Response regulators encoded in bacterial and archaeal genomesa

This table is a web supplement to the reviews "Diversity of structure and function of response regulator output domains"
by Michael Y. Galperin, published in Current Opinion in Microbiology (2010) 13: 150-159. Abstract in PubMed. Article Outline.
and "Single-domain response regulators: molecular switches with emerging roles in cell organization and dynamics"
by Urs Jenal and Michael Y. Galperin, published in Current Opinion in Microbiology (2009) 12: 152-160.
Abstract in PubMed. Article Outline. Authors' versions of the text in HTML and PDF format from PubMed Central.

The current (Jan. 2011) versionb includes 896 genomes, representing all bacterial and archaeal species whose genome sequences
had been released by the end of 2010. The numbers in the table are linked to phylum-specific lists of response regulators, which are
further linked to RefSeq and UniProt protein entries, BLAST Link outputs, and to CDD, Pfam and InterPro domain architectures.
In addition to response regulators, these lists include hybrid histidine kinases (which contain REC and at least one sensor domain).

The original 200-genome version of this census was prepared for the paper "Structural classification of bacterial
response regulators: Diversity of output domains and domain combinations
" by Michael Y. Galperin,
published in the Journal of Bacteriology (2006) 188: 4169-4182. Abstract in PubMed. Free full text (HTML).
Free full text (PDF). PDF from PubMed Central. Request reprint. This version is available here.

  Organisma GenBank
entry
No.
CDS
Stand-
alone
RECb
DNA-bindingb RNA Enzymaticb CheV Other
RRsb
All
RRs
  Acidobacteria OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR WspR/
PleD
FimXb PvrR RpfG HisK PP2C CheB
1 Acidobacterium capsulatum CP001472 3382 11 7 11 6 1 1 - - 1 - - 1 - - 1 - 3 43
2 Cand. Koribacter versatilisc CP000360 4777 36 11 16 15 6 - - - 1 - - 4 1 2 2 - 13 107
3 Cand. Solibacter usitatus CP000473 7826 38 14 16 14 9 - - - 1 - - - 1 2 1 - 10 106
  Actinobacteria GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
4 Acidimicrobium ferrooxidans CP001631 1964 2 6 3 - - - - 1 - - - - - - 1 - 1 14
5 Acidothermus cellulolyticus CP000481 2157 5 7 6 - 1 - - 1 1 - 1 - - 1 2 - 1 26
6 Actinosynnema mirum CP001630 6916 8 26 38 - 2 - - 1 - - - 1 - 2 1 - 2 81
7 Amycolatopsis mediterranei
CP002000
9228 4 33 58 - 2 - - 1 - - - - - 1 - - 2 101
8 Arcanobacterium haemolyticum
CP002045
1731 1 6 6 - - - - 1 - - - - - - - - - 14
9 Arthrobacter arilaitensis FQ311875 3436 - 6 14 - 1 - - 1 - - - - - - - - 1 23
10 Arthrobacter aurescens CP000474 4587 - 9 6 - 1 - - 1 1 - - - - 1 - - 3 22
11 Arthrobacter chlorophenolicus CP001341 4590 - 12 6 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 5 26
12 Arthrobacter sp. FB24 CP000454 4506 1 15 9 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 1 29
13 Atopobium parvulum CP001721 1353 - 5 - - 1 - - - - - - - - - - - - 6
14 Beutenbergia cavernae CP001618 4197 2 8 27 - 1 - - 1 - - - - - - - - 1 40
15 Bifidobacterium adolescentis AP009256 1631 - 3 8 - 2 - - 1 - - - - - - - - - 14
16 Bifidobacterium animalis CP001213 1527 - 3 5 - - - - 1 - - - - - - - - - 9
17 Bifidobacterium bifidum
CP002220
1783 - 5 6 - 1 - - 1 - - - - - - - - - 13
18 Bifidobacterium dentium
CP001750
2129 - 4 7 - 6 - - 1 - - - - - - - - 1 19
19 Bifidobacterium longum AE014295 1727 - 5 4 - - - - 1 - - - - - - - - - 10
20 Brachybacterium faecium CP001643 3068 2 6 10 - - - - 1 - - - - - - - - - 19
21 Catenulispora acidiphila CP001700 8914 4 28 52 - - - - 1 - - - - - 2 - - 4 91
22 Cellulomonas flavigena
CP001964
3678 2 14 16 - - - - 1 - - - - 1 1 - - 2 37
23 Clavibacter michiganensis AM711867 3079 - 9 17 - - - - 1 - - - - - - - - 1 28
24 Conexibacter woesei
CP001854
5914 6 18 42 - - - - 2 1 - - - - 1 2 - 4 76
25 Corynebacterium aurimucosum CP001601 2551 - 4 8 - - - - - - - - - - - - - - 12
26 Corynebacterium diphtheriae BX248353 2272 - 6 5 - - - - - - - - - - - - - - 11
27 Corynebacterium efficiens BA000035 2950 - 6 7 - - - - - - - - - - - - - - 13
28 Corynebacterium glutamicum BA000036 2993 - 8 6 - - - - - - - - - - - - - - 14
29 Corynebacterium jeikeium CR931997 2137 - 6 3 - - - - - - - - - - - - - - 9
30 Corynebacterium kroppenstedtii CP001620 2018 - 4 2 - - - - - - - - - - - - - - 6
31 Corynebacterium pseudotuberculosis CP002097 2110 - 5 5 - - - - - - - - - - - - - - 10
32 Corynebacterium urealyticum AM942444 2024 - 5 3 - - - - - - - - - - - - - 1 9
33 Cryptobacterium curtum CP001682 1357 - 8 3 - 1 - - - - - - - - - - - - 12
34 Eggerthella lenta CP001726 3070 - 18 3 - 3 - - - - - - - - - - - 1 25
35 Frankia alni CT573213 6711 8 13 22 - - - - 1 - - - - - 2 - - 3 49
36 Frankia sp. CcI3 CP000249 4499 7 14 8 - - - - 1 - - - - - 1 - - 1 32
37 Frankia sp. EAN1pec CP000820 7191 6 15 34 - - - - 1 - - - - - 1 - - 10 67
38 Frankia sp. EuI1c CP002299 7083 9 24 40 - - - - 1 - - - - - 2 - - 5 81
39 Gardnerella vaginalis CP001849 1258 - 3 4 - - - - 1 - - - - - - - - - 8
40 Geodermatophilus obscurus CP001867 4810 6 8 25 - - - - 1 - - - - - - 1 - 3 44
41 Gordonia bronchialis CP001802 4696 1 10 12 - 1 - - 1 - - - - - - - - 2 27
42 Intrasporangium calvum CP002343 3563 1 15 10 - 1 - - 1 - - - - - - - - 1 29
43 Jonesia denitrificans CP001706 2511 3 7 6 - 1 - - 1 - - - - - - 1 - - 19
44 Kineococcus radiotolerans CP000750 4681 5 9 18 - - - - 1 - - - - - - 2 - 6 41
45 Kitasatospora setae AP010968 7578 2 18 43 - - - - 1 - - - - 2 - - 2 6 72
46 Kocuria rhizophila AP009152 2357 1 3 8 - - - - 1 - - - - - - - - 1 14
47 Kribbella flavida CP001736 6943 1 19 39 - 2 - - 1 - - - - - - - - 2 64
48 Kytococcus sedentarius CP001686 2554 - 7 7 - - - - 1 - - - - - - - - - 15
49 Leifsonia xyli AE016822 2030 1 7 11 - - - - 1 - - - - - - - - 1 21
50 Micrococcus luteus CP001628 2236 - 5 7 - - - - 1 - - - - - - - - - 13
51 Micromonospora aurantiaca CP002162 6222 3 13 22 - 1 - - 1 1 - - - - 2 - - 1 44
52 Micromonospora sp. L5 CP002399 6150 5 15 24 - 1 - - 1 1 - - - - 2 - - 1 50
53 Mobiluncus curtisii CP001992 1909 5 5 5 - - - - 1 - - - - - - 1 - - 17
54 Mycobacterium abscessus CU458896 4920 1 11 6 - - - - 1 - - - - - - - - - 19
55 Mycobacterium avium AE016958 4350 2 10 4 - - - - 1 - - - - - - - - 1 18
56 Mycobacterium bovis BX248333 3920 - 9 2 - - - - 1 - - - - - - - - - 12
57 Mycobacterium gilvum CP000656 5579 4 13 8 - 1 - - 1 - 1 - - - 1 - - 1 30
58 Mycobacterium leprae AL450380 1605 - 4 - - - - - 1 - - - - - - - - - 5
59 Mycobacterium marinum CP000854 5423 2 9 5 - - - - 1 - - - - - 1 - - 1 19
60 Mycobacterium smegmatis CP000480 6716 3 12 16 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 1 35
61 Mycobacterium sp. JLS CP000580 5739 2 14 11 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 2 32
62 Mycobacterium sp. KMS CP000518 5975 3 14 9 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 3 32
63 Mycobacterium sp. MCS CP000384 5615 2 13 10 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 1 29
