NC_004608 AY269992 1 ATCGGTGTACACCGATTACTTCTCTATCCCCCTATCGGTGTATCGGTGTC 50 |************************************************* 1 A------------------------------------------------- 1 51 TTATATATACTAGAGCTACTAAAAGCCCATAGGGGCACTCAGCTATAATA 100 ************************************************** -------------------------------------------------- 101 TTACCTGAGTGCCCCGCGACCGGTGTATTGGGGTTACTTTAACTTTTCTG 150 ***||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||*|||||*|| 2 ---CCTGAGTGCCCCGCGACCGGTGTATTGGGGTTGCTTTAGCTTTTTTG 48 151 CTTTTGTGGTACCCTTATCTTTAGTCGTTCAATCAGAAGCGCTCCTCAGC 200 |||||**||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 49 CTTTTTGGGTACCCTTATCTTTAGTCGTTCAATCAGAAGCGCTCCTCAGC 98 201 GCTATGTTAATTCAAATTTGAATTATAAAGCAAGTGGACACTCTGAACCC 250 ||||||||||||||||||||||||||||||||*|||*||||||||||||| 99 GCTATGTTAATTCAAATTTGAATTATAAAGCATGTGCACACTCTGAACCC 148 251 ACTAACAATGTGGGATCCATTGTTGAACGACTTTCCCAAATCAGTGCATG 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 149 ACTAACAATGTGGGATCCATTGTTGAACGACTTTCCCAAATCAGTGCATG 198 301 GATTCCGGTGCATGTTGGCAATAAAGTATTTGCAACAAGTTCAAGAGAAT 350 ||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||| 199 GATTCCGGTGCATGTTGGCAATAAAGTATTTGCAGCAAGTTCAAGAGAAT 248 351 TACCCTTCTAATTCTCTAGGTTACTCGTACCTTACAGGGTTAATTCAGGT 400 ||*||*|||||||||*|*|||||*|||||||||||||||||||||||||| 249 TATCCCTCTAATTCTGTTGGTTATTCGTACCTTACAGGGTTAATTCAGGT 298 401 ATTGCGCATCCGGAATCATGCCAAAGCGGACCTACGAATACTGCATTCTC 450 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||||*||||| 299 ATTGCGCATCCGGAATCATGCCAAAGCGGACCTACGA-TACTGCCTTCTC 347 451 TACCCCGATATCGAATGCACGGAGGAGATTGAACTTCGATACCCCGCTCA 500 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 348 TACCCCGATATCGAATGCACGGAGGAGATTGAACTTCGATACCCCGCTCA 397 501 TGCTGCCTGCCTCTGCGGGAGGTGTCCCTACCAACATGAAAAGGAGGCGT 550 ||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||| 398 TGCTCCCTGCCTCTGCGGGAGGTGTCCCTACCAACATGAAAAGAAGGCGT 447 551 TGGACCAACCGCCCCATGTGGAGGAAACCTCGGTTTTACCGACTGTATAG 600 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 448 TGGACCAACCGCCCCATGTGGAGGAAACCTCGGTTTTACCGACTGTATAG 497 601 GTCCCCTGATGTCCCTCGTGGTTGTGAGGGACCATGTAAAGTTCAATCAT 650 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 498 GTCCCCTGATGTCCCTCGTGGTTGTGAGGGACCATGTAAAGTTCAATCAT 547 651 TTGAAGCAAAGG----ATATTGCCCCCACAGGCAAAGTGATTTGCATATC 696 ||||*|||*|||****|||||||||*|||||||||||||||||||||||| 548 TTGA-GCAGAGGCATGATATTGCCCACACAGGCAAAGTGATTTGCATATC 596 697 GGACGTNACTAAAAGTAATGGAATTACNCCTCGTTTAGGCAAACGTTTTT 746 ||||||*||||*|*|||||||||||||*|*||||*|*||||||||||||| 