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NIAID Influenza Genome Sequencing Project Data Releasing Status
Status Complete set Virus Species Sample provider Country Subtype Host From year To year
Sample provider All subtypes Subtype breakdowns
H3N2 H1N1 H1N2 Other
Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All
Adelaide (NIGSP-AA)
46
2000-2005
5
2000-2005
51
29
2000-2005
2
2000-2005
31
17
2000-2005
3
2000-2000
20
0
0
0
0
0
0
Argentina (NIGSP-ARG)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Australian Animal Health Laboratory (NIGSP-AHL)
30
2004-2005
2
2004-2004
32
0
0
0
0
0
0
0
0
0
30
2004-2005
2
2004-2004
32
BCM (NIGSP-NIH)
4
1994-2007
3
1995-2007
7
2
1997-2007
1
1995-1995
3
0
2
2006-2007
2
0
0
0
2
1994-2004
0
2
Baylor (NIGSP-TM)
48
1997-2005
0
48
0
0
0
0
0
0
0
0
0
48
1997-2005
0
48
Baylor_WKS (NIGSP_WKS)
49
2009-2009
0
49
0
0
0
49
2009-2009
0
49
0
0
0
0
0
0
Berkeley (NIGSP-EH)
78 + 1
2007-2008
45
2007-2008
124
36
2007-2007
2
2007-2007
38
37
2008-2008
36
2008-2008
73
0
0
0
5 + 1
2008-2008
7
2007-2008
13
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOA)
0
78
2011-2011
78
0
56
2011-2011
56
0
21
2011-2011
21
0
0
0
0
1
2011-2011
1
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOB)
0
3
2011-2011
3
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
3
2011-2011
3
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOS)
49
2009-2009
1
2010-2010
50
0
0
0
49
2009-2009
1
2010-2010
50
0
0
0
0
0
0
Boston (NIGSP-FB)
55
2007-2008
42
2007-2008
97
48
2007-2008
19
2008-2008
67
7
2007-2008
17
2007-2008
24
0
0
0
0
6
2008-2008
6
Boston_FBS (NIGSP_FBS)
130
2009-2009
1
2009-2009
131
7
2009-2009
1
2009-2009
8
123
2009-2009
0
123
0
0
0
0
0
0
Brazil pdm (NIGSP_AVS)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Brazil seasonal (NIGSP_AV)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
CBER, FDA (NIGSP_GN)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
CDC (NIGSP-CDC)
100
1987-2006
1
1999-1999
101
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
1987-2006
1
1999-1999
101
CDPH (NIGSP_CAS)
122
2009-2010
0
122
0
0
0
122
2009-2010
0
122
0
0
0
0
0
0
CDPH_CA (NIGSP_CA)
244
2009-2009
1
2009-2009
245
145
2009-2009
0
145
95
2009-2009
0
95
0
0
0
4
2009-2009
1
2009-2009
5
CDPH_CAH1 (NIGSP_CAH1)
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
0
0
CEIRS H2 project (NIGSP_CEIRS_SJC001_H2EU)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
CEIRS_OSU (NIGSP_CEIRS_UMN033_COH)
130 + 1
2008-2010
0
131
9
2008-2009
0
9
8
2009-2010
0
8
3
2008-2009
0
3
110 + 1
2008-2010
0
111
CIDM flu B (NIGSP_DDB)
11 + 1
2010-2010
0
12
0
0
0
0
0
0
0
0
0
11 + 1
2010-2010
0
12
CIDM pdm (NIGSP_DD3)
58
2009-2011
1
2010-2010
59
0
0
0
56
2009-2011
0
56
0
0
0
2
2010-2010
1
2010-2010
3
CIDM seasonal (NIGSP_DD2)
2
2010-2010
0
2
2
2010-2010
0
2
0
0
0
0
0
0
0
0
0
CLEVB (NIGSP_CAI)
0
45
2008-2011
45
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