64 Mycobacterium sp. Spyr1 CP002385 5350 3 15 7 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 1 29
65 Mycobacterium tuberculosis AL123456 3927 1 9 2 - - - - 1 - - - - - - - - - 13
66 Mycobacterium ulcerans CP000325 4160 2 8 3 - - - - 1 - - - - - 1 - - 1 16
67 Mycobacterium vanbaalenii CP000511 5979 3 15 13 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 3 37
68 Nakamurella multipartita CP001737 5240 6 13 29 - 1 - - 3 - - - - - - - - 4 56
69 Nocardia farcinica AP006618 5936 2 10 17 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 1 33
70 Nocardioides sp. JS614 CP000509 4909 3 22 16 - 1 - - 1 - - - - - - 1 - 2 46
71 Nocardiopsis dassonvillei CP002040 5497 3 17 33 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 2 58
72 Olsenella uli CP002106 1739 1 8 2 - 2 - - - - - - 1 - - - - - 14
73 Propionibacterium acnes AE017283 2297 1 5 6 - - - - 1 - - - - - - - - - 13
74 Propionibacterium freudenreichii FN806773 2375 1 5 7 - - - - 1 - - - - - - - - - 14
75 Renibacterium salmoninarum CP000910 3507 2 7 4 - 1 - - 1 - - - - - - - - 2 17
76 Rhodococcus equi FN563149 4512 2 9 12 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 2 28
77 Rhodococcus erythropolis AP008957 6437 1 14 21 - 1 - - 1 - - - - - - - - 3 41
78 Rhodococcus jostii CP000431 9145 2 11 25 - 1 - - 1 - - - - - - - - 1 41
79 Rhodococcus opacus AP011115 7252 2 15 18 - 1 - - 1 - - - - - - - - 3 40
80 Rothia dentocariosa CP002280 2217 - 4 4 - - - - 1 - - - - - - - - - 9
81 Rothia mucilaginosa AP011540 1992 - 4 2 - - - - 1 - - - - - - - - - 7
82 Rubrobacter xylanophilus CP000386 3140 2 9 8 - - - - - - - - - - 1 - - - 20
83 Saccharomonospora viridis CP001683 3828 1 6 14 - 2 - - 1 - - - - - - - - 2 26
84 Saccharopolyspora erythraea AM420293 7197 1 17 27 - 2 - - 1 - - - - - - - - 1 49
85 Salinispora arenicola CP000850 4917 1 18 10 - 1 - - 1 1 - - - - - - - 1 33
86 Salinispora tropica CP000667 4536 1 16 11 - 1 - - 1 1 - - - - - - - 1 32
87 Sanguibacter keddieii CP001819 3710 5 15 19 - 1 - - 1 - - - - - 1 1 - 1 44
88 Segniliparus rotundus CP001958 3006 - 7 2 - - - - 1 - - - - - - - - - 10
89 Slackia heliotrinireducens CP001684 2765 - 11 1 - 1 - - - - - - - - - - - - 13
90 Stackebrandtia nassauensis CP001778 6379 1 20 49 - - - - 1 1 - - - - - - - 1 73
91 Streptomyces avermitilis BA000030 7671 3 26 35 - 1 - - 1 - - - - - 3 - - 1 70
92 Streptomyces bingchenggensis CP002047 10022 3 36 67 - - - - 1 - - - - - 1 - - 8 116
93 Streptomyces coelicolor AL645882 8154 3 21 53 - 1 - - 1 - - - - - 2 - - 3 84
94 Streptomyces griseus AP009493 7136 4 24 39 - 1 - - 1 - - - - - 3 - - 6 78
95 Streptomyces scabiei FN554889 8746 3 27 51 - 1 - - 1 - - - - - 2 - - 8 93
96 Streptosporangium roseum CP001814 8975 3 28 71 - 2 - - 1 - - - - - 2 - - 5 112
97 Thermobifida fusca CP000088 3110 2 8 13 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 2 28
98 Thermobispora bispora CP001874 3546 2 8 11 - 2 - - 1 - - - - - 1 - - 1 26
99 Thermomonospora curvata CP001738 4890 3 8 22 - 1 - - 1 - - - - - 1 - - 1 37
100 Tropheryma whipplei BX072543 783 - 1 1 - - - - - - - - - - - - - - 2
101 Tsukamurella paurometabola CP001966 4242 1 13 16 - - - - 1 - - - - - - - - 1 32
102 Xylanimonas cellulosilytica CP001821 3443 1 7 18 - - - - 1 - - - - - 1 - - - 28
  Aquificae GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
103 Aquifex aeolicus AE000657 1560 1 1 - 3 - - - - - - - - - - - - - 5
104 Hydrogenobacter thermophilus AP011112 1893 - 5 - 4 - - - - - - - - - - - - 2 11
105 Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1 CP001130 1629 1 4 - 1 - - - - - - - - - - 1 1 - 8
106 Persephonella marina CP001230 2051 3 3 - 6 - - - - - - - 1 - - 1 1 - 15
107 Sulfurihydrogenibium azorense CP001229 1725 2 6 - 4 1 - - - - - - - - - - 1 - 14
108 Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1 CP001080 1721 1 6 - 4 1 - - - - - - - - - - 1 - 13
109 Thermocrinis albus CP001931 1593 1 4 - 3 - - - - - - - - - - - 1 1 10
  Bacteroidetes GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
110 Bacteroides fragilis AP006841 4625 2 8 2 8 6 - 1 - - - - - 1 1 - - - 29
111 Bacteroides thetaiotaomicron AE015928 4816 2 6 - 8 10 - - - - - - - 1 - - - - 27
112 Bacteroides vulgatus CP000139 4065 2 5 - 9 4 - - - - - - - 1 - - - 2 23
113 Blattabacterium sp. str. Bge CP001487 586 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
114 Blattabacterium sp. str. BPLAN CP001429 581 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
115 Cand. Amoebophilus asiaticus CP001102 1283 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
116 Cand. Azobacteroides pseudotrichonymphae AP010656 852 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
117 Cand. Sulcia muelleri CP000770 227 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
118 Capnocytophaga ochracea CP001632 2171 - 2 - 2 2 - - - - - - - - - - - - 6
119 Chitinophaga pinensis CP001699 7192 29 17 23 14 34 - - - - - - - 3 - - - 5 125
120 Croceibacter atlanticus CP002046 2702 1 3 5 3 6 - - - - - - - - - - - 1 19
121 Cytophaga hutchinsonii CP000383 3785 14 3 5 4 3 - - - - - - - 1 - - - 5 35
122 Dyadobacter fermentans CP001619 5719 32 12 25 8 30 - - - - - - - 1 1 - - 6 115
123 Flavobacteriaceae bacterium 3519-10 CP001673 2534 6 2 6 2 2 - - - - - - - 1 - - - 2 21
124 Flavobacterium johnsoniae CP000685 5017 18 11 10 5 20 - - - - - - - 1 - - - 5 70
125 Flavobacterium psychrophilum AM398681 2412 - 4 2 2 5 - - - - - - - - - - - 4 17
126 Gramella forsetii CU207366 3584 9 4 3 4 9 - - - - - - - - - - - 5 34
127 Leadbetterella byssophila CP002305 3465 4 12 7 3 12 - - - - - - - - - - - 3 41
128 Maribacter sp. HTCC2170 CP002157 3411 3 3 3 2 16 - - - - - - - - - - - 3 30
129 Marivirga tractuosa CP002349 3757 10 5 4 4 11 - - - - - - - - - - - 3 37
130 Paludibacter propionicigenes CP002345 3020 3 8 2 2 4 - - - - - - - - - - - 2 21
131 Parabacteroides distasonis CP000140 3850 2 7 1 7 8 - - - - - - - 1 1 - - 3 30
132 Pedobacter heparinus CP001681 4252 14 3 10 4 13 - - - - - - - 3 - - - 4 51
133 Porphyromonas gingivalis AE015924 1909 - 2 1 2 - - - - - - - - - - - - 1 6
134 Prevotella melaninogenica CP002122 2296 - 1 1 - 1 - - - - - - - - - - - 1 4
135 Prevotella ruminicola CP002006 2763 2 3 1 - 3 1 - - - - - - 1 - - - 1 12
136 Rhodothermus marinus CP001807 2863 9 7 5 3 2 - - - 1 - - - - 1 1 - 3 32
137 Riemerella anatipestifer CP002346 1972 - 2 - 1 1 - - - - - - - - - - - 1 5
138 Robiginitalea biformata CP001712 3211 7 4 3 4 7 - - - - - - - - - - - 3 28
139 Salinibacter ruber CP000159 2833 4 7 3 4 6 - - - - - - - - - 1 - 1 26
140 Spirosoma linguale CP001769 6938 42 17 8 8 31 - 1 - - - - - 2 - - - 9 118
141 Zunongwangia profunda CP001650 4653 7 7 9 4 13 1 - - - - - - - - - - 4 45
  Chlamydiae GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
142 Chlamydia muridarum AE002160 904 - 1 - 1 - - - - - - - - - - - - - 2
143 Chlamydia trachomatis AE001273 895 - 1 - 1 - - - - - - - - - - - - - 2
144 Chlamydophila abortus CR848038 932 - 1 - 1 - - - - - - - - - - - - - 2
145 Chlamydophila caviae AE015925 1005 - 1 - 1 - - - - - - - - - - - - - 2
