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NIAID Influenza Genome Sequencing Project Data Releasing Status
Status Complete set Virus Species Sample provider Country Subtype Host From year To year
Sample provider All subtypes Subtype breakdowns
H3N2 H1N1 H1N2 Other
Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All
Adelaide
46
2000-2005
5
2000-2005
51
29
2000-2005
2
2000-2005
31
17
2000-2005
3
2000-2000
20
0
0
0
0
0
0
Alaska
22
2007-2007
29
2007-2007
51
0
0
0
0
3
2007-2007
3
0
0
0
22
2007-2007
26
2007-2007
48
Argentina
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Australian Animal Health Laboratory
23
2004-2005
9
2004-2005
32
0
0
0
0
0
0
0
0
0
23
2004-2005
9
2004-2005
32
BCM
4
1994-2007
3
1995-2007
7
2
1997-2007
1
1995-1995
3
0
2
2006-2007
2
0
0
0
2
1994-2004
0
2
Baylor
48
1997-2005
0
48
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0
0
0
0
0
0
0
0
48
1997-2005
0
48
Baylor_WKS
3
2009-2009
46
2009-2009
49
0
0
0
3
2009-2009
46
2009-2009
49
0
0
0
0
0
0
Berkeley
78
2007-2008
47
2007-2008
125
36
2007-2007
2
2007-2007
38
37
2008-2008
37
2008-2008
74
0
0
0
5
2008-2008
8
2007-2008
13
Boston
55
2008-2008
42
2008-2008
97
48
2008-2008
19
2008-2008
67
7
2008-2008
17
2008-2008
24
0
0
0
0
6
2008-2008
6
CDC
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1987-2006
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0
0
0
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0
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0
100
1987-2006
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1999-1999
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0
0
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0
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0
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0
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0
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34
1975-2007
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0
0
0
0
0
0
0
0
34
1975-2007
76
1972-2007
110
Chang Gung
47
1999-2008
64
2001-2008
111
8
2004-2008
3
2005-2006
11
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1999-2008
4
2005-2007
13
0
0
0
30
2001-2007
57
2001-2008
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Egypt
5
2004-2008
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2005-2008
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0
0
0
0
0
0
0
0
0
5
2004-2008
15
2005-2008
20
Erasmus
28
2004-2007
22
2000-2007
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1
2007-2007
0
1
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0
0
0
0
0
27
2004-2007
22
2000-2007
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HKU
72
2004-2005
7
2004-2005
79
72
2004-2005
7
2004-2005
79
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Hong Kong
0
0
0
0
0
0
0
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0
Innovative Biotech
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0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Italy
117
1980-2006
46
1997-2006
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0
0
0
0
0
0
0
0
0
117
1980-2006
46
1997-2006
163
Long Island
97
1998-2005
2
2002-2005
99
74
1998-2005
0
74
15
2001-2003
1
2002-2002
16
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2002-2003
0
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2005-2005
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0
0
0
0
0
0
0
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0
0
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184
2009-2009
21
2009-2009
205
0
0
0
184
2009-2009
21
2009-2009
205
0
0
0
0
0
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Mexico
2
2003-2003
37
1999-2004
39
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2003-2003
37
1999-2004
39
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Mexico, Pandemic 2009
16
2009-2009
2
2009-2009
18
0
0
0
16
2009-2009
2
2009-2009
18
0
0
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0
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Mount Sinai
11
1942-2004
1
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12
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2001-2004
0
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1942-2004
1
2003-2003
