NC_004609 AJ420331 1 ATCGGTGTACACCGATTACTTCTCTATCCCCCTATCGGTGTATTGGTGTA 50 |************************************************* 1 A------------------------------------------------- 1 51 CTATATATAGTAAAGTTACTAGGGGCTCTCAGATATAATATTACCTGAGA 100 *******************************************||||||| 2 -------------------------------------------CCTGAGA 8 101 GCCCCGCGATCGGTGTATCGGTTT-AGAGCACGTGGGTGGTCC-TCTAAT 148 |||||||||*||||||||||||||*||||||||||||||||||*||||*| 9 GCCCCGCGACCGGTGTATCGGTTTTAGAGCACGTGGGTGGTCCCTCTAGT 58 149 ACGTGG-GCACTATGGAGTCTCGCTCGAAGCTTGTTTATTGAACGACTAC 197 ||||||*||*||**|||||||||||||*|||||||||||||||||||||| 59 ACGTGGCGCGCTCAGGAGTCTCGCTCGGAGCTTGTTTATTGAACGACTAC 108 198 TTAGAGTTACAGGTAACCG-ATGAGTGACCGTTCGTACATGGACAAATTT 246 ||||||||||||||*||||*||**||*||||||||||||||||||||||| 109 TTAGAGTTACAGGTGACCGGATAGGTAACCGTTCGTACATGGACAAATTT 158 247 GTCTTTTCCTCAAAAAGACCGTTTTTGC-ATTCGGTGTTCAACTTTTAAT 295 ||||||||*|*|||||||||||||||||*|||*|||||*|||||||*||| 159 GTCTTTTCGTTAAAAAGACCGTTTTTGCCATTTGGTGTACAACTTTAAAT 208 296 GCCTAAGACCGGGAAACCCTT-GGGGTATTTATGTCATTTCATTTGAAAT 344 |||||||*|||*|||||||||*||||||||||||||||||***||||||| 209 GCCTAAGGCCGCGAAACCCTTTGGGGTATTTATGTCATTTATATTGAAAT 258 345 GACTTTAATTTGAAATCGTTTTTCTTTAAAAAACGATATTCGTCCAATTT 394 ||||||||*||||||||||||||||||||||**||||*|||||||||||| 259 GACTTTAAATTGAAATCGTTTTTCTTTAAAA--CGATCTTCGTCCAATTT 306 395 GTCCATACTAAGCTATACGCACAATGTCGTTCGTTTAATTTTATTTAAAC 444 ||||||||||*||||||*||||||||||||||*||||*|||||||||||| 307 GTCCATACTATGCTATATGCACAATGTCGTTCATTTATTTTTATTTAAAC 356 445 ATTTCAATATCTTCATCTACATATAAATCAAAACATGAACGTGAGTTTTC 494 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||**||||||||||| 357 ATTTCAATATCTTCATCTACATATAAATCAAAACATGGTCGTGAGTTTTC 406 495 AACCATGAAATGTTTACTCGTAATTATCGCACCCCTTTTAAATTACGCCA 544 |||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||||| 407 AACCATGAAATGTTTACCCGTAATTATCGCACCCCTTTTAAATTACGCCA 456 545 TGATAATTTTGGTTATAGATGGCAGCCTATGACACCGTCAAGAGGACGTT 594 |**||||||||||*|*|||||||||||||||||*|||||||||||||||| 457 TAGTAATTTTGGTCACAGATGGCAGCCTATGACCCCGTCAAGAGGACGTT 506 595 TACGTCTTCATAAGCCTAGTGCTTCACGTAAATTATCATATGACCGAGTT 644 ||||||||||||*||||||||||*||||||||||*||||||||||||||| 507 TACGTCTTCATAGGCCTAGTGCTGCACGTAAATTGTCATATGACCGAGTT 556 645 GAACGGGAAATGCGCACCAATTCTATCGTTGAGGTTCAACATGGAAGCCA 694 |||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||| 557 GAACGGGAAATGCGCACCAATTCCATCGTTGAGGTTCAACATGGAAGCCA 606 695 