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NIAID Influenza Genome Sequencing Project Data Releasing Status
Status Complete set Virus Species Sample provider Country Subtype Host From year To year
Sample provider All subtypes Subtype breakdowns
H3N2 H1N1 H1N2 Other
Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All
Adelaide (NIGSP-AA)
46
2000-2005
5
2000-2005
51
29
2000-2005
2
2000-2005
31
17
2000-2005
3
2000-2000
20
0
0
0
0
0
0
Argentina (NIGSP-ARG)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Australia (NIGSP_RB)
890 + 3
2002-2011
7
2007-2008
900
0
0
0
0
0
0
0
0
0
890 + 3
2002-2011
7
2007-2008
900
Australian Animal Health Laboratory (NIGSP-AHL)
30
2004-2005
2
2004-2004
32
0
0
0
0
0
0
0
0
0
30
2004-2005
2
2004-2004
32
BCM (NIGSP-NIH)
4
1994-2007
3
1995-2007
7
2
1997-2007
1
1995-1995
3
0
2
2006-2007
2
0
0
0
2
1994-2004
0
2
Baylor (NIGSP-TM)
48
1997-2005
0
48
0
0
0
0
0
0
0
0
0
48
1997-2005
0
48
Baylor_WKS (NIGSP_WKS)
49
2009-2009
0
49
0
0
0
49
2009-2009
0
49
0
0
0
0
0
0
Berkeley (NIGSP-EH)
78 + 1
2007-2008
45
2007-2008
124
36
2007-2007
2
2007-2007
38
37
2008-2008
36
2008-2008
73
0
0
0
5 + 1
2008-2008
7
2007-2008
13
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOA)
79 + 3
2011-2012
3
2012-2012
85
57
2011-2012
0
57
20 + 2
2011-2012
0
22
0
0
0
2 + 1
2011-2012
3
2012-2012
6
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOA2)
131 + 1
2012-2013
18
2012-2013
150
130
2012-2013
0
130
1
2012-2012
0
1
0
0
0
0 + 1
2012-2012
18
2012-2013
19
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOB)
1 + 2
2011-2011
0
3
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1 + 2
2011-2011
0
3
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOS)
49
2009-2009
1
2010-2010
50
0
0
0
49
2009-2009
1
2010-2010
50
0
0
0
0
0
0
Boston (NIGSP-FB)
55
2007-2008
42
2007-2008
97
48
2007-2008
19
2008-2008
67
7
2007-2008
17
2007-2008
24
0
0
0
0
6
2008-2008
6
Boston_FBS (NIGSP_FBS)
130
2009-2009
1
2009-2009
131
7
2009-2009
1
2009-2009
8
123
2009-2009
0
123
0
0
0
0
0
0
Brazil pdm (NIGSP_AVS)
7
2009-2011
6
2009-2011
13
0
0
0
7
2009-2011
6
2009-2011
13
0
0
0
0
0
0
Brazil seasonal (NIGSP_AV)
0
18
2009-2009
18
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
18
2009-2009
18
CBER, FDA (NIGSP_GN)
26
1986-2004
0
26
0
0
0
25
1986-2004
0
25
0
0
0
1
2002-2002
0
1
CDC (NIGSP-CDC)
100
1987-2006
1
1999-1999
101
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
1987-2006
1
1999-1999
101
CDPH (NIGSP_CAS)
122
2009-2010
0
122
0
0
0
122
2009-2010
0
122
0
0
0
0
0
0
CDPH_CA (NIGSP_CA)
244
2009-2009
1
2009-2009
245
145
2009-2009
0
145
95
2009-2009
0
95
0
0
0
4
2009-2009
1
2009-2009
5
CDPH_CAH1 (NIGSP_CAH1)
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
0
0
CEIRS H2 project (NIGSP_CEIRS_CIP047_H2EU)
51
1999-2010
0
51
0
0
0
0
0
0
0
0
0
51
1999-2010
0
51
CEIRS_OSU (NIGSP_CEIRS_UMN033_COH)
130 + 1
2008-2010
0
131
9
2008-2009
0
9
8
2009-2010
0
8
3
2008-2009
0
3
110 + 1
2008-2010
0
111
CIDM flu B (NIGSP_DDB)
11 + 1
2010-2010
0
12
0
0
0
0
0
0
0
0
0
11 + 1
2010-2010
