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NIAID Influenza Genome Sequencing Project Data Releasing Status
Status Complete set Virus Species Sample provider Country Subtype Host From year To year
Sample provider All subtypes Subtype breakdowns
H3N2 H1N1 H1N2 Other
Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All Released + Partial To come All
Adelaide (NIGSP-AA)
46
2000-2005
5
2000-2005
51
29
2000-2005
2
2000-2005
31
17
2000-2005
3
2000-2000
20
0
0
0
0
0
0
Argentina (NIGSP-ARG)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Australia (NIGSP_RB)
890 + 3
2002-2011
7
2007-2008
900
0
0
0
0
0
0
0
0
0
890 + 3
2002-2011
7
2007-2008
900
Australia (NIGSP_RB2)
0
723
214-2014
723
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
723
214-2014
723
Australian Animal Health Laboratory (NIGSP-AHL)
30
2004-2005
2
2004-2004
32
0
0
0
0
0
0
0
0
0
30
2004-2005
2
2004-2004
32
BCM (NIGSP-NIH)
4
1994-2007
3
1995-2007
7
2
1997-2007
1
1995-1995
3
0
2
2006-2007
2
0
0
0
2
1994-2004
0
2
Baylor (NIGSP-TM)
48
1997-2005
0
48
0
0
0
0
0
0
0
0
0
48
1997-2005
0
48
Baylor_WKS (NIGSP_WKS)
49
2009-2009
0
49
0
0
0
49
2009-2009
0
49
0
0
0
0
0
0
Berkeley (NIGSP-EH)
79
2007-2008
45
2007-2008
124
36
2007-2007
2
2007-2007
38
37
2008-2008
36
2008-2008
73
0
0
0
6
2008-2008
7
2007-2008
13
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOA)
79 + 3
2011-2012
3
2012-2012
85
57
2011-2012
0
57
20 + 2
2011-2012
0
22
0
0
0
2 + 1
2011-2012
3
2012-2012
6
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOA2)
131 + 1
2012-2013
18
2012-2013
150
130
2012-2013
0
130
1
2012-2012
0
1
0
0
0
0 + 1
2012-2012
18
2012-2013
19
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOB)
1 + 2
2011-2011
0
3
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1 + 2
2011-2011
0
3
Beth Israel Deaconess Medical Center (NIGSP_DOS)
49
2009-2009
1
2010-2010
50
0
0
0
49
2009-2009
1
2010-2010
50
0
0
0
0
0
0
Boston (NIGSP-FB)
55
2007-2008
42
2007-2008
97
48
2007-2008
19
2008-2008
67
7
2007-2008
17
2007-2008
24
0
0
0
0
6
2008-2008
6
Boston_FBS (NIGSP_FBS)
130
2009-2009
1
2009-2009
131
7
2009-2009
1
2009-2009
8
123
2009-2009
0
123
0
0
0
0
0
0
Brazil pdm (NIGSP_AVS)
7
2009-2011
6
2009-2011
13
0
0
0
7
2009-2011
6
2009-2011
13
0
0
0
0
0
0
Brazil seasonal (NIGSP_AV)
0
18
2009-2009
18
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
18
2009-2009
18
CBER, FDA (NIGSP_GN)
26
1986-2004
0
26
0
0
0
25
1986-2004
0
25
0
0
0
1
2002-2002
0
1
CDC (NIGSP-CDC)
100
1987-2006
1
1999-1999
101
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
1987-2006
1
1999-1999
101
CDPH (NIGSP_CAS)
122
2009-2010
0
122
0
0
0
122
2009-2010
0
122
0
0
0
0
0
0
CDPH_CA (NIGSP_CA)