146 Chlamydophila felis AP006861 1013 - 1 - 1 - - - - - - - - - - - - - 2
147 Chlamydophila pneumoniae AE001363 1054 - 1 - 1 - - - - - - - - - - - - - 2
148 Protochlamydia amoebophila BX908798 2031 - 1 - 1 - - - - - - - - - - - - - 2
149 Waddlia chondrophila CP001928 1956 2 1 - 1 - - - - - - - - - - - - - 4
  Chlorobi/ green sulfur bacteria GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
150 Chlorobaculum parvum CP001099 2043 3 4 - - - - - - - - - - - - - - - 7
151 Chlorobium chlorochromatii CP000108 2002 - 3 - - - - - - - - - - - - - - - 3
152 Chlorobium limicola CP001097 2434 1 2 - 3 - - - - - - - - - 1 - - 1 8
153 Chlorobium phaeobacteroides CP000492 2650 1 2 1 - - - - - - - - - - 1 - - - 5
154 Chlorobium phaeovibrioidesc CP000607 1753 1 3 - 2 - - - - - - - - - - - - - 6
155 Chlorobium tepidum AE006470 2252 2 2 - - - - - - - - - - - - - - - 4
156 Chloroherpeton thalassium CP001100 2710 12 2 - 2 - - - - - - - 1 1 - - - 9 27
157 Pelodictyon luteolumc CP000096 2083 3 7 1 3 - - - - - - - - - 1 - - - 15
158 Pelodictyon phaeoclathratiforme CP001110 2707 2 2 - 2 - - - - - - - - - 1 - - - 7
159 Prosthecochloris aestuarii CP001108 2327 2 2 - 2 - - - - - - - - - - - - - 6
  Chloroflexi GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
160 Chloroflexus aggregans CP001337 3730 15 16 10 - - - - 3 4 1 - 2 1 - 1 - 10 63
161 Chloroflexus aurantiacus CP000909 3853 16 15 12 - - - - 3 4 1 - 2 1 - 2 - 8 64
162 Chloroflexus sp. Y-400-fl CP001364 4159 16 16 11 - - - - 3 5 1 - 2 2 - 2 - 9 67
163 Dehalococcoides ethenogenes CP000027 1580 2 14 8 - - - - - - - - 1 - - - - 1 26
164 Dehalococcoides sp. BAV1 CP000688 1371 2 8 7 - - - - - - - - 1 - - - - 1 19
165 Dehalococcoides sp. CBDB1 AJ965256 1458 2 18 7 - - - - - - - - 2 - - - - 1 30
166 Dehalococcoides sp. GT CP001924 1417 2 8 4 - - - - - - - - 2 - - - - 1 17
167 Dehalococcoides sp. VS CP001827 1438 2 17 7 - - - - - - - - 2 - - - - 1 29
168 Dehalogenimonas lykanthroporepellens CP002084 1659 4 10 9 - - - - - - - - 1 - - - - 3 27
169 Herpetosiphon aurantiacus CP000875 5278 34 20 17 2 - - 1 2 3 2 - 2 2 - 1 - 9 95
170 Roseiflexus castenholzii CP000804 4330 18 19 10 - - - - 2 2 - - 1 3 1 2 - 10 68
171 Roseiflexus sp. RS-1 CP000686 4517 18 19 12 - - - - 2 - - - 1 2 1 2 - 9 66
172 Sphaerobacter thermophilus CP001823 3485 10 12 12 1 - - - 1 - - - - - - - - 2 38
173 Thermobaculum terrenumc CP001825 2832 11 12 7 1 - - - - 2 - - - - - - - 1 34
174 Thermomicrobium roseum CP001275 2859 2 5 7 - - - - 1 - - - - - - - - 3 18
  Cyanobacteria GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
175 Acaryochloris marina CP000828 8383 28 21 11 - - - 1 - 9 7 - - 7 1 - 1 19 105
176 Anabaena variabilis CP000117 5657 21 14 16 - - - 1 - 4 1 2 1 14 3 - - 13 90
177 cyanobacterium UCYN-A CP001842 1199 - 3 1 - - - - - - - - - - - - - 1 5
178 Cyanothece sp. ATCC 51142 CP000806 5304 13 13 7 - - - - - 2 2 - 1 4 1 - - 12 55
179 Cyanothece sp. PCC 7424 CP001291 5710 21 18 10 - - - 2 - 5 3 - 1 7 2 1 - 12 82
180 Cyanothece sp. PCC 7425 CP001344 5327 30 11 9 - - 1 - - 2 2 - - 5 2 - - 14 76
181 Cyanothece sp. PCC 7822 CP002198 6642 29 14 11 - - - 1 - 7 4 - 1 8 2 2 - 21 100
182 Cyanothece sp. PCC 8801 CP001287 4367 11 13 6 - - - - - 5 4 - 1 3 2 2 - 10 57
183 Cyanothece sp. PCC 8802 CP001701 4444 11 12 6 - - - - - 6 4 - 1 3 2 2 - 11 58
184 Gloeobacter violaceus BA000045 4430 7 10 15 - - - - - - - - - 1 - - - 6 39
185 Microcystis aeruginosa AP009552 6312 4 8 5 - - - - - 1 - - - 3 1 - - 3 25
186 Nostoc azollaec CP002059 3651 8 13 6 - - - 1 - 1 - 1 - 4 2 - - 6 42
187 Nostoc punctiforme CP001037 6690 31 19 16 - - - 5 - 3 3 1 1 15 3 1 - 12 110
188 Nostoc sp. PCC 7120c BA000019 6055 24 15 17 - - - 2 - 5 - 1 1 15 4 - - 12 96
189 Prochlorococcus marinus AE017126 1882 - 4 2 - - - - - - - - - - - - - - 6
190 Synechococcus elongatus AP008231 2525 5 8 1 - - - - - 2 - - - - - - - 3 19
191 Synechococcus sp. CC9311 CP000435 2892 2 10 4 - - - - - - - - - - - - - - 16
192 Synechococcus sp. CC9605 CP000110 2645 2 6 1 - - - - - - - - - - - - - - 9
193 Synechococcus sp. CC9902 CP000097 2307 1 5 1 - - - - - - - - - - - - - - 7
194 Synechococcus sp. JA-3-3Ab CP000239 2760 7 8 6 - - - - - 2 - - 1 1 1 - - 5 31
195 Synechococcus sp. PCC 7002 CP000951 3186 6 10 5 - - - 1 - 1 3 - - 4 2 - - 7 39
196 Synechococcus sp. RCC307 CT978603 2525 1 8 1 - - - - - - - - - - - - - - 10
197 Synechococcus sp. WH 7803 CT971583 2533 2 8 2 - - - - - - - - - - - - - 1 13
198 Synechococcus sp. WH 8102 BX548020 2517 - 6 3 - - - - - - - - - - - - - - 9
199 Synechocystis sp. PCC 6803 BA000022 3567 7 10 7 - - - 1 - 4 - 1 2 5 1 - - 9 47
200 Thermosynechococcus elongatus BA000039 2475 4 7 4 - - - - - 2 1 1 - - 1 - - 6 26
201 Trichodesmium erythraeum CP000393 5124 8 6 3 - - - - - 1 1 - - 3 2 - - 7 31
  Deinococcus-Thermus GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
202 Deinococcus deserti CP001114 3451 24 11 5 - - - - - 2 - - - 1 - - - 3 46
203 Deinococcus geothermalis CP000359 2857 9 11 7 - - - - - - - - - 1 - - - 3 31
204 Deinococcus radiodurans AE000513 3184 8 8 6 - - - - - - - - - 2 - - - 2 26
205 Meiothermus ruber CP001743 3014 2 11 4 - - - - - - - - 1 - - - - 4 22
206 Meiothermus silvanus CP002042 3505 5 13 6 - - - - - - - - - - - - - 4 28
207 Oceanithermus profundus CP002361 2373 2 9 5 - - - - - - - - - - - - - - 16
208 Truepera radiovictrix CP002049 2945 3 6 5 - - - - - - - - - - - - - 2 16
209 Thermus thermophilus AE017221 2210 3 7 3 - - - - - - - - 1 - - - - - 14
  Deferribacteres GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
210 Calditerrivibrio nitroreducens CP002347 2100 8 4 1 9 - - - - 3 - - 2 - 1 1 1 4 34
211 Deferribacter desulfuricans AP011529 2374 11 5 1 9 - - 2 - 3 1 - 1 - - 4 2 3 42
212 Denitrovibrio acetiphilus CP001968 2964 22 11 4 14 - 1 - - 3 - - 2 - 1 3 1 1 63
  Firmicutes GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
213 Acetohalobium arabaticum CP002105 2262 3 3 - - 1 - 1 - - - - - - - 2 - 3 13
214 Acidaminococcus fermentans CP001859 2026 - 6 1 - 1 - - - - - - - - - - - 1 9
215 Alicyclobacillus acidocaldarius CP001727 3084 2 10 2 - - - - - - - - - - - - - 1 15
216 Alkaliphilus metalliredigens CP000724 4625 3 27 8 2 5 - 5 2 - - - - - 1 1 1 7 62
217 Alkaliphilus oremlandii CP000853 2836 1 19 1 4 4 - 3 - - - - - - 1 1 1 2 37
218 Ammonifex degensii CP001785 2080 1 4 1 2 2 - - - 1 - - - - - - - 2 13
219 Anaerococcus prevotii CP001708 1806 - 8 - - - - - - - - - - - - - - - 8
220 Anoxybacillus flavithermus CP000922 2832 4 5 7 - - - 1 - 2 - - - - 1 1 1 1 23
221 Bacillus amyloliquefaciens CP000560 3693 3 16 12 - 1 - - - - - - - - - 1 1 2 36
222 Bacillus anthracis AE016879 5311 2 30 8 - 3 - - - - - - - - 1 - - 3 47
223 Bacillus atrophaeus CP002207 4186 3 11 9 - 1 - 1 - - - - - - - 1 1 3 30
224 Bacillus cereus AE016877 5255 2 28 9 - 2 - - - - - - - - 1 - 1 3 46
225 Bacillus clausii AP006627 4096 2 15 13 1 1 - 6 - - - - - - - - 1 2 41
226 Bacillus cytotoxicusc CP000764 4176 2 17 5 - 2 - - - - - - - - - - 1 1 28
227 Bacillus halodurans BA000004 4066 4 16 10 2 - - 7 - 2 - - - - - 1 2 4 48
