| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ |||||||||--|-|||||||||||||----||||||||----|||||-||-||||||||||||||| 34 [R] COG0457 FOG: TPR repeat ||-|-|||-|||----|-||-||||||||||----|||--|||||||-||--|||||||||||||| 23 [D] COG1192 ATPases involved in chromosome partitioning ----------------||||||--||||||||--||||----|||||||||||||||||||||||| 11 [M] COG0739 Membrane proteins related to metalloendopeptidases --||--|||--------|||-|--||----|----|||----|||||-||--|--||||||-||-- 9 [NT] COG0840 Methyl-accepting chemotaxis protein ---|--|||-|-|----|-|-|--||----||||-|||||||-------|-----|---||||--- 7 [R] COG1744 Uncharacterized ABC-type transport system, periplasmic component/surface lipoprotein --||---------||-|||||||||||||-|||||||-|||||||||||||||||||||||||||| 6 [R] COG1253 Hemolysins and related proteins containing CBS domains ----------------||------||----|----|||----|||||-||-----|||||||||-- 6 [N] COG1344 Flagellin and related hook-associated proteins ----------------------||||----|-----|--------|--||--|--||||----|-- 6 [M] COG1664 Integral membrane protein CcmA involved in cell shape determination -----------------|--|-|||||||-||-||||-||--|||||-||||---|||-||||--- 6 [E] COG4166 ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component --|-------------|---||--||----|-----------|||||||||||||||||||||||| 6 [M] COG4591 ABC-type transport system, involved in lipoprotein release, permease component ||-|--||||------||-|----||-||||-----||----------||-----||||------- 5 [D] COG0455 ATPases involved in chromosome partitioning |------------||||||||||||||||||||||||||-|||||||-|||||||||||||||||| 5 [O] COG0542 ATPases with chaperone activity, ATP-binding subunit -------------||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 5 [J] COG0564 Pseudouridylate synthases, 23S RNA-specific --|--------------|--|||||||||-||||||||||--||||||||||-|||||||||||-- 5 [F] COG0775 Nucleoside phosphorylase |-||--|||----|||-|||-|--||-||-|----|||----|||||-|||||--|||||||||-- 5 [T] COG0784 FOG: CheY-like receiver --||--|||--------|||----||----|----|||----|||||-||--|--||||||-||-- 5 [NT] COG0835 Chemotaxis signal transduction protein -|||||----|----------|---||---|-----|-|----||-|---|---|-|||----|-- 5 [V] COG1002 Type II restriction enzyme, methylase subunits --||--|||--------|-|----||----|----|||----|||||-||-----|--|||-||-- 5 [NT] COG1352 Methylase of chemotaxis methyl-accepting proteins --------------------|-|||||---||||||||-||||||||-||||-|||---|||||-- 5 [GT] COG1762 Phosphotransferase system mannitol/fructose-specific IIA domain (Ntr-type) -||---------------||-|---|-||--|--|-||-----------|-----|---------- 5 [S] COG2314 Predicted membrane protein ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||---||||||| 4 [J] COG0009 Putative translation factor (SUA5) -------------||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||------||-|--- 4 [G] COG0205 6-phosphofructokinase |-||||-------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 4 [L] COG0210 Superfamily I DNA and RNA helicases |-||------||-||-||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 4 [O] COG0265 Trypsin-like serine proteases, typically periplasmic, contain C-terminal PDZ domain |||||||||||||||-||||||--||||||||||---|-|--|||||||||||||||||||||||| 4 [O] COG0330 Membrane protease subunits, stomatin/prohibitin homologs |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 4 [J] COG0480 Translation elongation factors (GTPases) ||||--|||---|||-|||-||--|||||-|||||||||||||||||-||||||||||||||||-- 4 [V] COG0534 Na+-driven multidrug efflux pump --------|----||-|||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 4 [J] COG0566 rRNA methylases ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 4 [K] COG0568 DNA-directed RNA polymerase, sigma subunit (sigma70/sigma32) ||||--|||||-|---||||||--||-||---||||||-||||||||-||||-||---||||---- 4 [P] COG0569 K+ transport systems, NAD-binding component -------------||||||||||||-|||||||-||||----|||||-||||||||--||||||-- 4 [T] COG0664 cAMP-binding proteins - catabolite gene activator and regulatory subunit of cAMP-dependent protein kinases ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|--|||||||||||||||||||||||| 4 [U] COG0681 Signal peptidase I ----------------||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 4 [OU] COG0740 Protease subunit of ATP-dependent Clp proteases ----------------||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 4 [M] COG0768 Cell division protein FtsI/penicillin-binding protein 2 ----------------||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 4 [D] COG0772 Bacterial cell division membrane protein -----------------|||||||||----------------|||||-|||||||||||||||||| 4 [R] COG0795 Predicted permeases ---|--|||-|-|----|-|-|--||----||||-||-||||-------|-----|---||||--- 4 [R] COG1079 Uncharacterized ABC-type transport system, permease component |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||||||||||| 4 [G] COG1109 Phosphomannomutase ||||----|||||---|||||||||||||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||| 4 [V] COG1136 ABC-type antimicrobial peptide transport system, ATPase component --------------------|----||---||||||||||||||||||||-|---|-------|-- 4 [G] COG1264 Phosphotransferase system IIB components ----------------||||||--||||||||||||||||--|||||||||||||||||||||||| 4 [S] COG1385 Uncharacterized protein conserved in bacteria ----------------||----||||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 4 [N] COG1536 Flagellar motor switch protein -------------------|-|--||---------||-----|||-|-||-|||||---|||||-- 4 [S] COG1652 Uncharacterized protein containing LysM domain ---|---------|||-|||-|--||----|---------|||||-|-||--|||-||||||||-- 4 [O] COG2214 DnaJ-class molecular chaperone ---|--|||-|-|----|-|-|--||----||||-||-||||-------|-----|---||||--- 4 [R] COG4603 ABC-type uncharacterized transport system, permease component ----------------||------||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 4 [N] COG4786 Flagellar basal body rod protein ||||----||---|||||||||||||||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 3 [J] COG0042 tRNA-dihydrouridine synthase |||---||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3 [L] COG0084 Mg-dependent DNase --||||--|----||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3 [L] COG0187 Type IIA topoisomerase (DNA gyrase/topo II, topoisomerase IV), B subunit --||||--|----||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3 [L] COG0188 Type IIA topoisomerase (DNA gyrase/topo II, topoisomerase IV), A subunit ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3 [L] COG0305 Replicative DNA helicase -------------|||-||||-||||||||||||||||-|--|||||-||||||||||-|||||-- 3 [G] COG0363 6-phosphogluconolactonase/Glucosamine-6-phosphate isomerase/deaminase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3 [J] COG0441 Threonyl-tRNA synthetase |-||||-------||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3 [O] COG0443 Molecular chaperone -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3 [O] COG0465 ATP-dependent Zn proteases --|----------||-||--||||||----|-----|||||||||||||||||||||||||||||| 3 [O] COG0466 ATP-dependent Lon protease, bacterial type |||||||||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3 [OC] COG0526 Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins |-|||||||-|||||||||||-|||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 3 [I] COG0558 Phosphatidylglycerophosphate synthase |-||||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||-||-|||---||-|--- 3 [R] COG0561 Predicted hydrolases of the HAD superfamily -------------|||||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 3 [J] COG0617 tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase -|||--|||||-|---||||||--|||||-||||||||||||------|----------------- 3 [R] COG0618 Exopolyphosphatase-related proteins -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3 [L] COG0629 Single-stranded DNA-binding protein --||--|||--------|||-|--||----|----|||----|||||-||--|--||||||-||-- 3 [NT] COG0643 Chemotaxis protein histidine kinase and related kinases ----||----|--|||--||||--|||---|-----------||||--||-|||||--|||-|||| 3 [R] COG0666 FOG: Ankyrin repeat ----------------||||----||----||||-|||----|||||||||||||||||||||||| 3 [M] COG0741 Soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory proteins (some contain LysM/invasin domains) ----------------||||-|||||||||------------|||||-||||-||||||||||||| 3 [M] COG0815 Apolipoprotein N-acyltransferase ----------------|-|||||||||||||---||||----||||||||||||||||||||||-- 3 [M] COG0860 N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ||||--||-|||-|||-|-|-|--|||||-||||||||----|||||-||-|-|||---|||||-- 3 [R] COG1011 Predicted hydrolase (HAD superfamily) ---|----|-|-|||||-|||---||||||---------------|--||||-------------- 3 [I] COG1022 Long-chain acyl-CoA synthetases (AMP-forming) |-||--|||-|-|---|||||||||-||-|||||||||----||||||||||-||---|||||-|| 3 [P] COG1108 ABC-type Mn2+/Zn2+ transport systems, permease components ||||||||||||||||----||||||------||-------------------------------- 3 [C] COG1155 Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit A ||||||||||||||||----||||||------||-------------------------------- 3 [C] COG1156 Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit B --------------------|----||---||||||||-|||||||||||-|---|-------|-- 3 [G] COG1263 Phosphotransferase system IIC components, glucose/maltose/N-acetylglucosamine-specific ||||||||||||||||----||||||------||-------------------------------- 3 [C] COG1269 Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit I --||--||----|---|--||||||||||-|---|-||----|||||-||--|--|--|||-|||| 3 [C] COG1301 Na+/H+-dicarboxylate symporters -----------------||||||||--||-|---||||----------||---------||--|-- 3 [T] COG1366 Anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor) ||||||||||||||||----||||||------||-------------------------------- 3 [C] COG1394 Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit D ||-|--|||-|||---|--|-|||||||||||||||||----|||||-||--|||||||||||||| 3 [K] COG1475 Predicted transcriptional regulators ----------------||------||----|-----||----|||||-||-----||||------- 3 [N] COG1580 Flagellar basal body-associated protein --------------------|||||||---||||||||||||||||||||||||||---|||||-- 3 [G] COG1925 Phosphotransferase system, HPr-related proteins --||--|||--------|-|----||----|-----||----|||||-||--|--|--|||-||-- 3 [NT] COG2201 Chemotaxis response regulator containing a CheY-like receiver domain and a methylesterase domain ----------------||-|-|--||----|------|----------||-----|---|--|--- 3 [T] COG2206 HD-GYP domain -----------------||||-|||--||-|---||||----------||----------|-|--- 3 [TK] COG2208 Serine phosphatase RsbU, regulator of sigma subunit -|-|--||------|--|||||--|||---||||||||-|--|||||-||||-||||||-||-|-- 3 [R] COG2252 Permeases ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 3 [L] COG2812 DNA polymerase III, gamma/tau subunits ------------------|------|-----------------||---|---------|------- 3 [S] COG2859 Uncharacterized protein conserved in bacteria ----------------|--||-||||-||-------------|||||||||||||||||||||||| 3 [M] COG2885 Outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (lipo)proteins --||----|-|-|----|||||--|||---||||||-||||||||||-||||-|||--||||||-- 3 [E] COG3842 ABC-type spermidine/putrescine transport systems, ATPase components ---|--|||-|-|----|-|-|--||----||||-||-||||-------|-----|---||||--- 3 [R] COG3845 ABC-type uncharacterized transport systems, ATPase components |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 2 [E] COG0006 Xaa-Pro aminopeptidase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0008 Glutamyl- and glutaminyl-tRNA synthetases |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0012 Predicted GTPase, probable translation factor |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0013 Alanyl-tRNA synthetase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0016 Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit ||||||||||||||||--||||--||----|||||||||||||||||||-|||------------- 2 [J] COG0017 Aspartyl/asparaginyl-tRNA synthetases |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0018 Arginyl-tRNA synthetase ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [I] COG0020 Undecaprenyl pyrophosphate synthase ||||||||||||||||||||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0024 Methionine aminopeptidase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0030 Dimethyladenosine transferase (rRNA methylation) |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [D] COG0037 Predicted ATPase of the PP-loop superfamily implicated in cell cycle control |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0048 Ribosomal protein S12 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0049 Ribosomal protein S7 ---------|---||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0050 GTPases - translation elongation factors |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||| 2 [J] COG0051 Ribosomal protein S10 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0052 Ribosomal protein S2 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||||||||||-- 2 [G] COG0057 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase/erythrose-4-phosphate dehydrogenase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0060 Isoleucyl-tRNA synthetase |||||||||||||||||||||---|||||||||||||||-|||||||||||||||||||||||||| 2 [G] COG0061 Predicted sugar kinase ||||----||-||||-||||||||||||||||||||||||||-------|---||||||||||||| 2 [J] COG0064 Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase B subunit (PET112 homolog) |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0072 Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [R] COG0073 EMAP domain |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0080 Ribosomal protein L11 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0081 Ribosomal protein L1 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [K] COG0085 DNA-directed RNA polymerase, beta subunit/140 kD subunit |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [K] COG0086 DNA-directed RNA polymerase, beta' subunit/160 kD subunit |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0087 Ribosomal protein L3 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0088 Ribosomal protein L4 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0089 Ribosomal protein L23 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0090 Ribosomal protein L2 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0091 Ribosomal protein L22 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0092 Ribosomal protein S3 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0093 Ribosomal protein L14 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0094 Ribosomal protein L5 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0096 Ribosomal protein S8 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0097 Ribosomal protein L6P/L9E |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0098 Ribosomal protein S5 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0099 Ribosomal protein S13 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0100 Ribosomal protein S11 |||||||||||--||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0101 Pseudouridylate synthase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0102 Ribosomal protein L13 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0103 Ribosomal protein S9 |||||||||||||||||-||-||||||||||--|||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [F] COG0105 Nucleoside diphosphate kinase ||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||| 2 [E] COG0112 Glycine/serine hydroxymethyltransferase ||||||||||||||||--||-|||||----||||||------||||||||||||||---|||||-- 2 [G] COG0120 Ribose 5-phosphate isomerase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0124 Histidyl-tRNA synthetase ||||||||||||||||||||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [F] COG0125 Thymidylate kinase ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-- 2 [G] COG0126 3-phosphoglycerate kinase ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||----|||||-||||||||--||||||-- 2 [F] COG0127 Xanthosine triphosphate pyrophosphatase ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||--||||||||||||||--|||||||| 2 [J] COG0130 Pseudouridine synthase ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [H] COG0142 Geranylgeranyl pyrophosphate synthase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0143 Methionyl-tRNA synthetase ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-- 2 [G] COG0148 Enolase ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-- 2 [G] COG0149 Triosephosphate isomerase ||||----|||||||-||||||||||||||||||||||||||---|---|---||||||||||||| 2 [J] COG0154 Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase A subunit and related amidases |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0162 Tyrosyl-tRNA synthetase -|-|||----||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||||||||||-- 2 [G] COG0166 Glucose-6-phosphate isomerase ||||--||||--|||-||||||--||------||||||-||||||||-||||-||---||||---- 2 [P] COG0168 Trk-type K+ transport systems, membrane components |||-|||||||--||||-||----||--------------------------------------|| 2 [I] COG0170 Dolichol kinase |||||||||||||||-||||||--||||||||||||||||||||||||||--||||||||||||-- 2 [H] COG0171 NAD synthase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0172 Seryl-tRNA synthetase -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0173 Aspartyl-tRNA synthetase ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG0177 Predicted EndoIII-related endonuclease |-||------------|||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 2 [L] COG0178 Excinuclease ATPase subunit |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0180 Tryptophanyl-tRNA synthetase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0184 Ribosomal protein S15P/S13E |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0185 Ribosomal protein S19 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||| 2 [J] COG0186 Ribosomal protein S17 --||||----||-||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||| 2 [H] COG0190 5,10-methylene-tetrahydrofolate dehydrogenase/Methenyl tetrahydrofolate cyclohydrolase -------------||-||||-|--||||||||||||||||||||||||||||-||||||-||||-- 2 [G] COG0191 Fructose/tagatose bisphosphate aldolase -------------||-||||||--||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-- 2 [H] COG0192 S-adenosylmethionine synthetase -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0193 Peptidyl-tRNA hydrolase |||||||||||||---|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [K] COG0195 Transcription elongation factor |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0197 Ribosomal protein L16/L10E |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0198 Ribosomal protein L24 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0199 Ribosomal protein S14 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0200 Ribosomal protein L15 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [U] COG0201 Preprotein translocase subunit SecY ||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [K] COG0202 DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit/40 kD subunit -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0203 Ribosomal protein L17 -------------||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 2 [I] COG0204 1-acyl-sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase ||||||||||------||||||--||||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||| 2 [D] COG0206 Cell division GTPase -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0211 Ribosomal protein L27 --|||||||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0215 Cysteinyl-tRNA synthetase -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0216 Protein chain release factor A -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 2 [S] COG0217 Uncharacterized conserved protein -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0222 Ribosomal protein L7/L12 -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0223 Methionyl-tRNA formyltransferase -------------||-|||||||||||||-|||||||||||||||||||||||||||||-|||||| 2 [J] COG0227 Ribosomal protein L28 -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0228 Ribosomal protein S16 -------------||-||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||| 2 [J] COG0230 Ribosomal protein L34 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0231 Translation elongation factor P (EF-P)/translation initiation factor 5A (eIF-5A) -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0233 Ribosome recycling factor --|----------||-||||||||||||||||||||||--|||||||||||||||||||||||||| 2 [O] COG0234 Co-chaperonin GroES (HSP10) --|----------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [IQ] COG0236 Acyl carrier protein ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||| 2 [H] COG0237 Dephospho-CoA kinase -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||| 2 [J] COG0238 Ribosomal protein S18 |-------|----|||||||||||||||||||||||||||--|||||-|||||||||||||||||| 2 [C] COG0240 Glycerol-3-phosphate dehydrogenase ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0242 N-formylmethionyl-tRNA deformylase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0244 Ribosomal protein L10 --||-|-------|||||||||||||----|||-||||----||||||||||||||---||||||| 2 [L] COG0249 Mismatch repair ATPase (MutS family) |||||||||||||-|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [K] COG0250 Transcription antiterminator ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0254 Ribosomal protein L31 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0255 Ribosomal protein L29 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0256 Ribosomal protein L18 -------------||-||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||| 2 [J] COG0257 Ribosomal protein L36 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG0258 5'-3' exonuclease (including N-terminal domain of PolI) ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0261 Ribosomal protein L21 --------------|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0264 Translation elongation factor Ts -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||| 2 [J] COG0267 Ribosomal protein L33 ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0268 Ribosomal protein S20 ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG0272 NAD-dependent DNA ligase (contains BRCT domain type II) ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [M] COG0275 Predicted S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase involved in cell envelope biogenesis --||-------------||-||--|||||-||||||||||||||||||||||||||-||||||||| 2 [C] COG0280 Phosphotransacetylase --|--------------|||||--|||||-||||||||||||||||||||||-||-|||-|||-|| 2 [C] COG0282 Acetate kinase ---------------||||||||||||||||||||||||||||||||-||||||||---||||||| 2 [F] COG0283 Cytidylate kinase ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0290 Translation initiation factor 3 (IF-3) -------------|--|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0291 Ribosomal protein L35 ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0292 Ribosomal protein L20 ||||||--||---|||--------||----------------||||||||||||||---||||||| 2 [J] COG0293 23S rRNA methylase ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [R] COG0313 Predicted methyltransferases ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [R] COG0319 Predicted metal-dependent hydrolase |-||------------|||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 2 [L] COG0322 Nuclease subunit of the excinuclease complex --||---------|||||||||||||----||||||||----||||||||||||||---||||||| 2 [L] COG0323 DNA mismatch repair enzyme (predicted ATPase) -------------||-||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0324 