TATGTCCCTTGAGAAGAATACGGATGTATTTTCATTTGTGCAATACCCTG 744 ||||||*||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||| 607 TATGTCTCTTGAGAAGAATACGGATGTATCTTCATTTGTGCAATACCCTG 656 745 TTCGTGGAATAAACGGTGACGGACGTTGTAGGGATTACATCAAGTTACTT 794 ||||||||||*|||||*||||||||||||||||||||||||||||||||| 657 TTCGTGGAATCAACGGCGACGGACGTTGTAGGGATTACATCAAGTTACTT 706 795 AAACTTGATGTCTCTGGTGTGATAAACATCAAGTCTTCGAATGGAGACCA 844 |||||||||||*||||||||*||||||||*|||||||||||||||||||| 707 AAACTTGATGTATCTGGTGTTATAAACATTAAGTCTTCGAATGGAGACCA 756 845 AAGCATGGAACCAGGTGACAAGTTAAGTGGGCTATTTATTCTGACTGTCT 894 ||*|||||||||||||||||||||||||||*||||||||*|||||||||| 757 AATCATGGAACCAGGTGACAAGTTAAGTGGCCTATTTATCCTGACTGTCT 806 895 TGCTTGATAAGAAACCCTATCTTCCAGAAGGTGTGAACAAGTTACCCTCC 944 ||*|*||*|||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||| 807 TGTTAGACAAGAAACCCTATCTTCCAGAAGGTGTGAACAAGCTACCCTCC 856 945 TTTGCGGAGTTATTTGGACCTTATTCTGCTGCATATGCGAATATACACCT 994 |||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*||*|| 857 TTTGCCGAGTTATTTGGACCTTATTCTGCTGCATATGCGAATATGCATCT 906 995 CTTAGATTCCCAGAAGCCCCGCTTCAAGGTCCTTGGGACAATAAAGAAGT 1044 |||*|||||*|||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||| 907 CTTGGATTCTCAGAAGCCCCGCTTCAAAGTCCTTGGGACAATAAAGAAGT 956 1045 TCGTGAACTGCACATCAGGGACAATATATGGTCCTTTGAAATTAAATATG 1094 |||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||| 957 TCGTGAACTGCACATCAGGGACAATATATGGCCCTTTGAAATTAAATATG 1006 1095 CCGTTGTCCCGGCGAAAGTGTCCTTTGTGGACTACGTTCAAGGACCCTGA 1144 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||| 1007 CCGTTGTCCCGGCGAAAGTGTCCTTTGTGGACTACGTTTAAGGACCCTGA 1056 1145 TCAGGGTAACTGTGGTGGAAATTATAAGAAT-TTTCC-----TGCTATTG 1188 |||||||||||||||||||||||||||||||*|||||*****|||||||| 1057 TCAGGGTAACTGTGGTGGAAATTATAAGAATATTTCCAAAAATGCTATTG 1106 1189 TATTGAGCTATGCATTTATATCCATGCATAGCCTAGTTGTGGAACCATAT 1238 ||*|||||||||||||||||||*|||||||||||**|||||||||||||| 1107 TACTGAGCTATGCATTTATATCAATGCATAGCCTTATTGTGGAACCATAT 1156 1239 TTTCAATTTGAATTGAAATACGTTGGATAAAATAAATAAAGATTTATTTA 1288 |||||||*|||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||| 1157 TTTCAATATGAATTGAAATACGTGGGATAAAATAAATAAAGATTTATTTA 1206 1289 TTTTCACTATGTTACAACACTTTGTTCACATTAGAACGTTGACTTATGAG 1338 |||*||*|*||*||||||*||||||||||||||||*|||||||||||*|| 1207 TTTCCATTGTGCTACAACGCTTTGTTCACATTAGACCGTTGACTTATTAG 1256 1339 ACATTTGCTAATAGTCGTCTCTATAATGTCCTCTATTTCTCTCTTGCTCA 1388 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1257 