244
2009-2009
1
2009-2009
245
145
2009-2009
0
145
95
2009-2009
0
95
0
0
0
4
2009-2009
1
2009-2009
5
CDPH_CAH1 (NIGSP_CAH1)
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
0
0
CEIRS H2 project (NIGSP_CEIRS_CIP047_H2EU)
51
1999-2010
0
51
0
0
0
0
0
0
0
0
0
51
1999-2010
0
51
CEIRS_OSU (NIGSP_CEIRS_UMN033_COH)
130 + 1
2008-2010
0
131
9
2008-2009
0
9
8
2009-2010
0
8
3
2008-2009
0
3
110 + 1
2008-2010
0
111
CIDM flu B (NIGSP_DDB)
11 + 1
2010-2010
0
12
0
0
0
0
0
0
0
0
0
11 + 1
2010-2010
0
12
CIDM pdm (NIGSP_DD3)
58
2009-2011
1
2010-2010
59
0
0
0
56
2009-2011
0
56
0
0
0
2
2010-2010
1
2010-2010
3
CIDM seasonal (NIGSP_DD2)
2
2010-2010
0
2
2
2010-2010
0
2
0
0
0
0
0
0
0
0
0
CLEVB (NIGSP_CAI)
32 + 9
2008-2011
4
2010-2011
45
0
0
0
0
0
0
0
0
0
32 + 9
2008-2011
4
2010-2011
45
CSIRO (NIGSP-DB)
84 + 1
1972-2007
20
1978-2007
105
2
2004-2004
0
2
4
1980-2005
1
2005-2005
5
2
2004-2004
0
2
76 + 1
1972-2007
19
1978-2007
96
Chang Gung (NIGSP-SS)
52 + 1
1999-2008
58
2001-2008
111
8
2004-2008
3
2005-2006
11
9
1999-2008
4
2005-2007
13
0
0
0
35 + 1
2001-2007
51
2001-2008
87
Chile (NIGSP_CEIRS_CIP056_CHS)
73
2009-2010
0
73
0
0
0
73
2009-2010
0
73
0
0
0
0
0
0
Christian Medical College/Duke-NUS (NIGSP_IND)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Duke Univ. (NIGSP_CW)
76
2005-2007
57
2005-2007
133
43
2005-2005
18
2005-2005
61
33
2007-2007
39
2007-2007
72
0
0
0
0
0
0
Egypt (NIGSP-EGY)
6
2004-2008
14
2005-2008
20
0
0
0
0
0
0
0
0
0
6
2004-2008
14
2005-2008
20
Emory Univ. (NIGSP_CEIRS_ATL022_ALC)
39
1934-2012
1
2012-2012
40
0
0
0
39
1934-2012
1
2012-2012
40
0
0
0
0
0
0
Erasmus (NIGSP-CEIRS-CIP047-RF)
49
2000-2007
1
2003-2003
50
1
2007-2007
0
1
0
0
0
0
0
0
48
2000-2007
1
2003-2003
49
Erasmus (NIGSP[_-]CEIRS[_-]C[IL][AP]055[_-]AK)
232 + 21
2006-2009
25
2006-2008
278
2
2006-2006
0
2
9
2007-2008
2
2007-2007
11
0
0
0
221 + 21
2006-2009
23
2006-2008
265
Erasmus H1N1pdm (NIGSP_CEIRS_CIP047_RFS)
25
2009-2010
0
25
0
0
0
25
2009-2010
0
25
0
0
0
0
0
0
Erasmus H3N2 (NIGSP_CEIRS_CIP047_RFH3)
282
1968-2011
4
1986-2009
286
281
1968-2011
4
1986-2009
285
0
0
0
0
0
0
1
1982-1982
0
1
Erasmus Medical Center (NIGSP_DEWH72)
9
2013-2013
0
9
0
0
0
0
0
0
0
0
0
9
2013-2013
0
9
Erasmus Medical College (NIGSP_CEIRS_CIP047_RF2)
46 + 3
2009-2013
3
2011-2012
52
0
0
0
3
2010-2012
0
3
0
0
0
43 + 3
2009-2013
3
2011-2012
49
HKU (NIGSP-HKU)
72
2004-2005
7
2004-2005
79
72
2004-2005
7
2004-2005
79
0
0
0
0
0
0
0
0
0
HKU seasonal (NIGSP_CEIRS_SJC002_MPA)
100
2009-2009
0
100
98
2009-2009
0
98
1
2009-2009
0
1
0
0
0
1
2009-2009
0
1
HKU seasonal (NIGSP_CEIRS_SJC002_MPS)
115 + 1
2009-2009
0
116
0
0
0
115 + 1
2009-2009
0
116
0
0
0
0
0
0
Harvard (NIGSP_YGA)
