NC_004608 AY937195 1 ATCGGTGTACACCGATTACTTCTCTATCCCCCTATCGGTGTATCGGTGTC 50 |************************************************* 1 A------------------------------------------------- 1 51 TTATATATACTAGAGCTACTAAAAGCCCATAGGGGCACTCAGCTATAATA 100 ************************************************** -------------------------------------------------- 101 TTACCTGAGTGCCCCGCGACCGGTGTATTGGGGTTACTTTAACTTTTCTG 150 ***||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||||||*|* 2 ---CCTGAGTGCCCCGCGACCGGTGTATTGGGGTTGCTTTAACTTTTATT 48 151 CTTTTGTGGTACCCTTATCTTTAGTCGTTCAATCAGAAGCGCTCCTCAGC 200 **|||*||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||| 49 GCTTTTTGGTACCCTTATCTTTTGTCGTTCAATCAGAAGCGCTCCTCAGC 98 201 GCTATGTTAATTCAAATTTGAATTATAAAGCAAGTGGACACTCTGAACCC 250 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||||| 99 GCTATGTTAATTCAAATTTGAATTATAAAGCAAGTGGACACTATGAACCC 148 251 ACTAACAATGTGGGATCCATTGTTGAACGACTTTCCCAAATCAGTGCATG 300 ||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||*|||*|||||| 149 ACTAACAATGTGGGATCCTTTGTTGAACGACTTTCCCAATTCACTGCATG 198 301 GATTCCGGTGCATGTTGGCAATAAAGTATTTGCAACAAGTTCAAGAGAAT 350 |||||||||||||||||||*||||||||||||||*||||||||||||||| 199 GATTCCGGTGCATGTTGGCTATAAAGTATTTGCAGCAAGTTCAAGAGAAT 248 351 TACCCTTCTAATTCTCTAGGTTACTCGTACCTTACAGGGTTAATTCAGGT 400 ||*||*|||||||||||*||||****|||*|||||||||||||||||||| 249 TATCCATCTAATTCTCTTGGTTTTATGTATCTTACAGGGTTAATTCAGGT 298 401 ATTGCGCATCCGGAATCATGCCAAAGCGGACCTACGAATACTGCATTCTC 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||*|||*||*||||| 299 ATTGCGCATCCGGAATCATGCCAAAGCGGACCTACGA-TACGGCCTTCTC 347 451 TACCCCGATATCGAATGCACGGAGGAGATTGAACTTCGATACCCCGCTCA 500 ||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||*|||||||||* 348 TACCCCGATATCGAATGCACGGAGGAGATTAAACTTCGAAACCCCGCTCC 397 501 TGCTGCCTGCCTCTGCGGGAGGTGTCCCTACCAACATGAAAAGGAGGCGT 550 ||||*|||||*||||||||||||||||||||||||*|||||||*|||||* 398 TGCTCCCTGCATCTGCGGGAGGTGTCCCTACCAACCTGAAAAGAAGGCGA 447 551 TGGACCAACCGCCCCATGTGGAGGAAACCTCGGTTTTACCGACTGTATAG 600 |||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 448 TGGACCAACCGACCCATGTGGAGGAAACCTCGGTTTTACCGACTGTATAG 497 601 GTCCCCTGATGTCCCTCGTGGTTGTGAGGGACCATGTAAAGTTCAATCAT 650 |||||||||||||||*||*|||||*||||||||||||||||||||||||| 498 GTCCCCTGATGTCCCGCGGGGTTGCGAGGGACCATGTAAAGTTCAATCAT 547 651 TTGAAGCAAAGG----ATATTGCCCCCACAGGCAAAGTGATTTGCATATC 696 ||||*|||||||****|||||||*|*|||||||||||||||||||||||| 548 TTGA-GCAAAGGCATGATATTGCTCACACAGGCAAAGTGATTTGCATATC 596 697 GGACGTNACTAAAAGTAATGGAATTACNCCTCGTTTAGGCAAACGTTTTT 746 *||*||*||||*|*|||||||||||||*|*||||*|*||||||||*|||| 597 TGATGTGACTAGAGGTAATGGAATTACACATCGTCTTGGCAAACGATTTT 646 747 GTTGCATCAAGTCCGTGAACATTACTGGGAAGGTTTGGATGGACGAAAAC 796 |***|||||||||||||*|||||||*||*||||||||||||||||||||* 647 G---CATCAAGTCCGTGTACATTACGGGTAAGGTTTGGATGGACGAAAAT 693 797 ATTAAGTCCAAAAATCACACGAATACTGTGATGTTCAAGTTATGTCGTGA 846 ||*|||||*||*||||||||*||*|||||||||||||||||||||||||| 694 ATCAAGTCTAAGAATCACACAAACACTGTGATGTTCAAGTTATGTCGTGA 743 847 CAGACGACCATTTGGTACACCCATGGATTTTGGTCAAGTGTTCAACATGT 896 ||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||||| 744 CAGACGACCATTTGGTTCACCCATGGATTTTGGTCAAGTGTTCAACATGT 793 897 ATGACAACGAGCCCAGTACAGCCACTGTGAAGAACGATCTGCGTGATCGT 946 ||||*|||||*||*||||||||*||||||||||||||||||||||||||| 794 ATGATAACGAACCTAGTACAGCTACTGTGAAGAACGATCTGCGTGATCGT 843 947 TATCAAGTCTTGCGAAAGTTTAGTGCCACTGTTACTGGTGGCCAATATGC 996 ||||||||||||||||**||||*||||||||||||*|||||||||||||| 844 TATCAAGTCTTGCGAAGATTTAATGCCACTGTTACAGGTGGCCAATATGC 893 997 TTGTAAAGAACAAGCCATGGTGAATCGTTTCTTCAAGGTTAATAATTATG 1046 ||||||*|||||||||||||||||||||||*|||||*|||||*||||||| 894 TTGTAAGGAACAAGCCATGGTGAATCGTTTTTTCAAAGTTAACAATTATG 943 1047 TTGTTTACAACCACCAGGAGGCAGCGAAGTATGAGAACCATACTGAGAAC 1096 |||||||||||||*||*||*||||||||||||||*||||||||||||||| 944 TTGTTTACAACCATCAAGAAGCAGCGAAGTATGAAAACCATACTGAGAAC 993 1097 GCATTATTATTGTACATGGCATGTACTCATGCCTCAAATCCTGTGTATGC 1146 ||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||| 994 GCATTATTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCAAATCCTGTGTATGC 1043 1147 AACACTTAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATATTGAATTAATAAA 1196 |||*||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||| 1044 AACGCTTAAAATTCGGATATATTTTTATGATTCGATATTGAATTAATAAA 1093 1197 GATTGTATTGAGCATTATGCGTAAAGCTTACATCCTCCACCAAGTGGAGT 1246 |*|||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||*||||||| 1094 GTTTGTATTGAACATTATGCGTAAAGCTTACATCCTCCACCAGGTGGAGT 1143 1247 TTTATTGTACAGGAAATCCGATGCGAAATATAAAATATTTGCTAAGCTAA 1296 ||||*|*|||||*||||||||*|||||||||||||||||||||||||||| 1144 TTTACTATACAGTAAATCCGACGCGAAATATAAAATATTTGCTAAGCTAA 1193 1297 TGACCCCTAAATTATTTAAAAACTTAAATAATTGGTTACGGAAGATCGAT 1346 ||||*||||*||||||||*||||*|||||||||||*|||||||||||||| 1194 TGACACCTATATTATTTAGAAACCTAAATAATTGGCTACGGAAGATCGAT 1243 1347 AAGATCATCCCAGAAGTCGCCTTCATATAATGGTAGAGCTTCAAGTCCAG 1396 |||||||||||||||||||||*|||||||||||||||*|||||||||||| 1244 AAGATCATCCCAGAAGTCGCCGTCATATAATGGTAGATCTTCAAGTCCAG 1293 1397 GAAGCACTTGTGCATCCCCAGTGCTTTCTTCAACCTGTGATTGAACAT-A 1445 |||||||||||||||||||||||||||||||||||*|||*||||||||*| 1294 GAAGCACTTGTGCATCCCCAGTGCTTTCTTCAACCCGTGGTTGAACATTA 1343 1446 TGCGCAGCTTGGTGACCATTCATTCTGGACTCTGCTAGAATTGGACTGTG 1495 ||||*|||||||||||*||*||||||||||*|||||*||||||||||||| 1344 TGCGTAGCTTGGTGACAAT-CATTCTGGACCCTGCTTGAATTGGACTGTG 1392 1496 GTGCATGATCTTGAAAGAGAGGGGATTTTGCACCTCCCAGATATAGACGC 1545 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1393 GTGCATGATCTTGAAAGAGAGGGGATTTTGCACCTCCCAGATATAGACGC 1442 1546 CACTCCTGAGTTGAGCTGCAGTGATGTTCTCCCCTGTGCGAAAATCCATA 1595 ||*|||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||| 1443 CATTCCTGAGTTGAGCTGCAGTGATGCTCTCCCCTGTGCGAAAATCCATA 1492 1596 GTTACGGCAGTTGATATGGATGTAATAGCTACACCCACACTTCAGGTCAA 1645 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||*||||| 1493 GTTACGGCAGTTGATATGGATGTAATAGCTACACCCACATTTCAAGTCAA 1542 1646 TTCGAGATCGTCGAATTGCTCTCTTCTTGGCGACCCTGTGTTGAACCTTG 1695 ||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||| 1543 TTCGAGATCGTCGAATTGCTTTCTTCTTGGCGACCCTGTGTTGAACCTTG 1592 1696 ATTGACGGTGGAGAACAGTGGTTCTTTGAGGGTGTAGAATTCCGCATTCT 1745 ||||||||*||||||||*||||||*||||||||||||||||||||||||| 1593 ATTGACGGAGGAGAACAATGGTTCCTTGAGGGTGTAGAATTCCGCATTCT 1642 1746 TTGAAGCCCACTGTTTAAGCGCAGCATTGTTCTCTTCATCCAAGTACTCT 1795 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1643 TTGAAGCCCACTGTTTAAGCGCAGCATTGTTCTCTTCATCCAAGTACTCT 1692 1796 TTATAGGAGGACTTGGGACCAGGGTTACACAGAAAGATGGTGGGGATACC 1845 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1693 TTATAGGAGGACTTGGGACCAGGGTTACACAGAAAGATGGTGGGGATACC 1742 1846 ACCTTTAATTTTAGTGGGCTTCCCGTACTTGACGTTAGACTGCCAGTCTC 1895 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1743 ACCTTTAATTTTAGTGGGCTTCCCGTACTTGACGTTAGACTGCCAGTCTC 1792 1896 TTTGCGCGCCCATGAATTCTTTGAAATGTTTCAAATAATGTGGATCAACG 1945 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1793 TTTGCGCGCCCATGAATTCTTTGAAATGTTTCAAATAATGTGGATCAACG 1842 1946 TCATCGATGACGTTGTACCATGCCTCGTTAGAGTATGTTTTGTCGTTTAG 1995 |||||*|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1843 TCATCAATGACGTTGTACCATGCCTCGTTAGAGTATGTTTTGTCGTTTAG 1892 1996 ATCCAAATGGCCGCAAAGATAATTATGAGGACCTATGGCACGTGCCCACA 2045 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1893 ATCCAAATGGCCGCAAAGATAATTATGAGGACCTATGGCACGTGCCCACA 1942 2046 TGGTTTTACCCGTGCGACTATCTCCTTCAATAACTATACTAATAGGTCTA 2095 |||||||||||||||||||||||||*||||||||*||||||||||||||* 1943 TGGTTTTACCCGTGCGACTATCTCCCTCAATAACAATACTAATAGGTCTC 1992 2096 TCTGGCCGCGCGGC---ATCTCTCACATTTCTTTCAGCCCATGAAGAAAT 2142 ||*||||||||*||***|||*||||||||||||||||||||||||||||| 1993 