ACATTTGCTAATAGTCGTCTCTATAATGTCCTCTATTTCTCTCTTGCTCA 1306 1389 TTGCGTTAGACTGGGTCTGAGATATTGAATCTCCAGGATCCAATGATGCC 1438 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1307 TTGCGTTAGACTGGGTCTGAGATATTGAATCTCCAGGATCCAATGATGCC 1356 1439 TCTGGCAATTTGTGCAAATGTCTAAGTGGGTAATCTGCGTCTGAAGCGCT 1488 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||| 1357 TCTGGCAATTTGTGCAAATGTCTAAGTGGGTAATCTGCGTCCGAAGCGCT 1406 1489 CGTGTTGTCTAGAATACTGGGCCTCTCGTTATTTGTGTAACGCATGGAGC 1538 *||||||||*||||||||*|||||*||||||||*|||||*|||||||||| 1407 AGTGTTGTCAAGAATACTTGGCCTGTCGTTATTGGTGTACCGCATGGAGC 1456 1539 TACTCCGTCCAATAGATGACCTTGTAGCCCAAGTCTCACCTGGCTGTAGC 1588 |*|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1457 TGCTCCGTCCAATAGATGACCTTGTAGCCCAAGTCTCACCTGGCTGTAGC 1506 1589 ATAATGGGCCTATGGCCAGTATTTGGATATGGACCCTGATTGGGTCCTGG 1638 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1507 ATAATGGGCCTATGGCCAGTATTTGGATATGGACCCTGATTGGGTCCTGG 1556 1639 ATTAAGCAAACGCCTAATGGGCTTGGGCTTCTCAACAGACCAAAAGTCCA 1688 |||*|||||*|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1557 ATTGAGCAATCGCCTAATGGGCTTGGGCTTCTCAACAGACCAAAAGTCCA 1606 1689 CACAGTCTGCAGTGTAGTCTTTAGACAATATGTTTATTGTCGGGGGTTTA 1738 ||||*||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||| 1607 CACAATCTGCAGTGTAGTCCTTAGACAATATGTTTATTGTCGGGGGTTTA 1656 1739 AACCTTATGTCTGTTGAGTGCTTTGCGGAAGACAATTTCAGTTTGGCCCT 1788 ||*|||||||||||||||||*|||||||||||||*|||*|*|||||||*| 1657 AATCTTATGTCTGTTGAGTGTTTTGCGGAAGACAGTTTTAATTTGGCCTT 1706 1789 TATCTGGGCAAATGTTGTTCCGTCGATCACGTTTGAGTCTTCGACCTTGT 1838 |||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||| 1707 TATCTGGGCAAATGTTGTTCCGTCGATCACGTTGGAGTCTTCGACCTTGT 1756 1839 ACACTATCTCCCATGGTGTTTCATCCTTTAGAGAGAAGAAGGATGATGAG 1888 |||||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||| 1757 ACACTATCTCCCATGGTGTTTCATCTTTTAGAGAGAAGAAGGATGATGAG 1806 1889 AAATAATGGAGATCGACGTTACATGCAATTGGGAAGGTGAAAGCAGCTTG 1938 ||||||||||||||||||||||||||*||*|||||*|||||||||||||| 1807 AAATAATGGAGATCGACGTTACATGCTATAGGGAAAGTGAAAGCAGCTTG 1856 1939 TGCTGCTTGTTCATAGCTTAGCCTTGTGTCACGAATTGTGACGATGACCG 1988 ||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||*|||| 1857 TGCTGCTTGTTCATAGCTTAACCTTGTGTCACGAATTGTGACGATAACCG 1906 1989 TTCCCTTGGCGTTGAACGGAACTTGGTTTCTGTACTCGATCACAGCATGG 2038 ||||*|||||*||||||||||||||||||||||||||*|||||||||||| 1907 TTCCTTTGGCATTGAACGGAACTTGGTTTCTGTACTCAATCACAGCATGG 1956 2039 TCGACCTTCATGCATCTACCCATTATCTGGACAGTCTTCTGTTCCAGATA 2088 *||||*|||||||||||*|||||*|||||||||||||||||||||||||| 1957 CCGACTTTCATGCATCTGCCCATAATCTGGACAGTCTTCTGTTCCAGATA 2006 2089 AGAAGGAAATTGTAATTTGATGGGCATCTCGTTGTTGGATAGTCTGTATT 2138 ||||||||||||*||*|||||||||||||||||||||||*|||||||||| 2007 AGAAGGAAATTGCAACTTGATGGGCATCTCGTTGTTGGACAGTCTGTATT 2056 2139 CGCAACTCTTTGTCTCCACATATTTGTTATTAATCAACTGCCCC------ 2182 |||||||||||||*||*||||||||||||||||*|||||||*||****** 2057 CGCAACTCTTTGTTTCGACATATTTGTTATTAA-CAACTGCACCTGAATA 2105 2183 -------------CTGAAAAT--------------------------GAC 2193 *************||*|||||**************************||* 2106 ATTCTCCATTATTCTTAAAATATGTTGCGAATTAATCCCTGACAAGGGAA 2155 2194 CACACACCCGGAAATTATTCTAATAATTTC-AATTAGC-GCGC-AGCGGC 2240 ||||||||*|||||||||||||*|||||||*|||*|||*||||*|||||| 2156 CACACACCAGGAAATTATTCTATTAATTTCTAATAAGCCGCGCCAGCGGC 2205 2241 AATGAGAAGAGTTTACAATTATAATCATAATTTAAACCAAACAAATATAA 2290 ||*|||||*||||||*|*||||||||||||||||||||||||||**|||| 2206 AACGAGAACAGTTTAAATTTATAATCATAATTTAAACCAAACAAGGATAA 2255 2291 AAAACAGCTATTACCTGATTTTTGTAATACTCCCAGAAAATAAGAGCACT 2340 *|||*|*|||||||||||||*||*|||||||||||||||||||*||||** 2256 CAAAAATCTATTACCTGATTATTTTAATACTCCCAGAAAATAATAGCAGC 2305 2341 GGATGTGCACAGAGGAAGTAACAAATATTTTATTAAATATTTGTTGTTGT 2390 *||||||*|||||||||||||||||||||*|*|||||||||||||||||| 2306 TGATGTGTACAGAGGAAGTAACAAATATTGTTTTAAATATTTGTTGTTGT 2355 2391 GATAATTGTGATTGATTCTATCAATCGATTTAAATAATTGAGTAACATGC 2440 ||||||||||||||||||*|||||||*||||||||||**|**|||||||| 2356 GATAATTGTGATTGATTCGATCAATCCATTTAAATAAAAGTTTAACATGC 2405 2441 GCAGGATTGGGTCCTGGATATTAAATAGGGGATTATTTAATATCCCTAAA 2490 |*|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2406 GTAGGATTGGGTCCTGGATATTAAATAGGGGATTATTTAATATCCCTAAA 2455 2491 TGTACATATCTGGTGCCTCCATCGTTTCGGTGTCTAAGCGCATGTTTCTA 2540 |||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||| 2456 TGTACATATCTGGTGCCTCCAGCGTTTCGGTGTCTAAGCGCATGTTTCTA 2505 2541 GAGCGAGAAACTTGTTTCTAGACGAGAGATGCTTAGCAAAACGCAAAATG 2590 ||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||*||| 2506 GAGCGAGAAACTTGTTTCTAGA-GAGAGATGCTTAGCAAAACGCAAGATG 2554 2591 CTAGGCAAAAGAGCGTGTCGTTTCGA------------------------ 2616 ||||||||||*|||||||||||||||************************ 2555 CTAGGCAAAATAGCGTGTCGTTTCGAATCGGTGTACACCGATTGCATTCT 2604 -------------------------------------------------- ************************************************** 2605 CTAGCCCCCTATCGGTGTATTGGTGTATTATATATAGTAAAGTTACTAGG 2654 ------------------- ******************* 2655 GGCTCTCAGATATAATATT 2673