NCBI C++ ToolKit
sm_blosum62.c
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00001 /*  $Id: sm_blosum62.c 30268 2006-09-25 19:30:59Z madden $
00002 * ===========================================================================
00003 *
00004 *                            PUBLIC DOMAIN NOTICE
00005 *               National Center for Biotechnology Information
00006 *
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00023 *
00024 * ===========================================================================
00025 *
00026 * Author:  Aaron Ucko, Mike Gertz
00027 *
00028 * File Description:
00029 *   Protein alignment score matrices; shared between the two toolkits.
00030 *
00031 * ===========================================================================
00032 */
00033 
00034 #include <util/tables/raw_scoremat.h>
00035 
00036 /** Entries for the BLOSUM62 matrix at a scale of ln(2)/2.0. */
00037 
00038 static const TNCBIScore s_Blosum62PSM[25 * 25] = {
00039     /*       A,  R,  N,  D,  C,  Q,  E,  G,  H,  I,  L,  K,  M,
00040              F,  P,  S,  T,  W,  Y,  V,  B,  J,  Z,  X,  *        */ 
00041     /*A*/    4, -1, -2, -2,  0, -1, -1,  0, -2, -1, -1, -1, -1,
00042             -2, -1,  1,  0, -3, -2,  0, -2, -1, -1, -1, -4,
00043     /*R*/   -1,  5,  0, -2, -3,  1,  0, -2,  0, -3, -2,  2, -1,
00044             -3, -2, -1, -1, -3, -2, -3, -1, -2,  0, -1, -4,
00045     /*N*/   -2,  0,  6,  1, -3,  0,  0,  0,  1, -3, -3,  0, -2,
00046             -3, -2,  1,  0, -4, -2, -3,  4, -3,  0, -1, -4,
00047     /*D*/   -2, -2,  1,  6, -3,  0,  2, -1, -1, -3, -4, -1, -3,
00048             -3, -1,  0, -1, -4, -3, -3,  4, -3,  1, -1, -4,
00049     /*C*/    0, -3, -3, -3,  9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1,
00050             -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1, -3, -1, -3, -1, -4,
00051     /*Q*/   -1,  1,  0,  0, -3,  5,  2, -2,  0, -3, -2,  1,  0,
00052             -3, -1,  0, -1, -2, -1, -2,  0, -2,  4, -1, -4,
00053     /*E*/   -1,  0,  0,  2, -4,  2,  5, -2,  0, -3, -3,  1, -2,
00054             -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  1, -3,  4, -1, -4,
00055     /*G*/    0, -2,  0, -1, -3, -2, -2,  6, -2, -4, -4, -2, -3,
00056             -3, -2,  0, -2, -2, -3, -3, -1, -4, -2, -1, -4,
00057     /*H*/   -2,  0,  1, -1, -3,  0,  0, -2,  8, -3, -3, -1, -2,
00058             -1, -2, -1, -2, -2,  2, -3,  0, -3,  0, -1, -4,
00059     /*I*/   -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3,  4,  2, -3,  1,
00060              0, -3, -2, -1, -3, -1,  3, -3,  3, -3, -1, -4,
00061     /*L*/   -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3,  2,  4, -2,  2,
00062              0, -3, -2, -1, -2, -1,  1, -4,  3, -3, -1, -4,
00063     /*K*/   -1,  2,  0, -1, -3,  1,  1, -2, -1, -3, -2,  5, -1,
00064             -3, -1,  0, -1, -3, -2, -2,  0, -3,  1, -1, -4,
00065     /*M*/   -1, -1, -2, -3, -1,  0, -2, -3, -2,  1,  2, -1,  5,
00066              0, -2, -1, -1, -1, -1,  1, -3,  2, -1, -1, -4,
00067     /*F*/   -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1,  0,  0, -3,  0,
00068              6, -4, -2, -2,  1,  3, -1, -3,  0, -3, -1, -4,
00069     /*P*/   -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2,
00070             -4,  7, -1, -1, -4, -3, -2, -2, -3, -1, -1, -4,
00071     /*S*/    1, -1,  1,  0, -1,  0,  0,  0, -1, -2, -2,  0, -1,
00072             -2, -1,  4,  1, -3, -2, -2,  0, -2,  0, -1, -4,
00073     /*T*/    0, -1,  0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1,
00074             -2, -1,  1,  5, -2, -2,  0, -1, -1, -1, -1, -4,
00075     /*W*/   -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1,
00076              1, -4, -3, -2, 11,  2, -3, -4, -2, -2, -1, -4,
00077     /*Y*/   -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3,  2, -1, -1, -2, -1,
00078              3, -3, -2, -2,  2,  7, -1, -3, -1, -2, -1, -4,
00079     /*V*/    0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3,  3,  1, -2,  1,
00080             -1, -2, -2,  0, -3, -1,  4, -3,  2, -2, -1, -4,
00081     /*B*/   -2, -1,  4,  4, -3,  0,  1, -1,  0, -3, -4,  0, -3,
00082             -3, -2,  0, -1, -4, -3, -3,  4, -3,  0, -1, -4,
00083     /*J*/   -1, -2, -3, -3, -1, -2, -3, -4, -3,  3,  3, -3,  2,
00084              0, -3, -2, -1, -2, -1,  2, -3,  3, -3, -1, -4,
00085     /*Z*/   -1,  0,  0,  1, -3,  4,  4, -2,  0, -3, -3,  1, -1,
00086             -3, -1,  0, -1, -2, -2, -2,  0, -3,  4, -1, -4,
00087     /*X*/   -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1,
00088             -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -4,
00089     /***/   -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,
00090             -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4,  1
00091 };
00092 const SNCBIPackedScoreMatrix NCBISM_Blosum62 = {
00093     "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBJZX*",
00094     s_Blosum62PSM,
00095     -4
00096 };
00097 
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