228 Bacillus licheniformis AE017333 4196 4 11 14 - 1 - 2 - - - - - - - 1 1 3 37
229 Bacillus megaterium CP001982 5100 3 22 8 - 4 - 1 1 1 - - - - 1 1 1 5 48
230 Bacillus pseudofirmus CP001878 4335 4 14 7 1 2 - 1 - 1 - - - - - 1 2 3 36
231 Bacillus pumilus CP000813 3681 2 11 8 - 2 - 1 - - - - - - - 1 1 3 29
232 Bacillus selenitireducens CP001791 3255 5 11 7 2 1 - 3 - 3 - - - - - 1 1 5 39
233 Bacillus subtilis AL009126 4105 3 13 12 - 2 - 1 - - - - - - - 1 1 2 35
234 Bacillus thuringiensis AE017355 5117 2 30 10 - 3 - 1 - - - - - - 1 - 1 3 51
235 Bacillus tusciae CP002017 3150 2 8 5 1 - - - - - - - - - - - - 2 18
236 Bacillus weihenstephanensis CP000903 5653 2 38 9 - 2 - - - - - - - - 1 - 1 2 55
237 Brevibacillus brevis AP008955 5949 8 38 9 2 2 - 2 1 - - - - - - - - 6 68
238 Butyrivibrio proteoclasticus CP001810 3811 5 11 - - 4 - 6 - - - - 2 - - 1 1 5 35
239 Caldicellulosiruptor bescii CP001393 2666 6 5 1 - - - 6 - - - - - - - 4 - 3 25
240 Caldicellulosiruptor hydrothermalis CP002219 2546 4 8 2 - - - 12 - - - - - 1 - 2 - 3 32
241 Caldicellulosiruptor kristjanssonii CP002326 2482 4 7 1 - - - 6 - - - - - 1 - 1 - 4 24
242 Caldicellulosiruptor kronotskyensis CP002330 2466 6 6 1 - 1 - 12 - - - - - - - 4 - 3 33
243 Caldicellulosiruptor obsidiansis CP002164 2188 5 6 1 - 1 - 8 - - - - - - - 3 - 3 27
244 Caldicellulosiruptor owensensis CP002216 2147 6 5 1 - - - 5 - - - - - - - 4 - 3 24
245 Caldicellulosiruptor saccharolyticus CP000679 2679 4 6 2 - - - 10 - - - - 1 1 - 3 - 4 31
246 Cand. Desulforudis audaxviator CP000860 2157 2 2 1 - 2 - - 2 4 - - 1 - - 1 - 1 16
247 Carboxydothermus hydrogenoformans CP000141 2620 5 5 2 1 2 - - 1 1 - - - - - 2 - 1 20
248 Clostridiales genomosp. BVAB3 CP001850 1567 - 7 - - - - 2 - - - - - - - - - - 9
249 Clostridium acetobutylicum AE001437 3848 4 21 7 - 3 - - 1 - - - - - - 1 1 5 43
250 Clostridium beijerinckii CP000721 5020 9 35 4 1 5 - 11 1 - - - 2 3 - 3 1 5 80
251 Clostridium botulinum AM412317 3590 3 26 2 - 4 - - - 1 - - - - - 1 1 5 43
252 Clostridium cellulolyticum CP001348 3390 3 14 1 - - - 13 - - - - - - - - - 2 33
253 Clostridium cellulovorans CP002160 4254 6 23 4 - 7 - 9 - - - - - 1 - 2 1 5 58
254 Clostridium difficile AM180355 3753 1 39 1 1 7 - 1 1 1 - - - - - - - 1 53
255 Clostridium kluyveri CP000673 3913 2 30 - - 2 - 1 - 1 - - - - - 2 - 3 41
256 Clostridium ljungdahlii CP001666 4184 8 41 2 - 5 - 3 - - - - - - - 1 - 6 66
257 Clostridium novyi CP000382 2325 1 9 1 - 2 - 3 - - - - - - - 1 - 2 19
258 Clostridium perfringens BA000016 2723 1 13 1 - 2 - 3 1 - - - - - - - - - 21
259 Clostridium phytofermentans CP000885 3902 3 26 5 - 4 - 21 - - - - 1 - - 1 1 1 63
260 Clostridium saccharolyticum CP002109 4154 3 19 3 - 9 - 23 - - - - - - - 1 1 1 60
261 Clostridium sticklandii FP565809 2573 2 9 3 - 2 - 1 1 - 1 - 3 - 1 1 1 3 28
262 Clostridium tetani AE015927 2432 2 20 1 1 2 - 2 1 - - - - - - - - 1 30
263 Clostridium thermocellum CP000568 3189 7 13 1 - - - 3 - 1 - - 2 2 1 4 - 2 36
264 Coprothermobacter proteolyticus CP001145 1482 2 2 - 1 - - - - - - - 1 - - 1 - - 7
265 Desulfitobacterium hafniens AP008230 5060 8 35 10 4 4 - 1 1 1 - - - - - 1 - 7 72
266 Desulfotomaculum acetoxidans CP001720 4068 5 13 1 5 2 - - - 2 - - - 1 - 1 - 3 33
267 Desulfotomaculum reducens CP000612 3276 6 8 2 5 1 - 1 4 1 - - - - - 1 - 2 31
268 Enterococcus faecalis AE016830 3265 - 11 2 - 3 - 1 1 - - - - - - - - - 18
269 Eubacterium eligens CP001104 2765 2 16 1 - - - 1 - - - - - - - - - 2 22
270 Eubacterium limosum CP002273 4509 1 31 2 - 9 - 3 1 1 1 - - - - - - 6 55
271 Eubacterium rectale CP001107 3626 1 23 1 - - - 4 - - - - - - - 1 - - 30
272 Exiguobacterium sibiricum CP001022 3015 3 14 2 - 1 - 1 - - - - - - 1 - 1 2 25
273 Exiguobacterium sp. AT1b CP001615 3020 2 13 1 - - - 1 - - - - - - 1 - - 1 19
274 Finegoldia magna AP008971 1813 - 11 1 - 1 - - - - - - - - - - - - 13
275 Geobacillus kaustophilus BA000043 3540 3 10 5 1 1 - 5 - 1 - - - - - 1 - 2 29
276 Geobacillus sp. C56-T3 CP002050 3315 3 11 5 1 - - 6 - 2 - - - - - 1 - 4 33
277 Geobacillus sp. WCH70 CP001638 3168 3 7 1 - - - 1 - - - - - - - - - 3 15
278 Geobacillus sp. Y4.1MC1 CP002293 3669 3 11 5 1 1 - 3 - - - - - - - 1 1 3 29
279 Geobacillus sp. Y412MC10 CP001793 6238 2 38 12 - 1 - 55 - - - - - 1 1 1 - 2 113
280 Geobacillus sp. Y412MC61 CP001794 3446 3 10 4 - - - 3 - 2 - - - - - 1 - 3 26
281 Geobacillus thermodenitrificans CP000557 3445 4 12 5 - 1 - 4 - 1 - - - - - 1 - 1 29
282 Halanaerobium praevalens CP002175 2069 3 5 1 1 1 - - 1 1 - - 1 - - 1 1 4 20
283 Halanaerobium sp. 'sapolanicus' CP002304 2295 2 4 - 1 1 - 2 - 1 - - - - - - - 5 16
284 Halothermothrix orenii CP001098 2342 4 3 2 - 1 - 1 - - - - - - - 1 - 1 13
285 Heliobacterium modesticaldum CP000930 3000 6 7 1 2 2 - - 2 1 1 - - - 1 2 - 3 28
286 Lactobacillus acidophilus CP000033 1864 - 6 - - 2 - - - - - - - - - - - - 8
287 Lactobacillus amylovorus CP002338 2054 - 5 1 - - - - - - - - - - - - - - 6
288 Lactobacillus brevis CP000416 2218 - 7 1 - 1 - - - - - - - - - - - 1 10
289 Lactobacillus casei CP000423 2771 - 12 3 - 2 - - - - - - - - - - - - 17
290 Lactobacillus crispatus FN692037 2024 - 6 - - 2 - - - - - - - - - - - - 8
291 Lactobacillus delbrueckii CR954253 1562 - 5 - - 1 - - - - - - - - - - - - 6
292 Lactobacillus fermentum AP008937 1843 - 4 1 - - - - - - - - - - - - - 1 6
293 Lactobacillus gasseri CP000413 1755 - 5 - - - - - - - - - - - - - - - 5
294 Lactobacillus helveticus CP000517 1610 - 4 - - - - - - - - - - - - - - - 4
295 Lactobacillus johnsonii AE017198 1821 - 6 1 - 2 - - - - - - - - - - - - 9
296 Lactobacillus plantarum AL935263 3059 - 6 2 - 6 - 1 - - - - - - - - - - 15
297 Lactobacillus reuteri CP000705 3720 - 6 1 - 1 - - - - - - - - - - - 1 9
298 Lactobacillus rhamnosus FM179322 3016 - 12 1 - - - - - - - - - - - - - - 13
299 Lactobacillus sakei CR936503 1879 - 6 2 - 2 - - - - - - - - - - - - 10
300 Lactobacillus salivarius CP000233 2017 1 5 2 - 1 - - - - - - - - - - - - 9
301 Lactococcus lactis AE005176 2321 - 6 1 - - - - - - - - - - - - - - 7
302 Leuconostoc citreum DQ489736 1820 - 6 - - 1 - - - - - - - - - - - - 7
303 Leuconostoc gasicomitatum FN822744 1912 - 6 1 - 1 - - - - - - - - - - - - 8
304 Leuconostoc kimchii CP001758 2129 - 6 2 - 3 - - - - - - - - - - - - 11
305 Leuconostoc mesenteroides CP000414 2005 - 7 1 - 2 - - - - - - - - - - - - 10
306 Listeria innocua AL592022 2968 1 10 2 - 2 - 1 1 - - - - - - - 1 - 18
307 Listeria monocytogenes AL591824 2846 1 9 1 - 1 - 1 1 - - - - - - - 1 - 15
308 Listeria seeligeri FN557490 2710 1 9 2 - 1 - 1 1 - - - - - - - 1 - 16
309 Listeria welshimeri AM263198 2774 1 10 2 - 3 - 1 1 - - - - - - - 1 - 19
310 Lysinibacillus sphaericusc CP000817 4771 3 29 12 - 2 - 2 1 - - - - - 1 1 1 2 54
311 Macrococcus caseolyticus AP009484 2061 - 7 1 - 1 - - - - - - - - - - - - 9
312 Moorella thermoacetica CP000232 2465 2 4 2 - 3 - 1 1 2 - - - - - 1 - 1 17
313 Natranaerobius thermophilus CP001034 2906 5 4 5 - 3 - 1 1 1 - - - - - 1 - 3 24
314 Oceanobacillus iheyensis BA000028 3500 2 8 7 - 1 - 1 - - - - - - - 1 - 1 21
315 Oenococcus oeni CP000411 1691 - 5 - - 1 - - - - - - - - - - - - 6