45
2008-2011
45
CSIRO (NIGSP-DB)
84 + 1
1972-2007
20
1978-2007
105
2
2004-2004
0
2
4
1980-2005
1
2005-2005
5
2
2004-2004
0
2
76 + 1
1972-2007
19
1978-2007
96
Chang Gung (NIGSP-SS)
52 + 1
1999-2008
58
2001-2008
111
8
2004-2008
3
2005-2006
11
9
1999-2008
4
2005-2007
13
0
0
0
35 + 1
2001-2007
51
2001-2008
87
Chile (NIGSP_CEIRS_CIP056_CHS)
73
2009-2010
0
73
0
0
0
73
2009-2010
0
73
0
0
0
0
0
0
Egypt (NIGSP-EGY)
6
2004-2008
14
2005-2008
20
0
0
0
0
0
0
0
0
0
6
2004-2008
14
2005-2008
20
Erasmus (NIGSP-CEIRS-CIP047-RF)
49
2000-2007
1
2003-2003
50
1
2007-2007
0
1
0
0
0
0
0
0
48
2000-2007
1
2003-2003
49
Erasmus (NIGSP[-_]CEIRS[-_]C[IL][PA]055[-_]AK)
232 + 21
2006-2009
25
2006-2008
278
2
2006-2006
0
2
9
2007-2008
2
2007-2007
11
0
0
0
221 + 21
2006-2009
23
2006-2008
265
Erasmus H1N1pdm (NIGSP_CEIRS_CIP047_RFS)
24
2009-2010
1
2009-2009
25
0
0
0
24
2009-2010
1
2009-2009
25
0
0
0
0
0
0
Erasmus H3N2 (NIGSP_CEIRS_CIP047_RFH3)
0
286
1968-2011
286
0
286
1968-2011
286
0
0
0
0
0
0
0
0
0
HKU (NIGSP-HKU)
72
2004-2005
7
2004-2005
79
72
2004-2005
7
2004-2005
79
0
0
0
0
0
0
0
0
0
HKU seasonal (NIGSP_CEIRS_SJC002_MPA)
53
2009-2009
47
2009-2009
100
52
2009-2009
47
2009-2009
99
1
2009-2009
0
1
0
0
0
0
0
0
HKU seasonal (NIGSP_CEIRS_SJC002_MPS)
0
116
2009-2009
116
0
0
0
0
116
2009-2009
116
0
0
0
0
0
0
Hong Kong (NIGSP-HK)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Innovative Biotech (NIGSP-IB)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Italy (NIGSP-IT)
128 + 2
1980-2006
33
1997-2006
163
0
0
0
0
0
0
0
0
0
128 + 2
1980-2006
33
1997-2006
163
Long Island (NIGSP-NYScg)
97
1998-2005
2
2002-2005
99
74
1998-2005
0
74
15
2001-2003
1
2002-2002
16
8
2002-2003
0
8
0
1
2005-2005
1
Lovelace Respiratory Research Institute (NIGSP-NM)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
MIT (NIGSP_CEIRS_CIP055_AK2)
0
539
2009-2010
539
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
539
2009-2010
539
Malaysia A (NIGSP_MALA)
0
204
1995-2009
204
0
116
1995-2009
116
0
88
1995-2009
88
0
0
0
0
0
0
Malaysia B (NIGSP_MALB)
0
82
1995-2008
82
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
82
1995-2008
82
Medical College of Wisconsin (NIGSP[-_]MCW)
344
2009-2009
0
344
0
0
0
344
2009-2009
0
344
0
0
0
0
0
0
Medical College of Wisconsin_MCWS (NIGSP_MCWS)
0
1
2009-2009
1
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Mexico (NIGSP-MX)
2
2003-2003
37
1999-2004
39
2
2003-2003
37
1999-2004
39
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Mexico, Pandemic 2009 (NIGSP[-_]MXS)
25 + 1
2009-2009
0
26
0
0
0
25 + 1
2009-2009
0
26
0
0
0
0
0
0
Mount Sinai (NIGSP-PA)
11
1942-2004
1
2003-2003
12
4
2001-2004
0
4
7
1942-2004
1
2003-2003
8
0
0
0
0
0
0
NHRCC (NIGSP_NHRCC)
11
2009-2009
0
11
0
0
0
11
2009-2009
0
11
0
0
0
0
0
0
NIAID (NIGSP-BK)
13
1931-1976
0
13
5
1968-1973
0
5
8
1931-1976
0
8
0
0
0
0
0
0
NIAID H1N1 (NIGSP_JYA)
30
1934-1934
0
30
0
0
0
30
1934-1934
0
30
0
0