597 GGACGTGACTAGAGGTAATGGAATTACACATCGTATTGGCAAACGTTTTT 646 747 GTTGCATCAAGTCCGTGAACATTACTGGGAAGGTTTGGATGGACGAAAAC 796 |***|||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||||||| 647 G---CATCAAGTCCGTGTACATTACTGGGAAGGTTTGGATGGACGAAAAC 693 797 ATTAAGTCCAAAAATCACACGAATACTGTGATGTTCAAGTTATGTCGTGA 846 |||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||| 694 ATTAAGTCCAAAAATCACACGAACACTGTGATGTTCAAGTTATGTCGTGA 743 847 CAGACGACCATTTGGTACACCCATGGATTTTGGTCAAGTGTTCAACATGT 896 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 744 CAGACGACCATTTGGTACACCCATGGATTTTGGTCAAGTGTTCAACATGT 793 897 ATGACAACGAGCCCAGTACAGCCACTGTGAAGAACGATCTGCGTGATCGT 946 ||||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||| 794 ATGACAACGAGCCCAGTACAGCTACTGTGAAGAACGATCTGCGTGATCGT 843 947 TATCAAGTCTTGCGAAAGTTTAGTGCCACTGTTACTGGTGGCCAATATGC 996 ||||||||*|||||||||||||*||||||*|||||||||||||||||||| 844 TATCAAGTATTGCGAAAGTTTAATGCCACCGTTACTGGTGGCCAATATGC 893 997 TTGTAAAGAACAAGCCATGGTGAATCGTTTCTTCAAGGTTAATAATTATG 1046 ||||||*|||||||||||||||||||||||*|||||*||||||||||||| 894 TTGTAAGGAACAAGCCATGGTGAATCGTTTTTTCAAAGTTAATAATTATG 943 1047 TTGTTTACAACCACCAGGAGGCAGCGAAGTATGAGAACCATACTGAGAAC 1096 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 944 TTGTTTACAACCACCAGGAGGCAGCGAAGTATGAGAACCATACTGAGAAC 993 1097 GCATTATTATTGTACATGGCATGTACTCATGCCTCAAATCCTGTGTATGC 1146 ||||||||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||| 994 GCATTATTATTGTATATGGCATGTACTCATGCCTCAAATCCTGTGTATGC 1043 1147 AACACTTAAAATTCGGATCTATTTTTATGATTCGATATTGAATTAATAAA 1196 |||*|||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||| 1044 AACTCTTAAAATTCGGATCTATTTTTACGATTCGATATTGAATTAATAAA 1093 1197 GATTGTATTGAGCATTATGCGTAAAGCTTACATCCTCCACCAAGTGGAGT 1246 |*|||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||*||||||| 1094 GTTTGTATTGAACATTATGCGTAAAGCTTACATCCTCCACCAGGTGGAGT 1143 1247 TTTATTGTACAGGAAATCCGATGCGAAATATAAAATATTTGCTAAGCTAA 1296 ||*||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||||||| 1144 TT-ATTGTACAGGAAATCCGACGCGAAATATAAAATATTTGCTAAGCTAA 1192 1297 TGACCCCTAAATTATTTAAAAACTTAAATAATTGGTTACGGAAGATCGAT 1346 |*||||||||||||||||*||||*|||||||||||||||||||||||||| 1193 TAACCCCTAAATTATTTAGAAACCTAAATAATTGGTTACGGAAGATCGAT 1242 1347 AAGATCATCCCAGAAGTCGCCTTCATATAATGGTAGAGCTTCAAGTCCAG 1396 |||||||||||||||||||||*|||*|||*|||||*||||||||*||||| 1243 AAGATCATCCCAGAAGTCGCCGTCAAATAGTGGTACAGCTTCAATTCCAG 1292 1397 GAAGCACTTGTGCATCCCCAGTGCTTTCTTCAACCTGTGATTGAACAT-A 1445 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||*| 