tRNA delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase -------------|||--|||---|||||||----|||----|||||||||||--||||-|-|-|| 2 [O] COG0326 Molecular chaperone, HSP90 family ||||--||||---|||---|||||||||-|||||||||||--||||||||||-||||||------- 2 [S] COG0327 Uncharacterized conserved protein -------------||-||||||||||----|||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0333 Ribosomal protein L32 -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0335 Ribosomal protein L19 ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0336 tRNA-(guanine-N1)-methyltransferase ||||--||-|------|||||||||||||||---||||-|--|||||-|||||||||||||||||| 2 [U] COG0341 Preprotein translocase subunit SecF ||||--||-|------|||||||||||||||---||||-|--|||||-|||||||||||||||||| 2 [U] COG0342 Preprotein translocase subunit SecD ----------------||||||--|||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 2 [M] COG0357 Predicted S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase involved in bacterial cell division |||||||||||||---|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG0358 DNA primase (bacterial type) --------------|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0359 Ribosomal protein L9 -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||| 2 [J] COG0360 Ribosomal protein S6 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0361 Translation initiation factor 1 (IF-1) -------------|||-|||--||||||||-|-||||-----|||||||-||-||----||||--- 2 [G] COG0362 6-phosphogluconate dehydrogenase -------------|||||||-||||||||--|-||||-----||||||||||||||||-|||||-- 2 [G] COG0364 Glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase ||-----|-||-----||||----|-|||-|--|--|-----|||||-||-|-||||||-||||-- 2 [M] COG0399 Predicted pyridoxal phosphate-dependent enzyme apparently involved in regulation of cell wall biogenesis ||||||||||||||||||||||--||----||--|||-----|||||-||---------------- 2 [L] COG0419 ATPase involved in DNA repair ||||||||||||||||||||||--||||||||--||||----|||||-||----------|----- 2 [L] COG0420 DNA repair exonuclease ||||||||||||||||-----|--|||||||---|---||||------------------------ 2 [J] COG0423 Glycyl-tRNA synthetase (class II) |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0442 Prolyl-tRNA synthetase -------------||-||||||||||----|||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [D] COG0445 NAD/FAD-utilizing enzyme apparently involved in cell division |||||||||||||||-||||||--|||||-||||||-|-||||||||-||-|---|---|||||-- 2 [R] COG0446 Uncharacterized NAD(FAD)-dependent dehydrogenases ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||--|||||||||||||||||||||||||| 2 [O] COG0459 Chaperonin GroEL (HSP60 family) |||||||||||||||-||||||--||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-| 2 [FE] COG0462 Phosphoribosylpyrophosphate synthetase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 2 [L] COG0468 RecA/RadA recombinase ||----||-|||-||-||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||-|| 2 [M] COG0472 UDP-N-acetylmuramyl pentapeptide phosphotransferase/UDP-N-acetylglucosamine-1-phosphate transferase ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||| 2 [GEPR] COG0477 Permeases of the major facilitator superfamily -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [M] COG0481 Membrane GTPase LepA |-||||-------||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [O] COG0484 DnaJ-class molecular chaperone with C-terminal Zn finger domain -------------||-||||||||||----|||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [R] COG0486 Predicted GTPase -------------|||--||||||||||||||||||||-|--|||||||||||||||||||||||| 2 [R] COG0488 ATPase components of ABC transporters with duplicated ATPase domains ||||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [O] COG0492 Thioredoxin reductase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0495 Leucyl-tRNA synthetase ||||--||-||||||--|||||--|||||-||||||||||||||||||||||-||||||||||--- 2 [F] COG0503 Adenine/guanine phosphoribosyltransferases and related PRPP-binding proteins ||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||||--|||||||||||||||||||||||| 2 [F] COG0504 CTP synthase (UTP-ammonia lyase) ||-|||||-|--|||-||||||-|-|||||||||||||----||||||||||||||||||||||-- 2 [F] COG0516 IMP dehydrogenase/GMP reductase |-||--||-|-||-|--||||||||||||||||||||||||||||||-|||||--|||||||||-- 2 [E] COG0520 Selenocysteine lyase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0522 Ribosomal protein S4 and related proteins |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0525 Valyl-tRNA synthetase |||||||||||||---|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [F] COG0528 Uridylate kinase ||||||||||||-||-|||-----||-----------|----|||||-|--|--------|----- 2 [P] COG0530 Ca2+/Na+ antiporter |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0532 Translation initiation factor 2 (IF-2; GTPase) |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [O] COG0533 Metal-dependent proteases with possible chaperone activity -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [R] COG0536 Predicted GTPase -------------||-||||||||||||||||||||||-|--|||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0539 Ribosomal protein S1 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [U] COG0541 Signal recognition particle GTPase ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [O] COG0544 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (trigger factor) |-||--|||----|--|-||-|--|||||-|||||||||---|||||-||||||||||||||||-- 2 [R] COG0546 Predicted phosphatases |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG0550 Topoisomerase IA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [U] COG0552 Signal recognition particle GTPase |-||------------|||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 2 [L] COG0556 Helicase subunit of the DNA excision repair complex --||--|||----||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [F] COG0563 Adenylate kinase and related kinases -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [K] COG0571 dsRNA-specific ribonuclease ---|---------||--|||-|-|||----|||||||||-|||||||-|-||-------------- 2 [F] COG0572 Uridine kinase |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 2 [I] COG0575 CDP-diglyceride synthetase |-||||-------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [O] COG0576 Molecular chaperone GrpE (heat shock protein) ||||----||||-----||||||||-|||-||||||||----|||||-||-|-|||--||||||-- 2 [V] COG0577 ABC-type antimicrobial peptide transport system, permease component ----||-----|------||-|--||||||||--||||----|||||||||||||||||--|||-- 2 [S] COG0586 Uncharacterized membrane-associated protein ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG0587 DNA polymerase III, alpha subunit --|----------||-----|-||||||||||||||------||||||--||||||----||||-- 2 [G] COG0588 Phosphoglycerate mutase 1 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG0592 DNA polymerase sliding clamp subunit (PCNA homolog) ----------------||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG0593 ATPase involved in DNA replication initiation -----------------||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-|||||| 2 [J] COG0594 RNase P protein component ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [MU] COG0597 Lipoprotein signal peptidase --|||||||-|||---||||||||-||||||||||||||||||||||-||||---||||||||--- 2 [EP] COG0601 ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, permease components ||||||||||||----|||||||||||---||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [L] COG0608 Single-stranded DNA-specific exonuclease |||||||||||||---||||||-||-|||||---|-||----|||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0621 2-methylthioadenine synthetase ||||--|||-------||||||--|||||-||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [R] COG0628 Predicted permease -----------------||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 2 [L] COG0632 Holliday junction resolvasome, DNA-binding subunit ----------------|||||||||||||-|||||||||---|||||||||||||||||||||||| 2 [H] COG0635 Coproporphyrinogen III oxidase and related Fe-S oxidoreductases ||||||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [C] COG0636 F0F1-type ATP synthase, subunit c/Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase, subunit K |-||----|----||-||||||||-|||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [T] COG0642 Signal transduction histidine kinase ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [U] COG0653 Preprotein translocase subunit SecA (ATPase, RNA helicase) ----------------|||||||||||||-|||||||||||||||||-||||||||||||||||-| 2 [R] COG0658 Predicted membrane metal-binding protein |||||||||||||-||||||||--|||||-||||||||----||||||||--|||||||||||||| 2 [M] COG0668 Small-conductance mechanosensitive channel ----------------||||||--||||||||||||||-|--||||||||||||||||||||||-- 2 [H] COG0669 Phosphopantetheine adenylyltransferase -|||||||-|||----||||-|---|-||-------------|||-|-----|---||-------- 2 [L] COG0675 Transposase and inactivated derivatives ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [M] COG0682 Prolipoprotein diacylglyceryltransferase ---|----|-|-|----|||||--||----||||||--|||||||||-||||-|||---|||||-- 2 [E] COG0687 Spermidine/putrescine-binding periplasmic protein ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [U] COG0690 Preprotein translocase subunit SecE ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [O] COG0691 tmRNA-binding protein -||||||||||||||-|-||||--||-||-|--|||||-||||||||-||-||--|--||||||-- 2 [R] COG0693 Putative intracellular protease/amidase -------------||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [U] COG0706 Preprotein translocase subunit YidC --|------|-|----||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [M] COG0707 UDP-N-acetylglucosamine:LPS N-acetylglucosamine transferase |-|-||--|--|-|||--||||--|||||-||||-||-----|||||-|||||||||||||||||| 2 [L] COG0708 Exonuclease III |||||||||||||----|||-||||-||||||||||||----|||||-----|------|||||-- 2 [O] COG0719 ABC-type transport system involved in Fe-S cluster assembly, permease component ||||----||-||---||||||||||||||||||||||--||-------|---||||||||||||| 2 [J] COG0721 Asp-tRNAAsn/Glu-tRNAGln amidotransferase C subunit ----------------|||||||||||||||-----------|||||||||||||||||||||||| 2 [R] COG0728 Uncharacterized membrane protein, putative virulence factor -------------||-||--|||||||||||||||||||||||||||||----||||||||||||| 2 [I] COG0736 Phosphopantetheinyl transferase (holo-ACP synthase) -----------------|||||||||||||||||||||-|--|||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG0742 N6-adenine-specific methylase -------------|--||||||||||||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [L] COG0749 DNA polymerase I - 3'-5' exonuclease and polymerase domains |||||||||||||---||||||||||||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [M] COG0750 Predicted membrane-associated Zn-dependent proteases 1 ----------------||||||--|||||-|-||||||||--|||||-||||||||||||||||-| 2 [LU] COG0758 Predicted Rossmann fold nucleotide-binding protein involved in DNA uptake ----------------||||||||||-||-||||||||----|---|-|||||||||||||||||- 2 [S] COG0759 Uncharacterized conserved protein -------------|||||||||--||----||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [O] COG0760 Parvulin-like peptidyl-prolyl isomerase -----------------||||-||||||||||||||||----|||||-||||---||||||-||-- 2 [S] COG0762 Predicted integral membrane protein ----------------||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [M] COG0766 UDP-N-acetylglucosamine enolpyruvyl transferase |--------|------||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [M] COG0769 UDP-N-acetylmuramyl tripeptide synthase |||------|------||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [M] COG0770 UDP-N-acetylmuramyl pentapeptide synthase |--------|------||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [M] COG0771 UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase ----------------||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [M] COG0773 UDP-N-acetylmuramate-alanine ligase ----||----------||||||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG0776 Bacterial nucleoid DNA-binding protein ----------------||||||--|||||-||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [S] COG0779 Uncharacterized protein conserved in bacteria ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [K] COG0781 Transcription termination factor -----------------|---||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [K] COG0782 Transcription elongation factor ---|--------------||||--|||----|||||||-|--|||||-|||||--|||||-|-||| 2 [P] COG0783 DNA-binding ferritin-like protein (oxidative damage protectant) --------------|-|-||||--||||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [M] COG0787 Alanine racemase ----||----||----||||||||||----|---||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [M] COG0793 Periplasmic protease ----------------|-||||--||||||||||||||----||||||||||-|||||||||||-- 2 [M] COG0796 Glutamate racemase ----------------|-||----||----|-----------|||||-|||||||||||||||||| 2 [M] COG0797 Lipoproteins ----------------||||-|||||||||-|||||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [S] COG0799 Uncharacterized homolog of plant Iojap protein ----------------||||||||||||||||||||||-|--|||||-|||||||||||||||||| 2 [R] COG0802 Predicted ATPase or kinase |-||--|||-|-|---|||||||||-||||||||||||-------||--|||-||---|||-|-|| 2 [P] COG0803 ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin ----------------||||||--||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0806 RimM protein, required for 16S rRNA processing ----------------||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [M] COG0812 UDP-N-acetylmuramate dehydrogenase --||----|----|||||-||-||||||||||||||||||||||||||||||-||||||||||||| 2 [C] COG0822 NifU homolog involved in Fe-S cluster formation ----------------|-||--||||----|||||||||-|||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0828 Ribosomal protein S21 --|-----|-|-|----||||||||-||||||||||||----|||||-||||-||||||||||||| 2 [ET] COG0834 ABC-type amino acid transport/signal transduction systems, periplasmic component/domain ----------------||||||--|||---|-||||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [M] COG0845 Membrane-fusion protein ---------|------||--||--||----||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [D] COG0849 Actin-like ATPase involved in cell division ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG0858 Ribosome-binding factor A |||-----||-----------|---|----|----|||----|||--------------||||--- 2 [F] COG1001 Adenine deaminase -------------||------|||||----|----------------------------------- 2 [R] COG1026 Predicted Zn-dependent peptidases, insulinase-like -|||--||||-------|------||-----------|-----------|--------|------- 2 [R] COG1033 Predicted exporters of the RND superfamily ----------------||||||--||-||-||||||||----|||||-||||||||||||||||-| 2 [R] COG1040 Predicted amidophosphoribosyltransferases -------------||-|||||---||||||||||||||||||||||||||--||||||||||||-- 2 [H] COG1057 Nicotinic acid mononucleotide adenylyltransferase --------|---|||--|||----|||||-||-|||||----|||||--|||---|---||||--- 2 [G] COG1070 Sugar (pentulose and hexulose) kinases --------------------|-||||-||-||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG1074 ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit (contains helicase and exonuclease domains) |---||--||------||-||-||||----|----|||----|||||-|||||--||||----||| 2 [D] COG1077 Actin-like ATPase involved in cell morphogenesis |||||||||||||-----------||---------------------------------------- 2 [F] COG1102 Cytidylate kinase --|---||------------|||||-|-----|||-||----|||-|-||||-||-|||-||---- 2 [E] COG1115 Na+/alanine symporter |-||--|||-|||---|||||||||-|--|||||||||----||||||||||-||---|||||-|| 2 [P] COG1121 ABC-type Mn/Zn transport systems, ATPase component -----------------|--|---|||----|----||-|--|||||-||||---|---|||||-- 2 [G] COG1129 ABC-type sugar transport system, ATPase component |-||||||||||||||-|||-|---||||||||||||||||-|||||-||-|||||||-|||||-- 2 [V] COG1131 ABC-type multidrug transport system, ATPase component ----------------||||||||||----------------|||||-|||||||||||||||||| 2 [R] COG1137 ABC-type (unclassified) transport system, ATPase component ----------------||----||||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [NU] COG1157 Flagellar biosynthesis/type III secretory pathway ATPase ----------------||--|||||||||||---||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [K] COG1158 Transcription termination factor ----------------||||||--|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [R] COG1159 GTPase ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [R] COG1160 Predicted GTPases --||-------------|--||||||-----|||||||||||------|-------||||||||-- 2 [E] COG1164 Oligoendopeptidase F ---|----|-|-|----|-|||--||----||||||--|||||||||-||||-|||---|||||-- 2 [E] COG1176 ABC-type spermidine/putrescine transport system, permease component I ---|----|-|-|----|-|||--||----||||||--|||||||||-||||-|||--||||||-- 2 [E] COG1177 ABC-type spermidine/putrescine transport system, permease component II --|-------------||||||||||||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [M] COG1181 D-alanine-D-alanine ligase and related ATP-grasp enzymes -------------||-||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG1185 Polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase) -------------||-|||||||||||||||||-||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG1186 Protein chain release factor B ----------------||||||||||||||||||||||-|--|||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG1187 16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase and related pseudouridylate synthases -||||||||----|||||||||--||||||||||||||||||-------|--|||----|||||-- 2 [D] COG1196 Chromosome segregation ATPases -----------------|||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [LK] COG1197 Transcription-repair coupling factor (superfamily II helicase) ----------------||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG1198 Primosomal protein N' (replication factor Y) - superfamily II helicase ----------------||||||--||||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [LK] COG1200 RecG-like helicase ----------------|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [O] COG1214 Inactive homolog of metal-dependent proteases, putative molecular chaperone -------------|--||||||||||||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [O] COG1219 ATP-dependent protease Clp, ATPase subunit ||||||||||||||||-|||-|||||||||||||||||----|||-|----|---|------||-- 2 [R] COG1234 Metal-dependent hydrolases of the beta-lactamase superfamily III ||||||||||----|-|-|||-||||----||||||||----||||---|-----|---||||||| 2 [R] COG1235 Metal-dependent hydrolases of the beta-lactamase superfamily I ----------------||------||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [N] COG1256 Flagellar hook-associated protein |-||--||--|-|---|||||||||||||-||||||||-----||||-||-----|------||-- 2 [R] COG1266 Predicted metal-dependent membrane protease -------------|||----||--|||||-||||||||----|||||-||--|||----|||||-- 2 [R] COG1272 Predicted membrane protein, hemolysin III homolog --|||||||--||----|||-|--||----|---|||||||--------|-----|----||---- 2 [R] COG1277 ABC-type transport system involved in multi-copper enzyme maturation, permease component ------------------------||-----|||||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [R] COG1286 Uncharacterized membrane protein, required for colicin V production ----------------||------||----|----|||----|||||-||-----|||||||||-- 2 [N] COG1291 Flagellar motor component ----------------||----||||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [NU] COG1298 Flagellar biosynthesis pathway, component FlhA --------------------||---||---||||||||-||||||||-|||----|---------- 2 [G] COG1299 Phosphotransferase system, fructose-specific IIC component |||||||||||||||---||-|--||||||-||||||-----|||||-||||-||----||||||| 2 [C] COG1304 L-lactate dehydrogenase (FMN-dependent) and related alpha-hydroxy acid dehydrogenases --------------------|---||---------------------------------------- 2 [S] COG1306 Uncharacterized conserved protein ----------------|-|||||||||||||||||||||-|-|||||||||||||||||||||||| 2 [U] COG1314 Preprotein translocase subunit SecG -----------------|------||----|------|----------|----------------- 2 [L] COG1315 Predicted polymerase, most proteins contain PALM domain, HD hydrolase domain and Zn-ribbon domain -----------------|||-|--||||||||||||||---------------------------- 2 [K] COG1316 Transcriptional regulator -----------------|----||||----|-----||----||||||||-----||||---|--- 2 [NU] COG1317 Flagellar biosynthesis/type III secretory pathway protein ----------|||--------|--||-||-------||----|||----|-----|---||-|--- 2 [C] COG1319 Aerobic-type carbon monoxide dehydrogenase, middle subunit CoxM/CutM homologs ---------------------|--||||||------||---------------------||||||| 2 [K] COG1329 Transcriptional regulators, similar to M. xanthus CarD --|||||||||||||-||-|-|--|||||-||||||||----|||||-||--||||--||||||-- 2 [Q] COG1335 Amidases related to nicotinamidase ----------------||----||||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [NU] COG1338 Flagellar biosynthesis pathway, component FliP ----------------||------||----|----|||----|||||-||-----||||------- 2 [N] COG1345 Flagellar capping protein ---|||||--|||---||||--|||||||||-------------------------|||-----|| 2 [F] COG1351 Predicted alternative thymidylate synthase ----------------||------||----|----|||----|||||-||-----|||||||||-- 2 [N] COG1360 Flagellar motor protein -------------||--|--|----||||||------------------|---------------- 2 [E] COG1362 Aspartyl aminopeptidase ----------------||----||||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [NU] COG1377 Flagellar biosynthesis pathway, component FlhB ||||||||||--|-----------||-----------------------------------||||| 2 [J] COG1384 Lysyl-tRNA synthetase (class I) |||||||||||-||||----||||||---------------------------------------- 2 [C] COG1390 Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit E -----------------|------||----|------|----------|----------------- 2 [N] COG1406 Predicted inhibitor of MCP methylation, homolog of CheC |-||---------|||--||--||||--------|-||----||-----|------------|--- 2 [C] COG1413 FOG: HEAT repeat ||||||||||------||--||--||----|||||||||-|||||-|---------|||||----- 2 [R] COG1418 Predicted HD superfamily hydrolase ----------------||------||----|----|||----------||-----||||------- 2 [N] COG1419 Flagellar GTP-binding protein -----------------|-|--||||-----|||||||----|||||-|||||--|--------|| 2 [S] COG1426 Uncharacterized protein conserved in bacteria ||-|--||-||------|||----||--------------------------|--|---|||||-- 2 [S] COG1430 Uncharacterized conserved protein --------------------||---||---||||||||-||||||||-||||---|---------- 2 [G] COG1445 Phosphotransferase system fructose-specific component IIB ----------------|-------||----------------|||||-|||||||||||||||||| 2 [M] COG1452 Organic solvent tolerance protein OstA ----------------||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [L] COG1466 DNA polymerase III, delta subunit -----------|--|--|||-|---|||||||---|||----|||||-||||||||---||||||| 2 [G] COG1472 Beta-glucosidase-related glycosidases --|||||||||||||-||||||--|||||-||||||||||||||||||||-|||||--|||||--- 2 [H] COG1488 Nicotinic acid phosphoribosyltransferase ----------------|-----||||----|----|||----|||||-||--||||||||||||-- 2 [K] COG1508 DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit, sigma54 homolog ----------------||------||----|----|||----|||||-||-----||||------- 2 [NUO] COG1516 Flagellin-specific chaperone FliS ----------------||||||--||-||||----|||-|---------|--|||||||----|-- 2 [K] COG1521 