316 Paenibacillus polymyxa CP000154 4805 3 25 7 - 1 - 19 - - - - - 1 1 1 - 5 63
317 Paenibacillus sp. JDR-2 CP001656 6213 2 31 7 - - - 82 - 1 - - - - 1 1 - 2 127
318 Pediococcus pentosaceus CP000422 1755 - 5 1 - 2 - - - - - - - - - - - 1 9
319 Pelotomaculum thermopropionicum AP009389 2920 3 9 3 4 1 - - 2 - - - - - - 1 - 2 25
320 Ruminococcus albus CP002403 3582 1 13 2 - 4 - 2 1 - - - - - - 1 - - 24
321 Staphylococcus aureus BA000018 2624 1 9 4 - 2 - 1 - - - - - - - - - - 17
322 Staphylococcus carnosus AM295250 2462 - 7 2 - 1 - - 1 - - - - - - - - - 11
323 Staphylococcus epidermidis AE015929 2419 - 9 4 - 2 - 1 - - - - - - - - - - 16
324 Staphylococcus haemolyticus AP006716 2676 - 9 4 - 2 - - - - - - - - - - - - 15
325 Staphylococcus lugdunensis CP001837 2490 - 12 4 - 2 - - - - - - - - - - - - 18
326 Staphylococcus saprophyticus AP008934 2514 - 6 3 - 2 - - - - - - - - - - - - 11
327 Streptococcus agalactiae AE009948 2124 - 13 2 - 3 - 1 - - - - - - - - - 1 20
328 Streptococcus dysgalactiae AP010935 2100 - 7 1 - - - 2 - - - - - - - - - - 10
329 Streptococcus equi CP001129 1893 - 6 3 - 3 - 3 - - - - - - - - - - 15
330 Streptococcus gallolyticus FN597254 2223 - 8 4 - 2 - - - - - - - - - - - - 14
331 Streptococcus gordonii CP000725 2051 - 9 2 - 2 - 3 - - - - - - - - - - 16
332 Streptococcus mitis FN568063 2004 - 8 3 - 3 - 2 - - - - - - - - - - 16
333 Streptococcus mutans AE014133 1960 - 9 3 - 2 - - - - - - - - - - - - 14
334 Streptococcus pneumoniae AE005672 2094 - 8 2 - 2 - 2 - - - - - - - - - - 14
335 Streptococcus pyogenes AE004092 1697 - 5 3 - 1 - 3 - - - - - - - - - - 12
336 Streptococcus sanguinis CP000387 2270 - 9 3 - 1 - 1 1 - - - - - - - - - 15
337 Streptococcus suis CP000407 2186 1 5 2 - 1 - 1 - - - - - - - - - 2 12
338 Streptococcus thermophilus CP000024 1915 1 5 2 - 2 - - - - - - - - - - - - 10
339 Streptococcus uberis AM946015 1825 - 7 1 - - - - - - - - - - - - - - 8
340 Symbiobacterium thermophilum AP006840 3337 5 10 11 2 1 - - 1 1 - - - - - 1 - 2 34
341 Syntrophothermus lipocalidus CP002048 2313 4 3 1 - 2 - - 1 2 - - - - - 2 - 2 17
342 Syntrophomonas wolfei CP000448 2504 9 3 1 - 2 - 1 - 1 - - 3 - - 3 - 1 24
343 Thermincola potens CP002028 2949 4 9 3 - 2 - 1 3 2 - - - - - 2 - 2 28
344 Thermaerobacter marianensis CP002344 2327 2 8 4 - 2 - - - - - - - - - 1 - 2 19
345 Thermoanaerobacter italicus CP001936 2270 2 8 1 - 1 - 2 1 2 - - 1 - - - - 2 20
346 Thermoanaerobacter mathranii CP002032 2159 2 7 1 - 1 - 2 1 - - - 1 - - - - 2 17
347 Thermoanaerobacter pseudethanolicus CP000924 2243 2 5 1 - 1 - - 1 1 - - - - - - - 1 12
348 Thermoanaerobacter sp. X513 CP002210 4895 2 6 1 - 1 - 3 1 1 - - - - - - - 2 17
349 Thermoanaerobacter sp. X514 CP000923 2349 2 6 1 - 1 - 3 1 1 - - - - - - - 1 16
350 Thermoanaerobacter tengcongensis AE008691 2588 3 7 1 - 2 - 2 - 3 - - - - - 1 - 2 21
351 Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum CP002171 2601 2 11 1 1 2 - 2 1 1 - - - - - - - 3 24
352 Thermosediminibacter oceani CP002131 2197 2 5 2 1 1 - 2 - - - - - - - 1 - 2 16
353 Veillonella parvula CP001820 1844 - 2 - - - - - 1 - - - - - - - - - 3
  Fusobacteria GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
354 Fusobacterium nucleatum AE009951 2066 - 2 1 2 1 - 1 1 - - - - - - - - - 8
355 Ilyobacter polytropus CP002281 2880 1 12 2 2 2 - - - - - - - 1 - - - 5 25
356 Leptotrichia buccalis CP001685 2220 1 8 - - - - 1 1 - - - - - - - - - 11
357 Sebaldella termitidis CP001739 4150 1 8 - - - - - 2 - - - - - 1 - - - 12
358 Streptobacillus moniliformis CP001779 1442 1 3 1 - - - - - - - - - - - - - - 5
  Planctomycetes GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
359 Pirellula staleyi CP001848 4717 15 5 8 7 - - - - 2 - - 1 - - 3 - 9 50
360 Planctomyces limnophilus CP001744 4258 7 5 5 6 - - - - - - - 1 - - 1 - 11 36
361 Rhodopirellula baltica BX119912 7325 22 4 4 10 - 1 - 1 2 2 - 1 1 - - - 10 58
  Alpha-proteobacteria GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
362 Acetobacter pasteurianus AP011121 2987 - 11 2 2 - - - 1 - - - - 1 - - - 1 18
363 Acidiphilium cryptum CP000697 3559 2 13 1 4 - - - - - - - - - - 1 - - 21
364 Agrobacterium radiobacter CP000628 6684 12 23 8 6 - 1 - 1 2 - - - - - 1 - 2 56
365 Agrobacterium tumefaciens AE008688 5402 14 22 8 5 - 1 - 1 2 - - - 1 - 1 - 3 58
366 Agrobacterium vitis CP000633 5389 16 21 5 4 - 1 - 1 1 - - 2 2 - 2 - 2 57
367 Anaplasma centrale CP001759 923 - 1 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 3
368 Anaplasma marginale CP000030 949 - 1 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 3
369 Anaplasma phagocytophilum CP000235 1264 - 1 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 3
370 Asticcacaulis excentricus CP002395 3763 23 13 4 5 - 3 - 1 2 - - - 3 - 1 - 4 59
371 Azorhizobium caulinodans AP009384 4717 16 15 7 6 1 3 - 1 2 - 1 - 1 - 1 - 5 59
372 Azospirillum sp. B510 AP010946 6309 37 26 21 10 2 2 - - 6 - - 4 1 3 6 - 15 133
373 Bartonella bacilliformis CP000524 1283 2 7 - 2 - - - - - - - - - - - - 1 12
374 Bartonella grahamii CP001562 1768 2 6 - 2 - - - - - - - - - - - - 1 11
375 Bartonella henselae BX897699 1488 2 6 - 2 - - - - - - - - - - - - 1 11
376 Bartonella quintana BX897700 1142 2 6 - 2 - - - - - - - - - - - - 1 11
377 Bartonella tribocorum AM260525 2092 2 6 - 2 - - - - - - - - - - - - 1 11
378 Beijerinckia indica CP001016 3784 9 14 2 6 - 1 - 1 1 - - - 1 - 1 - 3 39
379 Bradyrhizobium japonicum BA000040 8317 30 22 23 5 - 2 - 1 1 - 1 2 2 - 2 - 5 96
380 Bradyrhizobium sp. BTAi1 CP000494 7622 29 18 13 5 - 2 - 1 - - - 1 1 1 4 - 3 78
381 Bradyrhizobium sp. ORS278 CU234118 6717 26 16 8 6 - 2 - 1 - - - 2 1 1 3 - 5 71
382 Brevundimonas subvibrioides CP002102 3327 17 10 3 1 - 1 - - 4 - - - 1 - 1 - 4 42
383 Brucella abortus AE017223 3085 3 10 3 3 - 1 - - 1 - - - - - - - 1 22
384 Brucella canis CP000872 3251 3 9 3 2 - 1 - - - - - - - - - - 1 19
385 Brucella melitensis AE008917 3198 3 10 3 3 - 1 - - 1 - - - - - - - 1 22
386 Brucella microti CP001579 3287 3 10 3 3 - 1 - - 1 - - - - - - - 1 22
387 Brucella ovis CP000709 2890 3 10 3 2 - 1 - - 1 - - - - - - - 1 21
388 Brucella suis AE014291 3271 3 10 3 3 - 1 - - 1 - - - - - - - 1 22
389 Cand. Hodgkinia cicadicola CP001226 169 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
390 Cand. Liberibacter asiaticus CP001677 1109 3 2 - - - - - - - - - - - - - - - 5
391 Cand. Liberibacter solanacearum CP002371 1192 3 2 - 2 - - - - - - - - - - - - - 7
392 Cand. Pelagibacter ubique CP000084 1354 - 3 - 1 - 1 - - - - - - - - - - - 5
393 Cand. Puniceispirillum marinum CP001751 2543 - 7 1 2 - 1 - - - - - - - - - - - 11
394 Caulobacter crescentusc AE005673 3737 14 12 2 4 - 2 - 1 2 - - - - - 2 - 6 45
395 Caulobacter segnis CP002008 4139 17 15 5 4 1 2 - 1 2 - - - 1 - 2 - 3 53
396 Caulobacter sp. K31 CP000927 5438 24 14 5 3 - 1 - 1 - - - - - - 3 - 7 58
397 Chelativorans sp. BNC1c CP000390 4543 10 9 6 3 - 1 - 1 1 - - - - - 1 - 3 35
398 Dinoroseobacter shibae CP000830 4187 2 11 6 5 - 1 - 1 1 - - - - 1 - - 2 30