1293 GAAGCACTTGTGCATCCCCAGTGCTTTCTTCAACCTGTGGTTGAACATTA 1342 1446 TGCGCAGCTTGGTGACCATTCATTCTGGACTCTGCTAGAATTGGACTGTG 1495 |||||||||||||||||||*||||||||||*|||||*||||||||||||| 1343 TGCGCAGCTTGGTGACCAT-CATTCTGGACCCTGCTCGAATTGGACTGTG 1391 1496 GTGCATGATCTTGAAAGAGAGGGGATTTTGCACCTCCCAGATATAGACGC 1545 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1392 GTGCATGATCTTGAAAGAGAGGGGATTTTGCACCTCCCAGATATAGACGC 1441 1546 CACTCCTGAGTTGAGCTGCAGTGATGTTCTCCCCTGTGCGAAAATCCATA 1595 |||||||||||||||||||||||||||**||||||||||||||||||||| 1442 CACTCCTGAGTTGAGCTGCAGTGATGTATTCCCCTGTGCGAAAATCCATA 1491 1596 GTTACGGCAGTTGATATGGATGTAATAGCTACACCCACACTTCAGGTCAA 1645 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||**|*||*|||| 1492 GTTACGGCAGTTGATATGGATGTAATAGCTACACCCACAGGTTAGATCAA 1541 1646 TTCGAGATCGTCGAATTGCTCTCTTCTTGGCGACCCTGTGTTGAACCTTG 1695 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1542 TTCGAGATCGTCGAATTGCTCTCTTCTTGGCGACCCTGTGTTGAACCTTG 1591 1696 ATTGACGGTGGAGAACAGTGGTTCTTTGAGGGTGTAGAATTCCGCATTCT 1745 ||||||||*||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1592 ATTGACGGAGGAGAACAGTGGTTCTTTGAGGGTGTAGAATTCCGCATTCT 1641 1746 TTGAAGCCCACTGTTTAAGCGCAGCATTGTTCTCTTCATCCAAGTACTCT 1795 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1642 TTGAAGCCCACTGTTTAAGCGCAGCATTGTTCTCTTCATCCAAGTACTCT 1691 1796 TTATAGGAGGACTTGGGACCAGGGTTACACAGAAAGATGGTGGGGATACC 1845 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1692 TTATAGGAGGACTTGGGACCAGGGTTACACAGAAAGATGGTGGGGATACC 1741 1846 ACCTTTAATTTTAGTGGGCTTCCCGTACTTGACGTTAGACTGCCAGTCTC 1895 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1742 ACCTTTAATTTTAGTGGGCTTCCCGTACTTGACGTTAGACTGCCAGTCTC 1791 1896 TTTGCGCGCCCATGAATTCTTTGAAATGTTTCAAATAATGTGGATCAACG 1945 |||||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||||||||||| 1792 TTTGCGCGCCCATGAATTCTTTGAAGTGTTTCAAATAATGTGGATCAACG 1841 1946 TCATCGATGACGTTGTACCATGCCTCGTTAGAGTATGTTTTGTCGTTTAG 1995 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1842 TCATCGATGACGTTGTACCATGCCTCGTTAGAGTATGTTTTGTCGTTTAG 1891 1996 ATCCAAATGGCCGCAAAGATAATTATGAGGACCTATGGCACGTGCCCACA 2045 |||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||||||||||||| 1892 ATCCAAATGGCCGCAAAGATAATTATGAGGACCAATGGCACGTGCCCACA 1941 2046 TGGTTTTACCCGTGCGACTATCTCCTTCAATAACTATACTAATAGGTCTA 2095 ||||||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||||||| 1942 TGGTTTTACCCGTGCGACTATCTCCTTCAATAACGATACTAATAGGTCTA 1991 2096 TCTGGCCGCGCGGC---ATCTCTCACATTTCTTTCAGCCCATGAAGAAAT 2142 |||||||||||*||***||||||||||||||||||||||||||||||||| 1992 