Putative transcriptional regulator, homolog of Bvg accessory factor -----------------|------||----|-----||----|||||||||||---|||------- 2 [T] COG1551 Carbon storage regulator (could also regulate swarming and quorum sensing) ----------------||------||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [N] COG1558 Flagellar basal body rod protein ----------------|---||--||||||||||-|||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [R] COG1559 Predicted periplasmic solute-binding protein ----------------|----|||||||-||-------------------------|||------- 2 [R] COG1579 Zn-ribbon protein, possibly nucleic acid-binding -----------------|------||----|-----||---------------------------- 2 [N] COG1582 Uncharacterized protein, possibly involved in motility ------------------||-|--||||||||||||||----|||||-||||||||---||||||| 2 [M] COG1589 Cell division septal protein -|||--||||------|-||-|||||----||||||||-|||------------------------ 2 [S] COG1624 Uncharacterized conserved protein -------------|||---|----||----------------|||-|--|-----|---------- 2 [G] COG1626 Neutral trehalase -------------|||-----|--|||---------------|||||-||||||||---|||||-- 2 [L] COG1643 HrpA-like helicases ---|||||--|||----|||-|--|-||||||||-|||----|||||-||-||--|---||||--- 2 [G] COG1653 ABC-type sugar transport system, periplasmic component -----------------|------||----|----------------------------------- 2 [S] COG1655 Uncharacterized protein conserved in bacteria ------------------------||----|---||||----|||||-||---------|||||-- 2 [S] COG1671 Uncharacterized protein conserved in bacteria -------------------|-||||||||||||||||||---|||||-|||||||||||||||||| 2 [D] COG1674 DNA segregation ATPase FtsK/SpoIIIE and related proteins ----------------||------||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [NU] COG1677 Flagellar hook-basal body protein ----------------||------||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [NU] COG1684 Flagellar biosynthesis pathway, component FliR --------------------|-||||||||||||||||----|||||-||||||||---||||||| 2 [M] COG1686 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase ----------------|---||---|--------||||||||-----------------|||||-- 2 [S] COG1692 Uncharacterized protein conserved in bacteria --|---|||||||---|||||||||||||-||--||||----|||||-|||||------|||||-| 2 [R] COG1694 Predicted pyrophosphatase -----------------|------||----|-----||------------------|||------- 2 [S] COG1699 Uncharacterized protein conserved in bacteria -----------------|------||----|-----||---------------------------- 2 [S] COG1728 Uncharacterized protein conserved in bacteria ----------------|-----||||----|-----||----||||||||||||||--|||||||| 2 [T] COG1734 DnaK suppressor protein --||----|-|-|----|--||||-||-------|-|-----|||||-||||-||----||||--- 2 [S] COG1738 Uncharacterized conserved protein ----------------------||||---------------------------------------- 2 [S] COG1747 Uncharacterized N-terminal domain of the transcription elongation factor GreA ----------------|-------||----|----|------||||||||-----|||||||||-- 2 [N] COG1749 Flagellar hook protein FlgE ---|--||----|-------|----|----|---|-||-------||-|-||-||-|||------- 2 [C] COG1757 Na+/H+ antiporter ||||||||||||||||||||-|--||||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [K] COG1758 DNA-directed RNA polymerase, subunit K/omega ----------------||------||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [NU] COG1766 Flagellar biosynthesis/type III secretory pathway lipoprotein ----------------|--||-||||----||-|||||----|||||-|||||--||||----||| 2 [M] COG1792 Cell shape-determining protein ----------------||------||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [N] COG1815 Flagellar basal body protein ----------------||||-|||||||||----||||----|||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG1825 Ribosomal protein L25 (general stress protein Ctc) ----------------||||||||||-|||||||-|||------------------|||------- 2 [R] COG1837 Predicted RNA-binding protein (contains KH domain) ||||||||||||||||||--||--||||||||||||||----||||||||||||||----|||||| 2 [J] COG1841 Ribosomal protein L30/L7E ----------------||------||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [N] COG1843 Flagellar hook capping protein -----------------|||||--||-|||||||-|||---------------------------- 2 [R] COG1847 Predicted RNA-binding protein ----------------||------||----|----|||----||||||||-----||||||||--- 2 [N] COG1868 Flagellar motor switch protein ------------------||----||----||||-|||-------|--|-|||------------- 2 [M] COG1876 D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase --|--------------|--|---|-|--|||----||----|||||-||||---|---|||||-- 2 [G] COG1879 ABC-type sugar transport system, periplasmic component ----------------||----||||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [NU] COG1886 Flagellar motor switch/type III secretory pathway protein ||||--||||--------------||--------------------------|------------- 2 [S] COG1916 Uncharacterized homolog of PrgY (pheromone shutdown protein) ---|||--|-|-|---||||||---|||||||||||||-|--|||||-|-||-------|||||-- 2 [KG] COG1940 Transcriptional regulator/sugar kinase -----------------|||-|--||-----|---|||---------------------------- 2 [S] COG1963 Uncharacterized protein conserved in bacteria ----------------||------||----|----|||----||||||||-----|||||||||-- 2 [NU] COG1987 Flagellar biosynthesis pathway, component FliQ |--|-------------|--|---|||-----|||--|----------|----------------- 2 [S] COG2035 Predicted membrane protein -|---------------|||||---||---------||-|--------||-----|---||-||-- 2 [P] COG2059 Chromate transport protein ChrA ----------|||--------|--||-||-------||----|||----|-----|---||-||-- 2 [C] COG2080 Aerobic-type carbon monoxide dehydrogenase, small subunit CoxS/CutS homologs ----------------||||-|--|-|||||---||||----|||||-||--|--|---|||||-- 2 [T] COG2199 FOG: GGDEF domain ----------------|---|-||||-----------|----|||||-||-||||||||||||||| 2 [T] COG2204 Response regulator containing CheY-like receiver, AAA-type ATPase, and DNA-binding domains --|||||||-|||||----|----|||--------------------------||||||------- 2 [R] COG2236 Predicted phosphoribosyltransferases |----------------||||-|||||||-|---|-||||-----|--||--|||----||||||| 2 [P] COG2239 Mg/Co/Ni transporter MgtE (contains CBS domain) -----------------||||||||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 2 [L] COG2255 Holliday junction resolvasome, helicase subunit --|-----|--||-----||||---|||||------||----|--||-||------------|--- 2 [R] COG2304 Uncharacterized protein containing a von Willebrand factor type A (vWA) domain --|------------------|--||------|||------------------------------- 2 [V] COG2348 Uncharacterized protein involved in methicillin resistance -----------------|--||--||||||||||||||---------------------------- 2 [S] COG2815 Uncharacterized protein conserved in bacteria ----------------||---|||||----------------|||||-||||-|||-------||| 2 [M] COG2825 Outer membrane protein -|||----|-------|----|--||----|-----||----|||||-|||||||||||||||||| 2 [M] COG2834 Outer membrane lipoprotein-sorting protein --------------------|---||----|||||||||-||------------------------ 2 [J] COG2868 Predicted ribosomal protein |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 2 [J] COG2890 Methylase of polypeptide chain release factors ------------------------||||||-|||||||----||||||||||||||---||||||| 2 [D] COG2919 Septum formation initiator ------------------||----||-----------------------|---------------- 2 [N] COG3225 ABC-type uncharacterized transport system involved in gliding motility, auxiliary component --|-|------|-------|-|--||-||-|-----||----|||-|--|-----|----|-|--- 2 [S] COG3391 Uncharacterized conserved protein --|--------------|--|---||---------|------||||||||||-------------- 2 [C] COG4656 Predicted NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfC ------------------------||-----------------------------|||-|||||-- 2 [S] COG4731 Uncharacterized protein conserved in bacteria -------------||-||||||||||----------------|||||||||||||||||||||||| 2 [M] COG4775 Outer membrane protein/protective antigen OMA87 --------------------|---|-|||||---||||----|||||-||||||||---||||||| 2 [L] COG4974 Site-specific recombinase XerD ----------------|-------||----------------|||||-||||||||---||||||| 2 [M] COG5009 Membrane carboxypeptidase/penicillin-binding protein ------------------||----||----------||---------------------------- 2 [R] COG5401 Spore germination protein ---------------------|--||----------------------------------|-|--- 2 [S] COG5497 Predicted secreted protein --|----------||-||||-|--|-||||||||-|||----|||||-||||||||--||||||-- 1 [E] COG0014 Gamma-glutamyl phosphate reductase -------------|||||||-||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-- 1 [G] COG0021 Transketolase |--|---|--|||||-||||||--|-|||-|||||||||||||||||-||||-|||--||||||-- 1 [F] COG0035 Uracil phosphoribosyltransferase -|--||-------||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-- 1 [G] COG0036 Pentose-5-phosphate-3-epimerase ||||||--|||||||-||||||||-|||||||||||||-||||||||-|-|||--|--|||||||| 1 [C] COG0039 Malate/lactate dehydrogenases ||||---||||||||-||||||---||||-||||||||----|||||-||-|---|--|||||||| 1 [P] COG0053 Predicted Co/Zn/Cd cation transporters |||||||||||||||-||||-|---|||||||||||||--|-||||||||||||||--||||||-- 1 [E] COG0078 Ornithine carbamoyltransferase ------|---|--||--|--|---|-|||-||-|--||----|||||-|-||-------------- 1 [G] COG0153 Galactokinase ||||||||||||||||||||||||-|||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 1 [L] COG0164 Ribonuclease HII ||||||||||||||||--|-||---||||||||-||||----|||||-|||----|||-||||||| 1 [I] COG0183 Acetyl-CoA acetyltransferase -------------||-|||||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-- 1 [H] COG0196 FAD synthase ---|-------|-||||-|-|||||-||||||||||||-|||||||||||||||||||||-|-||| 1 [F] COG0208 Ribonucleotide reductase, beta subunit |-|||||||-|||||||||-|||||-||||||||||||-||||||||||||||||||||||||||| 1 [F] COG0209 Ribonucleotide reductase, alpha subunit |--|-----||||||-|-|||||||-||||||-|||||--|||||||-|||||||||||||||||| 1 [H] COG0212 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase -------------||||||||||||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1 [R] COG0220 Predicted S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase |-||-------|-||---||||--|-|||||||||||||||||||||-||||||||||||||||-- 1 [O] COG0225 Peptide methionine sulfoxide reductase ||||---||||||---||||-|---||||||||||||||-|||||||-|||||--|--||||||-- 1 [P] COG0226 ABC-type phosphate transport system, periplasmic component |-||---------||---||||--|-|||-||||||||-||||||||-||||||||||||||||-- 1 [O] COG0229 Conserved domain frequently associated with peptide methionine sulfoxide reductase ----------------|||||||||-|||||----|||--||||||||||||||||||||||||-- 1 [I] COG0245 2C-methyl-D-erythritol 2,4-cyclodiphosphate synthase --|----------||-||||-|--|-||||||||-|||----|||||-||||||||--||||||-- 1 [E] COG0263 Glutamate 5-kinase |--|||----|-|---||||-|--|-|||||||||||||||||||||-|-||-------||-|--- 1 [F] COG0274 Deoxyribose-phosphate aldolase ---|||-------||-||||||--|-||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 1 [H] COG0285 Folylpolyglutamate synthase ---|------|-|||--|---|---|-||||||||||||||||||||-|-||-------||-||-- 1 [F] COG0295 Cytidine deaminase |||||||||||||----|------|-----|||||||||||||||||-||||-------------- 1 [H] COG0301 Thiamine biosynthesis ATP pyrophosphatase ----------------||||||---||||||||||||||-|||||||-||||||||||||||||-| 1 [TK] COG0317 Guanosine polyphosphate pyrophosphohydrolases/synthetases ---|------|--||---||-|--|-||||----||||----|||||-|||||||||||||||||| 1 [L] COG0328 Ribonuclease HI -|--|||-----------|||---|-----|----|-|----|||||-|-||||--||-------| 1 [L] COG0338 Site-specific DNA methylase ||||--|||--|-||-|||||||||-||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 1 [H] COG0340 Biotin-(acetyl-CoA carboxylase) ligase |||||||||||||-||||||||||-||---||||||||----|||||||||||||||||||||||| 