGGTGTCTAAGCGCATGTTTCTAGA 2506 2543 GCGAGAAACTTGTTTCTAGACGAGAGATGCTTAGCAAAACGCAAAATGCT 2592 ||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||*||||| 2507 GCGAGAAACTTGTTTCTAGA-GAGAGATGCTTAGCAAAACGCAAGATGCT 2555 2593 AGGCAAAAGAGCGTGTCGTTTCGA-------------------------- 2616 ||||||||*|||||||||||||||************************** 2556 AGGCAAAATAGCGTGTCGTTTCGAATCGGTGTACACCGATTGCATTCTCT 2605 -------------------------------------------------- ************************************************** 2606 AGCCCCCTATCGGTGTATTGGTGTCTTATATATAGTAAAGTTACTAGGGG 2655 ----------------- ***************** 2656 CTCTCAGATATAATATT 2672