494 + 1
2012-2013
48
2012-2013
543
475 + 1
2012-2013
0
476
19
2012-2013
0
19
0
0
0
0
48
2012-2013
48
Harvard (NIGSP_YGB)
53
2012-2013
15
2012-2013
68
0
0
0
0
0
0
0
0
0
53
2012-2013
15
2012-2013
68
Hong Kong (NIGSP-HK)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Innovative Biotech (NIGSP-IB)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Italy (NIGSP-IT)
128 + 2
1980-2006
33
1997-2006
163
0
0
0
0
0
0
0
0
0
128 + 2
1980-2006
33
1997-2006
163
JCVI (NIGSP_WENH7)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
KSU (NIGSP_DEWH7)
28
2013-2013
5
2013-2013
33
0
0
0
0
0
0
0
0
0
28
2013-2013
5
2013-2013
33
Linnaeus University (NIGSP_CEIRS_CIP047_JWC)
424 + 1
2002-2011
79
2002-2009
504
0
0
0
0
0
0
0
0
0
424 + 1
2002-2011
79
2002-2009
504
Long Island (NIGSP-NYScg)
97
1998-2005
2
2002-2005
99
74
1998-2005
0
74
15
2001-2003
1
2002-2002
16
8
2002-2003
0
8
0
1
2005-2005
1
Lovelace Respiratory Research Institute (NIGSP-NM)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
MIT (NIGSP_CEIRS_CIP055_AK2)
529 + 5
2009-2010
8
2009-2009
542
0
0
0
0
0
0
0
0
0
529 + 5
2009-2010
8
2009-2009
542
MIT (NIGSP_CEIRS_CIP105_RUNC)
159
2008-2014
220
2008-2015
379
0
0
0
0
0
0
0
0
0
159
2008-2014
220
2008-2015
379
Malaysia A (NIGSP_MALA)
199 + 6
1995-2009
0
205
109 + 2
1995-2009
0
111
74 + 2
1995-2009
0
76
0
0
0
16 + 2
1997-2009
0
18
Malaysia B (NIGSP_MALB)
77 + 1
1995-2008
4
1995-2008
82
0
0
0
0
0
0
0
0
0
77 + 1
1995-2008
4
1995-2008
82
Medical College of Wisconsin (NIGSP[-_]MCW)
344
2009-2009
0
344
0
0
0
344
2009-2009
0
344
0
0
0
0
0
0
Medical College of Wisconsin_MCWS (NIGSP_MCWS)
0
1
2009-2009
1
0
1
2009-2009
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Mexico (NIGSP-MX)
2
2003-2003
37
1999-2004
39
2
2003-2003
37
1999-2004
39
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Mexico, Pandemic 2009 (NIGSP[-_]MXS)
25 + 1
2009-2009
0
26
0
0
0
25 + 1
2009-2009
0
26
0
0
0
0
0
0
Mount Sinai (NIGSP-PA)
11
1942-2004
1
2003-2003
12
4
2001-2004
0
4
7
1942-2004
1
2003-2003
8
0
0
0
0
0
0
Mount Sinai (NIGSP_PA2)
11 + 6
2009-2009
3
2009-2009
20
0
0
0
11 + 5
2009-2009
3
2009-2009
19
0
0
0
0 + 1
2009-2009
0
1
NHRCC (NIGSP_NHRCC)
11
2009-2009
0
11
0
0
0
11
2009-2009
0
11
0
0
0
0
0
0
NIAID (NIGSP-BK)
12
1931-1976
1
1968-1968
13
4
1968-1973
1
1968-1968
5
8
1931-1976
0
8
0
0
0
0
0
0
NIAID (NIGSP_JY2)
44 + 1
1931-1999
0
45
6
1968-1973
0
6
37 + 1
1931-1999
0
38
1
0
1
0
0
0
NIAID (NIGSP_KSU)
77 + 3
2009-2009
90
2009-2009
170
0
0
0
77 + 2
2009-2009
90
2009-2009
169
0
0
0
0 + 1
2009-2009
0
1
NIAID H1N1 (NIGSP_JYA)
30
1934-1934
0
30
0
0
0
30
1934-1934
0
30
0
0
0
0
0
0
NIGSP-DW
211
1982-2006
28
1966-2006
239
0