1 [J] COG0343 Queuine/archaeosine tRNA-ribosyltransferase |-|-||----|||||-||||-|--|-||||||||||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [E] COG0345 Pyrroline-5-carboxylate reductase ||||||||||||||--||-||-|||-||||||-|||||-|--|||||-||||||||||||||||-| 1 [L] COG0350 Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase |||||||||||||||-||-|||--|-||||||||||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [H] COG0351 Hydroxymethylpyrimidine/phosphomethylpyrimidine kinase ----------------|-|||||||-||||||||||||||--|||||-|||||||||||||||||| 1 [L] COG0353 Recombinational DNA repair protein (RecF pathway) |-|||||||-|||||-||||-|--|-|||||--|||||----|||||-||--||||||||||||-- 1 [R] COG0388 Predicted amidohydrolase ---|||||--|||----|||-|--|-||||||||-|||-||||||||-||-||--|---||||--- 1 [G] COG0395 ABC-type sugar transport system, permease component |||||||||||||----|||-||||-||||||||||||----|||||-----|------|||||-- 1 [O] COG0396 ABC-type transport system involved in Fe-S cluster assembly, ATPase component ||||--||--||||||||-|-|---||||------|------|||-|--|---|||--|-|----- 1 [P] COG0428 Predicted divalent heavy-metal cations transporter |||||||||||||||-|||||||||-||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 1 [E] COG0436 Aspartate/tyrosine/aromatic aminotransferase ||||||||||||||||||||||---|||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 1 [M] COG0438 Glycosyltransferase |||-----|--|-||-|-||-||||--||-||||||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [I] COG0439 Biotin carboxylase --|||||||-|||---||--||||-||---|||||||||||||||||-||||---||||||||--- 1 [EP] COG0444 ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, ATPase component ||||||||-||||||||||||||||-||||||||||||----||||||||||||||||||||||-- 1 [M] COG0449 Glucosamine 6-phosphate synthetase, contains amidotransferase and phosphosugar isomerase domains |||-|||||-|||||||||||||||--|||-||-||||----||||||||-||--||||||||||| 1 [O] COG0450 Peroxiredoxin ||||||||||||-||-||||||---|||||||-|||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [MG] COG0451 Nucleoside-diphosphate-sugar epimerases |||||||||||||||-||||||---|||||||||||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [H] COG0452 Phosphopantothenoylcysteine synthetase/decarboxylase ||||||||||||||||||||||---||||||||||||||||||||||-|||||||||||||||||| 1 [M] COG0463 Glycosyltransferases involved in cell wall biogenesis -|||||||--||||||-|||||||-|||||||||||||||||||||||||||||||--||||||-- 1 [G] COG0469 Pyruvate kinase |||||||||||||||||||||||||-||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1 [L] COG0470 ATPase involved in DNA replication |||-|||||-|||||-|-||-|---|-|||||--||||----|||||-|||-|||||||||||||| 1 [P] COG0475 Kef-type K+ transport systems, membrane components -------------||-||||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1 [J] COG0482 Predicted tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) methyltransferase, contains the PP-loop ATPase domain ||||--||||||||--||||-|---|||||-|||||||----|-||||||||||||--|||||||| 1 [G] COG0483 Archaeal fructose-1,6-bisphosphatase and related enzymes of inositol monophosphatase family --|-||||--|-|||||||--|--|-||||||--||||----|||||-||--|--|--|||||||| 1 [ER] COG0493 NADPH-dependent glutamate synthase beta chain and related oxidoreductases |-||||--|-|||||||||||||||-||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 1 [LR] COG0494 NTP pyrophosphohydrolases including oxidative damage repair enzymes ||||----|||-||--||||-||||-----------------|||||-||||||||||||||||-- 1 [R] COG0496 Predicted acid phosphatase ----------------|-||||--|-||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 1 [L] COG0497 ATPase involved in DNA repair |||||||||||||||||||||||||-||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 1 [QR] COG0500 SAM-dependent methyltransferases -|-----------||----|-|||-|-||-||||||||-|--|||||||||||||---|||||--- 1 [L] COG0507 ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V), alpha subunit - helicase superfamily I member -------------||-----|---|------|||||||-||||||||-|-|-----------|--- 1 [M] COG0510 Predicted choline kinase involved in LPS biosynthesis |||---|||--|-||-|||||||||-||||||||||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [I] COG0511 Biotin carboxyl carrier protein |||-||--|--|-||||-||||--|-||||||||||||||||||||||||||||||||-||||||| 1 [LKJ] COG0513 Superfamily II DNA and RNA helicases --|---------||||--||||--|-|---||--||||----|||||-||||||||---||-||-- 1 [L] COG0514 Superfamily II DNA helicase |||||||||||||||-||||||||-|||||||||||||----|||||-|||||||||||||||||| 1 [R] COG0517 FOG: CBS domain |||||||||||||||-||||||-|-|||||||||||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [F] COG0518 GMP synthase - Glutamine amidotransferase domain |||||||||||||||-||||||-|-|||||||||||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [F] COG0519 GMP synthase, PP-ATPase domain/subunit |||||||||-|||||||-||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1 [FGR] COG0537 Diadenosine tetraphosphate (Ap4A) hydrolase and other HIT family hydrolases |||-||||||-|-||-||--|---|-|||-||-|-|||----|||||-||---|||---|----|| 1 [HC] COG0543 2-polyprenylphenol hydroxylase and related flavodoxin oxidoreductases -------------||---||-||||-|---------------||||||||||||||-------|-- 1 [O] COG0545 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerases 1 |||||||||--------|--|-|||-----|||||||||-|||||||||||||||||||------- 1 [L] COG0551 Zn-finger domain associated with topoisomerase type I ---|||-||--|||--||||||---|||||||||||||-||||||||-|||||--|---|||||-- 1 [C] COG0554 Glycerol kinase ---|---------||||||||||||-|---||||||||||||||||||||||||||||||||||-- 1 [K] COG0557 Exoribonuclease R ||||---||||||---||||-|---||||||||||||||-|||||||-|-|||--|--||||||-- 1 [P] COG0573 ABC-type phosphate transport system, permease component |||||||||||||---||||||--|-|||||--|-||-----|||||-||--|||||||||||||| 1 [G] COG0574 Phosphoenolpyruvate synthase/pyruvate phosphate dikinase ---|||-----|-|||--|--|---|||||-|||||||----|||||-|||||--|---||||--- 1 [C] COG0578 Glycerol-3-phosphate dehydrogenase |-------|--|-|||-||-||---|----||||||||-|||||||||-||||--|---|||||-- 1 [G] COG0580 Glycerol uptake facilitator and related permeases (Major Intrinsic Protein Family) ||||---||||||---||||-|---||||||||||||||-|||||||-|||||--|--||||||-- 1 [P] COG0581 ABC-type phosphate transport system, permease component ---|||-|--|-||||-|-|||--|-||||||||||||-||||||||-||||---|---|||||-- 1 [C] COG0584 Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase --||||--|-|||||||-||||---|||||||-||||||||||||||-|||||||||||||||||| 1 [R] COG0596 Predicted hydrolases or acyltransferases (alpha/beta hydrolase superfamily) |-||||----|||||||-||-|||-|||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 1 [P] COG0605 Superoxide dismutase |--------|------||||||---||||-|-----------|||||-||||||||||||||||-| 1 [O] COG0606 Predicted ATPase with chaperone activity |-||||--|-||-||||-||||---|||||||||||||----|||||||||||||||||||-|||| 1 [P] COG0607 Rhodanese-related sulfurtransferase ----------|-|||-||||||---|-|||||||||||----|||||-|||||--||||||||||| 1 [R] COG0612 Predicted Zn-dependent peptidases |||||||||-|-|---|||||||||-||||-----|||----|||||||||||||||||||||||| 1 [OU] COG0616 Periplasmic serine proteases (ClpP class) ||||--|||||||||--|--|---|----|||||||||-||||||||-||---------------- 1 [R] COG0622 Predicted phosphoesterase |-||---------|||--||||--|-||||||||||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [O] COG0652 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase (rotamase) - cyclophilin family --|--|--|--|-||--|||-|--|-|||||||-||-|----|||||-||--|--|---||-||-- 1 [I] COG0657 Esterase/lipase --|||||||-|||||-|-||-|||-|||||||||-|||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [E] COG0665 Glycine/D-amino acid oxidases (deaminating) ---|||----|||||-||||||---|||||-|--||||----|||||-||--|--||--||-||-- 1 [C] COG0667 Predicted oxidoreductases (related to aryl-alcohol dehydrogenases) -------------||---||||||-|----|||||||--|--|||||-||||-||||||||||||| 1 [R] COG0670 Integral membrane protein, interacts with FtsH ||||--||-|-|-||||-||||--|-||||||||||||----|||||-|||||--|||-||||||| 1 [I] COG0671 Membrane-associated phospholipid phosphatase --------|---|||--||||---|---------|||-----||||---|-|-||---|--|--|| 1 [P] COG0672 High-affinity Fe2+/Pb2+ permease |||||||||||||||-|||||---|--||-||--||-|----|||||-|-------|||------- 1 [C] COG0674 Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase and related 2-oxoacid:ferredoxin oxidoreductases, alpha subunit -------------|||----||||-|||||-||||||||||||||||||||||||||||||----- 1 [L] COG0692 Uracil DNA glycosylase |-|||||||-|||||||||||||||-|||-||-|||||----|||||||||||||||||||||||| 1 [GER] COG0697 Permeases of the drug/metabolite transporter (DMT) superfamily |||||||||||||---||||-|---|||||||||||-||-|||||||-||--|--|---|||||-- 1 [P] COG0704 Phosphate uptake regulator -||||-|||||||||-||||-|--|-||||||||||||----|||||-|||||--|--||||||-- 1 [R] COG0705 Uncharacterized membrane protein (homolog of Drosophila rhomboid) |||||||||||||---||||-|---||||||---||||----|||||-||--|--|---|||||-- 1 [R] COG0714 MoxR-like ATPases |||-----||---||---|||---|-----||||-||-----|||||||||||--||||------- 1 [C] COG0716 Flavodoxins -----------------|||||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 1 [S] COG0718 Uncharacterized protein conserved in bacteria -------------|||--||----|-----------------------|-------||-------- 1 [R] COG0724 RNA-binding proteins (RRM domain) -|||--|||-------|---|-|||-|------|||||----------|-||-||-|||------- 1 [R] COG0733 Na+-dependent transporters of the SNF family --|-||--|-|||---||||||---||||||||-||||--|||||||-||||||||||||||||-- 1 [P] COG0735 Fe2+/Zn2+ uptake regulation proteins |--|----|----||-|||--|--|-|---|||-||||-|--|||||-|-||---|||-||-|--- 1 [F] COG0737 5'-nucleotidase/2',3'-cyclic phosphodiesterase and related esterases ----------------|||||||||-|||||----|||----|||||||||||||||||||--|-- 1 [I] COG0743 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase -------------||||---|-|||-||||||||-||-----||||||-|||||||||-||||||| 1 [F] COG0756 dUTPase ----------------|||||||||-|||||-----||----||||||||||||||||||||||-- 1 [IM] COG0761 Penicillin tolerance protein |-|---|||-|-|---||||||--|-||||--||--||------------||----||-||||--- 1 [O] COG0785 Cytochrome c biogenesis protein ----------------||||||--|-|||||-----------|||||-||||||||||||||||-- 1 [L] COG0792 Predicted endonuclease distantly related to archaeal Holliday junction resolvase -----------------|||----|-----||||--||----|||||-||||||||||-|||||-- 1 [G] COG0800 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase ----------------||||||---|----||||||||----|||||||||||||||||||||||| 1 [J] COG0809 S-adenosylmethionine:tRNA-ribosyltransferase-isomerase (queuine synthetase) -----------|--------||--|------||||||-|||||||||||-||----||----|--- 1 [F] COG0813 Purine-nucleoside phosphorylase -----------------||||||||-||||------------|||||-|||||||||||||||||| 1 [L] COG0817 Holliday junction resolvasome, endonuclease subunit ----------------||||||--|-|||-|||||||||---||||||||||||||||||||||-- 1 [R] COG0820 Predicted Fe-S-cluster redox enzyme ----------------|||||||||-|||||-----||----||||||||||||||||||||||-- 1 [I] COG0821 Enzyme involved in the deoxyxylulose pathway of isoprenoid biosynthesis |-||||----|||---|-||||--|-|||-|---||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [R] COG0824 Predicted thioesterase --|-------------||||||---|----|---|-||----|||||-|||||||||||||||||| 1 [V] COG0841 Cation/multidrug efflux pump ----|---|----||||||--||||-|||-||||||||----|||||||||||||||||||||||| 1 [L] COG0847 DNA polymerase III, epsilon subunit and related 3'-5' exonucleases |||||||||||||||-|||||---|--||-||--||-|----|||||-|-------|||------- 1 [C] COG1013 Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase and related 2-oxoacid:ferredoxin oxidoreductases, beta subunit |||||||||||||---|||||---|--||-||--||-|----|||||-|------||||---||-- 1 [C] COG1014 Pyruvate:ferredoxin