0
12
CIDM pdm (NIGSP_DD3)
58
2009-2011
1
2010-2010
59
0
0
0
56
2009-2011
0
56
0
0
0
2
2010-2010
1
2010-2010
3
CIDM seasonal (NIGSP_DD2)
2
2010-2010
0
2
2
2010-2010
0
2
0
0
0
0
0
0
0
0
0
CLEVB (NIGSP_CAI)
32 + 9
2008-2011
4
2010-2011
45
0
0
0
0
0
0
0
0
0
32 + 9
2008-2011
4
2010-2011
45
CSIRO (NIGSP-DB)
84 + 1
1972-2007
20
1978-2007
105
2
2004-2004
0
2
4
1980-2005
1
2005-2005
5
2
2004-2004
0
2
76 + 1
1972-2007
19
1978-2007
96
Chang Gung (NIGSP-SS)
52 + 1
1999-2008
58
2001-2008
111
8
2004-2008
3
2005-2006
11
9
1999-2008
4
2005-2007
13
0
0
0
35 + 1
2001-2007
51
2001-2008
87
Chile (NIGSP_CEIRS_CIP056_CHS)
73
2009-2010
0
73
0
0
0
73
2009-2010
0
73
0
0
0
0
0
0
Duke Univ. (NIGSP_CW)
76
2005-2007
57
2005-2007
133
43
2005-2005
18
2005-2005
61
33
2007-2007
39
2007-2007
72
0
0
0
0
0
0
Egypt (NIGSP-EGY)
6
2004-2008
14
2005-2008
20
0
0
0
0
0
0
0
0
0
6
2004-2008
14
2005-2008
20
Emory Univ. (NIGSP_CEIRS_ATL022_ALC)
39
1934-2012
1
2012-2012
40
0
0
0
39
1934-2012
1
2012-2012
40
0
0
0
0
0
0
Erasmus (NIGSP-CEIRS-CIP047-RF)
49
2000-2007
1
2003-2003
50
1
2007-2007
0
1
0
0
0
0
0
0
48
2000-2007
1
2003-2003
49
Erasmus (NIGSP[_-]CEIRS[_-]C[IL][AP]055[_-]AK)
232 + 21
2006-2009
25
2006-2008
278
2
2006-2006
0
2
9
2007-2008
2
2007-2007
11
0
0
0
221 + 21
2006-2009
23
2006-2008
265
Erasmus H1N1pdm (NIGSP_CEIRS_CIP047_RFS)
25
2009-2010
0
25
0
0
0
25
2009-2010
0
25
0
0
0
0
0
0
Erasmus H3N2 (NIGSP_CEIRS_CIP047_RFH3)
282
1968-2011
4
1986-2009
286
280
1968-2011
4
1986-2009
284
0
0
0
0
0
0
2
1982-1984
0
2
Erasmus Medical Center (NIGSP_DEWH72)
0
9
2013-2013
9
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
9
2013-2013
9
Erasmus Medical College (NIGSP_CEIRS_CIP047_RF2)
0
52
2009-2013
52
0
0
0
0
3
2010-2012
3
0
0
0
0
49
2009-2013
49
HKU (NIGSP-HKU)
72
2004-2005
7
2004-2005
79
72
2004-2005
7
2004-2005
79
0
0
0
0
0
0
0
0
0
HKU seasonal (NIGSP_CEIRS_SJC002_MPA)
100
2009-2009
0
100
98
2009-2009
0
98
1
2009-2009
0
1
0
0
0
1
2009-2009
0
1
HKU seasonal (NIGSP_CEIRS_SJC002_MPS)
115 + 1
2009-2009
0
116
0
0
0
115 + 1
2009-2009
0
116
0
0
0
0
0
0
Harvard (NIGSP_YGA)
494 + 1
2012-2013
48
2012-2013
543
475 + 1
2012-2013
0
476
19
2012-2013
0
19
0
0
0
0
48
2012-2013
48
Harvard (NIGSP_YGB)
53
2012-2013
15
2012-2013
68
0
0
0
0
0
0
0
0
0
53
2012-2013
15
2012-2013
68
Hong Kong (NIGSP-HK)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Innovative Biotech (NIGSP-IB)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Italy (NIGSP-IT)
128 + 2
1980-2006
33
1997-2006
163
0
0
0
0
0
0
0
0
0
128 + 2
1980-2006
33
1997-2006
163
JCVI (NIGSP_WENH7)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
KSU (NIGSP_DEWH7)
0
33
2013-2013
33
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
33
2013-2013
33
Linnaeus University (NIGSP_CEIRS_CIP047_JWC)
240 + 1
2002-2010
263
2002-2011
504
0
0
0
0
0
0
0
0
0
240 + 1
2002-2010
263
2002-2011
504
Long Island (NIGSP-NYScg)
97
1998-2005
2
2002-2005
99
74
1998-2005
0
74
15
2001-2003
1
2002-2002
16
8
2002-2003
0
8
0
1
2005-2005
1
Lovelace Respiratory Research Institute (NIGSP-NM)