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0
0
0
0
0
0
NIAID
12
1931-1976
1
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13
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1931-1976
1
1935-1935
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0
0
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0
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1982-2006
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0
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2005-2005
12
2005-2006
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0
0
0
172
1982-2006
54
1966-2006
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NIGSP-NIAID
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1934-1934
13
1934-1934
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0
0
0
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NYSDOH
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1993-2005
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1999-2004
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1993-2005
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1999-2004
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1995-2003
0
66
14
2002-2003
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1
1999-1999
0
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46
1948-1979
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1957-1967
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1968-1978
0
19
8
1948-1979
0
8
0
0
0
19
1957-1968
3
1957-1967
22
NYSDOH-WP
42
2004-2006
1
2004-2004
43
42
2004-2006
1
2004-2004
43
0
0
0
0
0
0
0
0
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Naval Health Research Center
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
New Zealand
592
1999-2005
29
2000-2005
621
444
1999-2005
19
2000-2005
463
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2000-2005
10
2000-2001
157
0
0
0
1
2000-2000
0
1
OSU
180
1986-2006
95
1986-2007
275
13
1986-2005
3
2005-2006
16
10
1987-2005
0
10
0
0
0
157
1986-2006
92
1986-2007
249
OSU, archived
0
32
1986-2006
32
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
32
1986-2006
32
Perth
77
2000-2005
2
2000-2002
79
71
2000-2005
2
2000-2002
73
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2001-2005
0
6
0
0
0
0
0
0
Pittsburgh
18
2008-2008
57
2008-2008
75
15
2008-2008
3
2008-2008
18
0
0
0
0
0
0
3
2008-2008
54
2008-2008
57
Prince of Wales Hospital
28
1999-2000
0
28
24
1999-2000
0
24
4
1999-2000
0
4
0
0
0
0
0
0
Queensland
56
2000-2005
0
56
56
2000-2005
0
56
0
0
0
0
0
0
0
0
0
SDI
516
2002-2008
105
2004-2008
621
156
2002-2008
19
2007-2008
175
312
2006-2008
49
2007-2008
361
1
2003-2003
0
1
47
2006-2007
37
2004-2008
84
SJ-CEIRS
13
2006-2007
12
2006-2007
25
0
0
0
3
2006-2006
0
3
0
0
0
10
2006-2007
12
2006-2007
22
Saskatchewan
37
2005-2007
160
2005-2007
197
7
2006-2007
12
2005-2007
19
0
2
2005-2006
2
0
0
0
30
2005-2007
146
2005-2007
176
St Jude
409
1933-2007
59
1956-2006
468
96
1968-2003
9
1973-1990
105
218
1933-2003
26
1968-1990
244
0
0
0
95
1957-2007
24
1956-2006
119
The Methodist Hospital
11
2009-2009
95
2009-2009
106
0
0
0
11
2009-2009
95
2009-2009
106
0
0
0
0
0
0
UC Berkeley
0
41
2009-2009
41
0
0
0
0
41
2009-2009
41
0
0
0
0
0
0
UC Davis
4
2005-2005
19
2005-2007
23
0
0
0
0
0
0
0
0
0
4
2005-2005
19
2005-2007
23
USAF
8
2007-2008
2
2008-2008
10
4
2007-2008
1
2008-2008
5
4
2007-2008
1
2008-2008
5
0
0
0
0
0
0
USGS
3
2006-2007
114
2005-2007
117
0
0
0
0
0
0
0
3
2007-2007
3
3
2006-2007
111
2005-2007
114
University of Georgia
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
University of Ottawa
71
1931-1968
21
1933-1982
92
51
1968-1968
5
1968-1982
56
8
1931-1947
2
1933-1947
10
0
0
0
12
1956-1963
14
1956-1979
26
University of Siena
15
1987-2003
16
1988-2006
31
11
1988-2003
5
1988-2004
16
4
1987-1995
5
2001-2006
9
0
0
0
0
6
1993-2006
6
Wadsworth-DW09
49
2009-2009
30
2009-2009
79
41
2009-2009
28
2009-2009
69
8
2009-2009
2
2009-2009
10
0
0
0
0
0
0
Wadsworth-SW
228
1976-2009
30
2009-2009
258
0
0
0
228
1976-2009
30
2009-2009
258
0
0
0
0
0
0
Wadsworth_SGS
0
36
2009-2009
36
0
0
0
0
36
2009-2009
36
0
0
0
0
0
0
Total 4324+1 1572 5897 1962+1 218 2181 1356468 1824 247 31 982879 1861
November 25, 2009
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