oxidoreductase and related 2-oxoacid:ferredoxin oxidoreductases, gamma subunit |||||||||||||-------||--|-----------------|||||-|||||||||||------- 1 [O] COG1047 FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerases 2 ----||||--|||||-|-|||---|-----|-|-||||----|||||-||||-|||||||||||-- 1 [CHR] COG1052 Lactate dehydrogenase and related dehydrogenases --|||||||-||||||---|||--|-|||||-||||------|||||-|----------------- 1 [KL] COG1061 DNA or RNA helicases of superfamily II ----------------|||||||||-|||-|||-||||----|||||-|||||||||||||||||| 1 [O] COG1066 Predicted ATP-dependent serine protease ||||||||||-------|------|-----|-----||----|||||-||||-------------- 1 [O] COG1067 Predicted ATP-dependent protease --------------------||||-||---||||||||-|||||||||||||||||------||-- 1 [G] COG1080 Phosphoenolpyruvate-protein kinase (PTS system EI component in bacteria) -|---------------|--|---|-|---|--||-||----------||-||||||||-|||||| 1 [MG] COG1086 Predicted nucleoside-diphosphate sugar epimerases --|-----|----||||||||||||-||||||||||||----||||||||||-||||||||||||| 1 [E] COG1104 Cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase and related enzymes -----------------|--||---||||-||||||||--|||||||-||||---|---------- 1 [G] COG1105 Fructose-1-phosphate kinase and related fructose-6-phosphate kinase (PfkB) --------------------|-|||-|---|-|||-|-----|||||-||||-------------- 1 [E] COG1114 Branched-chain amino acid permeases ||||---||||||---||||-|---||||||||||||||-|||||||-|||||--|--||||||-- 1 [P] COG1117 ABC-type phosphate transport system, ATPase component ||||--|||||||----|||||--|-||||||||||||||||-||-|-|-|----|---|||---- 1 [P] COG1122 ABC-type cobalt transport system, ATPase component ------------------||||-||-|---||||||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [P] COG1135 ABC-type metal ion transport system, ATPase component ----------------|||||||||-||||||---|||----||||||||||||||||||||||-- 1 [HI] COG1154 Deoxyxylulose-5-phosphate synthase -||---||-|||||||-||||----|----||||||||||||------|----||----------- 1 [R] COG1161 Predicted GTPases --|-------------|||||----||||||||||||||||||||||-||||||||------|--- 1 [R] COG1162 Predicted GTPases --|||||||-|||---||||||||-||||||||||||||||||||||-||||---||-|||||--- 1 [EP] COG1173 ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport systems, permease components ---|||||--|||----|||-|--|-||||||||||||-||||||||-||-||--|---||||--- 1 [G] COG1175 ABC-type sugar transport systems, permease components ---|--||--|-|-----||||--|-|------|---|----|||||-||||-|||--|||||--- 1 [P] COG1178 ABC-type Fe3+ transport system, permease component ||||----||---||-----|-||-|-||||-----||-----------|--|||||||||||-|| 1 [I] COG1183 Phosphatidylserine synthase --|-----|-------|||||----|||||||||-|||||----------------|||||||||| 1 [J] COG1189 Predicted rRNA methylase ----------------||||--|||--||-|---||||----|||||-||-----||||------- 1 [K] COG1191 DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit |-||--||--------||||||---|----||||||||------------------|||------- 1 [L] COG1193 Mismatch repair ATPase (MutS family) |--|------|-|-|------||||-||||||||||||----||||||||||||||||||||||-- 1 [L] COG1194 A/G-specific DNA glycosylase ----------|-------|||||-|-||||||||||||----|||||-|||||------||||||| 1 [L] COG1195 Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway) |||----|---|----|--||----|||||||||||||--|||||||-||||||||||||||||-- 1 [M] COG1210 UDP-glucose pyrophosphorylase ------|---------|||||||||-|||||--|||||--||||||||||||||||||||||||-- 1 [I] COG1211 4-diphosphocytidyl-2-methyl-D-erithritol synthase ----------------||-------|--------||||----|||||||||||--||||||||||| 1 [O] COG1220 ATP-dependent protease HslVU (ClpYQ), ATPase subunit -||-|||||-|||----|-|-|---|--|-||||||||----|||||-||-|---|----|-|--- 1 [C] COG1254 Acylphosphatases ||||||||||||||||---------|-----|||||------------|----------------- 1 [I] COG1257 Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase |-||--|||--------||||||-|-|---||||||||---------------------||||-|| 1 [R] COG1268 Uncharacterized conserved protein ----||||---|----------|||-||||-------------------------|---------- 1 [C] COG1274 Phosphoenolpyruvate carboxykinase (GTP) --------------------|---|-|-----||||||-|--|||-|-||--------|||||--- 1 [P] COG1283 Na+/phosphate symporter ---------|-------|--|-||-|----||||||||||||------|----------|||---- 1 [S] COG1284 Uncharacterized conserved protein ----------------|-||||--|--||-||-|-|||----|||||--|||---|---|||---- 1 [S] COG1285 Uncharacterized membrane protein --------------------|----|------|||-||----|||-|---|------------|-- 1 [S] COG1288 Predicted membrane protein ---|--------------------|-|||-----||||----|||||-||||-||-----|----- 1 [M] COG1292 Choline-glycine betaine transporter ||||||||||||||||-|||||---|----||||||||------------------|||------- 1 [K] COG1293 Predicted RNA-binding protein homologous to eukaryotic snRNP |||||||||||||----|---||||-||||||||||||----|||-|-----|---------|--- 1 [K] COG1321 Mn-dependent transcriptional regulator ----------------------||-|-||-------------|||||||||||||----------- 1 [L] COG1330 Exonuclease V gamma subunit -||||||||-------||||||--|-||||||||||||||||-------|--||||---|||||-- 1 [S] COG1354 Uncharacterized conserved protein --||--------------||-|--|-|||-||---|||----|||||--|-|-------||-|||| 1 [S] COG1357 Uncharacterized low-complexity proteins ------------------|||||||-||||||||||||||--|||||-||||||||---||||||| 1 [L] COG1381 Recombinational DNA repair protein (RecF pathway) --|-|||||--------|||||--|-||||||||||||||||-------|--||||---|||||-- 1 [K] COG1386 Predicted transcriptional regulator containing the HTH domain ----------------|----|||-||||-||--||||-------|--||||-------------- 1 [M] COG1388 FOG: LysM repeat |-|-------|-----||-|||--|-|||-||||||||----|||||-||||||||---||||||| 1 [K] COG1396 Predicted transcriptional regulators ---------------------|---|-----||-|||-||||-------------|---------- 1 [F] COG1428 Deoxynucleoside kinases ||||--||||------|-||-|--|-|---------------------||----|-||||||||-- 1 [S] COG1432 Uncharacterized conserved protein ---||-----|----|-|---|---|----|||||||||||||||||-|-||-------||-|--- 1 [F] COG1435 Thymidine kinase ||||||||||||||||----||--|--------|-------------------------------- 1 [C] COG1436 Archaeal/vacuolar-type H+-ATPase subunit F ||||--|||||||------------|----|--------------|---------|---------- 1 [F] COG1437 Adenylate cyclase, class 2 (thermophilic) -------------------------|----||||-|||----|||||-|----------------- 1 [G] COG1440 Phosphotransferase system cellobiose-specific component IIB -------------------------|----||||||||----|||||-|----------------- 1 [G] COG1447 Phosphotransferase system cellobiose-specific component IIA -||-||||--||----|-||----|----------------------------------------- 1 [G] COG1449 Alpha-amylase/alpha-mannosidase -------------------------|----||||||||----|||||-|----------------- 1 [G] COG1455 Phosphotransferase system cellobiose-specific component IIC --------------------||-||-|---||||||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [P] COG1464 ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface antigen --|-------------||--|||||-----||||-|------|||||-||||||||----||||-- 1 [H] COG1477 Membrane-associated lipoprotein involved in thiamine biosynthesis -----------------||||--||-----|----|||---------------------------- 1 [R] COG1480 Predicted membrane-associated HD superfamily hydrolase --------|----||--|---|---|||||||||||||-|--|||||-|--|-------------- 1 [G] COG1482 Phosphomannose isomerase ---------|----------|---|-----||||||||||||----------||||---|||||-- 1 [T] COG1493 Serine kinase of the HPr protein, regulates carbohydrate metabolism ----------------|-||||||-||||||---|-||----|||||-||||||||--|||||||| 1 [S] COG1496 Uncharacterized conserved protein -||-------------||--||--|-----------||----|||||-|-|||------||-||-- 1 [E] COG1509 Lysine 2,3-aminomutase -----------------|||----|------|----||----|||----|-|---|-----|||-- 1 [R] COG1512 Beta-propeller domains of methanol dehydrogenase type ||||--|||--------|---|---|-|||------|-----|||||-||--|--|-------||| 1 [S] COG1520 FOG: WD40-like repeat ----------|||---|----|--|--||-------||----|||----|-----|---||-||-- 1 [C] COG1529 Aerobic-type carbon monoxide dehydrogenase, large subunit CoxL/CutL homologs ------||----------||----|--||||------|---------------------------- 1 [S] COG1543 Uncharacterized conserved protein ----------------||||||-|-|||||||||||||----|||||-|||||--|---||||||| 1 [J] COG1544 Ribosome-associated protein Y (PSrp-1) ----------------||--|----|----|----|||----|||||-||||||||---|||||-- 1 [S] COG1561 Uncharacterized stress-induced protein -------------||--|--||--|-----|||||||-------------------||-||||--- 1 [H] COG1564 Thiamine pyrophosphokinase --|||||||-|||---||||||--|--|||||||--------------|-|--||||||||||||| 1 [L] COG1573 Uracil-DNA glycosylase ||||--||||||||||---------|-----|||||------------------------------ 1 [I] COG1577 Mevalonate kinase -----------------|--|---|-|----------|----|--||-||||-------||--|-- 1 [G] COG1593 TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, large permease component -----------------|||||--|-||||||--||||----|||||-||||||||---|||||-- 1 [K] COG1595 DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit, sigma24 homolog ----||------------||||--|-----||-|-|||-|--|||-|-||---|||--------|| 1 [V] COG1619 Uncharacterized proteins, homologs of microcin C7 resistance protein MccF ---|----||-|---------|---|--------|-||----|||-|-||||-||||||--|---- 1 [C] COG1620 L-lactate permease -----------------||-|---|-|---------||----|--||-||||---|---||-||-- 1 [G] COG1638 TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, periplasmic component -----------------|------|-----------------------||--------|------- 1 [T] COG1639 Predicted signal transduction protein ----------|-----|-||||||-||||--|||--------|||||-||||---|---------- 1 [G] COG1640 4-alpha-glucanotransferase -----------------|------|---------||||---------------------------- 1 [R] COG1647 Esterase/lipase ----|||||||||---||------|--||--------------------------|---------- 1 [S] COG1656 Uncharacterized conserved protein |||-|||||-------|---|----|----|||||||||-||------------------------ 1 [L] COG1658 Small primase-like proteins (Toprim domain) -------------||----||---|-----|||||||------------|---||-|-|-|----- 1 [M] COG1696 Predicted membrane protein involved in D-alanine export -||--------------|--|---|-------||-|--||---|||---|-|---|---|||||-- 1 [S] COG1704 Uncharacterized conserved protein ----------------||-------|----------------||||||||-----|||||||||-- 1 [N] COG1706 Flagellar basal-body P-ring protein -----------------||-||--|-----||||||||||||------------------------ 1 [H] COG1713 Predicted HD superfamily hydrolase involved in NAD metabolism --|||||||-|-|---||||-|---|-|||-----|||----------||-----|---|||||-- 1 [R] COG1721 Uncharacterized conserved protein (some members contain a von Willebrand factor type A (vWA) domain) --||---------||--|--||---||---||||||||||--|||-|-||||-|||||||||---- 1 [S] COG1739 Uncharacterized conserved protein -------------||||||-|---|--|||-|----||----|||-|-||--||||---||||||| 1 [R] COG1752 Predicted esterase of the alpha-beta hydrolase superfamily ------------------||-|---|||||----------------------|------||||||| 1 [R] COG1754 Uncharacterized C-terminal domain of topoisomerase IA ||-----||--------||||---|--||-|-----------|||-|--|--||||-------|-- 1 [C] COG1773 Rubredoxin -------------|||||--||--|-----||--||||---------------------------- 1 [S] COG1774 Uncharacterized homolog of PSP1 --||--|||--------|------|-----|----|||----------|-------|||------- 1 [NT] COG1776 Chemotaxis protein CheC, inhibitor of MCP methylation -------------------------|------|--||-------------|--------------- 1 [R] COG1783 Phage terminase large subunit -----------------||------|----|----|||----|||||-|-||---|---|||---- 1 [G] COG1803 Methylglyoxal synthase -------------||----|----|--|-|||----------|||-|-||-----|---||-||-- 1 [F] COG1816 Adenosine deaminase -----------|-----|-|||---||||-||||||||-|--|||||-|||||------|||||-- 