0
0
6
2005-2006
7
2005-2005
13
0
0
0
205
1982-2006
21
1966-2006
226
NIGSP-NIAID (NIGSP-JY)
9 + 1
1934-1934
6
1934-1934
16
0
0
0
9 + 1
1934-1934
6
1934-1934
16
0
0
0
0
0
0
NIGSP_NHRCA
110 + 1
1999-2011
0
111
110 + 1
1999-2011
0
111
0
0
0
0
0
0
0
0
0
NIGSP_NHRCB
36 + 1
2000-2006
0
37
0
0
0
0
0
0
0
0
0
36 + 1
2000-2006
0
37
NIHE, Vietnam (NIGSP_VIE)
239 + 1
2001-2008
2
2008-2008
242
144
2001-2008
1
2008-2008
145
94 + 1
2001-2008
1
2008-2008
96
0
0
0
1
2008-2008
0
1
NYMC (NIGSP-NY)
51
1933-2007
44
1934-2007
95
20
1968-2007
33
1968-2007
53
15
1933-2006
3
1934-1995
18
1
1957-1957
0
1
15
1957-2006
8
1940-2006
23
NYMC (NIGSP_BUCUTR)
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
NYMC flu A (NIGSP_BUCA)
109 + 1
1934-2011
0
110
78
1934-2010
0
78
24
1934-2011
0
24
2
1957-1957
0
2
5 + 1
1934-2009
0
6
NYMC flu B (NIGSP_BUCB)
42
1940-2010
0
42
0
0
0
0
0
0
0
0
0
42
1940-2010
0
42
NYSDOH (NIGSP-NYS)
693 + 1
1993-2005
4
2003-2004
698
612 + 1
1993-2005
3
2003-2004
616
66
1995-2003
0
66
14
2002-2003
1
2003-2003
15
1
1999-1999
0
1
NYSDOH-WA (NIGSP-WA)
48
1948-1979
1
1957-1957
49
19
1968-1978
0
19
8
1948-1979
0
8
0
0
0
21
1957-1968
1
1957-1957
22
NYSDOH-WP (NIGSP-WP)
42
2004-2006
1
2004-2004
43
42
2004-2006
1
2004-2004
43
0
0
0
0
0
0
0
0
0
NYSDOH-WP (NIGSP_AGA)
75
2010-2011
0
75
75
2010-2011
0
75
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Naval Health Research Center (NIGSP_NHRCS)
50
2009-2011
0
50
0
0
0
50
2009-2011
0
50
0
0
0
0
0
0
New Zealand (NIGSP-NZ)
592
1999-2005
26
2000-2005
618
444
1999-2005
18
2000-2005
462
147
2000-2005
8
2000-2001
155
0
0
0
1
2000-2000
0
1
OSU (NIGSP-OH)
190
1986-2006
85
1986-2007
275
13
1986-2005
3
2005-2006
16
10
1987-2005
0
10
0
0
0
167
1986-2006
82
1986-2007
249
OSU (NIGSP_ABOW)
175
2005-2014
382
2005-2015
557
0
25
2005-2014
25
21
2008-2014
35
2005-2012
56
0
0
0
154
2005-2014
322
2005-2015
476
OSU (NIGSP_CEIRS_UMN033_COH2)
218 + 1
2008-2011
0
219
10
2010-2011
0
10
15 + 1
2010-2011
0
16
3
2010-2011
0
3
190
2008-2011
0
190
OSU (NIGSP_CEIRS_UMN033_COH3)
177
2009-2011
0
177
100
2009-2011
0
100
0
0
0
60
2009-2011
0
60
17
2011-2011
0
17
OSU (NIGSP_CEIRS_UMN033_COH5)
81 + 13
2012-2013
9
2012-2013
103
4
2012-2012
0
4
4
2012-2012
0
4
1
2013-2013
0
1
72 + 13
2012-2013
9
2012-2013
94
OSU, archived (NIGSP-OHC)
43
1986-2007
0
43
0
0
0
0
0
0
0
0
0
43
1986-2007
0
43
OUCRU, Vietnam (NIGSP_VDS)
50 + 10
2009-2009
1
2009-2009
61
0
0
0
50 + 4
2009-2009
1
2009-2009
55
0
0
0
0 + 6
2009-2009
0
6
Ohio State University (NIGSP_CEIRS_UMN033_COH4)
143
2011-2012
2
2011-2011
145
20
2011-2011
0
20
5
2011-2012
0
5
1
2011-2011
0
1
117
2011-2012
2
2011-2011
119
Perth (NIGSP-AP)
79
2000-2005
0
79