399 Ehrlichia canis CP000107 925 - 1 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 3
400 Ehrlichia chaffeensis CP000236 1105 - 1 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 3
401 Ehrlichia ruminantium CR767821 888 - 1 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 3
402 Erythrobacter litoralis CP000157 3011 6 6 2 4 2 - - - - - - - - - 1 - 2 23
403 Gluconacetobacter diazotrophicus AM889285 3852 6 12 2 3 - - - - - 1 - - - - 2 - 3 29
404 Gluconobacter oxydans CP000009 2664 6 9 1 1 - - - - - - - - 2 - 1 - 1 21
405 Hirschia baltica CP001678 3187 17 7 3 4 - 1 - 1 1 - 1 1 - 1 2 - 8 47
406 Granulibacter bethesdensis CP000394 2437 2 10 3 2 - 1 - 1 - - - - - - - - 1 20
407 Hyphomicrobium denitrificans CP002083 3512 9 14 12 3 - 1 - 1 1 - - - - - 1 - 5 47
408 Hyphomonas neptunium CP000158 3505 5 10 2 3 - 1 - 2 2 - - - - - - - 2 27
409 Jannaschia sp. CCS1 CP000264 4283 5 8 1 4 - 1 - 1 1 - - - - 1 - - 4 26
410 Ketogulonicigenium vulgare CP002224 3213 3 8 1 5 - 1 - - 1 - - - - - - - 2 21
411 Magnetospirillum magneticum AP007255 4559 30 15 11 6 - - - - 4 2 2 9 2 4 3 - 12 100
412 Maricaulis maris CP000449 3063 18 7 3 3 - 1 - - 3 - - - - 1 1 - 3 40
413 Mesorhizobium loti BA000012 7275 12 23 10 5 - 2 - 1 2 - - - 2 - 1 - 1 59
414 Methylobacterium chloromethanicum CP001298 5516 27 16 11 7 - 1 - 1 2 - - 3 1 - 2 - 6 77
415 Methylobacterium nodulans CP001349 7900 26 21 13 6 - 1 - 1 2 - - 1 - - 3 - 8 82
416 Methylobacterium extorquens CP000908 4829 29 15 12 5 - 1 - 1 2 - - 2 1 - 2 - 6 76
417 Methylobacterium populi CP001029 5365 30 19 12 6 - 1 - 1 2 - - 1 1 - 2 - 3 78
418 Methylobacterium radiotolerans CP001001 6431 32 21 15 6 - 1 - 1 2 - - 2 3 - 3 - 9 95
419 Methylobacterium sp. 4-46 CP000943 6692 37 16 11 6 - 1 - 1 2 - - 2 1 - 3 - 7 87
420 Methylocella silvestris CP001280 3818 15 11 9 4 - 1 - 1 1 - - - - - 1 - 2 45
421 Neorickettsia sennetsu CP000237 932 - 1 - - - - - - 1 - - - - - - - - 2
422 Neorickettsia risticii CP001431 898 - 1 - - - - - - 1 - - - - - - - - 2
423 Nitrobacter hamburgensis CP000319 4326 11 13 4 4 - 1 - - 1 - 2 1 1 - 1 - 2 41
424 Nitrobacter winogradskyi CP000115 3122 8 8 3 3 - 1 - - 1 - 1 - 1 - 1 - 2 29
425 Novosphingobium aromaticivorans CP000248 3324 7 12 5 5 2 - - 1 - - - - - - - - 1 33
426 Ochrobactrum anthropi CP000758 4799 5 12 6 5 - 1 - - 1 - - - 1 - - - 1 32
427 Oligotropha carboxidovorans CP001196 3722 8 11 5 3 - 1 - 1 1 - 1 1 2 - 1 - 2 37
428 Orientia tsutsugamushi AM494475 1182 - 1 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 3
429 Paracoccus denitrificans CP000489 5077 4 14 7 8 - 1 - 1 1 - - - 1 1 - - 2 40
430 Parvibaculum lavamentivorans CP000774 3636 12 9 8 3 - 1 - - 1 - - - - - - - 5 39
431 Parvularcula bermudensis CP002156 2687 11 9 4 2 - 1 - 1 2 - - - 2 - 1 - 2 35
432 Phenylobacterium zucineum CP000747 3854 18 10 4 3 - 1 - 1 1 - - - - - 3 - 7 48
433 Rhizobium etli CP000133 5963 23 17 12 5 - 1 - 1 2 - - - 2 - 2 - 3 68
434 Rhizobium leguminosarum AM236086 7150 17 23 9 6 - 1 - 3 1 - - 1 3 - 2 - 4 70
435 Rhizobium sp. NGR234 CP001389 6366 12 18 10 5 - 1 - 1 2 - - - - - 2 - 6 57
436 Rhodobacter capsulatus CP001312 3642 6 12 4 5 - 2 1 - 1 1 - - - 1 2 - 2 37
437 Rhodobacter sphaeroides CP000143 4126 15 14 8 6 - 1 - - 1 - - - 1 1 2 - 3 52
438 Rhodomicrobium vannielii CP002292 3565 10 12 2 2 - 1 - - - - - - 1 - 2 - 3 33
439 Rhodopseudomonas palustris BX571963 4813 18 11 8 4 - 1 - 1 1 - 1 2 2 - 2 - 3 54
440 Rhodospirillum centenum CP000613 4002 17 13 7 5 - 1 - - 1 - - 1 1 - 3 - 5 54
441 Rhodospirillum rubrum CP000230 3841 15 5 3 9 6 - 1 - 4 1 1 1 2 - 3 - 6 57
442 Rickettsia africae CP001612 1041 - 2 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 4
443 Rickettsia akari CP000847 1259 - 2 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 4
444 Rickettsia bellii CP000087 1429 - 2 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 4
445 Rickettsia canadensis CP000409 1093 - 2 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 4
446 Rickettsia conorii AE006914 1374 - 2 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 4
447 Rickettsia felis CP000053 1532 - 2 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 4
448 Rickettsia massiliae CP000683 980 - 2 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 4
449 Rickettsia peacockii CP001227 947 - 2 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 4
450 Rickettsia prowazekii AJ235269 835 - 2 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 4
451 Rickettsia rickettsii CP000766 1384 - 2 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 4
452 Rickettsia typhi AE017197 838 - 2 - 1 - - - - 1 - - - - - - - - 4
453 Roseobacter denitrificans CP000362 4129 5 9 6 3 - 1 - 1 1 - - - - 1 1 - 3 31
454 Ruegeria pomeroyic CP000031 4252 2 9 5 5 - 1 - - 1 - - - - 1 - - 2 26
455 Ruegeria sp. TM1040c CP000377 3864 11 10 3 5 - 1 - - 1 - - - 1 1 - - 2 35
456 Sphingobium japonicum AP010803 4394 12 11 9 4 2 1 - 1 - 1 - - - - 1 - 1 43
457 Sinorhizobium medicae CP000738 6213 19 15 12 6 - 1 - 1 - - - - 1 - 1 - 7 63
458 Sinorhizobium meliloti AL591688 6205 15 16 12 5 1 1 - 1 1 - - - - - 2 - 3 57
459 Sphingomonas wittichii CP000699 5345 16 15 6 4 2 - - 1 - - - - 1 - 2 - 4 51
460 Sphingopyxis alaskensis CP000356 3195 6 5 1 6 2 1 - 1 - - - - - - 1 - 2 25
461 Starkeya novella CP002026 4431 7 19 9 4 - 1 - 3 - 1 1 - 1 1 1 - 1 49
462 Wolbachia endosymbiont of Brugia malayi AE017321 805 - 1 - - - - - - 1 - - - - - - - - 2
463 Wolbachia endosymbiont of Culex quinquefasciatus AM999887 1275 - 1 - - - - - - 1 - - - - - - - - 2
464 Wolbachia endosymbiont of Drosophila AE017196 1195 - 1 - - - - - - 1 - - - - - - - - 2
465 Wolbachia sp. wRi CP001391 1150 - 1 - - - - - - 1 - - - - - - - - 2
466 Xanthobacter autotrophicus CP000781 5035 10 21 5 9 - 2 - 2 - - - - 1 - - - 2 52
467 Zymomonas mobilis AE008692 1998 2 6 - 1 1 - - - - - - - - - 2 - 1 13
  Beta-proteobacteria GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
468 Achromobacter xylosoxidans CP002287 6915 3 30 11 3 1 2 - 2 1 - 3 - - - 2 - 1 59
469 Acidovorax avenae CP000512 4709 9 18 10 6 2 2 - 1 - - - 1 2 - 2 - 3 56
470 Acidovorax ebreus CP001392 3479 6 12 8 2 2 2 - 1 1 - - 1 2 - 1 - - 38
471 Acidovorax sp. JS42 CP000539 4155 6 13 8 2 2 2 - 1 1 - - 1 2 - 1 - - 39
472 Aromatoleum aromaticumc CR555306 4590 6 11 13 10 1 - - - - 4 1 - - - - - 1 47
473 Azoarcus sp. BH72 AM406670 3989 13 16 9 13 1 - - - 4 5 - 3 - - 2 2 1 69
474 Bordetella avium AM167904 3381 2 13 6 2 - 2 - - 1 - 1 - - - 2 - - 29
475 Bordetella bronchiseptica BX470250 4994 2 18 7 2 - 2 - - - - 1 - - - 1 - - 33
476 Bordetella parapertussis BX470249 4185 2 16 5 2 - 2 - - - - 1 - - - 1 - - 29
477 Bordetella pertussis BX470248 3436 1 13 4 1 - 2 - - - - - - - - 1 - - 22
478 Bordetella petrii AM902716 5027 3 17 6 2 1 2 - - - - - - - - 1 - 2 34
479 Burkholderia ambifariac CP000440 6617 6 26 9 5 - 2 2 1 1 1 - 1 1 - 3 - 4 62
480 Burkholderia cenocepacia CP000458 6477 7 27 8 6 - 2 2 1 1 - - 1 1 - 3 - 8 67
481 Burkholderia glumae CP001503 5773 12 20 11 7 1 1 2 1 1 - - - 2 - 3 1 6 68
482 Burkholderia mallei CP000011 4764 6 14 5 5 - 2 - 1 - - - 2 1 - 1 - 1 38