1 [G] COG1820 N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase -------------------------|--------|-|-----|||||-|-||------|------- 1 [R] COG1823 Predicted Na+/dicarboxylate symporter ---------------------|---|----||||||||----|||||-|-||-||-|||------- 1 [T] COG1854 LuxS protein involved in autoinducer AI2 synthesis -|------------------|---|-----|-----|--------------------------|-- 1 [M] COG1861 Spore coat polysaccharide biosynthesis protein F, CMP-KDO synthetase homolog ----------------||--|-||-|||||||||||||----|||||||||||||||||||||||| 1 [U] COG1862 Preprotein translocase subunit YajC --|----------||----||----|--------------------|--|-----||||----|-- 1 [F] COG1864 DNA/RNA endonuclease G, NUC1 --||--|||--------|-------|----|-----||----------||-----|---||--|-- 1 [NT] COG1871 Chemotaxis protein; stimulates methylation of MCP proteins ------|||--------|--|---|-------|-------------|-|--|-------------- 1 [C] COG1883 Na+-transporting methylmalonyl-CoA/oxaloacetate decarboxylase, beta subunit -----------------|||-|--|-----|---|||-----|||||-|---|------|-|||-- 1 [M] COG1922 Teichoic acid biosynthesis proteins ----------------|||||||-|-|||||---|||||---||||||||||||||||||||||-- 1 [I] COG1947 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol 2-phosphate synthase |--------|||----||||||---||||||||||-||----||||||||--||||--||||||-- 1 [V] COG1968 Uncharacterized bacitracin resistance protein ---------------------|--|-|||||---|||||||||||||--|||||||----|--||| 1 [S] COG2001 Uncharacterized protein conserved in bacteria --------------------||-||-|---||||||||----|||||-||||||||||||||||-- 1 [P] COG2011 ABC-type metal ion transport system, permease component |||---|||--------|------|-----|----------------------------------- 1 [C] COG2033 Desulfoferrodoxin --------|-----------|----|----|---||||---------------------------- 1 [M] COG2088 Uncharacterized protein, involved in the regulation of septum location -||-----------------|---|-----|-----|----------------|--|||----|-- 1 [M] COG2089 Sialic acid synthase ------------|--|-----|-|-|-||||---|||------------|---------||-|-|| 1 [L] COG2094 3-methyladenine DNA glycosylase -||-|||||||||---|--|-||||-----------|-----||||||||-|||||--||||||-- 1 [U] COG2095 Multiple antibiotic transporter --|----------------------|-----||--||-----|||||--|-----|---||||--- 1 [E] COG2113 ABC-type proline/glycine betaine transport systems, periplasmic components --|----------|||--||----|-||||-------------------|---------||-||-- 1 [T] COG2114 Adenylate cyclase, family 3 (some proteins contain HAMP domain) --|-||||||---||--|--||--|-----||||||||-|--------|----------------- 1 [F] COG2131 Deoxycytidylate deaminase ----------|-------||-|---|-|||-------|----|||-|--|--|--|---||-||-- 1 [G] COG2133 Glucose/sorbosone dehydrogenases -----------------|--||--|-||||||||||||----|||||-||||-|||---|------ 1 [R] COG2137 Uncharacterized protein conserved in bacteria -------------|||---||---|-|---|||||||||---|||||-||||||||---||||--- 1 [K] COG2183 Transcriptional accessory protein --------------------|----||---||||||||-|||||||||||||---|-------|-- 1 [G] COG2190 Phosphotransferase system IIA components --|-----------------||---|----||||||||----|||||-|-||------|-|--|-- 1 [E] COG2195 Di- and tripeptidases ----------------|-||-|---||||||----|||----|||||-||--|--|---||||||| 1 [T] COG2200 FOG: EAL domain |-||----|-----|-||||-|||-||||||----|||----|||||-||--|--|--||||||-- 1 [T] COG2202 FOG: PAS/PAC domain -|------------------|---|-----------------|||||---||---|---||||--- 1 [R] COG2215 ABC-type uncharacterized transport system, permease component |-||||-||-|||||-|||||||||-|||||||||||||---|||||-||||-|||||||||||-- 1 [P] COG2217 Cation transport ATPase ---|||-----|-------------|-||--|||||----|-----|-||----------|-|--- 1 [E] COG2235 Arginine deiminase -------------||------|---||---|-|---------|||||--|||-------|||||-- 1 [H] COG2240 Pyridoxal/pyridoxine/pyridoxamine kinase -----------------|------|-----|-----||-----------|------|||----|-- 1 [S] COG2257 Uncharacterized homolog of the cytoplasmic domain of flagellar protein FhlB ----------------|-------|-----------------|||||||-|||------||-||-- 1 [J] COG2269 Truncated, possibly inactive, lysyl-tRNA synthetase (class II) ---|--|--|--|---|----|---|-------|||||---------------------||||--- 1 [E] COG2309 Leucyl aminopeptidase (aminopeptidase T) --------|----|-|---|||---||---|---||||-----------|---------|||||-- 1 [S] COG2340 Uncharacterized protein with SCP/PR1 domains ------------------||-|--|-|-----|---------------||---------------- 1 [R] COG2374 Predicted extracellular nuclease --------------------|---|-------||----|---|||||---||-------------- 1 [E] COG2502 Asparagine synthetase A ------------------------|-----|-------------------------|||------- 1 [S] COG2604 Uncharacterized protein conserved in bacteria -------------------|-|--|-----|-----------|||||--|-|---|--||||-|-- 1 [S] COG2717 Predicted membrane protein ---|------|||-----------|----|-||---------|||||-|-||-------------- 1 [F] COG2820 Uridine phosphorylase ------------------------|-----------------||||||||||||||---|||||-- 1 [S] COG2840 Uncharacterized protein conserved in bacteria ------------------------|----------------------------||---|||||--- 1 [S] COG2845 Uncharacterized protein conserved in bacteria -------------------|||---|-||-|--|||||--------------||-|-----|---- 1 [E] COG2856 Predicted Zn peptidase -------------------------|-----------|----|||-|--|||------|||-||-- 1 [S] COG2861 Uncharacterized protein conserved in bacteria -----------------|------|-----|-----||----||||||||-----|---------- 1 [NUO] COG2882 Flagellar biosynthesis chaperone --|---------|-----------|-||||-------------------------||||||||||| 1 [L] COG2887 RecB family exonuclease -------------------|----|------|-|||||----|||||-|||||--|---------- 1 [M] COG2891 Cell shape-determining protein --------------------|----||----|||||---|--|||||-|-||---------|---- 1 [G] COG3010 Putative N-acetylmannosamine-6-phosphate epimerase ------------------------|-----------------||||--|----------------- 1 [MP] COG3015 Uncharacterized lipoprotein NlpE involved in copper resistance --|----------------|----|--||------|-|-------------------------|-- 1 [R] COG3393 Predicted acetyltransferase ---|||-----|-|||---------|-----|||||------------------------------ 1 [I] COG3407 Mevalonate pyrophosphate decarboxylase ||||||||||||||||---------|-----||||||--------|-----------------|-- 1 [I] COG3425 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase -----------------|||-|--|-----|-----------------||--|------------- 1 [KT] COG3437 Response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HD-GYP domain --||||-----|----|-------|---------------------|------||------|---- 1 [S] COG3439 Uncharacterized conserved protein --------------------|---|--------------------|-----|------|--|---- 1 [P] COG3470 Uncharacterized protein probably involved in high-affinity Fe2+ transport -------------|----------|------|||-|------------------------------ 1 [E] COG3579 Aminopeptidase C -----------|-------------|-----||-||-|---------------------------- 1 [S] COG3589 Uncharacterized conserved protein ----------------|-------|-----------------|||-|-||-----|----|-|--- 1 [KT] COG3604 Transcriptional regulator containing GAF, AAA-type ATPase, and DNA binding domains --|-----------|----------|-----|------|----------|-----|---|--||-- 1 [F] COG3613 Nucleoside 2-deoxyribosyltransferase ------|||---------------|---------------------|-|--|-------------- 1 [C] COG3630 Na+-transporting methylmalonyl-CoA/oxaloacetate decarboxylase, gamma subunit --------------------|---|-------|-||-|---------------------------- 1 [R] COG3641 Predicted membrane protein, putative toxin regulator --------------------|---|--------------------||---||-------||||--- 1 [R] COG3683 ABC-type uncharacterized transport system, periplasmic component -----------------|||-----|-----------|-----------|--------|||||||| 1 [T] COG3706 Response regulator containing a CheY-like receiver domain and a GGDEF domain ------------------------|-----|-----------|||||-|----------|||||-- 1 [S] COG3735 Uncharacterized protein conserved in bacteria ------------------------|--------------------------|---|-----|||-- 1 [S] COG3762 Predicted membrane protein |||||||||||||---||||||--|-||||||||||||-||||||||-||-||--|--|||||--- 1 [G] COG3839 ABC-type sugar transport systems, ATPase components -----------|-||----------|---------------------------------------- 1 [I] COG3890 Phosphomevalonate kinase ------------------------|-----------------||||||||-----|---------- 1 [MNO] COG3951 Rod binding protein ------------------------|-----|-------------------------------|--- 1 [S] COG3976 Uncharacterized protein conserved in bacteria ||--------------|-||-|---|----------------|||||-||||---|--|||--|-- 1 [S] COG4121 Uncharacterized conserved protein ---|--||--|----------|--|-----------------|||||-|-||-||----||||--- 1 [H] COG4143 ABC-type thiamine transport system, periplasmic component --------|-----------|----|----------------|||||---||-------------- 1 [H] COG4145 Na+/panthothenate symporter --|----------------------|-----||--||-----|||||--|-----|---||||--- 1 [E] COG4175 ABC-type proline/glycine betaine transport system, ATPase component --|----------------------|-----||--||-----|||||--|-----|---||||--- 1 [E] COG4176 ABC-type proline/glycine betaine transport system, permease component --------------------|---|-----------------|||||-|-||-------------- 1 [G] COG4211 ABC-type glucose/galactose transport system, permease component -------------------------|----------------|||||-||-----|||-||||--- 1 [R] COG4239 ABC-type uncharacterized transport system, permease component -------------|||------||-|--------|------------------------------- 1 [G] COG4284 UDP-glucose pyrophosphorylase ------------------||----|---------||------------------------------ 1 [S] COG4330 Predicted membrane protein ------------------------|-----||||-|------------------------------ 1 [S] COG4443 Uncharacterized protein conserved in bacteria --------------------|---|-------------------------||-------------- 1 [O] COG4545 Glutaredoxin-related protein -----------------|---|--|-----|-----|---------------|------------- 1 [CP] COG4555 ABC-type Na+ transport system, ATPase component --|||||||-|||---||--||||-||---||||||||-||||||||-||||---||||||||--- 1 [E] COG4608 ABC-type oligopeptide transport system, ATPase component --|--------------|--|---|-----------------||||||||||-------------- 1 [C] COG4658 Predicted NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfD --|----------------|-----||--------|------------------------------ 1 [S] COG4748 Uncharacterized conserved protein --------------------|---|--------|----------------|--------------- 1 [M] COG4750 CTP:phosphocholine cytidylyltransferase involved in choline phosphorylation for cell surface LPS epitopes -----------------|--|---|------|---|------------------------------ 1 [S] COG4769 Predicted membrane protein --------------------|---|----------|------------------------------ 1 [S] COG4939 Major membrane immunogen, membrane-anchored lipoprotein |||---|-|-------||--|---|-------|-------------|-||-|------|------- 1 [C] COG5016 Pyruvate/oxaloacetate carboxyltransferase -------------|||--------|----------------------------------------- 1 [G] COG5026 Hexokinase -------------|||--------|----------------------------------------- 1 [I] COG5050 sn-1,2-diacylglycerol ethanolamine- and cholinephosphotranferases ----------------||-------|--------||||----|||||||||||--||||||||||| 1 [O] COG5405 ATP-dependent protease HslVU (ClpYQ), peptidase subunit --------------------|---|-|---------|----------------------------- 1 [S] COG5522 Predicted integral membrane protein ------------------------|-||||------|----------------------------- 1 [S] COG5660 Predicted integral membrane protein ------------------||----|--||-------||-----------------|---||-|--- 1 [K] COG5662 Predicted transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)