TCCGGCCGCGCAGCGGGATCCCTCACATTTCTTTCAGCCCATGAAGAAAT 2042 2143 GTAGCTTGGAACCTTGTCGAATGACTCCAATGTAAAAGGCGACTCATATG 2192 ||||||*||||||||||**||||||||||**||||||||||||||||||| 2043 GTAGCTCGGAACCTTGTTAAATGACTCCATCGTAAAAGGCGACTCATATG 2092 2193 CCTGTGTAGGCTCTGTGAATATCCGAGACAAATTACAATTTAAGTTATGA 2242 ||||***||||||||*|||*||*|||||||||||||||||*||*|||||| 2093 CCTGGACAGGCTCTGAGAAAATACGAGACAAATTACAATTCAAATTATGA 2142 2243 AATTGTAAAATGAAATCCTTAGGAGCCTTTTCCTTCAATATAAGGAGGGC 2292 |||||||||||*||||||||||||||||||||*||*|||||||||||||| 2143 AATTGTAAAATAAAATCCTTAGGAGCCTTTTCTTTTAATATAAGGAGGGC 2192 2293 CTCCAACTTTGATCCAGAGTTGAGTGCCTCGGCGTATGCGTCGTTGGCAG 2342 ||||||*||*||||||*|*||||||||||||||||||||||||||||||| 2193 CTCCAATTTCGATCCACAATTGAGTGCCTCGGCGTATGCGTCGTTGGCAG 2242 2343 ATTGTTTACCTCCTCTAGCTGATCTGCCATCGATTTGGAAGGTTCCATGA 2392 |||||||||||||||*||||||||*|||||||||||||||*||||||||| 2243 ATTGTTTACCTCCTCGAGCTGATCGGCCATCGATTTGGAAAGTTCCATGA 2292 2393 TCAAGAATGTCTCCGTCTTTCTCCATGTATGTTTTAACATCTGAGCAGCT 2442 |||||*||||||||||||||||||||||||*|||||||*||||||||||| 2293 TCAAGGATGTCTCCGTCTTTCTCCATGTATTTTTTAACGTCTGAGCAGCT 2342 2443 TTTAGCTCGCTGAATGTTCGGATGGTAATATGCCGATCTGCATCTGGAAT 2492 |||||||**||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||| 2343 TTTAGCTGCCTGAATGTTCGGATGGTAATGTGCCGATCTGCATCTGGAAT 2392 2493 GGAGGTCGAAGAACCTTTGGTTTTTCGTTTGTTGTTTCCCTTCGAACTGA 2542 *|||||||||||||||||||||**||||||||||*||||||||||||||| 2393 AGAGGTCGAAGAACCTTTGGTTCCTCGTTTGTTGCTTCCCTTCGAACTGA 2442 2543 AGCAGAACATGGAGATGAGGTTGTCCATCTTCATGGAGTTCTCGACAGAT 2592 ||||||||||||||||||||*||||||||||||||*|||||*|||||||| 2443 AGCAGAACATGGAGATGAGGCTGTCCATCTTCATGAAGTTCGCGACAGAT 2492 2593 GCGGATGAACTTCTTGTTAACTGGTGTTGACAAGGCTAGAAGTTGTTCAA 2642 |||*|||||*|||||||||||*||||||||*||*||*|||||*||||||| 2493 GCGAATGAATTTCTTGTTAACAGGTGTTGATAATGCGAGAAGCTGTTCAA 2542 2643 GAGCGTCCTCCTTTGTAAGAGGACATTTGGGATATGTCAAGAAATAGTTT 2692 ||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2543 GAGCTTCCTCCTTTGTAAGAGGACATTTGGGATATGTCAAGAAATAGTTT 2592 2693 TTTGCGTTTATAGCAAAACGACCTTCCCTTGGCATATTTGAAGTCGTTTT 2742 *||||||||||*|||||||||||*|||||||||||||||||||||||||| 2593 CTTGCGTTTATTGCAAAACGACCATCCCTTGGCATATTTGAAGTCGTTTT 2642 2743 TGT----------------------------------------------- 2745 |||*********************************************** 2643 TGTATCGGTGTACACCGATTGCCTTCTCTACCCCCCTATCGGTGTATCGG 2692 -------------------------------------------------- ************************************************** 2693 TGTACTATATATACTAGAGCTACTAAAAGCCCATAGGGGCACTCAGCTAT 2742 ------ ****** 2743 AATATT 2748