483 Burkholderia multivorans CP000869 6259 6 26 13 5 - 2 - 1 1 - - - 1 - 3 - 5 63
484 Burkholderia phymatum CP001043 7496 19 27 25 6 - 2 - 1 1 - - - 2 - 2 1 5 91
485 Burkholderia phytofirmans CP001052 7241 20 27 21 5 - 2 1 2 1 - - 1 2 - 2 1 6 91
486 Burkholderia pseudomallei BX571965 5728 3 15 11 1 - 2 - - - - - 1 1 - 1 - 3 38
487 Burkholderia rhizoxinica FR687359 3667 4 10 2 4 - 2 - - - - - - - - - - 2 24
488 Burkholderia sp. 383c CP000150 7717 6 34 12 5 1 2 2 1 1 - - 1 1 - 3 - 7 76
489 Burkholderia sp. CCGE1002 CP002013 5988 20 22 29 4 - 2 1 1 1 - - - 2 - 1 1 6 90
490 Burkholderia sp. CCGE1003 CP002217 6889 18 21 19 7 - 2 1 2 - - - 1 2 - 2 1 3 79
491 Burkholderia thailandensis CP000086 5634 7 20 14 2 1 2 - 1 - - - 2 1 - 4 - 5 59
492 Burkholderia vietnamiensis CP000616 7617 9 24 16 7 - 2 2 1 1 - - 1 2 - 2 - 5 72
493 Burkholderia xenovorans CP000271 8702 7 26 18 4 - 2 - 1 - - - - 2 - 1 1 5 67
494 Cand. Accumulibacter phosphatis CP001715 4562 12 14 6 9 1 1 - - 2 6 - 2 - - 1 2 4 60
495 Cand. Zinderia insecticola CP002161 202 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
496 Chromobacterium violaceum AE016825 4407 6 10 7 5 4 1 - 1 2 3 4 5 - 2 3 3 9 65
497 Comamonas testosteroni CP001220 4803 6 20 14 3 2 2 - - 1 1 1 - 1 - 1 - 2 54
498 Cupriavidus metalliduransc CP000352 6319 8 34 26 4 1 2 - 1 1 - 1 - 1 - 2 1 5 87
499 Cupriavidus pinatubonensisc CP000090 6446 7 22 17 5 1 2 - 1 1 - - 1 2 - 2 1 7 69
500 Cupriavidus taiwanensisc CU633749 5897 5 21 18 6 2 2 - 1 1 - 1 - 1 - 2 1 4 65
501 Dechloromonas aromatica CP000089 4171 16 17 12 14 2 1 - 1 7 5 - 7 2 1 2 2 9 98
502 Delftia acidovorans CP000884 6040 8 32 16 5 2 2 - - 3 1 1 1 2 - 1 1 2 77
503 Gallionella capsiferriformans CP002159 2894 13 6 7 4 1 4 - - 4 2 - 4 - 1 2 4 14 66
504 Herbaspirillum seropedicae CP002039 4735 22 25 13 5 1 3 1 - 2 - 1 2 1 - 4 2 3 85
505 Herminiimonas arsenicoxydans CU207211 3325 6 15 7 4 1 2 - 1 1 1 - - - - 1 1 3 43
506 Janthinobacterium sp. Marseille CP000269 3697 8 21 12 3 1 2 - 1 2 - - - - - 2 - 4 56
507 Laribacter hongkongensis CP001154 3336 3 9 5 4 1 1 - - 1 - - - - 1 1 5 4 35
508 Leptothrix cholodnii CP001013 4363 12 17 17 7 1 2 - - 1 4 - 3 3 - 4 - 6 77
509 Methylibium petroleiphilum CP000555 4449 4 10 19 5 1 2 - 2 - 1 - 1 1 - 1 - 3 50
510 Methylobacillus flagellatus CP000284 2753 9 8 10 7 1 1 - - - 1 - 1 1 - 1 - - 40
511 Methylotenera mobilis CP001672 2338 12 6 4 6 1 1 - 1 - 2 - 2 - - 1 - 2 38
512 Methylotenera sp. 301 CP002056 2764 8 11 6 7 1 1 - 1 1 1 - 2 - - 1 - 2 42
513 Methylovorus sp. MP688 CP002252 2712 8 7 9 7 1 1 - - 1 2 - - - - 2 - 1 39
514 Methylovorus sp. SIP3-4 CP001674 2910 8 8 9 7 1 1 - - 1 2 - - - - 2 - - 39
515 Neisseria gonorrhoeae AE004969 2002 - 1 - 1 - - - - - - - - - - - - - 2
516 Neisseria lactamica FN995097 1972 - 1 1 2 - - - - - - - - - - - - 1 5
517 Neisseria meningitidis AE002098 2079 - 1 1 1 - 1 - - - - - - - - - - 1 5
518 Nitrosomonas europaea AL954747 2461 3 7 - 4 - 1 - - - 2 1 - - - 1 - - 19
519 Nitrosomonas eutropha CP000450 2550 3 4 2 4 - 1 - - - 1 1 - - - 1 - 1 18
520 Nitrosospira multiformis CP000103 2805 10 2 3 3 - 1 - - 2 3 1 - - - 1 - 2 28
521 Polaromonas naphthalenivorans CP000529 4929 8 17 15 4 1 1 - 1 - - - - 4 - - - 3 54
522 Polaromonas sp. JS666 CP000316 5453 17 13 14 3 1 1 - 2 - - 1 - 2 1 1 - 6 62
523 Polynucleobacter necessarius CP000655 2077 - 2 4 1 - 1 - - - - - - - - - - - 8
524 Ralstonia pickettii CP001068 4952 7 23 16 4 - 2 - 1 - - 1 - 1 - 1 1 3 60
525 Ralstonia solanacearum AL646052 5116 7 27 14 5 1 2 - 1 - - 1 - 1 - 1 1 3 64
526 Rhodoferax ferrireducens CP000267 4418 13 15 15 11 2 1 - 1 1 5 - 1 2 - 2 1 8 78
527 Sideroxydans lithotrophicus CP001965 2980 10 6 8 3 1 2 - - 1 1 1 3 - - 1 2 4 43
528 Thauera sp. MZ1T CP001281 3978 6 5 7 5 - - - - - 2 - 1 - - - 2 3 31
529 Thiobacillus denitrificans CP000116 2827 5 7 8 7 1 1 - 1 2 3 - 1 - - 1 1 - 38
530 Thiomonas intermedia CP002021 3172 5 11 5 6 1 2 - - - - - - - - 1 1 1 33
531 Thiomonas sp. str. 3As FP475956 3874 5 13 5 5 - 2 - 1 - - - - - - - 1 1 33
532 Variovorax paradoxus CP001635 6279 11 23 24 4 1 1 2 - - 1 - - 1 - 1 - 3 72
533 Verminephrobacter eiseniae CP000542 4947 5 5 6 2 2 1 - - - - - - 1 - 1 1 - 24
  Gamma-proteobacteria GenBank Genes REC OmpR NarL NtrC LytR ActR AraC AmiR GGDEF FimX PvrR RpfG HisK PP2C CheB CheV Other All
534 Acidithiobacillus ferrooxidansc CP001132 2826 1 7 - 7 - 1 - - - - - - - - - - - 16
535 Acinetobacter baumannii CP000521 3368 3 9 3 1 1 - - - - - - - - - - - 1 18
536 Acinetobacter sp. ADP1 CR543861 3325 2 9 2 3 1 - - 1 - - - - - - - - - 18
537 Acinetobacter sp. DR1 CP002080 3874 2 10 3 2 1 - - 1 - - - - - - - - - 19
538 Actinobacillus pleuropneumoniae CP000569 2012 - 4 1 - - - - - - - - - - - - - - 5
539 Actinobacillus succinogenes CP000746 2079 - 3 1 1 - - - - - - - - - - - - - 5
540 Aeromonas hydrophila CP000462 4122 3 15 9 6 3 - - - 1 - 2 5 1 - 3 4 5 57
541 Aeromonas salmonicida CP000644 4437 2 14 7 5 2 - - - 1 - - 3 - 1 2 4 2 43
542 Aggregatibacter actinomycetemcomitans CP001733 2134 - 3 1 1 - - - - - - - - - - - - - 5
543 Aggregatibacter aphrophilus CP001607 2231 - 3 1 - - - - - - - - - - - - - - 4
544 Alcanivorax borkumensis AM286690 2755 6 11 3 3 1 2 - 1 1 1 - - - - - - 2 31
545 Aliivibrio salmonicidac FM178379 3911 1 11 4 3 1 - - - 1 - - - - 2 1 3 6 33
546 Alkalilimnicola ehrlichei CP000453 2865 8 4 6 11 - 1 - 1 - 2 1 1 - - 1 - - 36
547 Allochromatium vinosumc CP001896 3220 13 8 5 5 - - - - 3 3 - 5 2 1 5 1 11 62
548 Alteromonas macleodii CP001103 4072 12 11 7 5 1 - - - 4 2 - 4 - - 3 2 11 62
549 Azotobacter vinelandii CP001157 5050 3 14 5 7 1 1 1 1 1 - - 2 - 2 1 - - 39
550 Baumannia cicadellinicola CP000238 595 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
551 Buchnera aphidicola BA000003 574 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
552 Cand. Blochmannia floridanus BX248583 583 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
553 Cand. Blochmannia pennsylvanicus CP000016 610 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
554 Cand. Carsonella ruddii AP009180 182 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
555 Cand. Hamiltonella defensa CP001277 2155 - 2 4 - - - - - - - - - - - - - - 6
556 Cand. Riesia pediculicola CP001085 556 - - - - - - - - - - - - - - - - - 0
557 Cand. Ruthia magnifica CP000488 976 - - 1 - - 1 - 1 - - - - - - - - - 3
558 Cand. Vesicomyosocius okutanii AP009247 937 - - 1 - - 1 - 1 - - - - - - - - - 3
559 Cellvibrio japonicus CP000934 3754 7 9 6 5 1 1 - - 3 7 3 1 - 3 2 1 4 53
560 Chromohalobacter salexigens CP000285 3298 1 11 3 6 - 1 - 2 - - - - - - 1 - 4 29
561 Citrobacter koseri CP000822 5026 1 14 10 5 2 - - - - - - - - - 1 1 3 37
562 Citrobacter rodentium FN543502 4913 1 13 4 5 2 - - - - - - - - - 1 1 3 30
563 Colwellia psychrerythraea CP000083 4910 5 22 8 11 3 1 - 1 2 2 1 2 1 - 1 1 6 67
564 Coxiella burnetii AE016828 2046 1 3 4 - - - - - - - - - - - - - - 8
565 Cronobacter sakazakiic CP000783 4434 1 15 9 2 2 - - - - - - - - - 1 1 2 33
