#ifndef CU_ALGALIGN_HPP
#define CU_ALGALIGN_HPP
#include <corelib/ncbiargs.hpp>
#include <algo/structure/cd_utils/cuGlobalDefs.hpp>
#include <algo/structure/cd_utils/cuCdCore.hpp>
BEGIN_NCBI_SCOPE
USING_SCOPE(objects);
BEGIN_SCOPE(cd_utils)
typedef CSeq_align::C_Segs::TDendiag TDendiag;
typedef TDendiag::iterator TDendiag_it;
typedef TDendiag::const_iterator TDendiag_cit;
NCBI_CDUTILS_EXPORT
bool GetSeqID(const CRef< CSeq_align >& seqAlign, CRef< CSeq_id >& SeqID, bool getSlave=true);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
bool ChangeSeqIdInSeqAlign(CRef< CSeq_align>& sa, const CRef< CSeq_id >& newSeqId, bool onMaster);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int MapPositionToMaster(int childPos, const CSeq_align& align);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int MapPositionToChild(int masterPos, const CSeq_align& align);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int MapPosition(const CSeq_align& seqAlign, int Position, CoordMapDir mapDir);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
bool IsPositionAligned(const CSeq_align& seqAlign, int Position, bool onMaster);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
bool IsPositionAligned(const TDendiag*& dd, int Position, bool onMaster);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int GetAlignedPositions(const CRef< CSeq_align >& align1, const CRef< CSeq_align >& align2, vector<int>& alignedPositions, bool onMaster);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int GetNumAlignedResidues(const CRef< CSeq_align >& align);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int GetLowerBound(const CRef< CSeq_align >& seqAlign, bool onMaster);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int GetUpperBound(const CRef< CSeq_align >& seqAlign, bool onMaster);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
void SetAlignedResiduesOnSequence(const CRef< CSeq_align >& align, const string& sequenceString, char*& pAlignedRes, bool isMaster = false);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
bool CheckSeqIdInDD(const CRef< CSeq_align >& seqAlign);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int GetBlockNumberForResidue (int residue, const CRef< CSeq_align >& seqAlign, bool onMaster,
vector<int>* starts = NULL, vector<int>* lengths = NULL);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int GetBlockCount (const CRef< CSeq_align >& seqAlign);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int GetBlockLengths(const CRef< CSeq_align >& seqAlign, vector<int>& lengths);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int GetBlockStarts (const CRef< CSeq_align >& seqAlign, vector<int>& starts, bool onMaster);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int GetBlockStartsForMaster(const CRef< CSeq_align >& seqAlign, vector<int>& starts);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
bool GetDDSetFromSeqAlign(const CSeq_align& align, const TDendiag*& dd);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
bool GetDDSetFromSeqAlign(CSeq_align& align, TDendiag*& dd);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
void MakeDDFromSeqLoc(CSeq_loc * pAl,TDendiag * pDD );
NCBI_CDUTILS_EXPORT
void MakeSeqLocFromDD(const TDendiag * pDD, CSeq_loc * pAl);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
void AddIntervalToDD(TDendiag * pDD,CRef<CSeq_id> seqID1, CRef<CSeq_id> seqID2,TSeqPos st1,TSeqPos st2, TSeqPos lll);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
bool GetFirstOrLastDenDiag(const CRef< CSeq_align >& seqAlign, bool firstOrLast, CRef<CDense_diag>& dd);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
bool GetDenDiagSet(const CRef< CSeq_annot >& seqAnnot, int row, const TDendiag*& pDenDiagSet);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
bool SetDenDiagSet(CRef< CSeq_annot >& seqAnnot, int row, TDendiag*& pddSet);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
bool EraseRow(CRef< CSeq_annot >& seqAnnot, int row);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
CRef< CSeq_align > ExtractFirstSeqAlign(CRef< CSeq_align > seqAlign);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
CRef<CSeq_align> Denseg2DenseDiagList(const CRef<CSeq_align>& denseSegSeqAlign);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
void Denseg2DenseDiagList(const CDense_seg& ds, TDendiag& ddl);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
int GetPssmIdFromSeqAlign(const CRef<CSeq_align >& seqAlign, string& err);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
TGi GetMasterGIFromSeqAlign(const CRef< CSeq_align >& seqAlign, string& err);
NCBI_CDUTILS_EXPORT
bool GetPendingSeqId(CCdCore * pCD,int irow,CRef <CSeq_id> & seqID);
END_SCOPE(cd_utils)
END_NCBI_SCOPE
#endif
0001
0002
0003
0004
0005
0006
0007
0008
0009
0010
0011
0012
0013
0014
0015
0016
0017
0018
0019
0020
0021
0022
0023
0024
0025
0026
0027
0028
0029
0030
0031
0032
0033
0034
0035
0036
0037
0038
0039
0040
0041
0042
0043
0044
0045
0046
0047
0048
0049
0050
0051
0052
0053
0054
0055
0056
0057
0058
0059
0060
0061
0062
0063
0064
0065
0066
0067
0068
0069
0070
0071
0072
0073
0074
0075
0076
0077
0078
0079
0080
0081
0082
0083
0084
0085
0086
0087
0088
0089
0090
0091
0092
0093
0094
0095
0096
0097
0098
0099
0100
0101
0102
0103
0104
0105
0106
0107
0108
0109
0110
0111
0112
0113
0114
0115
0116
0117
0118
0119
0120
0121
0122
0123
0124
0125
0126
0127
0128
0129
0130
0131
0132
0133
0134
0135
0136
0137
0138
0139
0140
0141
0142
0143
0144
0145
0146
0147
0148
0149
0150
0151
0152
0153
0154
0155
0156
0157
0158
0159
0160
0161
0162
0163
0164
0165
0166
0167
0168
0169