TCTGGCCGCGCAGCGGGATCTCTCACATTTCTTTCAGCCCATGAAGAAAT 2041 2143 GTAGCTTGGAACCTTGTCGAATGACTCCAATGTAAAAGGCGACTCATATG 2192 |||||||||||||||||*|||||||||*|||||||||||||||*|||||| 2042 GTAGCTTGGAACCTTGTTGAATGACTCTAATGTAAAAGGCGACACATATG 2091 2193 CCTGTGTAGGCTCTGTGAATATCCGAGACAAATTACAATTTAAGTTATGA 2242 ||||***||||||||||||||||||||||||||||||||||||*|||||| 2092 CCTGCACAGGCTCTGTGAATATCCGAGACAAATTACAATTTAAATTATGA 2141 2243 AATTGTAAAATGAAATCCTTAGGAGCCTTTTCCTTCAATATAAGGAGGGC 2292 |||||||||||*|||||*||*|||||||||||*||*|||||||||||||| 2142 AATTGTAAAATAAAATCTTTGGGAGCCTTTTCTTTTAATATAAGGAGGGC 2191 2293 CTCCAACTTTGATCCAGAGTTGAGTGCCTCGGCGTATGCGTCGTTGGCAG 2342 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2192 CTCCAACTTTGATCCAGAGTTGAGTGCCTCGGCGTATGCGTCGTTGGCAG 2241 2343 ATTGTTTACCTCCTCTAGCTGATCTGCCATCGATTTGGAAGGTTCCATGA 2392 |||||||||||||||*||||||||*|||||||||||||||*||||||||| 2242 ATTGTTTACCTCCTCGAGCTGATCGGCCATCGATTTGGAAAGTTCCATGA 2291 2393 TCAAGAATGTCTCCGTCTTTCTCCATGTATGTTTTAACATCTGAGCAGCT 2442 |||||*|*||||||||||||||||||||||||||||||*||||||||||| 2292 TCAAGGACGTCTCCGTCTTTCTCCATGTATGTTTTAACGTCTGAGCAGCT 2341 2443 TTTAGCTCGCTGAATGTTCGGATGGTAATATGCCGATCTGCATCTGGAAT 2492 |||||||**||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2342 TTTAGCTGCCTGAATGTTCGGATGGTAATATGCCGATCTGCATCTGGAAT 2391 2493 GGAGGTCGAAGAACCTTTGGTTTTTCGTTTGTTGTTTCCCTTCGAACTGA 2542 |||||||||||||||||||||||*|||||||*||*||||||||||||||| 2392 GGAGGTCGAAGAACCTTTGGTTTCTCGTTTGGTGCTTCCCTTCGAACTGA 2441 2543 AGCAGAACATGGAGATGAGGTTGTCCATCTTCATGGAGTTCTCGACAGAT 2592 ||||||||||||||||||||*||||||||||||||||||||*|||||||| 2442 AGCAGAACATGGAGATGAGGCTGTCCATCTTCATGGAGTTCACGACAGAT 2491 2593 GCGGATGAACTTCTTGTTAACTGGTGTTGACAAGGCTAGAAGTTGTTCAA 2642 |||*|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2492 GCGTATGAACTTCTTGTTAACTGGTGTTGACAAGGCTAGAAGTTGTTCAA 2541 2643 GAGCGTCCTCCTTTGTAAGAGGACATTTGGGATATGTCAAGAAATAGTTT 2692 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2542 GAGCGTCCTCCTTTGTAAGAGGACATTTGGGATATGTCAAGAAATAGTTT 2591 2693 TTTGCGTTTATAGCAAAACGACCTTCCCTTGGCATATTTGAAGTCGTTTT 2742 *||||||||||||||||||||||||||||*|||||*|||||||||||||| 2592 CTTGCGTTTATAGCAAAACGACCTTCCCTGGGCATTTTTGAAGTCGTTTT 2641 2743 TGT----------------------------------------------- 2745 |||*********************************************** 2642 TGTATCGGTGTACACCGATTACTTCTCTATCGCCCTATCGGTGTATCGGT 2691 -------------------------------------------------- ************************************************** 2692 GTACTATATATACTAGAGCTATTAAAAGCCCATAGGGGCACTCAGCTATA 2741 ----- ***** 2742 ATATT 2746