73
2000-2005
0
73
6
2001-2005
0
6
0
0
0
0
0
0
Pittsburgh (NIGSP-PIT)
18
2008-2008
57
2008-2008
75
15
2008-2008
3
2008-2008
18
0
0
0
0
0
0
3
2008-2008
54
2008-2008
57
Prince of Wales Hospital (NIGSP-AS)
28
1999-2000
0
28
24
1999-2000
0
24
4
1999-2000
0
4
0
0
0
0
0
0
Queensland (NIGSP-AB)
56
2000-2005
0
56
56
2000-2005
0
56
0
0
0
0
0
0
0
0
0
SDI (NIGSP-SDI)
518 + 5
2002-2008
97
2006-2008
620
157
2002-2008
18
2007-2008
175
313
2006-2008
48
2007-2008
361
1
2003-2003
0
1
47 + 5
2006-2007
31
2006-2008
83
SDIA (NIGSP_SDIA)
8
2009-2009
0
8
8
2009-2009
0
8
0
0
0
0
0
0
0
0
0
SDIS (NIGSP_SDIS)
58
2009-2009
0
58
0
0
0
58
2009-2009
0
58
0
0
0
0
0
0
SJ H2 collection (NIGSP_CEIRS_SJC001_H2SJ)
101 + 1
1976-2009
1
1994-1994
103
0
0
0
0
0
0
0
0
0
101 + 1
1976-2009
1
1994-1994
103
SJ-CEIRS (NIGSP-CEIRS-SJC001-SJC)
25
2006-2007
0
25
0
0
0
5
2006-2006
0
5
0
0
0
20
2006-2007
0
20
Saskatchewan (NIGSP-FL)
68 + 2
2005-2007
127
2005-2007
197
14
2005-2007
5
2006-2006
19
1
2005-2005
2
2005-2006
3
0
0
0
53 + 2
2005-2007
120
2005-2007
175
St Jude (NIGSP-SJ)
420
1933-2007
45
1957-2006
465
97
1968-2003
7
1973-1990
104
221
1933-2003
21
1968-1988
242
0
0
0
102
1956-2007
17
1957-2006
119
St Jude (NIGSP_CEIRS_CIP045_H2MS)
13
1957-1968
0
13
0
0
0
1
1957-1957
0
1
0
0
0
12
1957-1968
0
12
St Jude (NIGSP_CEIRS_SJC001_PTC)
60 + 6
2010-2011
184
2009-2011
250
26 + 3
2010-2011
0
29
34
2010-2011
2
2010-2010
36
0
0
0
0 + 3
2011-2011
182
2009-2011
185
St Jude (NIGSP_CEIRS_SJC001_PTCB)
7 + 2
2010-2011
7
2010-2011
16
0
0
0
0
0
0
0
0
0
7 + 2
2010-2011
7
2010-2011
16
St Jude (NIGSP_CEIRS_SJC174_SSC2 and NIGSP_CEIRS_SJC175_SSC2)
0
62
2011-2015
62
0
0
0
0
16
2011-2011
16
0
0
0
0
46
2011-2015
46
St Jude/Univ. of Wisconsin-Madison (NIGSP_SSC)
484 + 6
1974-1986
15
1974-1985
505
45
1974-1984
2
1980-1982
47
18
1976-1984
1
1980-1980
19
6
1976-1979
0
6
415 + 6
1974-1986
12
1974-1985
433
St. Jude (NIGSP_CEIRS_SJC001_JBC)
682 + 14
1986-2010
9
1987-2004
705
23
1994-2008
0
23
32
1987-2009
0
32
2
1994-1994
0
2
625 + 14
1986-2010
9
1987-2004
648
St. Jude (NIGSP_CEIRS_SJC001_WEB)
20
1927-2006
0
20
0
0
0
2
1976-1976
0
2
0
0
0
18
1927-2006
0
18
St. Jude/Univ. Georgia (NIGSP_CEIRS_SJC001_WEB2 and NIGSP_CEIRS_UMN023_WEB2)
38
1976-2012
0
38
0
0
0
0
0
0
0
0
0
38
1976-2012
0
38
The Methodist Hospital (NIGSP_JMM)
168 + 3
2012-2013
9
2012-2013
180
156 + 2
2012-2013
8
2012-2013
166
12
2012-2013
0
12
0
0
0
0 + 1
2012-2012
1
2013-2013
2
The Methodist Hospital (NIGSP_JMS)
182
2009-2010
0
182
0
0
0
182
2009-2010
0
182
0
0
0
0
0
0
U.S. NMRU 6 (NIGSP_PER)
390 + 2
2010-2012
8
2010-2011
400
389 + 2
2010-2012
8
2010-2011
399
1
2011-2011
0
1
0
0
0
0
0
0
UC Berkeley (NIGSP_AGA2)