566 Cronobacter turicensisc FN543093 4455 1 15 5 2 2 - - - - - - - - 1 1 1 2 30
567 Dichelobacter nodosus CP000513 1280 3 2 - 2 - - - - - - - - - - - - 2 9
568 Dickeya dadantii CP001654 3970 1 13 4 3 2 - - - 1 - - 1 - - 1 1 4 31
569 Dickeya zeae CP001655 4163 1 15 5 3 2 - - - - - - - - - 1 1 4 32
570 Edwardsiella ictaluri CP001600 3784 1 14 5 - - - - - - - - - - 1 1 - 2 24
571 Edwardsiella tarda CP001135 3588 1 14 7 4 2 - - - 1 - - - - 1 1 - 2 33
572 Enterobacter cloacae CP001918 5518 3 22 14 2 2 - - - - - - - - - 1 2 3 49
573 Enterobacter sp. 638 CP000653 4240 1 15 6 2 2 - - - - - - - - 1 1 1 1 30
574 Erwinia amylovora FN666575 3565 2 10 5 2 1 - - - - - - - - - 2 1 3 26
575 Erwinia billingiae FP236843 4917 2 15 9 2 1 - - - - - - - - - 1 1 2 33
576 Erwinia pyrifoliae FP236842 3691 2 9 5 2 - - - - - - - - - - 2 1 3 24
577 Erwinia sp. Ejp617 CP002124 3672 2 10 5 2 - - - - - - - - - - 2 1 3 25
578 Erwinia tasmaniensis CU468135 3622 1 10 8 2 2 - - - - - - - - - 1 1 1 26
579 Escherichia coli K-12 U00096 4132 1 14 9 4 2 - - - - - - - - - 1 - 1 32
580 Escherichia coli O157:H7 BA000007 5253 1 15 10 3 2 - - - - - - - - - 1 - 1 33
581 Escherichia fergusonii CU928158 4266 1 13 7 4 2 - - - - - - - - - 1 1 1 30
582 Ferrimonas balearica CP002209 3782 1 10 6 6 1 1 - - - - 1 - - - 1 2 6 35
583 Francisella novicidac CP000439 1719 - 2 - - - - - - - - - - - - - - - 2
584 Francisella philomiragia CP000937 1915 - 3 1 - - - - - - - - - - - - - - 4
585 Francisella tularensis AJ749949 1804 - 2 - - - - - - - - - - - - - - - 2
586 gamma proteobacterium HdN1 FP929140 3763 7 7 5 4 1 - - - 2 6 1 1 - 2 2 1 3 42
587 Haemophilus ducreyi AE017143 1717 - 2 1 - - - - - - - - - - - - - - 3
588 Haemophilus influenzae L42023 1711 - 4 1 - - - - - - - - - - - - - 1 6
589 Haemophilus parainfluenzae FQ312002 1981 - 3 1 - - - - - - - - - - - - - - 4
590 Haemophilus parasuis CP001321 2021 - 3 - - - - - - - - - - - - - - - 3
591 Haemophilus somnusc CP000436 1792 - 1 2 - - - - - - - - - - - - - - 3
592 Hahella chejuensis CP000155 6778 17 20 11 11 1 1 - - 5 10 1 1 2 1 4 2 20 107
593 Halomonas elongata FN869568 3474 1 11 5 6 - 1 - 1 - - - - - 1 1 - 1 28
594 Halorhodospira halophila CP000544 2407 4 1 2 6 - 1 - - 2 - - - - 1 2 1 3 23
595 Halothiobacillus neapolitanus CP001801 2537 4 5 2 5 1 - - - - 1 - - - - 1 1 3 23
596 Idiomarina loihiensis AE017340 2640 4 7 5 4 2 1 - - - 1 - 2 - 1 1 1 3 32
597 Kangiella koreensis CP001707 2632 2 11 3 2 1 2 - - 1 - - - - - - - 3 25
598 Klebsiella pneumoniae CP000647 5187 - 19 7 4 2 - - - - - - - - - - - 2 34
599 Klebsiella variicola CP001891 5057 - 17 7 3 2 - - - - - - - - 1 - - 4 34
600 Legionella longbeachae FN650140 3470 5 5 - 1 - - - - - 2 - - - - 1 - 5 19
601 Legionella pneumophila AE017354 2942 3 3 2 2 - - - - - 1 - - - - - - 2 13
602 Mannheimia succiniciproducens AE016827 2384 - 3 2 - - - - - - - - - - - - - - 5
603 marine bacterium HP15 CP001978 4410 5 13 9 7 2 1 - - 2 3 - 1 - 1 1 3 6 54
604 Marinobacter aquaeolei CP000514 4272 5 13 6 7 1 1 - - 3 4 - 2 - 2 1 2 6 53
605 Marinomonas sp. MWYL1 CP000749 4439 4 20 4 10 1 - - 1 4 3 - 3 - 3 2 2 7 64
606 Methylococcus capsulatus AE017282 2959 2 7 2 4 - 1 - 1 1 1 - - - 2 1 - - 22
607 Moraxella catarrhalis CP002005 1886 - 4 2 - - - - - - - - - - - - - - 6
608 Nitrosococcus halophilus CP001798 3817 6 3 6 6 - - 1 1 1 2 - - - - - - 4 30
609 Nitrosococcus oceani CP000127 2974 6 3 5 6 - - - 1 1 2 - - - - - - 2 26
610 Nitrosococcus watsoni CP002086 2908 5 2 6 5 - - - - 1 2 - - 1 - - - 2 24
611 Pantoea ananatis CP001875 4237 1 17 5 2 1 - - - - - - - - - 1 1 2 30
612 Pantoea vagans CP002206 4590 2 14 6 2 1 - - - - - - - - - 1 1 2 29
613 Pasteurella multocida AE004439 2015 - 5 3 1 - - - - - - - - - - - - - 9
614 Pectobacterium atrosepticumc BX950851 4472 1 12 8 2 2 - - - - - - - - - 1 1 1 28
615 Pectobacterium carotovorumc CP001657 4246 1 15 6 2 2 - - - - - - - - - 1 1 3 31
616 Pectobacterium wasabiaec CP001790 4437 1 11 5 2 2 - 1 - - - - - - - 1 1 3 27
617 Photobacterium profundum CR354531 5480 6 20 8 7 3 - - - 3 - 1 - 1 - 2 2 6 59
618 Photorhabdus asymbiotica FM162591 4422 1 8 8 2 1 - - - - - - - - - 1 - 1 22
619 Photorhabdus luminescens BX470251 4683 1 7 7 2 1 - - - - - - - - - 1 - 1 20
620 Proteus mirabilis AM942759 3662 1 8 6 3 1 - - - - - - - - - 1 - 1 21
621 Pseudoalteromonas atlantica CP000388 4281 8 13 7 5 3 1 - 1 5 4 - 2 - 1 1 1 8 60
622 Pseudoalteromonas haloplanktis CR954246 3486 7 13 4 5 2 1 - - 3 1 1 1 1 1 1 1 4 46
623 Pseudoalteromonas sp. SM9913 CP001796 3712 11 11 5 6 2 1 - - 2 3 2 4 1 - 2 2 6 58
624 Pseudomonas aeruginosa AE004091 5567 6 24 16 8 1 1 - 1 3 1 1 2 - 2 4 1 2 73
625 Pseudomonas entomophila CT573326 5134 9 22 11 8 1 1 - 1 2 1 - - 1 2 2 3 6 70
626 Pseudomonas fluorescens CP000076 6137 11 29 18 9 1 1 - - 2 2 3 3 2 2 2 3 4 92
627 Pseudomonas mendocina CP000680 4594 7 14 12 7 1 1 - 1 4 2 - 3 1 1 2 4 3 63
628 Pseudomonas putida AE015451 5350 11 25 11 8 1 1 - 1 2 1 - 1 2 2 2 3 4 75
629 Pseudomonas stutzeri CP000304 4128 9 15 7 8 1 1 - 1 3 1 - 1 1 1 1 2 2 54
630 Pseudomonas syringae AE016853 5608 11 19 12 8 1 1 - 1 2 2 1 - 1 2 3 3 4 71
631 Psychrobacter arcticus CP000082 2120 3 7 3 1 - - - - - - - - - - - - - 14
632 Psychrobacter cryohalolentis CP000323 2511 6 7 - 2 2 - - - - - - - - - - - - 17
633 Psychrobacter sp. PRwf-1 CP000713 2385 2 9 2 1 - - - - - - - - - - - - - 14
634 Psychromonas ingrahamii CP000510 3541 2 9 3 5 - - - - 1 2 2 - - - - - 4 28
635 Saccharophagus degradans CP000282 4008 10 14 3 9 3 1 - - 5 4 1 1 1 3 2 1 10 68
636 Salmonella enterica Paratyphi CP000026 4093 1 13 11 4 1 - - - - - - - - - 1 1 1 33
637 Salmonella enterica Typhi AL513382 4758 1 12 11 4 1 - - - - - - - - - 1 1 1 32
638 Salmonella typhimurium AE006468 4527 1 13 11 4 1 - - - - - - - - - 1 1 1 33
639 Serratia proteamaculans CP000826 4942 1 17 11 2 2 - - - - - - - - - 1 - 4 38
640 Shewanella amazonensis CP000507 3645 4 18 7 7 1 1 - - 3 1 2 3 - - 2 3 5 57
641 Shewanella baltica CP000563 4489 4 14 9 5 2 1 - - - 2 1 5 - - 2 4 4 53
642 Shewanella denitrificans CP000302 3754 5 10 3 4 2 1 - - 2 2 - 4 - - 2 3 5 43
643 Shewanella frigidimarina CP000447 4029 2 18 7 7 1 1 - - 2 2 - 2 - - 1 3 2 48
644 Shewanella halifaxensis CP000931 4278 2 15 8 7 1 1 - - 1 - - 1 - 2 1 3 4 46
645 Shewanella loihica CP000606 3859 4 18 8 7 1 1 - - 1 1 1 2 - - 2 3 4 53
646 Shewanella oneidensis AE014299 4467 5 18 8 5 1 1 - - 1 2 - 4 1 1 3 3 4 57
647 Shewanella pealeana CP000851 4241 3 16 7 7 1 1 - - 1 - 1 1 - 2 1 3 5 49
648 Shewanella piezotolerans CP000472 4933 3 18 9 8 - 2 - - 1 - 1 3 - 2 1 2 4 54
649 Shewanella putrefaciens CP000681 3972 3 20 6 4 1 1 1 - - 1 1 1 - - 1 4 3 47
650 Shewanella sediminis CP000821 4497 7 20 8 8 1 1 - - 4 - 1 4 1 1 2 4 6 68
651 Shewanella sp. ANA-3 CP000469 4360 2 18 8 7 1 1 - - 2 2 1 4 1 2 2 3 3 57
652 Shewanella sp. MR-4 CP000446 3924 3 17 10 6 2 1 - - 1 1 - 4 1 1 2 3 2 54
653 Shewanella sp. MR-7 CP000444 4014 3 17 9 6 2 1 - - 1 1 - 4 1 1 2 3 2 53
654 Shewanella sp. W3-18-1 CP000503 4044 3 18 6 5 1 1 1 - - 1 1 1 - - 1 4 3 46
655 Shewanella violacea AP011177 4346 4 13 5 6