0
0
0
0
NIGSP-DW
211
1982-2006
28
1966-2006
239
0
0
0
6
2005-2006
7
2005-2005
13
0
0
0
205
1982-2006
21
1966-2006
226
NIGSP-NIAID (NIGSP-JY)
9 + 1
1934-1934
6
1934-1934
16
0
0
0
9 + 1
1934-1934
6
1934-1934
16
0
0
0
0
0
0
NIGSP_NHRCA
110 + 1
1999-2011
0
111
110 + 1
1999-2011
0
111
0
0
0
0
0
0
0
0
0
NIGSP_NHRCB
36 + 1
2000-2006
0
37
0
0
0
0
0
0
0
0
0
36 + 1
2000-2006
0
37
NIHE, Vietnam (NIGSP_VIE)
239 + 1
2001-2008
2
2008-2008
242
144
2001-2008
1
2008-2008
145
94 + 1
2001-2008
1
2008-2008
96
0
0
0
1
2008-2008
0
1
NYMC (NIGSP-NY)
51 + 1
1933-2007
44
1934-2007
96
21
1968-2007
33
1968-2007
54
14 + 1
1933-2006
3
1934-1995
18
1
1957-1957
0
1
15
1957-2006
8
1940-2006
23
NYMC flu A (NIGSP_BUCA)
0
110
1934-2011
110
0
79
1934-2010
79
0
23
1934-2011
23
0
0
0
0
8
1934-1983
8
NYMC flu B (NIGSP_BUCB)
0
42
1940-2010
42
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
42
1940-2010
42
NYSDOH (NIGSP-NYS)
693 + 1
1993-2005
4
2003-2004
698
612 + 1
1993-2005
3
2003-2004
616
66
1995-2003
0
66
14
2002-2003
1
2003-2003
15
1
1999-1999
0
1
NYSDOH-WA (NIGSP-WA)
48
1948-1979
1
1957-1957
49
19
1968-1978
0
19
8
1948-1979
0
8
0
0
0
21
1957-1968
1
1957-1957
22
NYSDOH-WP (NIGSP-WP)
42
2004-2006
1
2004-2004
43
42
2004-2006
1
2004-2004
43
0
0
0
0
0
0
0
0
0
NYSDOH-WP (NIGSP_AGA)
75
2010-2011
0
75
75
2010-2011
0
75
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Naval Health Research Center (NIGSP_NHRCS)
50
2009-2011
0
50
0
0
0
50
2009-2011
0
50
0
0
0
0
0
0
New Zealand (NIGSP-NZ)
592
1999-2005
26
2000-2005
618
444
1999-2005
18
2000-2005
462
147
2000-2005
8
2000-2001
155
0
0
0
1
2000-2000
0
1
OSU (NIGSP-OH)
190
1986-2006
85
1986-2007
275
13
1986-2005
3
2005-2006
16
10
1987-2005
0
10
0
0
0
167
1986-2006
82
1986-2007
249
OSU, archived (NIGSP-OHC)
43
1986-2007
0
43
0
0
0
0
0
0
0
0
0
43
1986-2007
0
43
OUCRU, Vietnam (NIGSP_VDS)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Perth (NIGSP-AP)
77
2000-2005
2
2000-2002
79
71
2000-2005
2
2000-2002
73
6
2001-2005
0
6
0
0
0
0
0
0
Pittsburgh (NIGSP-PIT)
18
2008-2008
57
2008-2008
75
15
2008-2008
3
2008-2008
18
0
0
0
0
0
0
3
2008-2008
54
2008-2008
57
Prince of Wales Hospital (NIGSP-AS)
28
1999-2000
0
28
24
1999-2000
0
24
4
1999-2000
0
4
0
0
0
0
0
0
Queensland (NIGSP-AB)
56
2000-2005
0
56
56
2000-2005
0
56
0
0
0
0
0
0
0
0
0
SDI (NIGSP-SDI)
518 + 5
2002-2008
97
2006-2008
620
157
2002-2008
18
2007-2008
175
313
2006-2008
48
2007-2008
361
1
2003-2003
0
1
47 + 5
2006-2007
31
2006-2008
83
SDIA (NIGSP_SDIA)
8
2009-2009
0
8
8
2009-2009
0
8
0
0
0
0
0
0
0
0
0
SDIS (NIGSP_SDIS)
58
2009-2009
0
58
0
0
0
58
2009-2009
0
58
0
0
0
0
0
0
SJ H2 collection (NIGSP_CEIRS_SJC001_H2SJ)
0
103
1976-2009
103
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
103
1976-2009
103
SJ-CEIRS (NIGSP-CEIRS-SJC001-SJC)
25
2006-2007
0
25
0
0
0
5
2006-2006
0
5
0
0
0
20
2006-2007
0
20
Saskatchewan (NIGSP-FL)
68 + 2
2005-2007
127
2005-2007
197
14
2005-2007
5
2006-2006
19
1
2005-2005
2
2005-2006
3
0
0
0
53 + 2
2005-2007
120
2005-2007
175
St Jude (NIGSP-SJ)
420
1933-2007
45
1957-2006
465
97
1968-2003
7
1973-1990
104
221
1933-2003
21
1968-1988
242
0
0
0
102
1956-2007
17
1957-2006
119
St. Jude (NIGSP_CEIRS_SJC001_JBC)
285 + 2
1986-2009
219
1986-2010
506
23
1994-2008
0
23
2
1994-1998
0
2
0
0
0
260 + 2
1986-2009
219
1986-2010
481
The Methodist Hospital (NIGSP_JMS)
182
2009-2010
0
182
0
0
0
182
2009-2010
0
182
0
0
0
0
0
0
UC Berkeley (NIGSP_AGS)
136
2009-2010
0
136
0
0
0
136
2009-2010
0
136
0
0
0
0
0
0
UC Berkeley_AGB (NIGSP_AGB)
34 + 2
2010-2010
26
2008-2011
62
0
0
0
0
0
0
0
0
0
34 + 2
2010-2010
26
2008-2011
62
UC Davis (NIGSP[-_]CC)
21
2005-2007
2
2006-2006
23
0
0
0
0
0
0
0
0
0
21
2005-2007
2
2006-2006
23
UC Davis (NIGSP_CEIRS_CIP032_WBC)
150 + 2
2007-2010
27
2009-2011
179
0
1
2010-2010
1
4
2008-2009
1
2010-2010
5
1
2008-2008
1
2010-2010
2
145 + 2
2007-2010
24
2009-2011
171
UMN026 (NIGSP_CEIRS_UMN026_MG)
36
2002-2010
0
36
9
2005-2009
0
9
21
2002-2010
0
21
3
2004-2008
0
3
3
2003-2008
0
3
USAF (NIGSP-AFO)
8
2007-2008
2
2008-2008
10
4
2007-2008
1
2008-2008
5
4
2007-2008
1
2008-2008
5
0
0
0
0
0
0
USGS (NIGSP-HI)
100
2005-2007
17
2007-2007
117
1
2006-2006
0
1
3
2007-2007
0
3
3
2007-2007
1
2007-2007
4
93
2005-2007
16
2007-2007
109
USGS (NIGSP_CEIRS_UMN030_JHC)
0
167
2007-2009
167
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
167
2007-2009
167
USGS (NIGSP_CEIRS_UMN030_JHC2)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Universidad Autonoma de San Luis Potosi, Mexico (NIGSP_DC)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
University of Georgia (NIGSP_CEIRS_UMN023_MCE)
102 + 2
2007-2007
3
2007-2007
107
0
0
0
2 + 1
2007-2007
0
3
0
0
0
100 + 1
2007-2007
3
2007-2007
104
University of Minnesota (NIGSP_INS)
450 + 13
2009-2010
4
2009-2010
467
0
0
0
449 + 8
2009-2010
4
2009-2010
461
0
0
0
1 + 5
2009-2010
0
6
University of Ottawa (NIGSP[-_]EB)
92
1931-1982
0
92
56
1968-1982
0
56
10
1931-1947
0
10
0
0
0
26
1956-1979
0
26
University of Siena (NIGSP-IU)
15
1987-2003
16
1988-2006
31
11
1988-2003
5
1988-2004
16
4
1987-1995
5
2001-2006
9
0
0
0
0
6
1993-2006
6
Wadsworth-DW09 (NIGSP[-_]DW09)
76
2009-2009
2
2009-2009
78
65
2009-2009
0
65
8
2009-2009
2
2009-2009
10
0
0
0
3
2009-2009
0
3
Wadsworth-SW (NIGSP[-_]SW)
247 + 2
1976-2009
7
2009-2009
256
0
0
0
247
1976-2009
7
2009-2009
254
0
0
0
0 + 2
2009-2009
0
2
Wadsworth_SG (NIGSP_SG)
3
2009-2010
1
2009-2009
4
3
2009-2010
0
3
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
0
0
Wadsworth_SGS (NIGSP_SGS)
133
2009-2010
0
133
0
0
0
133
2009-2010
0
133
0
0
0
0
0
0
Yuctan (NIGSP_YUCA)
0
95
2009-2010
95
0
91
2009-2010
91
0
4
2009-2009
4
0
0
0
0
0
0
Yuctan (NIGSP_YUCS)
1
2009-2009
0
1
0
0
0
1
2009-2009
0
1
0
0
0
0
0
0
Total 8198+65 3071 11334 2594+2 849 3445 3341+13 439 3793 363 39 2227+50 1780 4057
February 11, 2012
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